################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 18:42:37 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc # _chem_comp.id G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc _chem_comp.name guanosine _chem_comp.type 'RNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for guanosine from subcomponents for base and sugar. The sugar is ribose in the C2'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H10 C10 N5 O5 ' _chem_comp.formula_weight 280.23 _chem_comp.number_atoms_all 30 _chem_comp.number_atoms_nh 20 # _chem_comp_link.link_id all_ribose_purine _chem_comp_link.type_comp_1 sugar _chem_comp_link.type_comp_2 base # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 N base 0 6.3172 6.5940 2.8379 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 C base 0 6.3860 6.9820 1.5246 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 N base 0 6.0856 6.1944 0.5053 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C base 0 5.6882 4.9689 0.9140 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C base 0 5.5796 4.4841 2.2014 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 C base 0 5.9189 5.3366 3.2812 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N7 N base 0 4.9995 3.2245 2.2039 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C8 C base 0 4.7713 2.9695 0.9435 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N9 N base 0 5.1686 3.9838 0.1072 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N2 N base 0 6.7904 8.2405 1.3028 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O6 O base 0 5.8929 5.0876 4.4935 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc H8 H base 0 . . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA2 H base 0 . . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HB2 H base 0 . . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C sugar 0 5.3213 3.8841 -1.3382 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C sugar 0 6.0161 2.6095 -1.8076 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C sugar 0 5.4698 2.4774 -3.2255 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C sugar 0 4.0364 2.9762 -3.0766 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C sugar 0 2.9944 1.8989 -2.8887 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* O sugar 0 7.4218 2.7068 -1.7262 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* O sugar 0 6.1900 3.3464 -4.0899 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* O sugar 0 4.0316 3.8520 -1.9159 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* O sugar 0 3.3449 1.0244 -1.8226 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HAO2* H sugar 0 . . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.42 0.08 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 2 C2* 4 3 sign -2.51 0.09 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 3 C3* 4 3 sign -2.73 0.05 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc 4 C4* 4 3 sign 2.49 0.07 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 1 2 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 1 3 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N 2 1 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* 2 2 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* 2 3 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* 3 1 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 3 2 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* 3 3 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* 4 1 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* 4 2 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 4 3 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 sing 1.3717 0.0089 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 doub 1.3232 0.0096 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 sing 1.3512 0.0084 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 doub 1.3792 0.0073 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 sing 1.4166 0.0092 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 sing 1.3916 0.0081 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 N7 sing 1.3867 0.0067 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N7 C8 doub 1.3063 0.0077 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C8 N9 sing 1.3736 0.0082 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N9 C4 sing 1.3751 0.0083 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N2 sing 1.3403 0.0096 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 O6 doub 1.2379 0.0090 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C8 H8 sing . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N2 HA2 sing . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N2 HB2 sing . . G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* sing 1.5260 0.0113 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* HA1* sing 1.516 0.008 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* sing 1.5255 0.0110 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* HA2* sing 1.516 0.008 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* sing 1.5246 0.0129 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* HA3* sing 1.516 0.008 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* sing 1.4539 0.0076 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* HA4* sing 1.516 0.008 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* sing 1.4135 0.0091 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* O2* sing 1.4113 0.0124 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* HAO2* sing 1.435 0.013 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* O3* sing 1.4216 0.0072 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* sing 1.5106 0.0103 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* O5* sing 1.4228 0.0149 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HA5* sing 1.516 0.008 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HB5* sing 1.516 0.008 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* N9 sing 1.4569 0.0098 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C2 125.09 0.66 2.45 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 N3 123.93 0.56 2.38 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 C4 111.87 0.61 2.22 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 C5 128.61 0.66 2.46 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 C6 118.80 0.68 2.41 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 N1 111.60 0.61 2.32 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 N7 110.76 0.51 2.28 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 N7 C8 104.36 0.59 2.13 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N7 C8 N9 113.12 0.67 2.24 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C8 N9 C4 106.33 0.49 2.20 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N9 C4 C5 105.41 0.42 2.19 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 N9 125.96 0.79 2.43 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 C5 N7 130.42 0.66 2.54 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 N2 116.07 0.91 2.30 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 C2 N2 143.71 0.76 3.62 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C6 O6 120.01 0.73 2.28 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 O6 128.36 0.66 2.39 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* C3* 101.27 0.95 2.36 0.02 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* C4* 102.50 0.75 2.38 0.02 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* O4* 106.07 0.61 2.38 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* C1* 109.60 0.69 2.34 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* C2* 105.67 0.83 2.34 0.02 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* O2* 112.23 2.08 2.44 0.03 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C2* O2* 114.61 1.81 2.47 0.02 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* O3* 109.34 2.28 2.41 0.03 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C3* O3* 109.56 1.96 2.41 0.03 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* C3* 115.27 1.39 2.56 0.02 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* O4* 109.16 1.17 2.42 0.02 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* C5* C4* 111.20 1.95 2.42 0.03 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 N9 C1* 126.92 1.4496 2.536 0.018 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C8 N9 C1* 126.41 1.8 2.528 0.019 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N9 C1* C2* 114.24 1.4 2.506 0.018 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N9 C1* O4* 108.12 0.9 2.325 0.011 # loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C2-N3-C4 N1 C2 N3 C4 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-C5 C2 N3 C4 C5 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C6 N3 C4 C5 C6 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-C6-N1 C4 C5 C6 N1 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-C6-N1-C2 C5 C6 N1 C2 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N3 C6 N1 C2 N3 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N9-C4-C5-N7 N9 C4 C5 N7 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-N7-C8 C4 C5 N7 C8 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-N7-C8-N9 C5 N7 C8 N9 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N7-C8-N9-C4 N7 C8 N9 C4 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C8-N9-C4-C5 C8 N9 C4 C5 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N2 C6 N1 C2 N2 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N1-C6-O6 C2 N1 C6 O6 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* C4* O4* C1* C2* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* O4* C1* C2* C3* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* C1* C2* C3* C4* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* C2* C3* C4* O4* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* C3* C4* O4* C1* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* C2* C3* C4* C5* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* C3* C4* C5* O5* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* O3* C3* C4* C5* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* O4* C4* C3* O3* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* O4* C4* C5* O5* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* C5* C4* O4* C1* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* C1* C2* C3* O3* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* O3* C3* C2* O2* G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc chi_anti_C2endo_purine O4* C1* N9 C4 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C2-N3-C4 0.69 1.98 2.60 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-C5 359.60 1.63 2.71 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C6 359.84 1.97 2.91 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-C6-N1 0.43 1.95 2.60 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-C6-N1-C2 359.81 2.66 2.71 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N3 359.56 3.03 2.91 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N9-C4-C5-N7 359.75 1.10 2.24 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-N7-C8 0.08 0.93 2.20 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-N7-C8-N9 0.13 0.75 2.19 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc N7-C8-N9-C4 359.71 0.86 2.28 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C8-N9-C4-C5 0.31 1.00 2.13 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N2 179.75 2.47 3.62 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N1-C6-O6 179.98 2.41 3.56 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 338.59 5.62 2.38 0.02 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 35.91 3.42 2.38 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 324.07 2.42 2.34 0.01 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 24.52 4.40 2.34 0.02 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 357.83 6.08 2.36 0.02 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 263.59 4.21 3.28 0.06 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 147.56 4.89 3.71 0.04 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 268.49 5.15 3.10 0.06 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 122.63 6.13 3.42 0.05 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 80.26 3.14 2.94 0.06 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* 319.19 3.93 2.74 0.05 G_riboseC2endo_O3H_O5H_anti_+sc chi_anti_C2endo_purine 237.0 24.3 . . #