################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 17:26:25 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name ;protonated adenosine-5'-phosphate ; _chem_comp.type 'RNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for protonated adenosine-5'-phosphate from subcomponents for protonated base, sugar and phosphate. The sugar is ribose in the C3'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H11 C10 N5 O7 P1 ' _chem_comp.formula_weight 344.23 _chem_comp.number_atoms_all 34 _chem_comp.number_atoms_nh 23 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 all_ribose_purine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 1 2.0987 1.0947 -1.8269 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 1.9198 2.4228 -1.8790 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 0 2.8169 3.2945 -2.2093 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 4.0105 2.7238 -2.4967 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 4.2929 1.3539 -2.5955 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 3.2459 0.4785 -2.2356 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 N base 0 5.6323 1.1150 -2.3694 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 C base 0 6.1236 2.3009 -2.1334 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 N base 0 5.1842 3.2858 -2.1489 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N6 N base 0 3.3318 -0.8356 -2.1894 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H2 H base 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H8 H base 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA6 H base 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB6 H base 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 4.5242 3.2386 -0.8336 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 3.0189 3.1444 -0.7856 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 2.9267 2.5960 0.6243 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 4.0404 3.3869 1.3742 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 4.7512 2.3439 2.1937 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* O sugar 0 2.4769 4.4575 -0.8730 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 1.6298 2.6844 1.1817 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 4.9848 3.8158 0.3401 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 4.8785 1.7371 0.8859 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HAO2* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 4.3731 2.7917 -0.1972 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 4.2864 4.1381 0.4159 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 5.1241 2.6197 -1.4553 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 2.9568 2.4210 -0.4568 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.46 0.06 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C2* 4 3 sign -2.78 0.05 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C3* 4 3 sign -2.50 0.08 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 4 C4* 4 3 sign 2.49 0.06 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* 2 2 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 2 3 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* 3 1 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 3 2 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 3 3 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 4 1 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 4 2 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 4 3 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3577 0.0088 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 doub 1.3015 0.0058 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 sing 1.3554 0.0047 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 doub 1.3764 0.0076 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 sing 1.4018 0.0079 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 doub 1.3616 0.0089 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 N7 sing 1.3786 0.0044 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 C8 doub 1.3103 0.0055 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 N9 sing 1.3715 0.0088 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 C4 sing 1.3596 0.0066 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N6 sing 1.3150 0.0084 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 H2 sing . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 H8 sing . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N6 HA6 sing . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N6 HB6 sing . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* sing 1.5301 0.0131 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* HA1* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* sing 1.5271 0.0074 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HA2* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* sing 1.5196 0.0121 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* HA3* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* sing 1.4489 0.0094 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* HA4* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* sing 1.4076 0.0078 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* O2* sing 1.4201 0.0094 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* HAO2* sing 1.435 0.013 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* O3* sing 1.4132 0.0049 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* sing 1.5065 0.0081 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* O5* sing 1.4439 0.0100 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HA5* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HB5* sing 1.516 0.008 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O1P doub 1.485 0.017 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O2P sing 1.485 0.017 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O sing 1.485 0.017 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* N9 sing 1.4722 0.0124 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* sing 1.593 0.010 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 122.88 0.94 2.39 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 126.02 0.50 2.37 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 111.70 0.42 2.20 0.00 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 127.15 0.64 2.45 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 118.31 0.76 2.39 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 113.88 0.43 2.32 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 N7 110.96 0.34 2.27 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 N7 C8 103.59 0.31 2.11 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 C8 N9 113.61 0.40 2.24 0.00 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 N9 C4 105.83 0.42 2.18 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 C4 C5 106.00 0.50 2.19 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 N9 126.84 0.45 2.43 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C5 N7 130.71 0.57 2.53 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C6 N6 120.39 0.71 2.32 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N6 125.72 0.52 2.42 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* 101.03 0.80 2.36 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* 102.21 1.01 2.37 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* 104.10 0.66 2.34 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* 109.97 0.70 2.34 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* 107.59 0.65 2.37 0.01 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* O2* 108.24 1.82 2.39 0.03 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C2* O2* 110.24 1.94 2.42 0.03 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* O3* 113.59 1.53 2.46 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C3* O3* 112.68 1.76 2.44 0.03 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* C3* 115.79 1.39 2.56 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* 109.78 1.07 2.42 0.02 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* C5* C4* 110.66 2.05 2.41 0.03 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O2P 119.6 1.5 . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O 108.3 3.2 . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O 107.3 3.2 . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 N9 C1* 125.591 1.165644 2.528 0.015 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 N9 C1* 127.981 1.182104 2.554 0.019 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 C1* C2* 112.573 1.208603 2.499 0.019 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 C1* O4* 108.12 0.9 2.325 0.011 Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* C5* 120.9 1.6 . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O5* 110.7 1.2 . . Apro_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O5* 110.7 1.2 . . 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