<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE rnaml SYSTEM "rnaml.dtd">

<rnaml version="1.0">

   <molecule id="1">
      <sequence>
         <numbering-system id="1" used-in-file="false">
            <numbering-range>
               <start>1</start>
               <end>12</end>
            </numbering-range>
         </numbering-system>
         <numbering-table length="12" comment="sequence number in pdb file">
            1    2    3    4    5    6    7    8    9   10 
           11   12 
         </numbering-table>
         <seq-data>
            CGCAAAUUUG CG
         </seq-data>
      </sequence>
      <structure>
         <model id="?">
            <model-info>
               <method>Crystallography ?</method>
               <resolution>? Angstroms</resolution>
            </model-info>
            <base>
               <position>1</position>
               <base-type>C</base-type>
               <atom serial="6">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>10.795 -8.696 -10.135</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>2</position>
               <base-type>G</base-type>
               <atom serial="21">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>9.927 -9.281 -8.901</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="29">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>11.709 -11.261 -4.363</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>3</position>
               <base-type>C</base-type>
               <atom serial="46">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>10.626 -11.377 -3.168</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="54">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>11.480 -10.547 1.940</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>4</position>
               <base-type>A</base-type>
               <atom serial="68">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>10.118 -10.444 2.804</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="76">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>9.125 -7.346 6.901</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>5</position>
               <base-type>A</base-type>
               <atom serial="92">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>7.580 -7.124 7.327</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="100">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>5.712 -2.628 9.527</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>6</position>
               <base-type>A</base-type>
               <atom serial="116">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>4.120 -2.381 9.687</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="124">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>1.935 2.530 9.515</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>7</position>
               <base-type>U</base-type>
               <atom serial="140">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>0.325 2.662 9.609</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="148">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-2.632 6.259 7.057</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>8</position>
               <base-type>U</base-type>
               <atom serial="162">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>-4.238 6.096 7.144</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="170">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-7.615 7.307 3.312</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>9</position>
               <base-type>U</base-type>
               <atom serial="184">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>-9.167 6.903 3.515</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="192">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-12.436 5.338 -0.298</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>10</position>
               <base-type>G</base-type>
               <atom serial="206">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>-13.828 4.704 0.222</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="214">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-16.364 0.635 -1.793</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>11</position>
               <base-type>C</base-type>
               <atom serial="231">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>-17.534 0.001 -0.876</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="239">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-18.871 -5.047 -0.606</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>12</position>
               <base-type>G</base-type>
               <atom serial="253">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>-19.902 -5.367 0.595</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="261">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-20.043 -9.483 3.696</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <str-annotation>
            </str-annotation>
            <secondary-structure-display comment="x,y coodinates">
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>1</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 0.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>2</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 50.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>3</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 100.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>4</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 150.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>5</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 200.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>6</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 250.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>7</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 300.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>8</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 350.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>9</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 400.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>10</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 450.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>11</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 500.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>12</position></base-id>
                  <coordinates>0.000 550.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
            </secondary-structure-display>
         </model>
      </structure>
   </molecule>

   <molecule id="2">
      <sequence>
         <numbering-system id="2" used-in-file="false">
            <numbering-range>
               <start>1</start>
               <end>12</end>
            </numbering-range>
         </numbering-system>
         <numbering-table length="12" comment="sequence number in pdb file">
            1    2    3    4    5    6    7    8 
            9   10   11   12 
         </numbering-table>
         <seq-data>
            CGCAAAUU UGCG
         </seq-data>
      </sequence>
      <structure>
         <model id="?">
            <model-info>
               <method>Crystallography ?</method>
               <resolution>? Angstroms</resolution>
            </model-info>
            <base>
               <position>1</position>
               <base-type>C</base-type>
               <atom serial="284">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-6.579 -11.193 11.332</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>2</position>
               <base-type>G</base-type>
               <atom serial="299">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>-5.655 -11.456 10.032</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="307">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-7.080 -13.267 5.326</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>3</position>
               <base-type>C</base-type>
               <atom serial="324">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>-6.100 -12.965 4.075</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="332">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-7.636 -12.143 -0.909</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>4</position>
               <base-type>A</base-type>
               <atom serial="346">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>-6.459 -11.639 -1.898</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="354">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-6.870 -8.292 -5.910</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>5</position>
               <base-type>A</base-type>
               <atom serial="370">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>-5.475 -7.716 -6.490</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="378">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-4.793 -2.761 -8.436</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>6</position>
               <base-type>A</base-type>
               <atom serial="394">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>-3.317 -2.122 -8.623</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="402">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>-2.404 3.178 -8.022</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>7</position>
               <base-type>U</base-type>
               <atom serial="418">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>-0.890 3.743 -8.070</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="426">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>0.988 7.661 -5.099</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>8</position>
               <base-type>U</base-type>
               <atom serial="440">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>2.546 8.076 -5.069</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="448">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>6.332 8.676 -0.829</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>9</position>
               <base-type>U</base-type>
               <atom serial="462">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>7.943 8.600 -0.876</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="470">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>11.142 7.492 2.990</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>10</position>
               <base-type>G</base-type>
               <atom serial="484">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>12.656 7.240 2.484</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="492">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>16.020 3.851 4.653</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>11</position>
               <base-type>C</base-type>
               <atom serial="509">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>17.398 3.662 3.830</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="517">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>20.174 -0.690 3.169</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <base>
               <position>12</position>
               <base-type>G</base-type>
               <atom serial="531">
                  <atom-type> P  </atom-type>
                     <coordinates>21.329 -0.556 2.049</coordinates>
               </atom>
               <atom serial="539">
                  <atom-type> O3'</atom-type>
                     <coordinates>23.018 -4.168 -1.243</coordinates>
               </atom>
            </base>
            <str-annotation>
            </str-annotation>
            <secondary-structure-display comment="x,y coodinates">
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>1</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 550.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>2</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 500.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>3</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 450.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>4</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 400.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>5</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 350.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>6</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 300.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>7</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 250.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>8</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 200.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>9</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 150.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>10</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 100.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>11</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 50.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
               <ss-base-coord>
                  <base-id><position>12</position></base-id>
                  <coordinates>120.000 0.000</coordinates>
               </ss-base-coord>
            </secondary-structure-display>
         </model>
      </structure>
   </molecule>


   <interactions>
            <str-annotation>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>1</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>12</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>+</edge-5p>
                  <edge-3p>+</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>2</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>11</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>+</edge-5p>
                  <edge-3p>+</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>3</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>10</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>+</edge-5p>
                  <edge-3p>+</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>4</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>9</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>-</edge-5p>
                  <edge-3p>-</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>5</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>8</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>-</edge-5p>
                  <edge-3p>-</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>6</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>7</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>-</edge-5p>
                  <edge-3p>-</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>7</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>6</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>-</edge-5p>
                  <edge-3p>-</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>8</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>5</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>-</edge-5p>
                  <edge-3p>-</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>9</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>4</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>-</edge-5p>
                  <edge-3p>-</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>10</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>3</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>+</edge-5p>
                  <edge-3p>+</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>11</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>2</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>+</edge-5p>
                  <edge-3p>+</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <base-pair comment="?">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>12</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>1</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <edge-5p>+</edge-5p>
                  <edge-3p>+</edge-3p>
                  <bond-orientation>c</bond-orientation>
               </base-pair>
               <helix id="H1">
                  <base-id-5p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="1"/><position>1</position>
                     </base-id>
                  </base-id-5p>
                  <base-id-3p>
                     <base-id>
                        <molecule-id ref="2"/><position>12</position>
                     </base-id>
                  </base-id-3p>
                  <length>12</length>
               </helix>
            </str-annotation>
   </interactions>
</rnaml>
