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NDB ID: RR0005  PDB ID: 1DK1 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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Base-PairsCount (23)Relative Frequency
cWW200.870
tWH10.043
tWS10.043
tHS10.043
Base-PhosphateCount (45)Relative Frequency
3BPh10.022
7BPh20.044
8BPh10.022
0BPh410.911
Base-StackingCount (34)Relative Frequency
s3310.029
s53160.471
s55170.500

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)