################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 17:37:51 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc # _chem_comp.id Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc _chem_comp.name 'protonated adenosine' _chem_comp.type 'RNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for protonated adenosine from subcomponents for protonated base and sugar. The sugar is ribose in the C3'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H11 C10 N5 O4 ' _chem_comp.formula_weight 265.24 _chem_comp.number_atoms_all 30 _chem_comp.number_atoms_nh 19 # _chem_comp_link.link_id all_ribose_purine _chem_comp_link.type_comp_1 sugar _chem_comp_link.type_comp_2 base # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 N base 1 2.0987 1.0947 -1.8269 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 C base 0 2.4951 1.9491 -2.8043 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 N base 0 3.4016 2.8759 -2.6895 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C base 0 3.9309 2.9079 -1.4421 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C base 0 3.6021 2.0983 -0.3785 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 C base 0 2.6230 1.1136 -0.5705 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N7 N base 0 4.3751 2.3943 0.7238 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C8 C base 0 5.1497 3.3646 0.3050 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N9 N base 0 4.9283 3.7202 -1.0013 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N6 N base 0 2.2072 0.2573 0.3368 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc H2 H base 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc H8 H base 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HA6 H base 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HB6 H base 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C sugar 0 5.3659 4.9534 -1.6762 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C sugar 0 5.5804 4.7606 -3.1788 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C sugar 0 6.7626 5.6946 -3.4276 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C sugar 0 7.5849 5.5167 -2.1619 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C sugar 0 8.5067 6.6564 -1.8141 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* O sugar 0 5.9644 3.4123 -3.4048 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* O sugar 0 7.4908 5.3848 -4.5984 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* O sugar 0 6.5953 5.3494 -1.1166 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* O sugar 0 7.8059 7.8838 -1.8178 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HAO2* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.46 0.06 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc 2 C2* 4 3 sign -2.78 0.05 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc 3 C3* 4 3 sign -2.50 0.08 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc 4 C4* 4 3 sign 2.49 0.06 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 1 2 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 1 3 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N 2 1 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* 2 2 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* 2 3 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* 3 1 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 3 2 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* 3 3 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* 4 1 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* 4 2 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 4 3 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 sing 1.3577 0.0088 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 doub 1.3015 0.0058 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 sing 1.3554 0.0047 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 doub 1.3764 0.0076 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 sing 1.4018 0.0079 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 doub 1.3616 0.0089 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 N7 sing 1.3786 0.0044 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N7 C8 doub 1.3103 0.0055 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C8 N9 sing 1.3715 0.0088 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N9 C4 sing 1.3596 0.0066 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N6 sing 1.3150 0.0084 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 H2 sing . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C8 H8 sing . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N6 HA6 sing . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N6 HB6 sing . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* sing 1.5301 0.0131 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* HA1* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* sing 1.5271 0.0074 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* HA2* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* sing 1.5196 0.0121 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* HA3* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* sing 1.4489 0.0094 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* HA4* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* sing 1.4076 0.0078 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* O2* sing 1.4201 0.0094 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* HAO2* sing 1.435 0.013 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* O3* sing 1.4132 0.0049 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* sing 1.5065 0.0081 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* O5* sing 1.4133 0.0187 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HA5* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HB5* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* N9 sing 1.4722 0.0124 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C2 122.88 0.94 2.39 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 N3 126.02 0.50 2.37 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 C4 111.70 0.42 2.20 0.00 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 C5 127.15 0.64 2.45 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 C6 118.31 0.76 2.39 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 N1 113.88 0.43 2.32 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 N7 110.96 0.34 2.27 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 N7 C8 103.59 0.31 2.11 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N7 C8 N9 113.61 0.40 2.24 0.00 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C8 N9 C4 105.83 0.42 2.18 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N9 C4 C5 106.00 0.50 2.19 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 N9 126.84 0.45 2.43 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 C5 N7 130.71 0.57 2.53 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C6 N6 120.39 0.71 2.32 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 N6 125.72 0.52 2.42 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* C3* 101.03 0.80 2.36 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* C4* 102.21 1.01 2.37 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* O4* 104.10 0.66 2.34 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* C1* 109.97 0.70 2.34 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* C2* 107.59 0.65 2.37 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* O2* 108.24 1.82 2.39 0.03 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C2* O2* 110.24 1.94 2.42 0.03 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* O3* 113.59 1.53 2.46 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C3* O3* 112.68 1.76 2.44 0.03 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* C3* 115.79 1.39 2.56 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* O4* 109.78 1.07 2.42 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* C5* C4* 110.66 2.05 2.41 0.03 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 N9 C1* 125.591 1.165644 2.528 0.015 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C8 N9 C1* 127.981 1.182104 2.554 0.019 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N9 C1* C2* 112.573 1.208603 2.499 0.019 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N9 C1* O4* 108.12 0.9 2.325 0.011 # loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C2-N3-C4 N1 C2 N3 C4 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-C5 C2 N3 C4 C5 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C6 N3 C4 C5 C6 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-C6-N1 C4 C5 C6 N1 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-C6-N1-C2 C5 C6 N1 C2 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N3 C6 N1 C2 N3 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N9-C4-C5-N7 N9 C4 C5 N7 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-N7-C8 C4 C5 N7 C8 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-N7-C8-N9 C5 N7 C8 N9 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N7-C8-N9-C4 N7 C8 N9 C4 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C8-N9-C4-C5 C8 N9 C4 C5 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N1-C6-N6 C2 N1 C6 N6 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* C4* O4* C1* C2* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* O4* C1* C2* C3* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* C1* C2* C3* C4* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* C2* C3* C4* O4* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* C3* C4* O4* C1* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* C2* C3* C4* C5* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* C3* C4* C5* O5* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* O3* C3* C4* C5* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* O4* C4* C3* O3* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* O4* C4* C5* O5* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* C5* C4* O4* C1* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* C1* C2* C3* O3* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* O3* C3* C2* O2* Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc chi_anti_C3endo_purine O4* C1* N9 C4 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C2-N3-C4 359.80 0.80 2.61 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-C5 359.87 1.33 2.67 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.53 1.74 2.86 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-C6-N1 359.43 1.76 2.61 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-C6-N1-C2 0.30 2.25 2.67 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N3 0.11 2.01 2.86 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N9-C4-C5-N7 0.25 0.78 2.24 0.00 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-N7-C8 359.81 0.58 2.18 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-N7-C8-N9 0.06 0.74 2.19 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N7-C8-N9-C4 0.09 0.99 2.27 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C8-N9-C4-C5 359.80 0.93 2.11 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N1-C6-N6 180.46 2.17 3.58 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 3.53 4.87 2.37 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 334.37 3.95 2.34 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 36.70 2.48 2.34 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 324.20 2.68 2.37 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 20.45 4.27 2.36 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 203.61 2.82 3.74 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 81.27 3.80 3.23 0.03 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 201.87 3.83 3.60 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 145.01 4.68 3.57 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 158.39 3.34 3.64 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* 44.06 3.47 2.77 0.05 Apro_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc chi_anti_C3endo_purine 193.3 14.0 . . #