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NDB ID: 1EKZ  PDB ID: 1EKZ 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1EKZ|1|B|A|211EKZ|1|B|A|21n0BP
1EKZ|1|B|A|211EKZ|1|B|C|11s55
1EKZ|1|B|A|211EKZ|1|B|C|22ns35
1EKZ|1|B|A|211EKZ|1|B|G|20s53
1EKZ|1|B|A|211EKZ|1|B|U|10cWW
1EKZ|1|B|A|231EKZ|1|B|A|230BPh
1EKZ|1|B|A|231EKZ|1|B|C|22s53
1EKZ|1|B|A|231EKZ|1|B|G|24s35
1EKZ|1|B|A|231EKZ|1|B|G|9s55
1EKZ|1|B|A|231EKZ|1|B|U|8cWW
1EKZ|1|B|A|31EKZ|1|B|A|30BPh
1EKZ|1|B|A|31EKZ|1|B|C|4s35
1EKZ|1|B|A|31EKZ|1|B|G|2s53
1EKZ|1|B|A|31EKZ|1|B|U|28cWW
1EKZ|1|B|A|51EKZ|1|B|C|4ns53
1EKZ|1|B|A|51EKZ|1|B|G|27s55
1EKZ|1|B|A|51EKZ|1|B|G|6s35
1EKZ|1|B|A|51EKZ|1|B|U|26cWW
1EKZ|1|B|C|111EKZ|1|B|A|21s55
1EKZ|1|B|C|111EKZ|1|B|G|20cWW
1EKZ|1|B|C|111EKZ|1|B|U|10s53
1EKZ|1|B|C|121EKZ|1|B|C|13s35
1EKZ|1|B|C|121EKZ|1|B|G|19cWW
1EKZ|1|B|C|121EKZ|1|B|G|20s55
1EKZ|1|B|C|131EKZ|1|B|C|12s53
1EKZ|1|B|C|131EKZ|1|B|C|130BPh
1EKZ|1|B|C|131EKZ|1|B|G|18cWW
1EKZ|1|B|C|131EKZ|1|B|G|19s55
1EKZ|1|B|C|131EKZ|1|B|U|14s35
1EKZ|1|B|C|161EKZ|1|B|C|160BPh
1EKZ|1|B|C|161EKZ|1|B|G|17s35
1EKZ|1|B|C|161EKZ|1|B|U|14ns33
1EKZ|1|B|C|161EKZ|1|B|U|15ns53n9BP
1EKZ|1|B|C|221EKZ|1|B|A|21ns53
1EKZ|1|B|C|221EKZ|1|B|A|23s35
1EKZ|1|B|C|221EKZ|1|B|C|220BPh
1EKZ|1|B|C|221EKZ|1|B|G|9cWW
1EKZ|1|B|C|251EKZ|1|B|C|250BPh
1EKZ|1|B|C|251EKZ|1|B|G|24s53
1EKZ|1|B|C|251EKZ|1|B|G|6cWW
1EKZ|1|B|C|251EKZ|1|B|U|26s35
1EKZ|1|B|C|291EKZ|1|B|C|290BPh
1EKZ|1|B|C|291EKZ|1|B|C|30s35
1EKZ|1|B|C|291EKZ|1|B|G|2cWW
1EKZ|1|B|C|291EKZ|1|B|U|28s53
1EKZ|1|B|C|301EKZ|1|B|C|29s53
1EKZ|1|B|C|301EKZ|1|B|C|30n0BP
1EKZ|1|B|C|301EKZ|1|B|G|1cWW
1EKZ|1|B|C|301EKZ|1|B|G|2s55
1EKZ|1|B|C|41EKZ|1|B|A|3s53
1EKZ|1|B|C|41EKZ|1|B|A|5ns35
1EKZ|1|B|C|41EKZ|1|B|C|40BPh
1EKZ|1|B|C|41EKZ|1|B|G|27cWW
1EKZ|1|B|C|71EKZ|1|B|G|24cWW
1EKZ|1|B|C|71EKZ|1|B|G|6s53
1EKZ|1|B|C|71EKZ|1|B|U|8s35
1EKZ|1|B|G|11EKZ|1|B|C|30cWW
1EKZ|1|B|G|11EKZ|1|B|G|10BPh
1EKZ|1|B|G|11EKZ|1|B|G|2s35
1EKZ|1|B|G|171EKZ|1|B|C|16s53
1EKZ|1|B|G|171EKZ|1|B|G|17n0BP
1EKZ|1|B|G|171EKZ|1|B|G|18s35
1EKZ|1|B|G|171EKZ|1|B|U|14ncWW
1EKZ|1|B|G|181EKZ|1|B|C|13cWW
1EKZ|1|B|G|181EKZ|1|B|G|17s53
1EKZ|1|B|G|181EKZ|1|B|G|19s35
1EKZ|1|B|G|181EKZ|1|B|U|14ns55
1EKZ|1|B|G|191EKZ|1|B|C|12cWW
1EKZ|1|B|G|191EKZ|1|B|C|13s55
1EKZ|1|B|G|191EKZ|1|B|G|18s53
1EKZ|1|B|G|191EKZ|1|B|G|190BPh
1EKZ|1|B|G|191EKZ|1|B|G|20s35
1EKZ|1|B|G|21EKZ|1|B|A|3s35
1EKZ|1|B|G|21EKZ|1|B|C|29cWW
1EKZ|1|B|G|21EKZ|1|B|C|30s55
1EKZ|1|B|G|21EKZ|1|B|G|1s53
1EKZ|1|B|G|201EKZ|1|B|A|21s35
1EKZ|1|B|G|201EKZ|1|B|C|11cWW
1EKZ|1|B|G|201EKZ|1|B|C|12s55
1EKZ|1|B|G|201EKZ|1|B|G|19s53
1EKZ|1|B|G|201EKZ|1|B|G|200BPh
1EKZ|1|B|G|241EKZ|1|B|A|23s53
1EKZ|1|B|G|241EKZ|1|B|C|25s35
1EKZ|1|B|G|241EKZ|1|B|C|7cWW
1EKZ|1|B|G|241EKZ|1|B|G|240BPh
1EKZ|1|B|G|241EKZ|1|B|U|8s55
1EKZ|1|B|G|271EKZ|1|B|A|5s55
1EKZ|1|B|G|271EKZ|1|B|C|4cWW
1EKZ|1|B|G|271EKZ|1|B|U|26ns53
1EKZ|1|B|G|271EKZ|1|B|U|28s35
1EKZ|1|B|G|61EKZ|1|B|A|5s53
1EKZ|1|B|G|61EKZ|1|B|C|25cWW
1EKZ|1|B|G|61EKZ|1|B|C|7s35
1EKZ|1|B|G|61EKZ|1|B|G|60BPh
1EKZ|1|B|G|61EKZ|1|B|U|26ns55
1EKZ|1|B|G|91EKZ|1|B|A|23s55
1EKZ|1|B|G|91EKZ|1|B|C|22cWW
1EKZ|1|B|G|91EKZ|1|B|G|90BPh
1EKZ|1|B|G|91EKZ|1|B|U|10s35
1EKZ|1|B|G|91EKZ|1|B|U|8s53
1EKZ|1|B|U|101EKZ|1|B|A|21cWW
1EKZ|1|B|U|101EKZ|1|B|C|11s35
1EKZ|1|B|U|101EKZ|1|B|G|9s53
1EKZ|1|B|U|101EKZ|1|B|U|100BPh
1EKZ|1|B|U|141EKZ|1|B|C|13s53
1EKZ|1|B|U|141EKZ|1|B|C|16ns33
1EKZ|1|B|U|141EKZ|1|B|G|17ncWW
1EKZ|1|B|U|141EKZ|1|B|G|18ns55
1EKZ|1|B|U|141EKZ|1|B|U|14n0BP
1EKZ|1|B|U|151EKZ|1|B|C|16ns35
1EKZ|1|B|U|151EKZ|1|B|U|150BPh
1EKZ|1|B|U|261EKZ|1|B|A|5cWW
1EKZ|1|B|U|261EKZ|1|B|C|25s53
1EKZ|1|B|U|261EKZ|1|B|G|27ns35
1EKZ|1|B|U|261EKZ|1|B|G|6ns55
1EKZ|1|B|U|261EKZ|1|B|U|260BPh
1EKZ|1|B|U|281EKZ|1|B|A|3cWW
1EKZ|1|B|U|281EKZ|1|B|C|29s35
1EKZ|1|B|U|281EKZ|1|B|G|27s53
1EKZ|1|B|U|281EKZ|1|B|U|280BPh
1EKZ|1|B|U|81EKZ|1|B|A|23cWW
1EKZ|1|B|U|81EKZ|1|B|C|7s53
1EKZ|1|B|U|81EKZ|1|B|G|24s55
1EKZ|1|B|U|81EKZ|1|B|G|9s35
1EKZ|1|B|U|81EKZ|1|B|U|80BPh


Base-PairsCount (13)Relative Frequency
cWW131.000
Base-PhosphateCount (19)Relative Frequency
0BPh191.000
Base-StackingCount (15)Relative Frequency
s5380.533
s5570.467

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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