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NDB ID: PR0024  PDB ID: 1EIY 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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1EIY|1|C|U|8||||4_5551EIY|1|C|U|8||||4_5550BPh


Base-PairsCount (50)Relative Frequency
cWW440.880
tWW20.040
tWH20.040
tWS20.040
Base-PhosphateCount (118)Relative Frequency
1BPh20.017
0BPh1160.983
Base-StackingCount (84)Relative Frequency
s3380.095
s53420.500
s55340.405

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)