################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 21:43:32 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name '2'-deoxyuridine-5'-phosphate' _chem_comp.type 'DNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for 2'-deoxyuridine-5'-phosphate from subcomponents for base, sugar and phosphate. The sugar is deoxyribose in the C3'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H10 C9 N2 O8 P1 ' _chem_comp.formula_weight 305.18 _chem_comp.number_atoms_all 30 _chem_comp.number_atoms_nh 20 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 deoxyribose_pyrimidine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 0 -1.5487 1.1551 4.2340 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 -2.6553 0.4619 3.7859 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 0 -3.5825 0.1559 4.7521 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 -3.5292 0.4877 6.0903 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 -2.3601 1.2153 6.4726 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 -1.4348 1.5156 5.5558 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2 O base 0 -2.7975 0.1273 2.6228 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4 O base 0 -4.4479 0.1487 6.8366 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H3 H base 0 . . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H5 H base 0 . . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H6 H base 0 . . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 -0.3711 1.2087 3.3151 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 0.0004 -0.1664 2.7850 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 1.5189 -0.1431 2.8086 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 1.8106 0.7153 4.0289 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 3.1325 1.4490 4.0113 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 2.0761 -1.4435 2.9004 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 0.7279 1.6770 4.0690 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 3.3167 2.1705 2.7814 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB2* H sugar 0 . . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 4.4021 1.6961 1.7162 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 5.5858 2.5927 1.7482 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 4.6054 0.2277 1.8031 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 3.7306 1.9282 0.4121 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.49 0.03 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C3* 4 3 sign -2.51 0.10 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C4* 4 3 sign 2.50 0.04 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 2 2 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 2 3 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 3 1 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 3 2 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 3 3 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3798 0.0096 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 sing 1.3737 0.0081 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 sing 1.3810 0.0102 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 sing 1.4304 0.0098 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 doub 1.3370 0.0090 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 sing 1.3737 0.0088 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 O2 doub 1.2186 0.0081 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 O4 doub 1.2314 0.0113 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 H3 sing . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 H5 sing . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 H6 sing . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* sing 1.5192 0.0069 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* sing 1.5186 0.0110 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* sing 1.5212 0.0081 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* sing 1.4492 0.0060 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* sing 1.4123 0.0065 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* O3* sing 1.4178 0.0067 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C5* sing 1.5120 0.0117 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* O5* sing 1.4379 0.0099 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* HA1* sing . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HA2* sing . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HB2* sing . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* HA3* sing . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* HA4* sing . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HA5* sing . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HB5* sing . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O1P doub 1.485 0.017 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O2P sing 1.485 0.017 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O sing 1.485 0.017 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* N1 sing 1.4947 0.0031 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* sing 1.593 0.010 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 121.03 0.51 2.40 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 114.92 0.70 2.32 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 126.96 0.88 2.46 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 114.50 0.87 2.36 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 119.75 0.74 2.39 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 122.69 0.53 2.38 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 O2 122.86 0.71 2.28 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C2 O2 122.21 0.79 2.27 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 O4 119.48 0.78 2.26 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C4 O4 126.01 0.67 2.37 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* 102.80 0.51 2.37 0.02 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* 102.26 0.57 2.37 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* 104.79 0.66 2.35 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* 110.21 0.61 2.35 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* 107.01 0.63 2.36 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* O3* 112.71 2.71 2.44 0.04 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C3* O3* 112.97 1.78 2.45 0.03 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* C3* 115.64 1.14 2.57 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* 109.36 0.32 2.42 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* C5* C4* 111.28 1.54 2.42 0.02 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O2P 119.6 1.5 . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O 108.3 3.2 . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O 107.3 3.2 . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* O4* 107.96 1.21 2.3500 0.0200 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* C2* 112.66 1.14 2.5100 0.0200 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N1 C1* 117.52 0.61 2.4700 0.0200 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C1* 122.20 0.67 2.5000 0.0000 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* C5* 120.9 1.6 . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O5* 110.7 1.2 . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O5* 110.7 1.2 . . U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O P O5* 104.0 1.9 . . # loop_ _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 N1-C2-N3-C4 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 C4 C2-N3-C4-C5 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 C5 N3-C4-C5-C6 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 C6 C4-C5-C6-N1 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 N1 C5-C6-N1-C2 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 C2 C6-N1-C2-N3 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 N3 C6-N1-C2-O2 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 O2 C4-N3-C2-O2 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 N3 C2 O2 C2-N3-C4-O4 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 O4 C6-C5-C4-O4 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C5 C4 O4 C4*-O4*-C1*-C2* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* C2* O4*-C1*-C2*-C3* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* C3* C1*-C2*-C3*-C4* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* C4* C2*-C3*-C4*-O4* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* O4* C3*-C4*-O4*-C1* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* C1* C2*-C3*-C4*-C5* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* C5* C3*-C4*-C5*-O5* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* C5* O5* O3*-C3*-C4*-C5* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* C3* C4* C5* O4*-C4*-C3*-O3* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C4* C3* O3* O4*-C4*-C5*-O5* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C4* C5* O5* C5*-C4*-O4*-C1* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* C1* C1*-C2*-C3*-O3* U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* O3* chi_anti_C3endo_pyrimidine U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* N1 C2 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C2-N3-C4 0.58 3.18 2.79 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-C5 359.31 2.81 2.81 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.24 2.58 2.67 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-C6-N1 0.28 1.31 2.79 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-C6-N1-C2 359.59 2.42 2.81 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-N3 360.00 3.54 2.67 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-O2 179.92 3.05 3.52 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-N3-C2-O2 180.66 2.90 3.56 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-O4 179.58 2.85 3.55 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-C5-C4-O4 179.95 2.82 3.55 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 4.17 7.07 2.37 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 335.52 5.35 2.35 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 34.16 2.49 2.35 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 327.62 3.09 2.36 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 18.00 6.18 2.37 0.02 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 207.16 3.23 3.73 0.01 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 85.70 4.91 3.28 0.06 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 206.16 5.02 3.59 0.02 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 142.55 6.60 3.57 0.03 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 155.80 4.77 3.63 0.02 U_deoxyriboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc chi_anti_C3endo_pyrimidine 193.3 14.0 ? . #