################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 18:38:19 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name 'guanosine-5'-phosphate' _chem_comp.type 'RNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for guanosine-5'-phosphate from subcomponents for base, sugar and phosphate. The sugar is ribose in the C3'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H10 C10 N5 O8 P1 ' _chem_comp.formula_weight 359.22 _chem_comp.number_atoms_all 34 _chem_comp.number_atoms_nh 24 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 all_ribose_purine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 0 6.3172 6.5940 2.8379 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 5.4452 7.2958 2.0460 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 0 4.3666 6.7701 1.4895 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 4.2207 5.4646 1.8065 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 5.0329 4.6737 2.5928 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 6.1908 5.2491 3.1715 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 N base 0 4.6013 3.3561 2.5744 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 C base 0 3.5562 3.3680 1.7917 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 N base 0 3.2718 4.6141 1.2888 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N2 N base 0 5.7399 8.5883 1.8477 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O6 O base 0 7.0368 4.7091 3.8962 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H8 H base 0 . . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2 H base 0 . . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB2 H base 0 . . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 2.0231 5.0444 0.6393 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 2.2509 5.6056 -0.7656 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 2.0405 4.3558 -1.6172 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 0.9172 3.6476 -0.8785 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 0.8284 2.1602 -1.1001 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* O sugar 0 1.2329 6.5588 -1.0337 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 1.7130 4.6360 -2.9631 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 1.1848 3.9199 0.5192 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 2.1144 1.5448 -0.8703 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HAO2* H sugar 0 . . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 2.2353 -0.0133 -0.5612 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 3.6109 -0.3471 -0.1123 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 1.0787 -0.4719 0.2496 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 2.0615 -0.6445 -1.8939 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.46 0.06 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C2* 4 3 sign -2.78 0.05 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C3* 4 3 sign -2.50 0.08 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 4 C4* 4 3 sign 2.49 0.06 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* 2 2 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 2 3 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* 3 1 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 3 2 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 3 3 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 4 1 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 4 2 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 4 3 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3717 0.0089 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 doub 1.3232 0.0096 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 sing 1.3512 0.0084 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 doub 1.3792 0.0073 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 sing 1.4166 0.0092 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 sing 1.3916 0.0081 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 N7 sing 1.3867 0.0067 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N7 C8 doub 1.3063 0.0077 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 N9 sing 1.3736 0.0082 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N9 C4 sing 1.3751 0.0083 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N2 sing 1.3403 0.0096 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 O6 doub 1.2379 0.0090 G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C8 H8 sing . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N2 HA2 sing . . G_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N2 HB2 sing . . 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