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NDB ID: UR0008  PDB ID: 1DDY 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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1DDY|1|G|G|6121DDY|1|G|A|634s55
1DDY|1|G|G|6121DDY|1|G|C|613s35
1DDY|1|G|G|6121DDY|1|G|C|633cWW
1DDY|1|G|G|6121DDY|1|G|G|612n0BP
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1DDY|1|G|G|6261DDY|1|G|G|626
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1DDY|1|G|G|6281DDY|1|G|C|619ns55
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1DDY|1|G|G|6281DDY|1|G|U|627
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1DDY|1|G|U|6271DDY|1|G|G|610s53
1DDY|1|G|U|6271DDY|1|G|G|630ns33
1DDY|1|G|U|6271DDY|1|G|U|615tWH
1DDY|1|G|U|6271DDY|1|G|U|6270BPh


Base-PairsCount (49)Relative Frequency
cWW340.694
tWW40.082
cWH40.082
tWH10.020
cHS10.020
cSS10.020
tSS40.082
Base-PhosphateCount (103)Relative Frequency
0BPh1031.000
Base-StackingCount (61)Relative Frequency
s33120.197
s53280.459
s55210.344

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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