################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 19:48:43 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc # _chem_comp.id C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc _chem_comp.name '2'-deoxycytidine' _chem_comp.type 'DNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for 2'-deoxycytidine from subcomponents for base and sugar. The sugar is deoxyribose in the C2'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H11 C9 N3 O4 ' _chem_comp.formula_weight 225.21 _chem_comp.number_atoms_all 27 _chem_comp.number_atoms_nh 16 # _chem_comp_link.link_id deoxyribose_pyrimidine _chem_comp_link.type_comp_1 sugar _chem_comp_link.type_comp_2 base # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 N base 0 -0.6349 0.6660 2.2475 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 C base 0 0.2187 0.3593 3.3098 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 N base 0 -0.1210 0.7460 4.5629 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C base 0 -1.2715 1.3923 4.7752 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C base 0 -2.1608 1.7077 3.7084 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 C base 0 -1.8052 1.3319 2.4736 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O2 O base 0 1.2669 -0.2571 3.0764 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N4 N base 0 -1.5743 1.7453 6.0242 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H4A H base 0 . . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H4B H base 0 . . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H5 H base 0 . . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H6 H base 0 . . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C sugar 0 -0.0841 0.5781 0.8859 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C sugar 0 1.4022 0.2760 0.8315 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C sugar 0 2.0133 1.6559 0.9492 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C sugar 0 1.0113 2.5433 0.2185 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C sugar 0 1.3726 2.8354 -1.2244 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* O sugar 0 2.0923 2.0326 2.3240 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* O sugar 0 -0.2513 1.8393 0.2594 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* O sugar 0 1.6360 1.6281 -1.9100 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HB2* H sugar 0 . . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.43 0.07 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 2 C3* 4 3 sign -2.69 0.07 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 3 C4* 4 3 sign 2.52 0.11 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 1 2 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 1 3 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N 2 1 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 2 2 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* 2 3 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* 3 1 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* 3 2 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 3 3 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 sing 1.3967 0.0096 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 sing 1.3546 0.0099 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 doub 1.3367 0.0100 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 sing 1.4243 0.0088 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 doub 1.3389 0.0087 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 sing 1.3653 0.0070 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 O2 doub 1.2383 0.0089 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 N4 sing 1.3328 0.0097 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N4 H4A sing . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N4 H4B sing . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 H5 sing . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 H6 sing . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* sing 1.5177 0.0085 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* sing 1.5139 0.0086 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* sing 1.5250 0.0126 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* sing 1.4458 0.0107 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* sing 1.4177 0.0122 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* O3* sing 1.4276 0.0101 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C5* sing 1.5158 0.0282 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* O5* sing 1.4133 0.0358 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* HA1* sing . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* HA2* sing . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* HB2* sing . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* HA3* sing . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* HA4* sing . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HA5* sing . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HB5* sing . . C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* N1 sing 1.4714 0.0141 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C2 120.32 0.52 2.40 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 N3 119.12 0.65 2.37 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 C4 120.02 0.46 2.33 0.02 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 C5 121.68 0.70 2.41 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 C6 117.53 0.73 2.36 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 N1 121.12 0.51 2.35 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 O2 118.93 0.71 2.27 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C2 O2 121.95 0.67 2.27 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 N4 118.21 0.92 2.29 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C4 N4 120.11 0.73 2.39 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* C3* 102.17 1.20 2.36 0.02 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* C4* 103.13 0.98 2.38 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* O4* 105.99 0.69 2.37 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* C1* 109.90 0.81 2.34 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* C2* 105.99 0.96 2.35 0.02 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* O3* 109.67 2.25 2.41 0.03 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C3* O3* 110.06 2.19 2.42 0.03 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* C3* 114.33 1.87 2.55 0.03 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* O4* 109.15 1.77 2.41 0.02 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* C5* C4* 109.98 2.10 2.40 0.04 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C1* O4* 108.15 0.62 2.3400 0.0100 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C1* C2* 114.36 1.32 2.5100 0.0100 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N1 C1* 117.91 1.44 2.4400 0.030 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C1* 120.52 1.29 2.4800 0.0300 # loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C2-N3-C4 N1 C2 N3 C4 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-C5 C2 N3 C4 C5 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C6 N3 C4 C5 C6 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-C6-N1 C4 C5 C6 N1 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-C6-N1-C2 C5 C6 N1 C2 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N3 C6 N1 C2 N3 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-O2 C6 N1 C2 O2 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-N3-C2-O2 C4 N3 C2 O2 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-N4 C2 N3 C4 N4 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-C5-C4-N4 C6 C5 C4 N4 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* C4* O4* C1* C2* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* O4* C1* C2* C3* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* C1* C2* C3* C4* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* C2* C3* C4* O4* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* C3* C4* O4* C1* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* C2* C3* C4* C5* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* C3* C4* C5* O5* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* O3* C3* C4* C5* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* O4* C4* C3* O3* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* O4* C4* C5* O5* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* C5* C4* O4* C1* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* C1* C2* C3* O3* C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc chi_anti_C2endo_pyrimidine O4* C1* N1 C2 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C2-N3-C4 1.13 3.09 2.70 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-C5 359.21 2.66 2.76 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.06 3.62 2.75 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-C6-N1 0.28 2.05 2.70 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-C6-N1-C2 0.09 2.67 2.76 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N3 359.20 4.32 2.75 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-O2 179.31 3.98 3.51 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-N3-C2-O2 181.02 2.75 3.47 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-N4 179.42 2.48 3.54 0.02 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-C5-C4-N4 179.86 3.56 3.58 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 341.21 6.45 2.38 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 32.80 4.56 2.37 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 326.41 3.22 2.34 0.01 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 23.45 4.79 2.35 0.02 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 356.93 6.58 2.36 0.02 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 263.15 5.23 3.28 0.07 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 146.20 5.54 3.71 0.05 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 266.50 5.07 3.13 0.07 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 120.54 7.03 3.41 0.05 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 83.64 3.71 2.99 0.06 C_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc chi_anti_C2endo_pyrimidine 237.0 24.3 ? . #