################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 21:20:57 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name 'uridine-5'-phosphate' _chem_comp.type 'RNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for uridine-5'-phosphate from subcomponents for base, sugar and phosphate. The sugar is ribose in the C2'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H10 C9 N2 O9 P1 ' _chem_comp.formula_weight 321.18 _chem_comp.number_atoms_all 31 _chem_comp.number_atoms_nh 21 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 ribose_pyrimidine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 0 -1.5487 1.1551 4.2340 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 -2.8669 1.5616 4.2744 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 0 -3.7191 0.7039 4.9266 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 -3.3897 -0.4880 5.5408 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 -2.0055 -0.8367 5.4542 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 -1.1548 -0.0250 4.8175 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2 O base 0 -3.2530 2.6019 3.7707 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4 O base 0 -4.2694 -1.1478 6.0950 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc H3 H base 0 . . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc H5 H base 0 . . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc H6 H base 0 . . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 -0.6961 1.7903 3.3365 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 -1.3683 2.7966 2.4075 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 -1.9015 1.8796 1.3113 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 -0.8100 0.8202 1.2050 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 0.2046 1.0446 0.1083 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* O sugar 0 -2.3561 3.5567 3.0695 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 -3.1111 1.2763 1.7516 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 -0.1315 0.8082 2.4911 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 0.7767 2.3649 0.1727 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HAO2* H sugar 0 . . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 0.6295 3.2619 1.4807 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 0.3339 2.4116 2.6616 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 1.7358 4.2494 1.5592 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 -0.5940 4.0602 1.2160 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.42 0.08 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C2* 4 3 sign -2.51 0.09 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C3* 4 3 sign -2.73 0.05 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 4 C4* 4 3 sign 2.49 0.07 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* 2 2 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 2 3 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* 3 1 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 3 2 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 3 3 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 4 1 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 4 2 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 4 3 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3798 0.0096 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 sing 1.3737 0.0081 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 sing 1.3810 0.0102 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 sing 1.4304 0.0098 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 doub 1.3370 0.0090 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 sing 1.3737 0.0088 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 O2 doub 1.2186 0.0081 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 O4 doub 1.2314 0.0113 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 H3 sing . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 H5 sing . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 H6 sing . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* sing 1.5260 0.0113 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* HA1* sing 1.516 0.008 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* sing 1.5255 0.0110 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HA2* sing 1.516 0.008 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* sing 1.5246 0.0129 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* HA3* sing 1.516 0.008 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* sing 1.4539 0.0076 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* HA4* sing 1.516 0.008 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* sing 1.4135 0.0091 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* O2* sing 1.4113 0.0124 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* HAO2* sing 1.435 0.013 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* O3* sing 1.4216 0.0072 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* sing 1.5106 0.0103 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* O5* sing 1.4403 0.0086 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HA5* sing 1.516 0.008 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HB5* sing 1.516 0.008 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O1P doub 1.485 0.017 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O2P sing 1.485 0.017 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O sing 1.485 0.017 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* N1 sing 1.3903 0.0261 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* sing 1.593 0.010 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 121.03 0.51 2.40 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 114.92 0.70 2.32 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 126.96 0.88 2.46 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 114.50 0.87 2.36 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 119.75 0.74 2.39 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 122.69 0.53 2.38 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 O2 122.86 0.71 2.28 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C2 O2 122.21 0.79 2.27 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 O4 119.48 0.78 2.26 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C4 O4 126.01 0.67 2.37 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* 101.27 0.95 2.36 0.02 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* 102.50 0.75 2.38 0.02 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* 106.07 0.61 2.38 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* 109.60 0.69 2.34 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* 105.67 0.83 2.34 0.02 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* O2* 112.23 2.08 2.44 0.03 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C2* O2* 114.61 1.81 2.47 0.02 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* O3* 109.34 2.28 2.41 0.03 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C3* O3* 109.56 1.96 2.41 0.03 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* C3* 115.27 1.39 2.56 0.02 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* 109.16 1.17 2.42 0.02 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* C5* C4* 111.20 1.95 2.42 0.03 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O2P 119.6 1.5 . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O 108.3 3.2 . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O 107.3 3.2 . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* O4* 108.35 0.84 2.3300 0.0100 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* C2* 115.33 2.12 2.5200 0.0200 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N1 C1* 118.88 1.17 2.4500 0.0200 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C1* 119.83 0.89 2.4700 0.0200 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* C5* 120.9 1.6 . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O5* 110.7 1.2 . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O5* 110.7 1.2 . . U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O P O5* 104.0 1.9 . . # loop_ _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 N1-C2-N3-C4 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 C4 C2-N3-C4-C5 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 C5 N3-C4-C5-C6 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 C6 C4-C5-C6-N1 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 N1 C5-C6-N1-C2 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 C2 C6-N1-C2-N3 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 N3 C6-N1-C2-O2 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 O2 C4-N3-C2-O2 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 N3 C2 O2 C2-N3-C4-O4 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 O4 C6-C5-C4-O4 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C5 C4 O4 C4*-O4*-C1*-C2* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* C2* O4*-C1*-C2*-C3* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* C3* C1*-C2*-C3*-C4* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* C4* C2*-C3*-C4*-O4* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* O4* C3*-C4*-O4*-C1* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* C1* C2*-C3*-C4*-C5* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* C5* C3*-C4*-C5*-O5* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* C5* O5* O3*-C3*-C4*-C5* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* C3* C4* C5* O4*-C4*-C3*-O3* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C4* C3* O3* O4*-C4*-C5*-O5* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C4* C5* O5* C5*-C4*-O4*-C1* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* C1* C1*-C2*-C3*-O3* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* O3* O3*-C3*-C2*-O2* U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* C3* C2* O2* chi_anti_C2endo_pyrimidine U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* N1 C2 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C2-N3-C4 0.58 3.18 2.79 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-C5 359.31 2.81 2.81 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.24 2.58 2.67 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-C6-N1 0.28 1.31 2.79 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-C6-N1-C2 359.59 2.42 2.81 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-N3 360.00 3.54 2.67 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-O2 179.92 3.05 3.52 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-N3-C2-O2 180.66 2.90 3.56 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-O4 179.58 2.85 3.55 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-C5-C4-O4 179.95 2.82 3.55 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 338.59 5.62 2.38 0.02 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 35.91 3.42 2.38 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 324.07 2.42 2.34 0.01 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 24.52 4.40 2.34 0.02 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 357.83 6.08 2.36 0.02 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 263.59 4.21 3.28 0.06 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 147.56 4.89 3.71 0.04 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 268.49 5.15 3.10 0.06 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 122.63 6.13 3.42 0.05 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 80.26 3.14 2.94 0.06 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C2*-O2* 319.19 3.93 2.74 0.05 U_riboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc chi_anti_C2endo_pyrimidine 237.0 24.3 . . #