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NDB ID: PRV008  PDB ID: 1AQ3 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1AQ3|1|R|A|12||||P_11AQ3|1|R|A|12||||P_10BPh
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1AQ3|1|R|C|13||||P_P1AQ3|1|R|C|14||||P_Ps35
1AQ3|1|R|C|13||||P_P1AQ3|1|R|G|8||||P_PcWW
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1AQ3|1|R|U|10||||P_P1AQ3|1|R|U|10||||P_P0BPh
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1AQ3|1|S|C|14||||P_11AQ3|1|S|C|13||||P_1s53
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1AQ3|1|S|G|7||||P_11AQ3|1|S|C|15||||P_1s55
1AQ3|1|S|G|7||||P_11AQ3|1|S|G|5||||P_1s53
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1AQ3|1|S|G|7||||P_P1AQ3|1|S|C|15||||P_Ps55
1AQ3|1|S|G|7||||P_P1AQ3|1|S|G|5||||P_Ps53
1AQ3|1|S|G|7||||P_P1AQ3|1|S|G|8||||P_Ps35
1AQ3|1|S|G|8||||P_11AQ3|1|S|A|9||||P_1s35
1AQ3|1|S|G|8||||P_11AQ3|1|S|C|13||||P_1cWW
1AQ3|1|S|G|8||||P_11AQ3|1|S|C|14||||P_1s55
1AQ3|1|S|G|8||||P_11AQ3|1|S|G|7||||P_1s53
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1AQ3|1|S|G|8||||P_P1AQ3|1|S|A|9||||P_Ps35
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1AQ3|1|S|G|8||||P_P1AQ3|1|S|G|7||||P_Ps53
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1AQ3|1|S|U|10||||P_P1AQ3|1|S|A|9||||P_P
1AQ3|1|S|U|10||||P_P1AQ3|1|S|U|10||||P_P0BPh
1AQ3|1|S|U|11||||P_11AQ3|1|S|A|9||||P_1s53
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1AQ3|1|S|U|11||||P_11AQ3|1|S|U|11||||P_10BPh
1AQ3|1|S|U|11||||P_P1AQ3|1|S|A|9||||P_Ps53
1AQ3|1|S|U|11||||P_P1AQ3|1|S|U|10||||P_P9BPh
1AQ3|1|S|U|11||||P_P1AQ3|1|S|U|11||||P_P0BPh
1AQ3|1|S|U|4||||P_11AQ3|1|S|C|15||||P_1ncWW
1AQ3|1|S|U|4||||P_11AQ3|1|S|G|5||||P_1s35
1AQ3|1|S|U|4||||P_11AQ3|1|S|U|4||||P_10BPh
1AQ3|1|S|U|4||||P_P1AQ3|1|S|C|15||||P_PncWW
1AQ3|1|S|U|4||||P_P1AQ3|1|S|G|5||||P_Ps35
1AQ3|1|S|U|4||||P_P1AQ3|1|S|U|4||||P_P0BPh


Base-PairsCount (16)Relative Frequency
cWW161.000
Base-PhosphateCount (46)Relative Frequency
9BPh40.087
0BPh420.913
Base-StackingCount (26)Relative Frequency
s53120.462
s55140.538

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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