################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 18:55:04 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name '2'-deoxyguanosine-5'-phosphate' _chem_comp.type 'DNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for 2'-deoxyguanosine-5'-phosphate from subcomponents for base, sugar and phosphate. The sugar is deoxyribose in the C2'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H10 C10 N5 O7 P1 ' _chem_comp.formula_weight 343.22 _chem_comp.number_atoms_all 33 _chem_comp.number_atoms_nh 23 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 all_ribose_purine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 0 6.3172 6.5940 2.8379 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 6.0083 5.6152 1.9283 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 0 4.9791 4.7926 2.0491 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 4.2617 5.0429 3.1667 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 4.4828 6.0006 4.1348 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 5.5972 6.8650 3.9974 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 N base 0 3.4550 6.0045 5.0654 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 C base 0 2.6437 5.0664 4.6565 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 N base 0 3.0746 4.4398 3.5126 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N2 N base 0 6.8247 5.5163 0.8699 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O6 O base 0 5.9630 7.7729 4.7552 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc H8 H base 0 . . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2 H base 0 . . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HB2 H base 0 . . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 2.5971 3.1643 2.9949 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 3.4747 2.5645 1.9118 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 2.9344 3.2213 0.6598 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 1.4470 3.3739 0.9603 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 0.5770 2.2675 0.3972 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 3.5351 4.5053 0.4910 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 1.3276 3.3803 2.4014 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 1.0885 0.9879 0.8072 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HB2* H sugar 0 . . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 0.9474 0.5000 2.3171 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 1.6437 1.4401 3.2318 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 -0.4575 0.1164 2.6083 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 1.7203 -0.7676 2.3442 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.43 0.07 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C3* 4 3 sign -2.69 0.07 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C4* 4 3 sign 2.52 0.11 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 2 2 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 2 3 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 3 1 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 3 2 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 3 3 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3717 0.0089 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 doub 1.3232 0.0096 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 sing 1.3512 0.0084 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 doub 1.3792 0.0073 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 sing 1.4166 0.0092 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 sing 1.3916 0.0081 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 N7 sing 1.3867 0.0067 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 C8 doub 1.3063 0.0077 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 N9 sing 1.3736 0.0082 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 C4 sing 1.3751 0.0083 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N2 sing 1.3403 0.0096 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 O6 doub 1.2379 0.0090 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 H8 sing . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N2 HA2 sing . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N2 HB2 sing . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* sing 1.5177 0.0085 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* sing 1.5139 0.0086 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* sing 1.5250 0.0126 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* sing 1.4458 0.0107 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* sing 1.4177 0.0122 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* O3* sing 1.4276 0.0101 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C5* sing 1.5158 0.0282 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* O5* sing 1.4377 0.0104 G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* HA1* sing . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HA2* sing . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HB2* sing . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* HA3* sing . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* HA4* sing . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HA5* sing . . G_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HB5* sing . . 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