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NDB ID: 1BZ3  PDB ID: 1BZ3 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1BZ3|1|A|A|291BZ3|1|A|A|290BPh
1BZ3|1|A|A|291BZ3|1|A|C|28s53
1BZ3|1|A|A|291BZ3|1|A|G|30s35
1BZ3|1|A|A|291BZ3|1|A|G|42s55
1BZ3|1|A|A|291BZ3|1|A|U|41cWW
1BZ3|1|A|A|311BZ3|1|A|A|310BPh
1BZ3|1|A|A|311BZ3|1|A|A|38ncWW
1BZ3|1|A|A|311BZ3|1|A|C|32s35
1BZ3|1|A|A|311BZ3|1|A|C|40s55
1BZ3|1|A|A|311BZ3|1|A|G|30s53
1BZ3|1|A|A|311BZ3|1|A|U|39cWW
1BZ3|1|A|A|371BZ3|1|A|A|370BPh
1BZ3|1|A|A|371BZ3|1|A|A|38s35
1BZ3|1|A|A|371BZ3|1|A|C|32ncWW
1BZ3|1|A|A|371BZ3|1|A|U|33ncWW
1BZ3|1|A|A|381BZ3|1|A|A|31ncWW
1BZ3|1|A|A|381BZ3|1|A|A|37s53
1BZ3|1|A|A|381BZ3|1|A|A|380BPh
1BZ3|1|A|A|381BZ3|1|A|C|32ncWW
1BZ3|1|A|A|381BZ3|1|A|U|33ns55
1BZ3|1|A|A|381BZ3|1|A|U|39s35
1BZ3|1|A|A|431BZ3|1|A|A|430BPh
1BZ3|1|A|A|431BZ3|1|A|C|28ns55
1BZ3|1|A|A|431BZ3|1|A|G|42s53
1BZ3|1|A|A|431BZ3|1|A|U|27cWW
1BZ3|1|A|C|281BZ3|1|A|A|29s35
1BZ3|1|A|C|281BZ3|1|A|A|43ns55
1BZ3|1|A|C|281BZ3|1|A|C|280BPh
1BZ3|1|A|C|281BZ3|1|A|G|42cWW
1BZ3|1|A|C|281BZ3|1|A|U|27s53
1BZ3|1|A|C|321BZ3|1|A|A|31s53
1BZ3|1|A|C|321BZ3|1|A|A|37ncWW
1BZ3|1|A|C|321BZ3|1|A|A|38ncWW
1BZ3|1|A|C|321BZ3|1|A|C|320BPh
1BZ3|1|A|C|321BZ3|1|A|U|33s35
1BZ3|1|A|C|401BZ3|1|A|A|31s55
1BZ3|1|A|C|401BZ3|1|A|C|400BPh
1BZ3|1|A|C|401BZ3|1|A|G|30cWW
1BZ3|1|A|C|401BZ3|1|A|U|39s53
1BZ3|1|A|C|401BZ3|1|A|U|41s35
1BZ3|1|A|G|301BZ3|1|A|A|29s53
1BZ3|1|A|G|301BZ3|1|A|A|31s35
1BZ3|1|A|G|301BZ3|1|A|C|40cWW
1BZ3|1|A|G|301BZ3|1|A|G|300BPh
1BZ3|1|A|G|301BZ3|1|A|U|41s55
1BZ3|1|A|G|421BZ3|1|A|A|29s55
1BZ3|1|A|G|421BZ3|1|A|A|43s35
1BZ3|1|A|G|421BZ3|1|A|C|28cWW
1BZ3|1|A|G|421BZ3|1|A|G|420BPh
1BZ3|1|A|G|421BZ3|1|A|U|41ns53
1BZ3|1|A|U|271BZ3|1|A|A|43cWW
1BZ3|1|A|U|271BZ3|1|A|C|28s35
1BZ3|1|A|U|271BZ3|1|A|U|270BPh
1BZ3|1|A|U|331BZ3|1|A|A|37ncWW
1BZ3|1|A|U|331BZ3|1|A|A|38ns55
1BZ3|1|A|U|331BZ3|1|A|C|32s53
1BZ3|1|A|U|331BZ3|1|A|U|330BPh
1BZ3|1|A|U|341BZ3|1|A|U|33
1BZ3|1|A|U|341BZ3|1|A|U|34n0BP
1BZ3|1|A|U|351BZ3|1|A|U|350BPh
1BZ3|1|A|U|391BZ3|1|A|A|31cWW
1BZ3|1|A|U|391BZ3|1|A|A|38s53
1BZ3|1|A|U|391BZ3|1|A|C|40s35
1BZ3|1|A|U|391BZ3|1|A|U|390BPh
1BZ3|1|A|U|411BZ3|1|A|A|29cWW
1BZ3|1|A|U|411BZ3|1|A|C|40s53
1BZ3|1|A|U|411BZ3|1|A|G|30s55
1BZ3|1|A|U|411BZ3|1|A|G|42ns35
1BZ3|1|A|U|411BZ3|1|A|U|410BPh


Base-PairsCount (5)Relative Frequency
cWW51.000
Base-PhosphateCount (15)Relative Frequency
0BPh151.000
Base-StackingCount (8)Relative Frequency
s5350.625
s5530.375

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)