A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 11-Dec-2019 number of released structures: 10507
Search for released structures

NDB ID: 1AKX  PDB ID: 1AKX 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1AKX|1|A|A|201AKX|1|A|A|200BPh
1AKX|1|A|A|201AKX|1|A|C|19s53
1AKX|1|A|A|201AKX|1|A|G|21s35
1AKX|1|A|A|201AKX|1|A|G|43s55
1AKX|1|A|A|201AKX|1|A|U|42cWW
1AKX|1|A|A|221AKX|1|A|A|220BPh
1AKX|1|A|A|221AKX|1|A|C|39
1AKX|1|A|A|221AKX|1|A|C|41ns55
1AKX|1|A|A|221AKX|1|A|G|21s53
1AKX|1|A|A|221AKX|1|A|U|40cWW
1AKX|1|A|A|271AKX|1|A|C|39ns55
1AKX|1|A|A|271AKX|1|A|G|26s53
1AKX|1|A|A|271AKX|1|A|G|28s35
1AKX|1|A|A|271AKX|1|A|U|23cHW
1AKX|1|A|A|271AKX|1|A|U|38cWW
1AKX|1|A|A|351AKX|1|A|A|35n0BP
1AKX|1|A|A|351AKX|1|A|G|36
1AKX|1|A|C|181AKX|1|A|C|180BPh
1AKX|1|A|C|181AKX|1|A|C|19s35
1AKX|1|A|C|181AKX|1|A|G|17s53
1AKX|1|A|C|181AKX|1|A|G|44cWW
1AKX|1|A|C|191AKX|1|A|A|20s35
1AKX|1|A|C|191AKX|1|A|C|18s53
1AKX|1|A|C|191AKX|1|A|C|19n0BP
1AKX|1|A|C|191AKX|1|A|G|43cWW
1AKX|1|A|C|191AKX|1|A|G|44s55
1AKX|1|A|C|291AKX|1|A|C|290BPh
1AKX|1|A|C|291AKX|1|A|C|30s35
1AKX|1|A|C|291AKX|1|A|G|28s53
1AKX|1|A|C|291AKX|1|A|G|36cWW
1AKX|1|A|C|301AKX|1|A|C|29s53
1AKX|1|A|C|301AKX|1|A|C|300BPh
1AKX|1|A|C|301AKX|1|A|G|36s55
1AKX|1|A|C|371AKX|1|A|C|370BPh
1AKX|1|A|C|371AKX|1|A|G|28cWW
1AKX|1|A|C|371AKX|1|A|G|36s53
1AKX|1|A|C|371AKX|1|A|U|38s35
1AKX|1|A|C|391AKX|1|A|A|22
1AKX|1|A|C|391AKX|1|A|A|27ns55
1AKX|1|A|C|391AKX|1|A|C|39n0BP
1AKX|1|A|C|391AKX|1|A|G|26cWW
1AKX|1|A|C|391AKX|1|A|U|38s53
1AKX|1|A|C|391AKX|1|A|U|40s35
1AKX|1|A|C|411AKX|1|A|A|22ns55
1AKX|1|A|C|411AKX|1|A|C|410BPh
1AKX|1|A|C|411AKX|1|A|G|21cWW
1AKX|1|A|C|411AKX|1|A|U|40s53
1AKX|1|A|C|411AKX|1|A|U|42s35
1AKX|1|A|C|451AKX|1|A|C|450BPh
1AKX|1|A|C|451AKX|1|A|C|46s35
1AKX|1|A|C|451AKX|1|A|G|17cWW
1AKX|1|A|C|451AKX|1|A|G|44s53
1AKX|1|A|C|461AKX|1|A|C|45s53
1AKX|1|A|C|461AKX|1|A|C|460BPh
1AKX|1|A|C|461AKX|1|A|G|16cWW
1AKX|1|A|C|461AKX|1|A|G|17ns55
1AKX|1|A|G|161AKX|1|A|C|46cWW
1AKX|1|A|G|161AKX|1|A|G|17s35
1AKX|1|A|G|171AKX|1|A|C|18s35
1AKX|1|A|G|171AKX|1|A|C|45cWW
1AKX|1|A|G|171AKX|1|A|C|46ns55
1AKX|1|A|G|171AKX|1|A|G|16s53
1AKX|1|A|G|171AKX|1|A|G|17n0BP
1AKX|1|A|G|211AKX|1|A|A|20s53
1AKX|1|A|G|211AKX|1|A|A|22s35
1AKX|1|A|G|211AKX|1|A|C|41cWW
1AKX|1|A|G|211AKX|1|A|G|210BPh
1AKX|1|A|G|211AKX|1|A|U|42s55
1AKX|1|A|G|261AKX|1|A|A|27s35
1AKX|1|A|G|261AKX|1|A|C|39cWW
1AKX|1|A|G|261AKX|1|A|G|260BPh
1AKX|1|A|G|261AKX|1|A|U|23s35
1AKX|1|A|G|261AKX|1|A|U|40ns55
1AKX|1|A|G|281AKX|1|A|A|27s53
1AKX|1|A|G|281AKX|1|A|C|29s35
1AKX|1|A|G|281AKX|1|A|C|37cWW
1AKX|1|A|G|281AKX|1|A|G|280BPh
1AKX|1|A|G|281AKX|1|A|U|38s55
1AKX|1|A|G|321AKX|1|A|G|33ncSH
1AKX|1|A|G|331AKX|1|A|G|32ncHS
1AKX|1|A|G|331AKX|1|A|G|33n0BP
1AKX|1|A|G|341AKX|1|A|G|34
1AKX|1|A|G|341AKX|1|A|G|36ns35
1AKX|1|A|G|341AKX|1|A|U|31n5BP
1AKX|1|A|G|361AKX|1|A|A|35
1AKX|1|A|G|361AKX|1|A|C|29cWW
1AKX|1|A|G|361AKX|1|A|C|30s55
1AKX|1|A|G|361AKX|1|A|C|37s35
1AKX|1|A|G|361AKX|1|A|G|34ns53
1AKX|1|A|G|431AKX|1|A|A|20s55
1AKX|1|A|G|431AKX|1|A|C|19cWW
1AKX|1|A|G|431AKX|1|A|G|430BPh
1AKX|1|A|G|431AKX|1|A|G|44s35
1AKX|1|A|G|431AKX|1|A|U|42s53
1AKX|1|A|G|441AKX|1|A|C|18cWW
1AKX|1|A|G|441AKX|1|A|C|19s55
1AKX|1|A|G|441AKX|1|A|C|45s35
1AKX|1|A|G|441AKX|1|A|G|43s53
1AKX|1|A|G|441AKX|1|A|G|44n0BP
1AKX|1|A|U|231AKX|1|A|A|27cWH
1AKX|1|A|U|231AKX|1|A|G|26s53
1AKX|1|A|U|311AKX|1|A|U|310BPh
1AKX|1|A|U|381AKX|1|A|A|27cWW
1AKX|1|A|U|381AKX|1|A|C|37s53
1AKX|1|A|U|381AKX|1|A|C|39s35
1AKX|1|A|U|381AKX|1|A|G|28s55
1AKX|1|A|U|381AKX|1|A|U|380BPh
1AKX|1|A|U|401AKX|1|A|A|22cWW
1AKX|1|A|U|401AKX|1|A|C|39s53
1AKX|1|A|U|401AKX|1|A|C|41s35
1AKX|1|A|U|401AKX|1|A|G|26ns55
1AKX|1|A|U|401AKX|1|A|U|400BPh
1AKX|1|A|U|421AKX|1|A|A|20cWW
1AKX|1|A|U|421AKX|1|A|C|41s53
1AKX|1|A|U|421AKX|1|A|G|21s55
1AKX|1|A|U|421AKX|1|A|G|43s35
1AKX|1|A|U|421AKX|1|A|U|420BPh


Base-PairsCount (12)Relative Frequency
cWW110.917
cWH10.083
Base-PhosphateCount (17)Relative Frequency
0BPh171.000
Base-StackingCount (15)Relative Frequency
s53100.667
s5550.333

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)