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As of 23-Nov-2022 number of released structures: 12471
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NDB ID: PR0019  PDB ID: 1C0A 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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1C0A|1|B|G|6731C0A|1|B|C|672s53
1C0A|1|B|G|6731C0A|1|B|C|674s35
1C0A|1|B|G|6731C0A|1|B|G|601s55
1C0A|1|B|G|6731C0A|1|B|G|6730BPh
1C0A|1|B|U|6111C0A|1|B|A|624cWW
1C0A|1|B|U|6111C0A|1|B|G|610s53
1C0A|1|B|U|6111C0A|1|B|U|6110BPh
1C0A|1|B|U|6111C0A|1|B|U|612s35
1C0A|1|B|U|6121C0A|1|B|A|609n9BP
1C0A|1|B|U|6121C0A|1|B|A|623cWW
1C0A|1|B|U|6121C0A|1|B|A|624s55
1C0A|1|B|U|6121C0A|1|B|C|613s35
1C0A|1|B|U|6121C0A|1|B|U|611s53
1C0A|1|B|U|6121C0A|1|B|U|6120BPh
1C0A|1|B|U|6251C0A|1|B|A|624s53
1C0A|1|B|U|6251C0A|1|B|A|626s35
1C0A|1|B|U|6251C0A|1|B|G|610cWW
1C0A|1|B|U|6251C0A|1|B|G|645
1C0A|1|B|U|6251C0A|1|B|U|6250BPh
1C0A|1|B|U|6291C0A|1|B|A|641cWW
1C0A|1|B|U|6291C0A|1|B|C|628s53
1C0A|1|B|U|6291C0A|1|B|G|630s35
1C0A|1|B|U|6291C0A|1|B|G|642s55
1C0A|1|B|U|6291C0A|1|B|U|6290BPh
1C0A|1|B|U|6331C0A|1|B|U|6330BPh
1C0A|1|B|U|6351C0A|1|B|C|636s35
1C0A|1|B|U|6351C0A|1|B|U|6350BPh
1C0A|1|B|U|6471C0A|1|B|A|621ns555BPh
1C0A|1|B|U|6471C0A|1|B|C|648
1C0A|1|B|U|6471C0A|1|B|U|6470BPh
1C0A|1|B|U|6601C0A|1|B|G|6195BPh
1C0A|1|B|U|6601C0A|1|B|G|659s53n9BP
1C0A|1|B|U|6601C0A|1|B|U|6600BPh
1C0A|1|B|U|6691C0A|1|B|G|604cWW
1C0A|1|B|U|6691C0A|1|B|G|668s53
1C0A|1|B|U|6691C0A|1|B|U|6690BPh
1C0A|1|B|U|6691C0A|1|B|U|670s35
1C0A|1|B|U|6701C0A|1|B|A|603cWW
1C0A|1|B|U|6701C0A|1|B|C|671s35
1C0A|1|B|U|6701C0A|1|B|G|604s55
1C0A|1|B|U|6701C0A|1|B|U|669s53
1C0A|1|B|U|6701C0A|1|B|U|6700BPh


Base-PairsCount (25)Relative Frequency
cWW220.880
tWW10.040
tHH10.040
cHS10.040
Base-PhosphateCount (61)Relative Frequency
5BPh20.033
8BPh20.033
0BPh570.934
Base-StackingCount (34)Relative Frequency
s3320.059
s53130.382
s55190.559

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)