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As of 24-Sep-2014 number of released structures: 7418
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Nucleic Acid Standards

A Standard Reference Frame for the
Description of Nucleic Acid Base-pair Geometry
Supplementary Material


****************************************************************************

CEHS base-pair parameters

     bp        Shear    Stretch   Stagger    Buckle  Propeller  Opening

    1 G-C      -0.15     -0.15     -0.01    -10.11    -16.05     -2.00

    2 T-A       0.01     -0.10      0.27     -9.07     -4.08      4.57

    3 A-T       0.25     -0.01     -0.03    -30.98     14.20      7.29

    4 T-A      -0.01      0.04     -0.00    -27.23     -6.34      4.39

    5 A-T       0.24      0.06     -0.57     -1.69     -5.26      6.21

    6 T-A      -0.28     -0.05     -0.60      6.33     -2.96      2.80

    7 A-T       0.10     -0.12      0.04     21.93     -9.12      1.42

    8 A-T      -0.17      0.05      0.31     32.05    -16.02      7.91

    9 A-T       0.03     -0.10      0.04      4.50     -1.30      6.12

   10 A-T       0.25     -0.04      0.11      4.53    -10.04     -3.08

   11 C-G       0.17     -0.25      0.19     -0.47    -11.17     -1.29

   12 G-C       0.36     -0.37     -0.15     -0.95     -3.40     -2.55

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.      0.07     -0.09     -0.03     -0.93     -5.96      2.65

      s.d.      0.20      0.13      0.29     17.76      8.00      4.04

****************************************************************************

CEHS base-pair step parameters

    step       Shift     Slide      Rise      Tilt      Roll     Twist

   1 GT/AC      0.60     -1.03      3.34      1.23     -2.59     36.35

   2 TA/TA      0.30     -0.78      4.36     -0.16     47.33     22.40

   3 AT/AT     -1.42     -0.54      3.60      2.13     17.93     16.81

   4 TA/TA      0.07      1.82      2.96      2.02     11.87     22.86

   5 AT/AT     -0.14      0.72      3.58      0.50     29.46      4.59

   6 TA/TA     -0.37      2.02      3.33     -2.67     16.21     22.40

   7 AA/TT      0.70      0.67      3.31      3.18     15.34     22.89

   8 AA/TT      0.71      0.65      4.81      3.09     38.85     18.70

   9 AA/TT     -1.50      0.46      3.43     -2.06      1.73     36.39

  10 AC/GT      0.05     -0.73      3.46     -1.44      2.07     32.83

  11 CG/CG      0.58      0.73      3.41      4.61      4.68     39.61

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.     -0.04      0.36      3.60      0.95     16.63     25.08

      s.d.      0.79      1.03      0.53      2.34     16.04     10.39

****************************************************************************

CompDNA base-pair parameters

     bp        Shear    Stretch   Stagger    Buckle  Propeller  Opening

    1 G-C      -0.15     -0.15     -0.01    -10.01    -16.05     -2.02

    2 T-A       0.01     -0.10      0.27     -9.07     -4.08      4.59

    3 A-T       0.25     -0.01     -0.03    -30.72     14.17      7.75

    4 T-A      -0.01      0.04     -0.00    -27.18     -6.33      4.61

    5 A-T       0.24      0.06     -0.57     -1.68     -5.25      6.21

    6 T-A      -0.28     -0.05     -0.60      6.33     -2.96      2.81

    7 A-T       0.10     -0.12      0.04     21.86     -9.12      1.47

    8 A-T      -0.17      0.06      0.31     31.71    -15.97      8.45

    9 A-T       0.03     -0.10      0.04      4.50     -1.30      6.13

   10 A-T       0.25     -0.04      0.11      4.51    -10.04     -3.08

   11 C-G       0.17     -0.25      0.19     -0.46    -11.17     -1.29

   12 G-C       0.36     -0.37     -0.15     -0.95     -3.40     -2.56

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.      0.07     -0.09     -0.03     -0.93     -5.96      2.76

      s.d.      0.20      0.13      0.29     17.64      7.99      4.16

****************************************************************************

CompDNA base-pair step parameters

    step       Shift     Slide      Rise      Tilt      Roll     Twist

   1 GT/AC      0.60     -1.03      3.34      1.45     -2.74     36.34

   2 TA/TA      0.33     -0.80      4.36     -0.50     46.85     20.71

   3 AT/AT     -1.39     -0.55      3.61      2.77     18.13     16.66

   4 TA/TA      0.08      1.83      2.96      2.08     12.16     22.71

   5 AT/AT     -0.14      0.73      3.57      0.37     29.53      4.40

   6 TA/TA     -0.37      2.02      3.33     -2.63     16.26     22.17

   7 AA/TT      0.68      0.69      3.32      3.51     15.96     22.62

   8 AA/TT      0.69      0.68      4.81      2.30     38.45     17.48

   9 AA/TT     -1.50      0.46      3.43     -2.23      1.61     36.39

  10 AC/GT      0.05     -0.73      3.46     -1.37      2.05     32.83

  11 CG/CG      0.58      0.72      3.41      4.63      4.65     39.61

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.     -0.04      0.37      3.60      0.94     16.63     24.72

      s.d.      0.78      1.03      0.53      2.40     15.92     10.58

****************************************************************************

Curves base-pair parameters (by Xiang-Jun Lu)

     bp        Shear    Stretch   Stagger    Buckle  Propeller  Opening

    1 G-C      -0.15     -0.14     -0.01    -10.31    -15.92     -2.03

    2 T-A       0.01     -0.10      0.27     -9.08     -4.05      4.58

    3 A-T       0.25     -0.00     -0.03    -31.40     13.15      7.53

    4 T-A      -0.01      0.04     -0.00    -27.30     -5.98      4.48

    5 A-T       0.24      0.06     -0.57     -1.69     -5.25      6.22

    6 T-A      -0.28     -0.05     -0.61      6.34     -2.95      2.80

    7 A-T       0.10     -0.11      0.04     22.06     -8.79      1.45

    8 A-T      -0.18      0.05      0.32     32.60    -14.75      8.20

    9 A-T       0.03     -0.10      0.04      4.50     -1.29      6.12

   10 A-T       0.25     -0.04      0.11      4.56    -10.02     -3.09

   11 C-G       0.17     -0.25      0.19     -0.47    -11.17     -1.29

   12 G-C       0.36     -0.37     -0.15     -0.95     -3.40     -2.56

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.      0.07     -0.08     -0.03     -0.93     -5.87      2.70

      s.d.      0.20      0.13      0.29     17.95      7.60      4.11

****************************************************************************

Curves base-pair step parameters

    step       Shift     Slide      Rise      Tilt      Roll     Twist

   1 GT/AC      0.59     -1.03      3.34      1.43     -2.75     35.80

   2 TA/TA      0.34     -0.79      4.75     -1.47     46.83     20.47

   3 AT/AT     -1.39     -0.56      3.66      2.69     18.14     19.50

   4 TA/TA      0.09      1.83      2.97      2.20     12.14     22.13

   5 AT/AT     -0.14      0.73      3.70      0.40     29.53      4.43

   6 TA/TA     -0.39      2.02      3.36     -2.85     16.22     21.60

   7 AA/TT      0.66      0.70      3.35      3.17     16.04     21.49

   8 AA/TT      0.68      0.69      5.10      1.91     38.48     20.67

   9 AA/TT     -1.50      0.46      3.43     -2.23      1.61     36.21

  10 AC/GT      0.05     -0.73      3.46     -1.37      2.05     33.06

  11 CG/CG      0.58      0.72      3.41      4.64      4.64     39.60

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.     -0.04      0.37      3.69      0.78     16.63     25.00

      s.d.      0.78      1.04      0.65      2.45     15.93     10.22

****************************************************************************

FreeHelix base-pair parameters (by Xiang-Jun Lu)

     bp        Shear    Stretch   Stagger    Buckle  Propeller  Opening

    1 G-C      -0.15     -0.15     -0.01    -10.11    -16.11     -2.02

    2 T-A       0.01     -0.10      0.27     -9.07     -4.09      4.59

    3 A-T       0.25     -0.01     -0.03    -30.96     14.70      7.75

    4 T-A      -0.01      0.04     -0.00    -27.23     -6.51      4.61

    5 A-T       0.24      0.06     -0.57     -1.69     -5.25      6.21

    6 T-A      -0.28     -0.05     -0.60      6.33     -2.96      2.81

    7 A-T       0.10     -0.12      0.04     21.93     -9.29      1.47

    8 A-T      -0.17      0.06      0.31     32.03    -16.62      8.45

    9 A-T       0.03     -0.10      0.04      4.50     -1.30      6.13

   10 A-T       0.25     -0.04      0.11      4.53    -10.05     -3.08

   11 C-G       0.17     -0.25      0.19     -0.47    -11.17     -1.29

   12 G-C       0.36     -0.37     -0.15     -0.95     -3.40     -2.56

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.      0.07     -0.09     -0.03     -0.93     -6.01      2.76

      s.d.      0.20      0.13      0.29     17.75      8.20      4.16

****************************************************************************

FreeHelix base-pair step parameters

    step       Shift     Slide      Rise      Tilt      Roll     Twist

   1 GT/AC      0.60     -1.03      3.34      1.45     -2.74     36.34

   2 TA/TA      0.33     -0.80      4.36     -0.54     46.85     20.71

   3 AT/AT     -1.39     -0.55      3.61      2.81     18.13     16.65

   4 TA/TA      0.08      1.83      2.96      2.09     12.16     22.71

   5 AT/AT     -0.14      0.73      3.57      0.39     29.53      4.40

   6 TA/TA     -0.37      2.02      3.33     -2.66     16.26     22.17

   7 AA/TT      0.68      0.69      3.32      3.55     15.97     22.64

   8 AA/TT      0.69      0.68      4.81      2.44     38.46     17.47

   9 AA/TT     -1.50      0.46      3.43     -2.23      1.61     36.39

  10 AC/GT      0.05     -0.73      3.46     -1.37      2.05     32.83

  11 CG/CG      0.58      0.72      3.41      4.63      4.66     39.61

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.     -0.04      0.37      3.60      0.96     16.63     24.72

      s.d.      0.78      1.03      0.53      2.42     15.92     10.58

****************************************************************************

NGEOM base-pair parameters

     bp        Shear    Stretch   Stagger    Buckle  Propeller  Opening

    1 G-C      -0.15     -0.14     -0.01    -10.15    -16.01     -2.03

    2 T-A       0.01     -0.10      0.27     -9.07     -4.07      4.58

    3 A-T       0.25     -0.01     -0.03    -31.04     13.82      7.53

    4 T-A      -0.01      0.04     -0.00    -27.24     -6.21      4.48

    5 A-T       0.24      0.06     -0.57     -1.69     -5.25      6.22

    6 T-A      -0.28     -0.05     -0.60      6.33     -2.96      2.80

    7 A-T       0.10     -0.12      0.04     21.95     -9.01      1.45

    8 A-T      -0.17      0.05      0.31     32.13    -15.56      8.20

    9 A-T       0.03     -0.10      0.04      4.50     -1.30      6.12

   10 A-T       0.25     -0.04      0.11      4.53    -10.03     -3.09

   11 C-G       0.17     -0.25      0.19     -0.47    -11.17     -1.29

   12 G-C       0.36     -0.37     -0.15     -0.95     -3.40     -2.56

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.      0.07     -0.09     -0.03     -0.93     -5.93      2.70

      s.d.      0.20      0.13      0.29     17.78      7.86      4.11

****************************************************************************

NGEOM base-pair step parameters

    step       Shift     Slide      Rise      Tilt      Roll     Twist

   1 GT/AC      0.60     -1.04      3.34      1.44     -2.74     36.07

   2 TA/TA      0.33     -0.62      4.39     -0.92     46.84     21.48

   3 AT/AT     -1.39     -0.51      3.62      2.73     18.14     18.20

   4 TA/TA      0.09      1.86      2.94      2.14     12.15     22.48

   5 AT/AT     -0.14      0.75      3.57      0.39     29.53      4.49

   6 TA/TA     -0.39      2.07      3.30     -2.73     16.24     21.99

   7 AA/TT      0.68      0.74      3.30      3.34     16.01     22.15

   8 AA/TT      0.69      0.83      4.79      2.10     38.46     19.59

   9 AA/TT     -1.51      0.46      3.43     -2.23      1.61     36.30

  10 AC/GT      0.04     -0.72      3.46     -1.37      2.05     32.94

  11 CG/CG      0.61      0.75      3.40      4.63      4.65     39.61

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.     -0.03      0.41      3.59      0.87     16.63     25.03

      s.d.      0.78      1.03      0.53      2.41     15.93     10.29

****************************************************************************

NUPARM base-pair parameters

     bp        Shear    Stretch   Stagger    Buckle  Propeller  Opening

    1 G-C      -0.15     -0.15     -0.01    -10.11    -15.99     -2.00

    2 T-A       0.01     -0.10      0.27     -9.08     -4.07      4.56

    3 A-T       0.25     -0.01     -0.03    -31.02     13.68      7.20

    4 T-A      -0.01      0.04     -0.00    -27.25     -6.16      4.35

    5 A-T       0.24      0.06     -0.57     -1.69     -5.26      6.21

    6 T-A      -0.28     -0.05     -0.60      6.33     -2.96      2.80

    7 A-T       0.10     -0.12      0.04     21.93     -8.96      1.41

    8 A-T      -0.17      0.05      0.31     32.10    -15.39      7.80

    9 A-T       0.03     -0.10      0.04      4.51     -1.30      6.12

   10 A-T       0.25     -0.04      0.11      4.53    -10.04     -3.07

   11 C-G       0.17     -0.25      0.19     -0.47    -11.17     -1.29

   12 G-C       0.36     -0.37     -0.15     -0.95     -3.40     -2.55

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.      0.07     -0.09     -0.03     -0.93     -5.92      2.63

      s.d.      0.20      0.13      0.29     17.78      7.80      4.01

****************************************************************************

NUPARM base-pair step parameters

    step       Shift     Slide      Rise      Tilt      Roll     Twist

   1 GT/AC      0.60     -1.05      3.33      1.27     -2.60     36.34

   2 TA/TA      0.29     -0.43      4.41     -0.26     48.53     20.49

   3 AT/AT     -1.43     -0.46      3.61      2.04     17.91     16.61

   4 TA/TA      0.09      1.89      2.92      2.00     11.85     22.74

   5 AT/AT     -0.13      0.76      3.57      0.49     29.42      4.44

   6 TA/TA     -0.40      2.11      3.27     -2.68     16.46     22.17

   7 AA/TT      0.72      0.76      3.29      3.35     15.25     22.66

   8 AA/TT      0.75      0.91      4.76      3.17     39.87     17.60

   9 AA/TT     -1.52      0.48      3.42     -2.16      1.91     36.38

  10 AC/GT      0.04     -0.71      3.46     -1.51      2.13     32.82

  11 CG/CG      0.63      0.78      3.39      4.90      4.97     39.54

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.     -0.03      0.46      3.59      0.96     16.88     24.71

      s.d.      0.80      1.03      0.53      2.43     16.37     10.56

****************************************************************************

NUPARM base-pair helical parameters

    step       X-disp    Y-disp     Rise     Incl.       Tip     Twist

   1 GT/AC     -1.29     -0.77      3.42     -4.00     -1.91     36.45

   2 TA/TA    -12.15     -0.89      1.24     68.19      1.08     57.23

   3 AT/AT     -9.47      5.64      2.29     42.42     -4.71     22.74

   4 TA/TA      0.67      0.49      3.47     27.84     -4.57     25.86

   5 AT/AT    -44.12      2.00      1.28     81.49     -0.91     30.56

   6 TA/TA     -0.91      0.02      3.90     36.97      5.73     28.05

   7 AA/TT     -3.36     -0.99      3.18     34.70     -5.95     27.95

   8 AA/TT    -12.73     -1.84      3.00     62.69     -3.61     39.61

   9 AA/TT      0.46      2.10      3.53      2.91      3.28     36.49

  10 AC/GT     -1.65     -0.35      3.40      3.58      2.57     32.92

  11 CG/CG      0.50     -0.29      3.51      6.83     -6.73     40.13

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.     -7.64      0.47      2.93     33.06     -1.43     34.36

      s.d.     13.12      2.10      0.92     29.03      4.13      9.47

****************************************************************************

RNA base-pair parameters

     bp        Shear    Stretch   Stagger    Buckle  Propeller  Opening

    1 G-C      -0.13     -0.16     -0.01    -10.15    -16.01     -2.01

    2 T-A       0.02     -0.11      0.26     -9.08     -4.07      4.57

    3 A-T       0.19     -0.15     -0.02    -31.06     13.83      7.31

    4 T-A       0.01     -0.06     -0.01    -27.25     -6.21      4.40

    5 A-T       0.24      0.05     -0.57     -1.69     -5.25      6.21

    6 T-A      -0.29     -0.06     -0.60      6.33     -2.96      2.80

    7 A-T       0.07     -0.18      0.04     21.95     -9.01      1.42

    8 A-T      -0.24     -0.10      0.29     32.15    -15.57      7.93

    9 A-T       0.03     -0.11      0.04      4.50     -1.30      6.12

   10 A-T       0.24     -0.05      0.12      4.53    -10.04     -3.08

   11 C-G       0.18     -0.25      0.19     -0.47    -11.17     -1.29

   12 G-C       0.36     -0.37     -0.15     -0.95     -3.40     -2.56

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.      0.06     -0.13     -0.03     -0.93     -5.93      2.65

      s.d.      0.20      0.11      0.29     17.79      7.86      4.04

****************************************************************************

RNA base-pair step parameters

    step       Shift     Slide      Rise      Tilt      Roll     Twist

   1 GT/AC      0.51     -1.05      3.35      1.34     -2.65     36.07

   2 TA/TA      0.02     -0.66      4.15     -0.78     47.56     20.20

   3 AT/AT     -1.51     -0.51      3.70      2.33     17.99     18.03

   4 TA/TA      0.01      1.84      3.35      2.08     11.96     22.41

   5 AT/AT     -0.07      0.74      3.73      0.44     29.47      4.41

   6 TA/TA     -0.30      2.07      3.55     -2.74     16.30     21.84

   7 AA/TT      0.72      0.68      3.47      3.24     15.54     22.02

   8 AA/TT      0.93      0.75      4.46      2.47     39.11     18.95

   9 AA/TT     -1.37      0.45      3.43     -2.18      1.74     36.29

  10 AC/GT      0.02     -0.70      3.38     -1.43      2.07     32.94

  11 CG/CG      0.62      0.77      3.39      4.71      4.76     39.56

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.     -0.04      0.40      3.63      0.86     16.72     24.79

      s.d.      0.79      1.03      0.36      2.39     16.12     10.40

****************************************************************************

RNA base-pair helical parameters

    step       X-disp    Y-disp     Rise     Incl.       Tip     Twist

   1 GT/AC     -1.30     -0.61      3.44     -4.19     -2.13     36.19

   2 TA/TA     -4.68     -0.09      1.01     66.99      1.09     51.67

   3 AT/AT     -6.57      4.11      2.11     44.81     -5.80     25.58

   4 TA/TA      0.11      0.69      3.81     28.03     -4.89     25.48

   5 AT/AT     -6.96      0.25      1.28     81.48     -1.21     29.81

   6 TA/TA     -0.98     -0.26      4.09     36.60      6.15     27.40

   7 AA/TT     -3.10     -0.58      3.30     35.04     -7.30     27.15

   8 AA/TT     -5.00     -0.87      2.67     64.07     -4.04     43.53

   9 AA/TT      0.46      1.86      3.52      2.74      3.43     36.40

  10 AC/GT     -1.60     -0.29      3.33      3.60      2.48     33.03

  11 CG/CG      0.52     -0.31      3.51      6.82     -6.76     40.12

          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

      ave.     -2.65      0.35      2.91     33.27     -1.72     34.21

      s.d.      2.77      1.46      1.02     29.16      4.51      8.39