################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 16:26:29 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name 'adenosine-5'-phosphate' _chem_comp.type 'RNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for adenosine-5'-phosphate from subcomponents for base, sugar and phosphate. The sugar is ribose in the C3'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H11 C10 N5 O7 P1 ' _chem_comp.formula_weight 344.23 _chem_comp.number_atoms_all 34 _chem_comp.number_atoms_nh 23 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 all_ribose_purine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 0 -0.0813 6.4028 -6.6515 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 0.3478 5.1782 -6.3205 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 0 1.1761 4.8125 -5.3477 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 1.5912 5.8840 -4.6478 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 1.2424 7.2040 -4.8695 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 0.3548 7.4588 -5.9299 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 N base 0 1.7181 8.0152 -3.8489 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 C base 0 2.3323 7.1816 -3.0457 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 N base 0 2.2937 5.8746 -3.4664 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N6 N base 0 -0.0764 8.6798 -6.2579 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H2 H base 0 . . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H8 H base 0 . . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA6 H base 0 . . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB6 H base 0 . . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 2.5388 4.6730 -2.6527 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 1.2633 3.8581 -2.4275 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 1.4828 3.3548 -1.0027 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 2.1713 4.5387 -0.3450 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 3.0105 4.2179 0.8643 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* O sugar 0 0.1564 4.7466 -2.4693 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 0.2882 2.9831 -0.3454 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 3.0085 5.0880 -1.3922 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 3.9296 3.1440 0.5700 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HAO2* H sugar 0 . . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 3.4067 1.7578 -0.0160 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 1.9368 1.6417 0.1608 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 4.2786 0.6432 0.4340 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 3.6478 1.8873 -1.4756 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.46 0.06 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C2* 4 3 sign -2.78 0.05 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C3* 4 3 sign -2.50 0.08 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 4 C4* 4 3 sign 2.49 0.06 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* 2 2 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 2 3 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* 3 1 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 3 2 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 3 3 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 4 1 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 4 2 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 4 3 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3402 0.0098 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 doub 1.3296 0.0097 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 sing 1.3453 0.0065 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 doub 1.3822 0.0080 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 sing 1.4058 0.0101 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 doub 1.3516 0.0081 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 N7 sing 1.3879 0.0085 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 C8 doub 1.3111 0.0084 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 N9 sing 1.3740 0.0101 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 C4 sing 1.3744 0.0072 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N6 sing 1.3359 0.0088 A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 H2 sing . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 H8 sing . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N6 HA6 sing . . A_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N6 HB6 sing . . 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