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NDB ID: UH0002  PDB ID: 1EGK 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1EGK|1|A|A|11EGK|1|A|A|1n0BP
1EGK|1|A|A|101EGK|1|A|A|100BPh
1EGK|1|A|A|101EGK|1|A|G|9s53
1EGK|1|A|A|101EGK|1|A|U|11s35
1EGK|1|A|A|191EGK|1|A|A|190BPh
1EGK|1|A|A|191EGK|1|A|G|18s53
1EGK|1|A|A|191EGK|1|A|G|20s35
1EGK|1|A|A|41EGK|1|A|A|40BPh
1EGK|1|A|A|41EGK|1|A|G|3s53
1EGK|1|A|A|41EGK|1|A|G|5s35
1EGK|1|A|A|61EGK|1|A|A|60BPh
1EGK|1|A|A|61EGK|1|A|G|5s53
1EGK|1|A|A|61EGK|1|A|G|7s35
1EGK|1|A|A|81EGK|1|A|A|80BPh
1EGK|1|A|A|81EGK|1|A|G|7s53
1EGK|1|A|A|81EGK|1|A|G|9s35
1EGK|1|A|C|171EGK|1|A|C|170BPh
1EGK|1|A|C|171EGK|1|A|G|16s53
1EGK|1|A|C|171EGK|1|A|G|18s35
1EGK|1|A|G|121EGK|1|A|G|120BPh
1EGK|1|A|G|121EGK|1|A|G|13s35
1EGK|1|A|G|121EGK|1|A|U|11s53
1EGK|1|A|G|131EGK|1|A|G|12s53
1EGK|1|A|G|131EGK|1|A|G|130BPh
1EGK|1|A|G|131EGK|1|A|G|14s35
1EGK|1|A|G|141EGK|1|A|G|13s53
1EGK|1|A|G|141EGK|1|A|G|140BPh
1EGK|1|A|G|141EGK|1|A|U|15s35
1EGK|1|A|G|161EGK|1|A|C|17s35
1EGK|1|A|G|161EGK|1|A|G|160BPh
1EGK|1|A|G|161EGK|1|A|U|15s53
1EGK|1|A|G|181EGK|1|A|A|19s35
1EGK|1|A|G|181EGK|1|A|C|17s53
1EGK|1|A|G|181EGK|1|A|G|180BPh
1EGK|1|A|G|21EGK|1|A|G|20BPh
1EGK|1|A|G|21EGK|1|A|G|3s35
1EGK|1|A|G|201EGK|1|A|A|19s53
1EGK|1|A|G|201EGK|1|A|G|200BPh
1EGK|1|A|G|31EGK|1|A|A|4s35
1EGK|1|A|G|31EGK|1|A|G|2s53
1EGK|1|A|G|31EGK|1|A|G|30BPh
1EGK|1|A|G|51EGK|1|A|A|4s53
1EGK|1|A|G|51EGK|1|A|A|6s35
1EGK|1|A|G|51EGK|1|A|G|50BPh
1EGK|1|A|G|71EGK|1|A|A|6s53
1EGK|1|A|G|71EGK|1|A|A|8s35
1EGK|1|A|G|71EGK|1|A|G|70BPh
1EGK|1|A|G|91EGK|1|A|A|10s35
1EGK|1|A|G|91EGK|1|A|A|8s53
1EGK|1|A|G|91EGK|1|A|G|90BPh
1EGK|1|A|U|111EGK|1|A|A|10s53
1EGK|1|A|U|111EGK|1|A|G|12s35
1EGK|1|A|U|111EGK|1|A|U|110BPh
1EGK|1|A|U|151EGK|1|A|G|14s53
1EGK|1|A|U|151EGK|1|A|G|16s35
1EGK|1|A|U|151EGK|1|A|U|150BPh
1EGK|1|C|A|1041EGK|1|C|A|1040BPh
1EGK|1|C|A|1041EGK|1|C|G|103s53
1EGK|1|C|A|1041EGK|1|C|G|105s35
1EGK|1|C|A|1061EGK|1|C|A|1060BPh
1EGK|1|C|A|1061EGK|1|C|G|105s53
1EGK|1|C|A|1061EGK|1|C|G|107s35
1EGK|1|C|A|1081EGK|1|C|A|1080BPh
1EGK|1|C|A|1081EGK|1|C|G|107s53
1EGK|1|C|A|1081EGK|1|C|G|109s35
1EGK|1|C|A|1101EGK|1|C|A|1100BPh
1EGK|1|C|A|1101EGK|1|C|G|109s53
1EGK|1|C|A|1101EGK|1|C|U|111s35
1EGK|1|C|A|1191EGK|1|C|A|1190BPh
1EGK|1|C|A|1191EGK|1|C|G|118s53
1EGK|1|C|A|1191EGK|1|C|G|120s35
1EGK|1|C|C|1171EGK|1|C|C|1170BPh
1EGK|1|C|C|1171EGK|1|C|G|116s53
1EGK|1|C|C|1171EGK|1|C|G|118s35
1EGK|1|C|G|1021EGK|1|C|G|1020BPh
1EGK|1|C|G|1021EGK|1|C|G|103s35
1EGK|1|C|G|1031EGK|1|C|A|104s35
1EGK|1|C|G|1031EGK|1|C|G|102s53
1EGK|1|C|G|1031EGK|1|C|G|1030BPh
1EGK|1|C|G|1051EGK|1|C|A|104s53
1EGK|1|C|G|1051EGK|1|C|A|106s35
1EGK|1|C|G|1051EGK|1|C|G|1050BPh
1EGK|1|C|G|1071EGK|1|C|A|106s53
1EGK|1|C|G|1071EGK|1|C|A|108s35
1EGK|1|C|G|1071EGK|1|C|G|1070BPh
1EGK|1|C|G|1091EGK|1|C|A|108s53
1EGK|1|C|G|1091EGK|1|C|A|110s35
1EGK|1|C|G|1091EGK|1|C|G|1090BPh
1EGK|1|C|G|1121EGK|1|C|G|1120BPh
1EGK|1|C|G|1121EGK|1|C|G|113s35
1EGK|1|C|G|1121EGK|1|C|U|111s53
1EGK|1|C|G|1131EGK|1|C|G|112s53
1EGK|1|C|G|1131EGK|1|C|G|1130BPh
1EGK|1|C|G|1131EGK|1|C|G|114s35
1EGK|1|C|G|1141EGK|1|C|G|113s53
1EGK|1|C|G|1141EGK|1|C|G|1140BPh
1EGK|1|C|G|1141EGK|1|C|U|115s35
1EGK|1|C|G|1161EGK|1|C|C|117s35
1EGK|1|C|G|1161EGK|1|C|G|1160BPh
1EGK|1|C|G|1161EGK|1|C|U|115s53
1EGK|1|C|G|1181EGK|1|C|A|119s35
1EGK|1|C|G|1181EGK|1|C|C|117s53
1EGK|1|C|G|1181EGK|1|C|G|1180BPh
1EGK|1|C|G|1201EGK|1|C|A|119s53
1EGK|1|C|G|1201EGK|1|C|G|1200BPh
1EGK|1|C|U|1111EGK|1|C|A|110s53
1EGK|1|C|U|1111EGK|1|C|G|112s35
1EGK|1|C|U|1111EGK|1|C|U|1110BPh
1EGK|1|C|U|1151EGK|1|C|G|114s53
1EGK|1|C|U|1151EGK|1|C|G|116s35
1EGK|1|C|U|1151EGK|1|C|U|1150BPh


Base-PairsCount (0)Relative Frequency
Base-PhosphateCount (38)Relative Frequency
0BPh381.000
Base-StackingCount (16)Relative Frequency
s53161.000

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)