A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 21-Aug-2019 number of released structures: 10343
Search for released structures

NDB ID: UR0008  PDB ID: 1DDY 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1DDY|1|A|A|141DDY|1|A|A|140BPh
1DDY|1|A|A|141DDY|1|A|A|31tWW
1DDY|1|A|A|141DDY|1|A|C|11
1DDY|1|A|A|141DDY|1|A|C|13s33
1DDY|1|A|A|141DDY|1|A|G|32s35
1DDY|1|A|A|161DDY|1|A|A|17s35
1DDY|1|A|A|171DDY|1|A|A|16s53
1DDY|1|A|A|171DDY|1|A|A|17n0BP
1DDY|1|A|A|171DDY|1|A|C|18s35
1DDY|1|A|A|171DDY|1|A|C|29
1DDY|1|A|A|201DDY|1|A|A|200BPh
1DDY|1|A|A|201DDY|1|A|C|19s53
1DDY|1|A|A|201DDY|1|A|C|21s35
1DDY|1|A|A|201DDY|1|A|G|26s55
1DDY|1|A|A|201DDY|1|A|U|9cWW
1DDY|1|A|A|251DDY|1|A|A|250BPh
1DDY|1|A|A|251DDY|1|A|C|22ncSS
1DDY|1|A|A|251DDY|1|A|G|8tSS
1DDY|1|A|A|251DDY|1|A|U|23s55
1DDY|1|A|A|251DDY|1|A|U|9ns35
1DDY|1|A|A|31DDY|1|A|A|30BPh
1DDY|1|A|A|31DDY|1|A|A|4s35
1DDY|1|A|A|31DDY|1|A|G|2s53
1DDY|1|A|A|311DDY|1|A|A|14tWW
1DDY|1|A|A|311DDY|1|A|A|310BPh
1DDY|1|A|A|311DDY|1|A|G|30
1DDY|1|A|A|311DDY|1|A|G|32s35
1DDY|1|A|A|341DDY|1|A|A|340BPh
1DDY|1|A|A|341DDY|1|A|A|35s35
1DDY|1|A|A|341DDY|1|A|C|33s53
1DDY|1|A|A|341DDY|1|A|G|12s55
1DDY|1|A|A|351DDY|1|A|A|34s53
1DDY|1|A|A|351DDY|1|A|A|350BPh
1DDY|1|A|A|41DDY|1|A|A|3s53
1DDY|1|A|A|41DDY|1|A|C|5s35
1DDY|1|A|C|111DDY|1|A|A|14
1DDY|1|A|C|111DDY|1|A|G|30cWW
1DDY|1|A|C|111DDY|1|A|U|15s55n9BP
1DDY|1|A|C|111DDY|1|A|U|27ntSW
1DDY|1|A|C|131DDY|1|A|A|14s33
1DDY|1|A|C|131DDY|1|A|C|11
1DDY|1|A|C|131DDY|1|A|C|130BPh
1DDY|1|A|C|131DDY|1|A|G|12s53
1DDY|1|A|C|131DDY|1|A|G|32cWW
1DDY|1|A|C|181DDY|1|A|A|17s53
1DDY|1|A|C|181DDY|1|A|C|180BPh
1DDY|1|A|C|181DDY|1|A|C|19s35
1DDY|1|A|C|181DDY|1|A|G|28cWW
1DDY|1|A|C|191DDY|1|A|A|20s35
1DDY|1|A|C|191DDY|1|A|C|18s53
1DDY|1|A|C|191DDY|1|A|C|190BPh
1DDY|1|A|C|191DDY|1|A|G|26cWW
1DDY|1|A|C|191DDY|1|A|G|28s55
1DDY|1|A|C|211DDY|1|A|A|20s53
1DDY|1|A|C|211DDY|1|A|C|210BPh
1DDY|1|A|C|211DDY|1|A|C|22s35
1DDY|1|A|C|211DDY|1|A|G|8cWW
1DDY|1|A|C|221DDY|1|A|A|25ncSS
1DDY|1|A|C|221DDY|1|A|C|21s53
1DDY|1|A|C|221DDY|1|A|C|220BPh
1DDY|1|A|C|221DDY|1|A|G|7cWW
1DDY|1|A|C|221DDY|1|A|G|8s55
1DDY|1|A|C|241DDY|1|A|C|240BPh
1DDY|1|A|C|291DDY|1|A|A|17
1DDY|1|A|C|291DDY|1|A|C|290BPh
1DDY|1|A|C|291DDY|1|A|G|10ns53
1DDY|1|A|C|291DDY|1|A|G|28s53
1DDY|1|A|C|291DDY|1|A|G|30s33
1DDY|1|A|C|291DDY|1|A|U|15cWW
1DDY|1|A|C|291DDY|1|A|U|27ncHS
1DDY|1|A|C|331DDY|1|A|A|34s35
1DDY|1|A|C|331DDY|1|A|C|330BPh
1DDY|1|A|C|331DDY|1|A|G|12cWW
1DDY|1|A|C|331DDY|1|A|G|32s53
1DDY|1|A|C|51DDY|1|A|A|4s53
1DDY|1|A|C|51DDY|1|A|C|6s35
1DDY|1|A|C|61DDY|1|A|C|5s53
1DDY|1|A|C|61DDY|1|A|C|60BPh
1DDY|1|A|C|61DDY|1|A|G|7ns35
1DDY|1|A|G|11DDY|1|A|G|1n0BP
1DDY|1|A|G|11DDY|1|A|G|2s35
1DDY|1|A|G|101DDY|1|A|C|29ns35
1DDY|1|A|G|101DDY|1|A|G|10n0BP
1DDY|1|A|G|101DDY|1|A|G|26s53
1DDY|1|A|G|101DDY|1|A|G|28cWH
1DDY|1|A|G|101DDY|1|A|U|15s33
1DDY|1|A|G|101DDY|1|A|U|27s35
1DDY|1|A|G|121DDY|1|A|A|34s55
1DDY|1|A|G|121DDY|1|A|C|13s35
1DDY|1|A|G|121DDY|1|A|C|33cWW
1DDY|1|A|G|121DDY|1|A|G|120BPh
1DDY|1|A|G|21DDY|1|A|A|3s35
1DDY|1|A|G|21DDY|1|A|G|1s53
1DDY|1|A|G|21DDY|1|A|G|20BPh
1DDY|1|A|G|261DDY|1|A|A|20s55
1DDY|1|A|G|261DDY|1|A|C|19cWW
1DDY|1|A|G|261DDY|1|A|G|10s35
1DDY|1|A|G|261DDY|1|A|G|26
1DDY|1|A|G|261DDY|1|A|G|28s35
1DDY|1|A|G|261DDY|1|A|U|27ns35
1DDY|1|A|G|281DDY|1|A|C|18cWW
1DDY|1|A|G|281DDY|1|A|C|19s55
1DDY|1|A|G|281DDY|1|A|C|29s35
1DDY|1|A|G|281DDY|1|A|G|10cHW
1DDY|1|A|G|281DDY|1|A|G|26s53
1DDY|1|A|G|281DDY|1|A|G|280BPh
1DDY|1|A|G|301DDY|1|A|A|31
1DDY|1|A|G|301DDY|1|A|C|11cWW
1DDY|1|A|G|301DDY|1|A|C|29s33
1DDY|1|A|G|301DDY|1|A|G|300BPh
1DDY|1|A|G|321DDY|1|A|A|14s53
1DDY|1|A|G|321DDY|1|A|A|31s53
1DDY|1|A|G|321DDY|1|A|C|13cWW
1DDY|1|A|G|321DDY|1|A|C|33s35
1DDY|1|A|G|71DDY|1|A|C|22cWW
1DDY|1|A|G|71DDY|1|A|C|6ns53
1DDY|1|A|G|71DDY|1|A|G|70BPh
1DDY|1|A|G|71DDY|1|A|G|8s35
1DDY|1|A|G|81DDY|1|A|A|25tSS
1DDY|1|A|G|81DDY|1|A|C|21cWW
1DDY|1|A|G|81DDY|1|A|C|22s55
1DDY|1|A|G|81DDY|1|A|G|7s53
1DDY|1|A|G|81DDY|1|A|G|80BPh
1DDY|1|A|G|81DDY|1|A|U|9s35
1DDY|1|A|U|151DDY|1|A|C|11s55n0BP
1DDY|1|A|U|151DDY|1|A|C|29cWW
1DDY|1|A|U|151DDY|1|A|G|10s33
1DDY|1|A|U|151DDY|1|A|U|27ntHW
1DDY|1|A|U|231DDY|1|A|A|25s55
1DDY|1|A|U|231DDY|1|A|U|230BPh
1DDY|1|A|U|271DDY|1|A|C|11ntWS
1DDY|1|A|U|271DDY|1|A|C|29ncSH
1DDY|1|A|U|271DDY|1|A|G|10s53
1DDY|1|A|U|271DDY|1|A|G|26ns53
1DDY|1|A|U|271DDY|1|A|U|15ntWH
1DDY|1|A|U|271DDY|1|A|U|270BPh
1DDY|1|A|U|91DDY|1|A|A|20cWW
1DDY|1|A|U|91DDY|1|A|A|25ns53
1DDY|1|A|U|91DDY|1|A|G|8s53
1DDY|1|A|U|91DDY|1|A|U|90BPh
1DDY|1|C|A|2031DDY|1|C|A|2030BPh
1DDY|1|C|A|2031DDY|1|C|A|204s35
1DDY|1|C|A|2031DDY|1|C|G|202s53
1DDY|1|C|A|2041DDY|1|C|A|203s53
1DDY|1|C|A|2041DDY|1|C|A|2040BPh
1DDY|1|C|A|2041DDY|1|C|C|205s35
1DDY|1|C|A|2141DDY|1|C|A|2140BPh
1DDY|1|C|A|2141DDY|1|C|A|231tWW
1DDY|1|C|A|2141DDY|1|C|C|211
1DDY|1|C|A|2141DDY|1|C|C|213s33
1DDY|1|C|A|2141DDY|1|C|G|232s35
1DDY|1|C|A|2161DDY|1|C|A|217s35
1DDY|1|C|A|2161DDY|1|C|G|230ntHH
1DDY|1|C|A|2171DDY|1|C|A|216s53
1DDY|1|C|A|2171DDY|1|C|A|2170BPh
1DDY|1|C|A|2171DDY|1|C|C|218s35
1DDY|1|C|A|2171DDY|1|C|C|229
1DDY|1|C|A|2201DDY|1|C|A|2200BPh
1DDY|1|C|A|2201DDY|1|C|C|219s53
1DDY|1|C|A|2201DDY|1|C|C|221s35
1DDY|1|C|A|2201DDY|1|C|G|226s55
1DDY|1|C|A|2201DDY|1|C|U|209cWW
1DDY|1|C|A|2251DDY|1|C|A|2250BPh
1DDY|1|C|A|2251DDY|1|C|G|208tSS
1DDY|1|C|A|2251DDY|1|C|U|209ns35
1DDY|1|C|A|2251DDY|1|C|U|223s55
1DDY|1|C|A|2311DDY|1|C|A|214tWW
1DDY|1|C|A|2311DDY|1|C|A|2310BPh
1DDY|1|C|A|2311DDY|1|C|G|230
1DDY|1|C|A|2311DDY|1|C|G|232s35
1DDY|1|C|A|2341DDY|1|C|A|2340BPh
1DDY|1|C|A|2341DDY|1|C|A|235s35
1DDY|1|C|A|2341DDY|1|C|C|233s53
1DDY|1|C|A|2341DDY|1|C|G|212s55
1DDY|1|C|A|2351DDY|1|C|A|234s53
1DDY|1|C|A|2351DDY|1|C|A|2350BPh
1DDY|1|C|C|2051DDY|1|C|A|204s53
1DDY|1|C|C|2051DDY|1|C|C|206s35
1DDY|1|C|C|2061DDY|1|C|C|205s53
1DDY|1|C|C|2061DDY|1|C|C|2060BPh
1DDY|1|C|C|2061DDY|1|C|G|207s35
1DDY|1|C|C|2111DDY|1|C|A|214
1DDY|1|C|C|2111DDY|1|C|G|230cWW
1DDY|1|C|C|2111DDY|1|C|U|215s550BPh
1DDY|1|C|C|2131DDY|1|C|A|214s33
1DDY|1|C|C|2131DDY|1|C|C|211
1DDY|1|C|C|2131DDY|1|C|C|2130BPh
1DDY|1|C|C|2131DDY|1|C|G|212s53
1DDY|1|C|C|2131DDY|1|C|G|232cWW
1DDY|1|C|C|2181DDY|1|C|A|217s53
1DDY|1|C|C|2181DDY|1|C|C|2180BPh
1DDY|1|C|C|2181DDY|1|C|C|219s35
1DDY|1|C|C|2181DDY|1|C|G|228cWW
1DDY|1|C|C|2191DDY|1|C|A|220s35
1DDY|1|C|C|2191DDY|1|C|C|218s53
1DDY|1|C|C|2191DDY|1|C|C|2190BPh
1DDY|1|C|C|2191DDY|1|C|G|226cWW
1DDY|1|C|C|2191DDY|1|C|G|228ns55
1DDY|1|C|C|2211DDY|1|C|A|220s53
1DDY|1|C|C|2211DDY|1|C|C|2210BPh
1DDY|1|C|C|2211DDY|1|C|C|222ns35
1DDY|1|C|C|2211DDY|1|C|G|208cWW
1DDY|1|C|C|2221DDY|1|C|C|221ns53
1DDY|1|C|C|2221DDY|1|C|C|2220BPh
1DDY|1|C|C|2221DDY|1|C|G|207cWW
1DDY|1|C|C|2221DDY|1|C|G|208s55
1DDY|1|C|C|2221DDY|1|C|U|223ncSH
1DDY|1|C|C|2291DDY|1|C|A|217
1DDY|1|C|C|2291DDY|1|C|C|2290BPh
1DDY|1|C|C|2291DDY|1|C|G|228s53
1DDY|1|C|C|2291DDY|1|C|G|230s33
1DDY|1|C|C|2291DDY|1|C|U|215ncWW
1DDY|1|C|C|2291DDY|1|C|U|227ncHS
1DDY|1|C|C|2331DDY|1|C|A|234s35
1DDY|1|C|C|2331DDY|1|C|C|2330BPh
1DDY|1|C|C|2331DDY|1|C|G|212cWW
1DDY|1|C|C|2331DDY|1|C|G|232s53
1DDY|1|C|G|2011DDY|1|C|G|2010BPh
1DDY|1|C|G|2011DDY|1|C|G|202s35
1DDY|1|C|G|2021DDY|1|C|A|203s35
1DDY|1|C|G|2021DDY|1|C|G|201s53
1DDY|1|C|G|2021DDY|1|C|G|202n0BP
1DDY|1|C|G|2071DDY|1|C|C|206s53
1DDY|1|C|G|2071DDY|1|C|C|222cWW
1DDY|1|C|G|2071DDY|1|C|G|2070BPh
1DDY|1|C|G|2071DDY|1|C|G|208s35
1DDY|1|C|G|2081DDY|1|C|A|225tSS
1DDY|1|C|G|2081DDY|1|C|C|221cWW
1DDY|1|C|G|2081DDY|1|C|C|222s55
1DDY|1|C|G|2081DDY|1|C|G|207s53
1DDY|1|C|G|2081DDY|1|C|G|2080BPh
1DDY|1|C|G|2081DDY|1|C|U|209s35
1DDY|1|C|G|2101DDY|1|C|G|210n0BP
1DDY|1|C|G|2101DDY|1|C|G|226s53
1DDY|1|C|G|2101DDY|1|C|G|228cWH
1DDY|1|C|G|2101DDY|1|C|U|215s33
1DDY|1|C|G|2101DDY|1|C|U|227ns35
1DDY|1|C|G|2121DDY|1|C|A|234s55
1DDY|1|C|G|2121DDY|1|C|C|213s35
1DDY|1|C|G|2121DDY|1|C|C|233cWW
1DDY|1|C|G|2121DDY|1|C|G|2120BPh
1DDY|1|C|G|2261DDY|1|C|A|220s55
1DDY|1|C|G|2261DDY|1|C|C|219cWW
1DDY|1|C|G|2261DDY|1|C|G|210s35
1DDY|1|C|G|2261DDY|1|C|G|228ns35
1DDY|1|C|G|2281DDY|1|C|C|218cWW
1DDY|1|C|G|2281DDY|1|C|C|219ns55
1DDY|1|C|G|2281DDY|1|C|C|229s35
1DDY|1|C|G|2281DDY|1|C|G|210cHW
1DDY|1|C|G|2281DDY|1|C|G|226ns53
1DDY|1|C|G|2281DDY|1|C|G|2280BPh
1DDY|1|C|G|2301DDY|1|C|A|216ntHH
1DDY|1|C|G|2301DDY|1|C|A|231
1DDY|1|C|G|2301DDY|1|C|C|211cWW
1DDY|1|C|G|2301DDY|1|C|C|229s33
1DDY|1|C|G|2301DDY|1|C|G|2300BPh
1DDY|1|C|G|2301DDY|1|C|U|227ns33
1DDY|1|C|G|2321DDY|1|C|A|214s53
1DDY|1|C|G|2321DDY|1|C|A|231s53
1DDY|1|C|G|2321DDY|1|C|C|213cWW
1DDY|1|C|G|2321DDY|1|C|C|233s35
1DDY|1|C|U|2091DDY|1|C|A|220cWW
1DDY|1|C|U|2091DDY|1|C|A|225ns53
1DDY|1|C|U|2091DDY|1|C|G|208s53
1DDY|1|C|U|2091DDY|1|C|U|2090BPh
1DDY|1|C|U|2151DDY|1|C|C|211s55n0BP
1DDY|1|C|U|2151DDY|1|C|C|229ncWW
1DDY|1|C|U|2151DDY|1|C|G|210s33
1DDY|1|C|U|2151DDY|1|C|U|227ntHW
1DDY|1|C|U|2231DDY|1|C|A|225s55
1DDY|1|C|U|2231DDY|1|C|C|222ncHS
1DDY|1|C|U|2231DDY|1|C|U|2230BPh
1DDY|1|C|U|2271DDY|1|C|C|229ncSH
1DDY|1|C|U|2271DDY|1|C|G|210ns53
1DDY|1|C|U|2271DDY|1|C|G|226
1DDY|1|C|U|2271DDY|1|C|G|230ns33
1DDY|1|C|U|2271DDY|1|C|U|215ntWH
1DDY|1|C|U|2271DDY|1|C|U|2270BPh
1DDY|1|E|A|4031DDY|1|E|A|403n0BP
1DDY|1|E|A|4031DDY|1|E|A|404s35
1DDY|1|E|A|4031DDY|1|E|G|402s53
1DDY|1|E|A|4041DDY|1|E|A|403s53
1DDY|1|E|A|4041DDY|1|E|A|4040BPh
1DDY|1|E|A|4041DDY|1|E|C|405s35
1DDY|1|E|A|4141DDY|1|E|A|4140BPh
1DDY|1|E|A|4141DDY|1|E|A|431tWW
1DDY|1|E|A|4141DDY|1|E|C|411
1DDY|1|E|A|4141DDY|1|E|C|413s33
1DDY|1|E|A|4141DDY|1|E|G|432s35
1DDY|1|E|A|4161DDY|1|E|A|417s35
1DDY|1|E|A|4171DDY|1|E|A|416s53
1DDY|1|E|A|4171DDY|1|E|A|4170BPh
1DDY|1|E|A|4171DDY|1|E|C|418s35
1DDY|1|E|A|4171DDY|1|E|C|429
1DDY|1|E|A|4171DDY|1|E|U|415ncHS
1DDY|1|E|A|4201DDY|1|E|A|4200BPh
1DDY|1|E|A|4201DDY|1|E|C|419s53
1DDY|1|E|A|4201DDY|1|E|C|421s35
1DDY|1|E|A|4201DDY|1|E|G|426s55
1DDY|1|E|A|4201DDY|1|E|U|409cWW
1DDY|1|E|A|4251DDY|1|E|A|4250BPh
1DDY|1|E|A|4251DDY|1|E|C|421cSS
1DDY|1|E|A|4251DDY|1|E|C|422ncSS
1DDY|1|E|A|4251DDY|1|E|G|408tSS
1DDY|1|E|A|4251DDY|1|E|U|409ns35
1DDY|1|E|A|4251DDY|1|E|U|423s55
1DDY|1|E|A|4311DDY|1|E|A|414tWW
1DDY|1|E|A|4311DDY|1|E|A|4310BPh
1DDY|1|E|A|4311DDY|1|E|G|430
1DDY|1|E|A|4311DDY|1|E|G|432s35
1DDY|1|E|A|4341DDY|1|E|A|4340BPh
1DDY|1|E|A|4341DDY|1|E|A|435s35
1DDY|1|E|A|4341DDY|1|E|C|433s53
1DDY|1|E|A|4341DDY|1|E|G|412s55
1DDY|1|E|A|4351DDY|1|E|A|434s53
1DDY|1|E|A|4351DDY|1|E|A|4350BPh
1DDY|1|E|C|4051DDY|1|E|A|404s53
1DDY|1|E|C|4051DDY|1|E|C|406s35
1DDY|1|E|C|4061DDY|1|E|C|405s53
1DDY|1|E|C|4061DDY|1|E|C|4060BPh
1DDY|1|E|C|4061DDY|1|E|G|407s35
1DDY|1|E|C|4111DDY|1|E|A|414
1DDY|1|E|C|4111DDY|1|E|G|430cWW
1DDY|1|E|C|4111DDY|1|E|U|415s550BPh
1DDY|1|E|C|4131DDY|1|E|A|414s33
1DDY|1|E|C|4131DDY|1|E|C|411
1DDY|1|E|C|4131DDY|1|E|C|4130BPh
1DDY|1|E|C|4131DDY|1|E|G|412s53
1DDY|1|E|C|4131DDY|1|E|G|432cWW
1DDY|1|E|C|4181DDY|1|E|A|417s53
1DDY|1|E|C|4181DDY|1|E|C|4180BPh
1DDY|1|E|C|4181DDY|1|E|C|419s35
1DDY|1|E|C|4181DDY|1|E|G|428cWW
1DDY|1|E|C|4191DDY|1|E|A|420s35
1DDY|1|E|C|4191DDY|1|E|C|418s53
1DDY|1|E|C|4191DDY|1|E|C|4190BPh
1DDY|1|E|C|4191DDY|1|E|G|426cWW
1DDY|1|E|C|4191DDY|1|E|G|428ns55
1DDY|1|E|C|4211DDY|1|E|A|420s53
1DDY|1|E|C|4211DDY|1|E|A|425cSS
1DDY|1|E|C|4211DDY|1|E|C|4210BPh
1DDY|1|E|C|4211DDY|1|E|C|422s35
1DDY|1|E|C|4211DDY|1|E|G|408cWW
1DDY|1|E|C|4221DDY|1|E|A|425ncSS
1DDY|1|E|C|4221DDY|1|E|C|421s53
1DDY|1|E|C|4221DDY|1|E|C|4220BPh
1DDY|1|E|C|4221DDY|1|E|G|407cWW
1DDY|1|E|C|4221DDY|1|E|G|408s55
1DDY|1|E|C|4221DDY|1|E|U|423ncSH
1DDY|1|E|C|4291DDY|1|E|A|417
1DDY|1|E|C|4291DDY|1|E|C|4290BPh
1DDY|1|E|C|4291DDY|1|E|G|428s53
1DDY|1|E|C|4291DDY|1|E|G|430s33
1DDY|1|E|C|4291DDY|1|E|U|415cWW
1DDY|1|E|C|4291DDY|1|E|U|427ncHS
1DDY|1|E|C|4331DDY|1|E|A|434s35
1DDY|1|E|C|4331DDY|1|E|C|4330BPh
1DDY|1|E|C|4331DDY|1|E|G|412cWW
1DDY|1|E|C|4331DDY|1|E|G|432s53
1DDY|1|E|G|4011DDY|1|E|G|401n0BP
1DDY|1|E|G|4011DDY|1|E|G|402s35
1DDY|1|E|G|4021DDY|1|E|A|403s35
1DDY|1|E|G|4021DDY|1|E|G|401s53
1DDY|1|E|G|4021DDY|1|E|G|4020BPh
1DDY|1|E|G|4071DDY|1|E|C|406s53
1DDY|1|E|G|4071DDY|1|E|C|422cWW
1DDY|1|E|G|4071DDY|1|E|G|4070BPh
1DDY|1|E|G|4071DDY|1|E|G|408s35
1DDY|1|E|G|4071DDY|1|E|U|423ntSH
1DDY|1|E|G|4081DDY|1|E|A|425tSS
1DDY|1|E|G|4081DDY|1|E|C|421cWW
1DDY|1|E|G|4081DDY|1|E|C|422s55
1DDY|1|E|G|4081DDY|1|E|G|407s53
1DDY|1|E|G|4081DDY|1|E|G|4080BPh
1DDY|1|E|G|4081DDY|1|E|U|409s35
1DDY|1|E|G|4101DDY|1|E|G|426s53
1DDY|1|E|G|4101DDY|1|E|G|428cWH
1DDY|1|E|G|4101DDY|1|E|U|415s33
1DDY|1|E|G|4101DDY|1|E|U|427ns35
1DDY|1|E|G|4121DDY|1|E|A|434s55
1DDY|1|E|G|4121DDY|1|E|C|413s35
1DDY|1|E|G|4121DDY|1|E|C|433cWW
1DDY|1|E|G|4121DDY|1|E|G|4120BPh
1DDY|1|E|G|4261DDY|1|E|A|420s55
1DDY|1|E|G|4261DDY|1|E|C|419cWW
1DDY|1|E|G|4261DDY|1|E|G|410s35
1DDY|1|E|G|4261DDY|1|E|G|426
1DDY|1|E|G|4261DDY|1|E|G|428ns35
1DDY|1|E|G|4281DDY|1|E|C|418cWW
1DDY|1|E|G|4281DDY|1|E|C|419ns55
1DDY|1|E|G|4281DDY|1|E|C|429s35
1DDY|1|E|G|4281DDY|1|E|G|410cHW
1DDY|1|E|G|4281DDY|1|E|G|426ns53
1DDY|1|E|G|4281DDY|1|E|G|4280BPh
1DDY|1|E|G|4301DDY|1|E|A|431
1DDY|1|E|G|4301DDY|1|E|C|411cWW
1DDY|1|E|G|4301DDY|1|E|C|429s33
1DDY|1|E|G|4301DDY|1|E|G|4300BPh
1DDY|1|E|G|4301DDY|1|E|U|427
1DDY|1|E|G|4321DDY|1|E|A|414s53
1DDY|1|E|G|4321DDY|1|E|A|431s53
1DDY|1|E|G|4321DDY|1|E|C|413cWW
1DDY|1|E|G|4321DDY|1|E|C|433s35
1DDY|1|E|G|4321DDY|1|E|G|432n0BP
1DDY|1|E|U|4091DDY|1|E|A|420cWW
1DDY|1|E|U|4091DDY|1|E|A|425ns53
1DDY|1|E|U|4091DDY|1|E|G|408s53
1DDY|1|E|U|4091DDY|1|E|U|4090BPh
1DDY|1|E|U|4151DDY|1|E|A|417ncSH
1DDY|1|E|U|4151DDY|1|E|C|411s55n0BP
1DDY|1|E|U|4151DDY|1|E|C|429cWW
1DDY|1|E|U|4151DDY|1|E|G|410s33
1DDY|1|E|U|4151DDY|1|E|U|427ntHW
1DDY|1|E|U|4231DDY|1|E|A|425s55
1DDY|1|E|U|4231DDY|1|E|C|422ncHS
1DDY|1|E|U|4231DDY|1|E|G|407ntHS
1DDY|1|E|U|4231DDY|1|E|U|4230BPh
1DDY|1|E|U|4271DDY|1|E|C|429ncSH
1DDY|1|E|U|4271DDY|1|E|G|410ns53
1DDY|1|E|U|4271DDY|1|E|G|426
1DDY|1|E|U|4271DDY|1|E|G|430
1DDY|1|E|U|4271DDY|1|E|U|415ntWH
1DDY|1|E|U|4271DDY|1|E|U|4270BPh
1DDY|1|G|A|6031DDY|1|G|A|6030BPh
1DDY|1|G|A|6031DDY|1|G|A|604s35
1DDY|1|G|A|6031DDY|1|G|G|602s53
1DDY|1|G|A|6041DDY|1|G|A|603s53
1DDY|1|G|A|6041DDY|1|G|C|605s35
1DDY|1|G|A|6141DDY|1|G|A|6140BPh
1DDY|1|G|A|6141DDY|1|G|A|631tWW
1DDY|1|G|A|6141DDY|1|G|C|611
1DDY|1|G|A|6141DDY|1|G|C|613s33
1DDY|1|G|A|6141DDY|1|G|G|632s35
1DDY|1|G|A|6161DDY|1|G|A|617s35
1DDY|1|G|A|6171DDY|1|G|A|616s53
1DDY|1|G|A|6171DDY|1|G|A|6170BPh
1DDY|1|G|A|6171DDY|1|G|C|618s35
1DDY|1|G|A|6171DDY|1|G|C|629
1DDY|1|G|A|6201DDY|1|G|A|6200BPh
1DDY|1|G|A|6201DDY|1|G|C|619s53
1DDY|1|G|A|6201DDY|1|G|C|621s35
1DDY|1|G|A|6201DDY|1|G|G|626s55
1DDY|1|G|A|6201DDY|1|G|U|609cWW
1DDY|1|G|A|6251DDY|1|G|A|6250BPh
1DDY|1|G|A|6251DDY|1|G|C|622ncSS
1DDY|1|G|A|6251DDY|1|G|G|608tSS
1DDY|1|G|A|6251DDY|1|G|U|609ns35
1DDY|1|G|A|6251DDY|1|G|U|623s55
1DDY|1|G|A|6311DDY|1|G|A|614tWW
1DDY|1|G|A|6311DDY|1|G|A|6310BPh
1DDY|1|G|A|6311DDY|1|G|G|630
1DDY|1|G|A|6311DDY|1|G|G|632s35
1DDY|1|G|A|6341DDY|1|G|A|6340BPh
1DDY|1|G|A|6341DDY|1|G|A|635s35
1DDY|1|G|A|6341DDY|1|G|C|633s53
1DDY|1|G|A|6341DDY|1|G|G|612s55
1DDY|1|G|A|6351DDY|1|G|A|634s53
1DDY|1|G|A|6351DDY|1|G|A|6350BPh
1DDY|1|G|C|6051DDY|1|G|A|604s53
1DDY|1|G|C|6051DDY|1|G|C|605n0BP
1DDY|1|G|C|6051DDY|1|G|C|606s35
1DDY|1|G|C|6061DDY|1|G|C|605s53
1DDY|1|G|C|6061DDY|1|G|C|6060BPh
1DDY|1|G|C|6061DDY|1|G|G|607s35
1DDY|1|G|C|6111DDY|1|G|A|614
1DDY|1|G|C|6111DDY|1|G|G|630cWW
1DDY|1|G|C|6111DDY|1|G|U|615s550BPh
1DDY|1|G|C|6131DDY|1|G|A|614s33
1DDY|1|G|C|6131DDY|1|G|C|611
1DDY|1|G|C|6131DDY|1|G|C|6130BPh
1DDY|1|G|C|6131DDY|1|G|G|612s53
1DDY|1|G|C|6131DDY|1|G|G|632cWW
1DDY|1|G|C|6181DDY|1|G|A|617s53
1DDY|1|G|C|6181DDY|1|G|C|6180BPh
1DDY|1|G|C|6181DDY|1|G|C|619s35
1DDY|1|G|C|6181DDY|1|G|G|628cWW
1DDY|1|G|C|6191DDY|1|G|A|620s35
1DDY|1|G|C|6191DDY|1|G|C|618s53n9BP
1DDY|1|G|C|6191DDY|1|G|C|6190BPh
1DDY|1|G|C|6191DDY|1|G|G|626cWW
1DDY|1|G|C|6191DDY|1|G|G|628ns55
1DDY|1|G|C|6211DDY|1|G|A|620s53
1DDY|1|G|C|6211DDY|1|G|C|6210BPh
1DDY|1|G|C|6211DDY|1|G|C|622s35
1DDY|1|G|C|6211DDY|1|G|G|608cWW
1DDY|1|G|C|6221DDY|1|G|A|625ncSS
1DDY|1|G|C|6221DDY|1|G|C|621s53
1DDY|1|G|C|6221DDY|1|G|C|6220BPh
1DDY|1|G|C|6221DDY|1|G|G|607cWW
1DDY|1|G|C|6221DDY|1|G|G|608s55
1DDY|1|G|C|6241DDY|1|G|C|6240BPh
1DDY|1|G|C|6291DDY|1|G|A|617
1DDY|1|G|C|6291DDY|1|G|C|6290BPh
1DDY|1|G|C|6291DDY|1|G|G|610ns53
1DDY|1|G|C|6291DDY|1|G|G|628s53
1DDY|1|G|C|6291DDY|1|G|G|630s33
1DDY|1|G|C|6291DDY|1|G|U|615ncWW
1DDY|1|G|C|6291DDY|1|G|U|627cHS
1DDY|1|G|C|6331DDY|1|G|A|634s35
1DDY|1|G|C|6331DDY|1|G|C|6330BPh
1DDY|1|G|C|6331DDY|1|G|G|612cWW
1DDY|1|G|C|6331DDY|1|G|G|632s53
1DDY|1|G|G|6011DDY|1|G|G|601n0BP
1DDY|1|G|G|6011DDY|1|G|G|602s35
1DDY|1|G|G|6021DDY|1|G|A|603s35
1DDY|1|G|G|6021DDY|1|G|G|601s53
1DDY|1|G|G|6021DDY|1|G|G|6020BPh
1DDY|1|G|G|6071DDY|1|G|C|606s53
1DDY|1|G|G|6071DDY|1|G|C|622cWW
1DDY|1|G|G|6071DDY|1|G|G|6070BPh
1DDY|1|G|G|6071DDY|1|G|G|608s35
1DDY|1|G|G|6081DDY|1|G|A|625tSS
1DDY|1|G|G|6081DDY|1|G|C|621cWW
1DDY|1|G|G|6081DDY|1|G|C|622s55
1DDY|1|G|G|6081DDY|1|G|G|607s53
1DDY|1|G|G|6081DDY|1|G|G|6080BPh
1DDY|1|G|G|6081DDY|1|G|U|609s35
1DDY|1|G|G|6101DDY|1|G|C|629ns35
1DDY|1|G|G|6101DDY|1|G|G|610n0BP
1DDY|1|G|G|6101DDY|1|G|G|626s53
1DDY|1|G|G|6101DDY|1|G|G|628cWH
1DDY|1|G|G|6101DDY|1|G|U|615s33
1DDY|1|G|G|6101DDY|1|G|U|627s35
1DDY|1|G|G|6121DDY|1|G|A|634s55
1DDY|1|G|G|6121DDY|1|G|C|613s35
1DDY|1|G|G|6121DDY|1|G|C|633cWW
1DDY|1|G|G|6121DDY|1|G|G|612n0BP
1DDY|1|G|G|6261DDY|1|G|A|620s55
1DDY|1|G|G|6261DDY|1|G|C|619cWW
1DDY|1|G|G|6261DDY|1|G|G|610s35
1DDY|1|G|G|6261DDY|1|G|G|626
1DDY|1|G|G|6261DDY|1|G|G|628s35
1DDY|1|G|G|6281DDY|1|G|C|618cWW
1DDY|1|G|G|6281DDY|1|G|C|619ns55
1DDY|1|G|G|6281DDY|1|G|C|629s35
1DDY|1|G|G|6281DDY|1|G|G|610cHW
1DDY|1|G|G|6281DDY|1|G|G|626s53
1DDY|1|G|G|6281DDY|1|G|G|6280BPh
1DDY|1|G|G|6281DDY|1|G|U|627
1DDY|1|G|G|6301DDY|1|G|A|631
1DDY|1|G|G|6301DDY|1|G|C|611cWW
1DDY|1|G|G|6301DDY|1|G|C|629s33
1DDY|1|G|G|6301DDY|1|G|G|6300BPh
1DDY|1|G|G|6301DDY|1|G|U|627ns33
1DDY|1|G|G|6321DDY|1|G|A|614s53
1DDY|1|G|G|6321DDY|1|G|A|631s53
1DDY|1|G|G|6321DDY|1|G|C|613cWW
1DDY|1|G|G|6321DDY|1|G|C|633s35
1DDY|1|G|U|6091DDY|1|G|A|620cWW
1DDY|1|G|U|6091DDY|1|G|A|625ns53
1DDY|1|G|U|6091DDY|1|G|G|608s53
1DDY|1|G|U|6091DDY|1|G|U|6090BPh
1DDY|1|G|U|6151DDY|1|G|C|611s55
1DDY|1|G|U|6151DDY|1|G|C|629ncWW
1DDY|1|G|U|6151DDY|1|G|G|610s33
1DDY|1|G|U|6151DDY|1|G|U|627tHW
1DDY|1|G|U|6231DDY|1|G|A|625s55
1DDY|1|G|U|6231DDY|1|G|U|623n0BP
1DDY|1|G|U|6271DDY|1|G|C|629cSH
1DDY|1|G|U|6271DDY|1|G|G|610s53
1DDY|1|G|U|6271DDY|1|G|G|630ns33
1DDY|1|G|U|6271DDY|1|G|U|615tWH
1DDY|1|G|U|6271DDY|1|G|U|6270BPh


Base-PairsCount (49)Relative Frequency
cWW340.694
tWW40.082
cWH40.082
tWH10.020
cHS10.020
cSS10.020
tSS40.082
Base-PhosphateCount (103)Relative Frequency
0BPh1031.000
Base-StackingCount (61)Relative Frequency
s33120.197
s53280.459
s55210.344

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)