################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 18:04:56 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name ;protonated 2'-deoxyadenosine-5'-phosphate ; _chem_comp.type 'DNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for protonated 2'-deoxyadenosine-5'-phosphate from subcomponents for protonated base, sugar and phosphate. The sugar is deoxyribose in the C3'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H11 C10 N5 O6 P1 ' _chem_comp.formula_weight 328.23 _chem_comp.number_atoms_all 33 _chem_comp.number_atoms_nh 22 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 all_ribose_purine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 1 2.0987 1.0947 -1.8269 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 1.6482 1.7763 -0.7537 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 0 2.3822 2.3027 0.1784 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 3.7041 2.0944 -0.0363 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 4.2789 1.4283 -1.1042 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 3.4214 0.8975 -2.0823 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 N base 0 5.5989 1.1293 -0.8406 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 C base 0 5.7906 1.6125 0.3598 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 N base 0 4.6799 2.2094 0.9001 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N6 N base 0 3.7980 0.2225 -3.1463 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H2 H base 0 . . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H8 H base 0 . . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA6 H base 0 . . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB6 H base 0 . . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 4.2475 2.0735 2.2976 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 3.0003 2.8541 2.6632 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 3.1590 3.0105 4.1608 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 4.6693 3.1849 4.3151 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 5.2296 2.6049 5.5924 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 2.4203 4.0789 4.7279 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 5.2595 2.4992 3.1812 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 4.8739 1.2128 5.5811 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB2* H sugar 0 . . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 4.4448 0.5742 4.1861 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 4.4254 1.6278 3.1334 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 5.1883 -0.6850 3.9401 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 3.0335 0.1695 4.3998 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.49 0.03 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C3* 4 3 sign -2.51 0.10 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C4* 4 3 sign 2.50 0.04 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 2 2 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 2 3 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 3 1 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 3 2 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 3 3 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3577 0.0088 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 doub 1.3015 0.0058 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 sing 1.3554 0.0047 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 doub 1.3764 0.0076 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 sing 1.4018 0.0079 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 doub 1.3616 0.0089 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 N7 sing 1.3786 0.0044 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 C8 doub 1.3103 0.0055 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 N9 sing 1.3715 0.0088 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 C4 sing 1.3596 0.0066 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N6 sing 1.3150 0.0084 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 H2 sing . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 H8 sing . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N6 HA6 sing . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N6 HB6 sing . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* sing 1.5192 0.0069 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* sing 1.5186 0.0110 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* sing 1.5212 0.0081 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* sing 1.4492 0.0060 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* sing 1.4123 0.0065 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* O3* sing 1.4178 0.0067 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C5* sing 1.5120 0.0117 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* O5* sing 1.4379 0.0099 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* HA1* sing . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HA2* sing . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HB2* sing . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* HA3* sing . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* HA4* sing . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HA5* sing . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HB5* sing . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O1P doub 1.485 0.017 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O2P sing 1.485 0.017 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O sing 1.485 0.017 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* N9 2 1.4722 0.0124 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* sing 1.593 0.010 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 122.88 0.94 2.39 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 126.02 0.50 2.37 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 111.70 0.42 2.20 0.00 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 127.15 0.64 2.45 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 118.31 0.76 2.39 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 113.88 0.43 2.32 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 N7 110.96 0.34 2.27 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 N7 C8 103.59 0.31 2.11 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 C8 N9 113.61 0.40 2.24 0.00 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 N9 C4 105.83 0.42 2.18 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 C4 C5 106.00 0.50 2.19 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 N9 126.84 0.45 2.43 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C5 N7 130.71 0.57 2.53 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C6 N6 120.39 0.71 2.32 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N6 125.72 0.52 2.42 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* 102.80 0.51 2.37 0.02 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* 102.26 0.57 2.37 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* 104.79 0.66 2.35 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* 110.21 0.61 2.35 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* 107.01 0.63 2.36 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* O3* 112.71 2.71 2.44 0.04 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C3* O3* 112.97 1.78 2.45 0.03 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* C3* 115.64 1.14 2.57 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* 109.36 0.32 2.42 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* C5* C4* 111.28 1.54 2.42 0.02 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O2P 119.6 1.5 . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O 108.3 3.2 . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O 107.3 3.2 . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 N9 C1* 125.591 1.165644 2.528 0.015 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 N9 C1* 127.981 1.182104 2.554 0.019 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 C1* C2* 112.573 1.208603 2.499 0.019 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 C1* O4* 108.12 0.9 2.325 0.011 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* C5* 120.9 1.6 . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O5* 110.7 1.2 . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O5* 110.7 1.2 . . Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O P O5* 104.0 1.9 . . # loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C2-N3-C4 N1 C2 N3 C4 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-C5 C2 N3 C4 C5 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C6 N3 C4 C5 C6 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-C6-N1 C4 C5 C6 N1 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-C6-N1-C2 C5 C6 N1 C2 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-N3 C6 N1 C2 N3 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9-C4-C5-N7 N9 C4 C5 N7 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-N7-C8 C4 C5 N7 C8 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-N7-C8-N9 C5 N7 C8 N9 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7-C8-N9-C4 N7 C8 N9 C4 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8-N9-C4-C5 C8 N9 C4 C5 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N1-C6-N6 C2 N1 C6 N6 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* C4* O4* C1* C2* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* O4* C1* C2* C3* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* C1* C2* C3* C4* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* C2* C3* C4* O4* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* C3* C4* O4* C1* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* C2* C3* C4* C5* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* C3* C4* C5* O5* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* O3* C3* C4* C5* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* O4* C4* C3* O3* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* O4* C4* C5* O5* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* C5* C4* O4* C1* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* C1* C2* C3* O3* Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc chi_anti_C3endo_purine O4* C1* N9 C4 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C2-N3-C4 359.80 0.80 2.61 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-C5 359.87 1.33 2.67 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.53 1.74 2.86 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-C6-N1 359.43 1.76 2.61 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-C6-N1-C2 0.30 2.25 2.67 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-N3 0.11 2.01 2.86 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9-C4-C5-N7 0.25 0.78 2.24 0.00 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-N7-C8 359.81 0.58 2.18 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-N7-C8-N9 0.06 0.74 2.19 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7-C8-N9-C4 0.09 0.99 2.27 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8-N9-C4-C5 359.80 0.93 2.11 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N1-C6-N6 180.46 2.17 3.58 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 4.17 7.07 2.37 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 335.52 5.35 2.35 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 34.16 2.49 2.35 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 327.62 3.09 2.36 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 18.00 6.18 2.37 0.02 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 207.16 3.23 3.73 0.01 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 85.70 4.91 3.28 0.06 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 206.16 5.02 3.59 0.02 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 142.55 6.60 3.57 0.03 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 155.80 4.77 3.63 0.02 Apro_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc chi_anti_C3endo_purine 193.3 14.0 . . #