################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 20:23:48 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc # _chem_comp.id Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc _chem_comp.name ;protonated 2'-deoxycytidine ; _chem_comp.type 'DNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for protonated 2'-deoxycytidine from subcomponents for protonated base and sugar. The sugar is deoxyribose in the C2'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H11 C9 N3 O4 ' _chem_comp.formula_weight 225.21 _chem_comp.number_atoms_all 27 _chem_comp.number_atoms_nh 16 # _chem_comp_link.link_id deoxyribose_pyrimidine _chem_comp_link.type_comp_1 sugar _chem_comp_link.type_comp_2 base # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 N base 0 4.2132 0.0760 0.5473 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 C base 0 4.7469 0.8724 -0.4453 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 N base 1 6.0583 0.6226 -0.7759 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C base 0 6.8123 -0.3490 -0.2157 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C base 0 6.2264 -1.1439 0.7950 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 C base 0 4.9524 -0.9105 1.1395 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O2 O base 0 4.1023 1.7407 -1.0039 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N4 N base 0 8.0507 -0.5102 -0.6243 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H4A H base 0 . . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H4B H base 0 . . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H5 H base 0 . . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H6 H base 0 . . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C sugar 0 2.9467 0.5129 1.1557 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C sugar 0 2.4589 1.8685 0.6785 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C sugar 0 3.1892 2.8154 1.6067 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C sugar 0 3.2607 2.0341 2.9145 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C sugar 0 2.1707 2.3796 3.9095 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* O sugar 0 4.5045 3.0594 1.1081 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* O sugar 0 3.1485 0.6383 2.5536 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* O sugar 0 0.9041 2.2900 3.2890 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HB2* H sugar 0 . . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.43 0.07 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 2 C3* 4 3 sign -2.69 0.07 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 3 C4* 4 3 sign 2.52 0.11 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 1 2 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 1 3 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N 2 1 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 2 2 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* 2 3 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* 3 1 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* 3 2 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 3 3 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 sing 1.3798 0.0117 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 sing 1.3755 0.0161 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 doub 1.3515 0.0082 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 sing 1.4131 0.0072 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 doub 1.3401 0.0101 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 sing 1.3673 0.0094 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 O2 doub 1.2171 0.0128 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 N4 sing 1.3140 0.0127 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N4 H4A sing . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N4 H4B sing . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 H5 sing . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 H6 sing . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* sing 1.5177 0.0085 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* sing 1.5139 0.0086 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* sing 1.5250 0.0126 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* sing 1.4458 0.0107 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* sing 1.4177 0.0122 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* O3* sing 1.4276 0.0101 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C5* sing 1.5158 0.0282 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* O5* sing 1.4133 0.0358 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* HA1* sing . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* HA2* sing . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* HB2* sing . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* HA3* sing . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* HA4* sing . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HA5* sing . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HB5* sing . . Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* N1 sing 1.4714 0.0141 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C2 121.38 0.82 2.40 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 N3 115.77 1.99 2.33 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 C4 124.27 2.11 2.41 0.04 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 C5 118.03 1.57 2.37 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 C6 118.65 0.86 2.37 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 N1 121.81 0.84 2.37 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 O2 122.57 1.72 2.28 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C2 O2 121.64 0.79 2.26 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 N4 119.01 0.99 2.30 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C4 N4 122.95 1.23 2.40 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* C3* 102.17 1.20 2.36 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* C4* 103.13 0.98 2.38 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* O4* 105.99 0.69 2.37 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* C1* 109.90 0.81 2.34 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* C2* 105.99 0.96 2.35 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* O3* 109.67 2.25 2.41 0.03 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C3* O3* 110.06 2.19 2.42 0.03 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* C3* 114.33 1.87 2.55 0.03 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* O4* 109.15 1.77 2.41 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* C5* C4* 109.98 2.10 2.40 0.04 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C1* O4* 108.15 0.62 2.3400 0.0100 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C1* C2* 114.36 1.32 2.5100 0.0100 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N1 C1* 117.91 1.44 2.4400 0.030 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C1* 120.52 1.29 2.4800 0.0300 # loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C2-N3-C4 N1 C2 N3 C4 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-C5 C2 N3 C4 C5 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C6 N3 C4 C5 C6 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-C6-N1 C4 C5 C6 N1 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-C6-N1-C2 C5 C6 N1 C2 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N3 C6 N1 C2 N3 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-O2 C6 N1 C2 O2 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-N3-C2-O2 C4 N3 C2 O2 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-N4 C2 N3 C4 N4 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-C5-C4-N4 C6 C5 C4 N4 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* C4* O4* C1* C2* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* O4* C1* C2* C3* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* C1* C2* C3* C4* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* C2* C3* C4* O4* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* C3* C4* O4* C1* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* C2* C3* C4* C5* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* C3* C4* C5* O5* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* O3* C3* C4* C5* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* O4* C4* C3* O3* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* O4* C4* C5* O5* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* C5* C4* O4* C1* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* C1* C2* C3* O3* Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc chi_anti_C2endo_pyrimidine O4* C1* N1 C2 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C2-N3-C4 1.42 2.24 2.74 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-C5 358.63 2.10 2.79 0.03 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.80 2.11 2.69 0.03 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-C6-N1 359.60 1.10 2.74 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-C6-N1-C2 0.48 1.66 2.79 0.03 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N3 359.07 2.58 2.69 0.03 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-O2 178.69 2.43 3.51 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-N3-C2-O2 181.78 2.33 3.51 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-N4 178.99 2.06 3.59 0.03 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-C5-C4-N4 180.44 2.01 3.59 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 341.21 6.45 2.38 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 32.80 4.56 2.37 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 326.41 3.22 2.34 0.01 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 23.45 4.79 2.35 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 356.93 6.58 2.36 0.02 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 263.15 5.23 3.28 0.07 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 146.20 5.54 3.71 0.05 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 266.50 5.07 3.13 0.07 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 120.54 7.03 3.41 0.05 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 83.64 3.71 2.99 0.06 Cpro_deoxyriboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc chi_anti_C2endo_pyrimidine 237.0 24.3 . . #