################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 21:08:51 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name '2'-deoxythymidine-5'-phosphate' _chem_comp.type 'DNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for 2'-deoxythymidine-5'-phosphate from subcomponents for base, sugar and phosphate. The sugar is deoxyribose in the C3'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H12 C10 N2 O8 P1 ' _chem_comp.formula_weight 319.21 _chem_comp.number_atoms_all 33 _chem_comp.number_atoms_nh 21 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 deoxyribose_pyrimidine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 0 0.7932 1.5843 3.7985 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 -0.2882 1.2143 3.0279 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 0 -0.9710 0.1137 3.4854 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 -0.7010 -0.6269 4.6191 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 0.4300 -0.1734 5.3925 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 1.1068 0.8949 4.9526 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2 O base 0 -0.6065 1.7970 2.0056 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4 O base 0 -1.4113 -1.5876 4.9035 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M C base 0 0.7981 -0.9110 6.6431 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H3 H base 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H6 H base 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HC5MA H base 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HC5MB H base 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HC5MC H base 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 1.7980 2.4820 3.1516 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 2.2251 1.9620 1.7876 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 3.7337 2.1530 1.8001 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 4.0746 1.9264 3.2633 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 5.3428 2.5847 3.7598 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 4.3873 1.2450 0.9290 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 2.9393 2.4646 3.9841 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 5.4106 3.9741 3.3967 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB2* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 6.7679 4.6040 2.8490 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 6.6497 4.9110 1.4009 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 7.2621 5.6545 3.7739 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 7.7389 3.4868 2.9665 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.49 0.03 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C3* 4 3 sign -2.51 0.10 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C4* 4 3 sign 2.50 0.04 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 2 2 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 2 3 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 3 1 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 3 2 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 3 3 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3773 0.0086 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 sing 1.3734 0.0079 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 sing 1.3821 0.0084 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 sing 1.4446 0.0088 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 doub 1.3390 0.0064 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 sing 1.3796 0.0072 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 O2 doub 1.2190 0.0079 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 O4 doub 1.2282 0.0090 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C5M sing 1.4977 0.0071 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 H3 sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 H6 sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M HC5MA sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M HC5MB sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M HC5MC sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* sing 1.5192 0.0069 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* sing 1.5186 0.0110 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* sing 1.5212 0.0081 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* sing 1.4492 0.0060 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* sing 1.4123 0.0065 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* O3* sing 1.4178 0.0067 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C5* sing 1.5120 0.0117 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* O5* sing 1.4379 0.0099 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* HA1* sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HA2* sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HB2* sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* HA3* sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* HA4* sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HA5* sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HB5* sing . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O1P doub 1.485 0.017 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O2P sing 1.485 0.017 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O sing 1.485 0.017 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* N1 sing 1.4947 0.0031 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* sing 1.593 0.010 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 121.22 0.51 2.40 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 114.54 0.59 2.31 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 127.22 0.53 2.47 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 115.18 0.61 2.39 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 118.08 0.51 2.39 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 123.63 0.56 2.40 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 O2 123.17 0.83 2.28 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C2 O2 122.28 0.63 2.27 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 O4 119.75 0.65 2.26 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C4 O4 125.07 0.74 2.37 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C5M 118.99 0.57 2.54 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C5 C5M 122.91 0.60 2.49 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* 102.80 0.51 2.37 0.02 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* 102.26 0.57 2.37 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* 104.79 0.66 2.35 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* 110.21 0.61 2.35 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* 107.01 0.63 2.36 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* O3* 112.71 2.71 2.44 0.04 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C3* O3* 112.97 1.78 2.45 0.03 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* C3* 115.64 1.14 2.57 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* 109.36 0.32 2.42 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* C5* C4* 111.28 1.54 2.42 0.02 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O2P 119.6 1.5 . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O 108.3 3.2 . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O 107.3 3.2 . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* O4* 107.96 1.21 2.3500 0.0200 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* C2* 112.66 1.14 2.5100 0.0200 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N1 C1* 117.52 0.61 2.4700 0.0200 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C1* 122.20 0.67 2.5000 0.0000 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* C5* 120.9 1.6 . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O5* 110.7 1.2 . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O5* 110.7 1.2 . . T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O P O5* 104.0 1.9 . . # loop_ _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 N1-C2-N3-C4 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 C4 C2-N3-C4-C5 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 C5 N3-C4-C5-C6 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 C6 C4-C5-C6-N1 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 N1 C5-C6-N1-C2 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 C2 C6-N1-C2-N3 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 N3 C6-N1-C2-O2 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 O2 C4-N3-C2-O2 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 N3 C2 O2 C2-N3-C4-O4 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 O4 C6-C5-C4-O4 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C5 C4 O4 O4-C4-C5-C5M T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4 C4 C5 C5M N3-C4-C5-C5M T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 C5M N1-C6-C5-C5M T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C6 C5 C5M C4*-O4*-C1*-C2* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* C2* O4*-C1*-C2*-C3* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* C3* C1*-C2*-C3*-C4* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* C4* C2*-C3*-C4*-O4* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* O4* C3*-C4*-O4*-C1* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* C1* C2*-C3*-C4*-C5* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* C5* C3*-C4*-C5*-O5* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* C5* O5* O3*-C3*-C4*-C5* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* C3* C4* C5* O4*-C4*-C3*-O3* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C4* C3* O3* O4*-C4*-C5*-O5* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C4* C5* O5* C5*-C4*-O4*-C1* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* C1* C1*-C2*-C3*-O3* T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* O3* chi_anti_C3endo_pyrimidine T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* N1 C2 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C2-N3-C4 359.98 2.89 2.79 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-C5 359.70 3.25 2.84 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.30 2.52 2.66 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-C6-N1 359.99 1.37 2.79 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-C6-N1-C2 359.67 2.27 2.84 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-N3 0.33 2.74 2.66 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-O2 180.25 2.64 3.53 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-N3-C2-O2 180.07 2.74 3.57 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-O4 179.80 2.86 3.55 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-C5-C4-O4 180.19 2.21 3.54 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4-C4-C5-C5M 0.26 2.16 2.89 0.02 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C5M 180.37 2.35 3.76 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C6-C5-C5M 179.92 1.53 3.78 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 4.17 7.07 2.37 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 335.52 5.35 2.35 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 34.16 2.49 2.35 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 327.62 3.09 2.36 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 18.00 6.18 2.37 0.02 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 207.16 3.23 3.73 0.01 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 85.70 4.91 3.28 0.06 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 206.16 5.02 3.59 0.02 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 142.55 6.60 3.57 0.03 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 155.80 4.77 3.63 0.02 T_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc chi_anti_C3endo_pyrimidine 193.3 14.0 ? . #