################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 19:27:13 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name 'cytidine-5'-phosphate' _chem_comp.type 'RNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for cytidine-5'-phosphate from subcomponents for base, sugar and phosphate. The sugar is ribose in the C3'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H11 C9 N3 O8 P1 ' _chem_comp.formula_weight 320.20 _chem_comp.number_atoms_all 32 _chem_comp.number_atoms_nh 21 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 ribose_pyrimidine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 0 -0.6349 0.6660 2.2475 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 -0.5954 0.1095 3.5284 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 0 -1.4456 0.5711 4.4766 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 -2.3273 1.5291 4.1759 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 -2.3940 2.1024 2.8742 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 -1.5372 1.6473 1.9517 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2 O base 0 0.2229 -0.7893 3.7648 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N4 N base 0 -3.1545 1.9471 5.1336 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H4A H base 0 . . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H4B H base 0 . . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H5 H base 0 . . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H6 H base 0 . . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 0.5454 0.4010 1.3840 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 1.8554 0.6750 2.1258 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 2.7238 1.2235 0.9959 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 1.7238 2.0279 0.1827 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 2.0826 2.2515 -1.2634 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* O sugar 0 1.6137 1.6863 3.0930 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 3.8115 2.0040 1.4485 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 0.4975 1.2615 0.2709 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 2.4113 1.0014 -1.9072 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HAO2* H sugar 0 . . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 2.6194 -0.3280 -1.0544 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 1.4823 -0.5276 -0.1206 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 3.0362 -1.4483 -1.9354 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 3.8048 -0.0185 -0.2153 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.46 0.06 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C2* 4 3 sign -2.78 0.05 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C3* 4 3 sign -2.50 0.08 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 4 C4* 4 3 sign 2.49 0.06 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* 2 2 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 2 3 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* 3 1 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 3 2 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 3 3 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 4 1 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 4 2 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 4 3 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3967 0.0096 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 sing 1.3546 0.0099 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 doub 1.3367 0.0100 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 sing 1.4243 0.0088 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 doub 1.3389 0.0087 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 sing 1.3653 0.0070 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 O2 doub 1.2383 0.0089 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 N4 sing 1.3328 0.0097 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N4 H4A sing . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N4 H4B sing . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 H5 sing . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 H6 sing . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* sing 1.5301 0.0131 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* HA1* sing 1.516 0.008 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* sing 1.5271 0.0074 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HA2* sing 1.516 0.008 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* sing 1.5196 0.0121 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* HA3* sing 1.516 0.008 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* sing 1.4489 0.0094 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* HA4* sing 1.516 0.008 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* sing 1.4076 0.0078 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* O2* sing 1.4201 0.0094 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* HAO2* sing 1.435 0.013 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* O3* sing 1.4132 0.0049 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* sing 1.5065 0.0081 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* O5* sing 1.4439 0.0100 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HA5* sing 1.516 0.008 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HB5* sing 1.516 0.008 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O1P doub 1.485 0.017 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O2P sing 1.485 0.017 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O sing 1.485 0.017 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* N1 sing 1.4865 0.0089 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* sing 1.593 0.010 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 120.32 0.52 2.40 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 119.12 0.65 2.37 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 120.02 0.46 2.33 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 121.68 0.70 2.41 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 117.53 0.73 2.36 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 121.12 0.51 2.35 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 O2 118.93 0.71 2.27 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C2 O2 121.95 0.67 2.27 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 N4 118.21 0.92 2.29 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C4 N4 120.11 0.73 2.39 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* 101.03 0.80 2.36 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* 102.21 1.01 2.37 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* 104.10 0.66 2.34 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* 109.97 0.70 2.34 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* 107.59 0.65 2.37 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* O2* 108.24 1.82 2.39 0.03 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C2* O2* 110.24 1.94 2.42 0.03 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* O3* 113.59 1.53 2.46 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C3* O3* 112.68 1.76 2.44 0.03 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* C3* 115.79 1.39 2.56 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* 109.78 1.07 2.42 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* C5* C4* 110.66 2.05 2.41 0.03 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O2P 119.6 1.5 . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O 108.3 3.2 . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O 107.3 3.2 . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N1 C1* 116.62 0.88 2.4400 0.0200 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C1* 122.40 0.89 2.5000 0.0100 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* C2* 111.65 0.94 2.5000 0.0100 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* O4* 108.88 0.43 2.3600 0.0100 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* C5* 120.9 1.6 . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O5* 110.7 1.2 . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O5* 110.7 1.2 . . C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O P O5* 104.0 1.9 . . # loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C2-N3-C4 N1 C2 N3 C4 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-C5 C2 N3 C4 C5 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C6 N3 C4 C5 C6 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-C6-N1 C4 C5 C6 N1 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-C6-N1-C2 C5 C6 N1 C2 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-N3 C6 N1 C2 N3 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-O2 C6 N1 C2 O2 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-N3-C2-O2 C4 N3 C2 O2 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-N4 C2 N3 C4 N4 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-C5-C4-N4 C6 C5 C4 N4 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* C4* O4* C1* C2* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* O4* C1* C2* C3* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* C1* C2* C3* C4* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* C2* C3* C4* O4* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* C3* C4* O4* C1* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* C2* C3* C4* C5* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* C3* C4* C5* O5* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* O3* C3* C4* C5* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* O4* C4* C3* O3* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* O4* C4* C5* O5* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* C5* C4* O4* C1* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* C1* C2* C3* O3* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* O3* C3* C2* O2* C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc chi_anti_C3endo_pyrimidine O4* C1* N1 C2 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C2-N3-C4 1.13 3.09 2.70 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-C5 359.21 2.66 2.76 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.06 3.62 2.75 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-C6-N1 0.28 2.05 2.70 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-C6-N1-C2 0.09 2.67 2.76 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-N3 359.20 4.32 2.75 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-O2 179.31 3.98 3.51 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-N3-C2-O2 181.02 2.75 3.47 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-N4 179.42 2.48 3.54 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-C5-C4-N4 179.86 3.56 3.58 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 3.53 4.87 2.37 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 334.37 3.95 2.34 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 36.70 2.48 2.34 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 324.20 2.68 2.37 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 20.45 4.27 2.36 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 203.61 2.82 3.74 0.01 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 81.27 3.80 3.23 0.03 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 201.87 3.83 3.60 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 145.01 4.68 3.57 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 158.39 3.34 3.64 0.02 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* 44.06 3.47 2.77 0.05 C_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc chi_anti_C3endo_pyrimidine 193.3 14.0 . . #