################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 19:29:56 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc # _chem_comp.id C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc _chem_comp.name cytidine _chem_comp.type 'RNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for cytidine from subcomponents for base and sugar. The sugar is ribose in the C2'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H11 C9 N3 O5 ' _chem_comp.formula_weight 241.21 _chem_comp.number_atoms_all 28 _chem_comp.number_atoms_nh 17 # _chem_comp_link.link_id ribose_pyrimidine _chem_comp_link.type_comp_1 sugar _chem_comp_link.type_comp_2 base # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 N base 0 -0.6349 0.6660 2.2475 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 C base 0 0.5021 1.2771 2.7805 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 N base 0 0.3532 2.2443 3.7173 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C base 0 -0.8689 2.5872 4.1371 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C base 0 -2.0413 1.9712 3.6126 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 C base 0 -1.8793 1.0272 2.6772 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O2 O base 0 1.6179 0.9190 2.3801 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N4 N base 0 -0.9716 3.5352 5.0683 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H4A H base 0 . . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H4B H base 0 . . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H5 H base 0 . . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H6 H base 0 . . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C sugar 0 -0.4889 -0.3436 1.3016 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C sugar 0 0.9418 -0.6182 0.8484 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C sugar 0 1.1216 0.4432 -0.2321 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C sugar 0 -0.2600 0.4990 -0.8748 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C sugar 0 -0.4240 -0.3330 -2.1249 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* O sugar 0 1.8646 -0.5350 1.9130 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* O sugar 0 1.4145 1.6930 0.3788 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* O sugar 0 -1.1951 0.0320 0.1360 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* O sugar 0 -0.0146 -1.6778 -1.9055 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HAO2* H sugar 0 . . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.42 0.08 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 2 C2* 4 3 sign -2.51 0.09 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 3 C3* 4 3 sign -2.73 0.05 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 4 C4* 4 3 sign 2.49 0.07 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 1 2 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 1 3 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N 2 1 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* 2 2 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* 2 3 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* 3 1 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 3 2 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* 3 3 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* 4 1 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* 4 2 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 4 3 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 sing 1.3967 0.0096 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 sing 1.3546 0.0099 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 doub 1.3367 0.0100 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 sing 1.4243 0.0088 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 doub 1.3389 0.0087 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 sing 1.3653 0.0070 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 O2 doub 1.2383 0.0089 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 N4 sing 1.3328 0.0097 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N4 H4A sing . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N4 H4B sing . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 H5 sing . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 H6 sing . . C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* sing 1.5260 0.0113 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* HA1* sing 1.516 0.008 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* sing 1.5255 0.0110 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* HA2* sing 1.516 0.008 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* sing 1.5246 0.0129 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* HA3* sing 1.516 0.008 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* sing 1.4539 0.0076 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* HA4* sing 1.516 0.008 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* sing 1.4135 0.0091 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* O2* sing 1.4113 0.0124 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* HAO2* sing 1.435 0.013 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* O3* sing 1.4216 0.0072 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* sing 1.5106 0.0103 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* O5* sing 1.4228 0.0149 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HA5* sing 1.516 0.008 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HB5* sing 1.516 0.008 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* N1 sing 1.3903 0.0261 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C2 120.32 0.52 2.40 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 N3 119.12 0.65 2.37 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 C4 120.02 0.46 2.33 0.02 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 C5 121.68 0.70 2.41 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 C6 117.53 0.73 2.36 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 N1 121.12 0.51 2.35 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 O2 118.93 0.71 2.27 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C2 O2 121.95 0.67 2.27 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 N4 118.21 0.92 2.29 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C4 N4 120.11 0.73 2.39 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* C3* 101.27 0.95 2.36 0.02 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* C4* 102.50 0.75 2.38 0.02 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* O4* 106.07 0.61 2.38 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* C1* 109.60 0.69 2.34 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* C2* 105.67 0.83 2.34 0.02 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* O2* 112.23 2.08 2.44 0.03 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C2* O2* 114.61 1.81 2.47 0.02 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* O3* 109.34 2.28 2.41 0.03 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C3* O3* 109.56 1.96 2.41 0.03 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* C3* 115.27 1.39 2.56 0.02 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* O4* 109.16 1.17 2.42 0.02 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* C5* C4* 111.20 1.95 2.42 0.03 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C1* O4* 108.35 0.84 2.3300 0.0100 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C1* C2* 115.33 2.12 2.5200 0.0200 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N1 C1* 118.88 1.17 2.4500 0.0200 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C1* 119.83 0.89 2.4700 0.0200 # loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C2-N3-C4 N1 C2 N3 C4 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-C5 C2 N3 C4 C5 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C6 N3 C4 C5 C6 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-C6-N1 C4 C5 C6 N1 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-C6-N1-C2 C5 C6 N1 C2 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N3 C6 N1 C2 N3 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-O2 C6 N1 C2 O2 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-N3-C2-O2 C4 N3 C2 O2 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-N4 C2 N3 C4 N4 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-C5-C4-N4 C6 C5 C4 N4 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* C4* O4* C1* C2* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* O4* C1* C2* C3* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* C1* C2* C3* C4* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* C2* C3* C4* O4* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* C3* C4* O4* C1* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* C2* C3* C4* C5* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* C3* C4* C5* O5* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* O3* C3* C4* C5* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* O4* C4* C3* O3* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* O4* C4* C5* O5* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* C5* C4* O4* C1* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* C1* C2* C3* O3* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* O3* C3* C2* O2* C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc chi_anti_C2endo_pyrimidine O4* C1* N1 C2 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C2-N3-C4 1.13 3.09 2.70 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-C5 359.21 2.66 2.76 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.06 3.62 2.75 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-C6-N1 0.28 2.05 2.70 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-C6-N1-C2 0.09 2.67 2.76 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N3 359.20 4.32 2.75 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-O2 179.31 3.98 3.51 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-N3-C2-O2 181.02 2.75 3.47 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-N4 179.42 2.48 3.54 0.02 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-C5-C4-N4 179.86 3.56 3.58 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 338.59 5.62 2.38 0.02 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 35.91 3.42 2.38 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 324.07 2.42 2.34 0.01 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 24.52 4.40 2.34 0.02 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 357.83 6.08 2.36 0.02 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 263.59 4.21 3.28 0.06 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 147.56 4.89 3.71 0.04 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 268.49 5.15 3.10 0.06 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 122.63 6.13 3.42 0.05 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 80.26 3.14 2.94 0.06 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* 319.19 3.93 2.74 0.05 C_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc chi_anti_C2endo_pyrimidine 237.0 24.3 . . #