################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 20:49:52 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc # _chem_comp.id T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc _chem_comp.name thymidine _chem_comp.type 'RNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for thymidine from subcomponents for base and sugar. The sugar is ribose in the C3'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H12 C10 N2 O6 ' _chem_comp.formula_weight 256.22 _chem_comp.number_atoms_all 30 _chem_comp.number_atoms_nh 18 # _chem_comp_link.link_id ribose_pyrimidine _chem_comp_link.type_comp_1 sugar _chem_comp_link.type_comp_2 base # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 N base 0 0.7932 1.5843 3.7985 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 C base 0 -0.5338 1.2461 3.9482 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 N base 0 -0.7713 -0.1019 4.0615 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C base 0 0.1624 -1.1205 4.0405 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C base 0 1.5327 -0.6949 3.8755 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 C base 0 1.7766 0.6170 3.7646 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O2 O base 0 -1.4317 2.0700 3.9795 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4 O base 0 -0.2050 -2.2866 4.1573 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5M C base 0 2.6142 -1.7301 3.8337 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc H3 H base 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc H6 H base 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HC5MA H base 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HC5MB H base 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HC5MC H base 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C sugar 0 1.0715 3.0001 3.4409 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C sugar 0 0.1920 3.4708 2.2802 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C sugar 0 1.1489 4.4091 1.5481 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C sugar 0 2.4821 3.6982 1.7081 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C sugar 0 3.7062 4.5697 1.5996 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* O sugar 0 -0.1104 2.3460 1.4676 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* O sugar 0 0.8053 4.6237 0.1941 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* O sugar 0 2.4137 3.1108 3.0309 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* O sugar 0 3.5999 5.6884 2.4565 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HAO2* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.46 0.06 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc 2 C2* 4 3 sign -2.78 0.05 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc 3 C3* 4 3 sign -2.50 0.08 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc 4 C4* 4 3 sign 2.49 0.06 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 1 2 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 1 3 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N 2 1 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* 2 2 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* 2 3 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* 3 1 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* 3 2 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* 3 3 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* 4 1 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* 4 2 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* 4 3 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 sing 1.3773 0.0086 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 sing 1.3734 0.0079 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 sing 1.3821 0.0084 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 sing 1.4446 0.0088 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 doub 1.3390 0.0064 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 sing 1.3796 0.0072 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 O2 doub 1.2190 0.0079 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 O4 doub 1.2282 0.0090 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C5M sing 1.4977 0.0071 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 H3 sing . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 H6 sing . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5M HC5MA sing . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5M HC5MB sing . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5M HC5MC sing . . T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* sing 1.5301 0.0131 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* HA1* sing 1.516 0.008 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* sing 1.5271 0.0074 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* HA2* sing 1.516 0.008 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* sing 1.5196 0.0121 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* HA3* sing 1.516 0.008 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* sing 1.4489 0.0094 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* HA4* sing 1.516 0.008 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* sing 1.4076 0.0078 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* O2* sing 1.4201 0.0094 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O2* HAO2* sing 1.435 0.013 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* O3* sing 1.4132 0.0049 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* sing 1.5065 0.0081 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* O5* sing 1.4133 0.0187 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HA5* sing 1.516 0.008 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* HB5* sing 1.516 0.008 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* N1 sing 1.4865 0.0089 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C2 121.22 0.51 2.40 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 N3 114.54 0.59 2.31 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 C4 127.22 0.53 2.47 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 C5 115.18 0.61 2.39 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 C6 118.08 0.51 2.39 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 N1 123.63 0.56 2.40 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 O2 123.17 0.83 2.28 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C2 O2 122.28 0.63 2.27 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 O4 119.75 0.65 2.26 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C4 O4 125.07 0.74 2.37 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 C5M 118.99 0.57 2.54 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 C5 C5M 122.91 0.60 2.49 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* C3* 101.03 0.80 2.36 0.02 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* C4* 102.21 1.01 2.37 0.02 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* O4* 104.10 0.66 2.34 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* C1* 109.97 0.70 2.34 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* C2* 107.59 0.65 2.37 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* O2* 108.24 1.82 2.39 0.03 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C2* O2* 110.24 1.94 2.42 0.03 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* O3* 113.59 1.53 2.46 0.02 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* C3* O3* 112.68 1.76 2.44 0.03 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* C3* 115.79 1.39 2.56 0.02 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* O4* 109.78 1.07 2.42 0.02 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O5* C5* C4* 110.66 2.05 2.41 0.03 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N1 C1* 116.62 0.88 2.4400 0.0200 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C1* 122.40 0.89 2.5000 0.0100 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C1* C2* 111.65 0.94 2.5000 0.0100 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C1* O4* 108.88 0.43 2.3600 0.0100 # loop_ _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 N1-C2-N3-C4 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C2 N3 C4 C2-N3-C4-C5 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 C4 C5 N3-C4-C5-C6 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 C5 C6 C4-C5-C6-N1 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 C5 C6 N1 C5-C6-N1-C2 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5 C6 N1 C2 C6-N1-C2-N3 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C2 N3 C6-N1-C2-O2 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 N1 C2 O2 C4-N3-C2-O2 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4 N3 C2 O2 C2-N3-C4-O4 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2 N3 C4 O4 C6-C5-C4-O4 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6 C5 C4 O4 O4-C4-C5-C5M T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4 C4 C5 C5M N3-C4-C5-C5M T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3 C4 C5 C5M N1-C6-C5-C5M T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1 C6 C5 C5M C4*-O4*-C1*-C2* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4* O4* C1* C2* O4*-C1*-C2*-C3* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* C2* C3* C1*-C2*-C3*-C4* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* C3* C4* C2*-C3*-C4*-O4* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* C4* O4* C3*-C4*-O4*-C1* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* O4* C1* C2*-C3*-C4*-C5* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2* C3* C4* C5* C3*-C4*-C5*-O5* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3* C4* C5* O5* O3*-C3*-C4*-C5* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* C3* C4* C5* O4*-C4*-C3*-O3* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C4* C3* O3* O4*-C4*-C5*-O5* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C4* C5* O5* C5*-C4*-O4*-C1* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5* C4* O4* C1* C1*-C2*-C3*-O3* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1* C2* C3* O3* O3*-C3*-C2*-O2* T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3* C3* C2* O2* chi_anti_C3endo_pyrimidine T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4* C1* N1 C2 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C2-N3-C4 359.98 2.89 2.79 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-C5 359.70 3.25 2.84 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.30 2.52 2.66 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-C5-C6-N1 359.99 1.37 2.79 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5-C6-N1-C2 359.67 2.27 2.84 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-N3 0.33 2.74 2.66 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-N1-C2-O2 180.25 2.64 3.53 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4-N3-C2-O2 180.07 2.74 3.57 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2-N3-C4-O4 179.80 2.86 3.55 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C6-C5-C4-O4 180.19 2.21 3.54 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4-C4-C5-C5M 0.26 2.16 2.89 0.02 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N3-C4-C5-C5M 180.37 2.35 3.76 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc N1-C6-C5-C5M 179.92 1.53 3.78 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 3.53 4.87 2.37 0.02 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 334.37 3.95 2.34 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 36.70 2.48 2.34 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 324.20 2.68 2.37 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 20.45 4.27 2.36 0.02 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 203.61 2.82 3.74 0.01 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 81.27 3.80 3.23 0.03 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 201.87 3.83 3.60 0.02 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 145.01 4.68 3.57 0.02 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 158.39 3.34 3.64 0.02 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* 44.06 3.47 2.77 0.05 T_riboseC3endo_O3H_O5H_anti_+sc chi_anti_C3endo_pyrimidine 193.3 14.0 . . #