################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 19:57:02 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name ;protonated cytidine-5'-phosphate ; _chem_comp.type 'RNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for protonated cytidine-5'-phosphate from subcomponents for protonated base, sugar and phosphate. The sugar is ribose in the C2'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H11 C9 N3 O8 P1 ' _chem_comp.formula_weight 320.20 _chem_comp.number_atoms_all 32 _chem_comp.number_atoms_nh 21 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 ribose_pyrimidine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 0 4.2132 0.0760 0.5473 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 5.4874 0.1427 0.0205 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 1 6.3005 1.1278 0.5300 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 5.9346 1.9845 1.5089 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 4.6233 1.8804 2.0248 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 3.8115 0.9337 1.5340 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2 O base 0 5.8775 -0.6240 -0.8406 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N4 N base 0 6.8018 2.8756 1.9337 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc H4A H base 0 . . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc H4B H base 0 . . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc H5 H base 0 . . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc H6 H base 0 . . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 3.2567 -0.6506 -0.1523 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 3.7224 -1.1880 -1.5019 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 3.5138 0.0305 -2.3954 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 2.2443 0.6494 -1.8204 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 0.9655 0.2733 -2.5309 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* O sugar 0 5.0503 -1.6638 -1.4575 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 4.6020 0.9295 -2.2264 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 2.1695 0.2068 -0.4373 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 0.8398 -1.1563 -2.6525 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HAO2* H sugar 0 . . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 2.0296 -2.1217 -2.2165 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 1.5020 -3.4597 -1.8463 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 2.9482 -1.4230 -1.2819 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 2.8039 -2.3044 -3.4704 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.42 0.08 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C2* 4 3 sign -2.51 0.09 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C3* 4 3 sign -2.73 0.05 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 4 C4* 4 3 sign 2.49 0.07 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* 2 2 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 2 3 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* 3 1 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 3 2 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 3 3 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 4 1 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 4 2 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 4 3 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3798 0.0117 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 sing 1.3755 0.0161 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 doub 1.3515 0.0082 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 sing 1.4131 0.0072 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 doub 1.3401 0.0101 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 sing 1.3673 0.0094 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 O2 doub 1.2171 0.0128 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 N4 sing 1.3140 0.0127 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N4 H4A sing . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N4 H4B sing . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 H5 sing . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 H6 sing . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* sing 1.5260 0.0113 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* HA1* sing 1.516 0.008 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* sing 1.5255 0.0110 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HA2* sing 1.516 0.008 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* sing 1.5246 0.0129 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* HA3* sing 1.516 0.008 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* sing 1.4539 0.0076 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* HA4* sing 1.516 0.008 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* sing 1.4135 0.0091 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* O2* sing 1.4113 0.0124 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* HAO2* sing 1.435 0.013 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* O3* sing 1.4216 0.0072 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* sing 1.5106 0.0103 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* O5* sing 1.4403 0.0086 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HA5* sing 1.516 0.008 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HB5* sing 1.516 0.008 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O1P doub 1.485 0.017 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O2P sing 1.485 0.017 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O sing 1.485 0.017 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* N1 sing 1.3903 0.0261 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* sing 1.593 0.010 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 121.38 0.82 2.40 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 115.77 1.99 2.33 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 124.27 2.11 2.41 0.04 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 118.03 1.57 2.37 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 118.65 0.86 2.37 0.01 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 121.81 0.84 2.37 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 O2 122.57 1.72 2.28 0.01 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C2 O2 121.64 0.79 2.26 0.01 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 N4 119.01 0.99 2.30 0.01 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C4 N4 122.95 1.23 2.40 0.01 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* 101.27 0.95 2.36 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* 102.50 0.75 2.38 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* 106.07 0.61 2.38 0.01 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* 109.60 0.69 2.34 0.01 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* 105.67 0.83 2.34 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* O2* 112.23 2.08 2.44 0.03 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C2* O2* 114.61 1.81 2.47 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* O3* 109.34 2.28 2.41 0.03 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C3* O3* 109.56 1.96 2.41 0.03 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* C3* 115.27 1.39 2.56 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* 109.16 1.17 2.42 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* C5* C4* 111.20 1.95 2.42 0.03 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O2P 119.6 1.5 . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O 108.3 3.2 . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O 107.3 3.2 . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* O4* 108.35 0.84 2.3300 0.0100 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* C2* 115.33 2.12 2.5200 0.0200 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N1 C1* 118.88 1.17 2.4500 0.0200 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C1* 119.83 0.89 2.4700 0.0200 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* C5* 120.9 1.6 . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O5* 110.7 1.2 . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O5* 110.7 1.2 . . Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O P O5* 104.0 1.9 . . # loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C2-N3-C4 N1 C2 N3 C4 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-C5 C2 N3 C4 C5 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C6 N3 C4 C5 C6 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-C6-N1 C4 C5 C6 N1 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-C6-N1-C2 C5 C6 N1 C2 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-N3 C6 N1 C2 N3 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-O2 C6 N1 C2 O2 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-N3-C2-O2 C4 N3 C2 O2 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-N4 C2 N3 C4 N4 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-C5-C4-N4 C6 C5 C4 N4 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* C4* O4* C1* C2* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* O4* C1* C2* C3* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* C1* C2* C3* C4* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* C2* C3* C4* O4* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* C3* C4* O4* C1* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* C2* C3* C4* C5* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* C3* C4* C5* O5* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* O3* C3* C4* C5* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* O4* C4* C3* O3* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* O4* C4* C5* O5* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* C5* C4* O4* C1* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* C1* C2* C3* O3* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* O3* C3* C2* O2* Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc chi_anti_C2endo_pyrimidine O4* C1* N1 C2 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C2-N3-C4 1.42 2.24 2.74 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-C5 358.63 2.10 2.79 0.03 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.80 2.11 2.69 0.03 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-C6-N1 359.60 1.10 2.74 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-C6-N1-C2 0.48 1.66 2.79 0.03 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-N3 359.07 2.58 2.69 0.03 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-O2 178.69 2.43 3.51 0.01 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-N3-C2-O2 181.78 2.33 3.51 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-N4 178.99 2.06 3.59 0.03 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-C5-C4-N4 180.44 2.01 3.59 0.01 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 338.59 5.62 2.38 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 35.91 3.42 2.38 0.01 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 324.07 2.42 2.34 0.01 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 24.52 4.40 2.34 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 357.83 6.08 2.36 0.02 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 263.59 4.21 3.28 0.06 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 147.56 4.89 3.71 0.04 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 268.49 5.15 3.10 0.06 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 122.63 6.13 3.42 0.05 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 80.26 3.14 2.94 0.06 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* 319.19 3.93 2.74 0.05 Cpro_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc chi_anti_C2endo_pyrimidine 237.0 24.3 . . #