NDB ID: 1EKZ PDB ID: 1EKZ 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV FormatNucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
---|
1EKZ|1|B|A|21 | 1EKZ|1|B|A|21 | | | n0BP |
1EKZ|1|B|A|21 | 1EKZ|1|B|C|11 | | s55 | |
1EKZ|1|B|A|21 | 1EKZ|1|B|C|22 | | ns35 | |
1EKZ|1|B|A|21 | 1EKZ|1|B|G|20 | | s53 | |
1EKZ|1|B|A|21 | 1EKZ|1|B|U|10 | cWW | | |
1EKZ|1|B|A|23 | 1EKZ|1|B|A|23 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|A|23 | 1EKZ|1|B|C|22 | | s53 | |
1EKZ|1|B|A|23 | 1EKZ|1|B|G|24 | | s35 | |
1EKZ|1|B|A|23 | 1EKZ|1|B|G|9 | | s55 | |
1EKZ|1|B|A|23 | 1EKZ|1|B|U|8 | cWW | | |
1EKZ|1|B|A|3 | 1EKZ|1|B|A|3 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|A|3 | 1EKZ|1|B|C|4 | | s35 | |
1EKZ|1|B|A|3 | 1EKZ|1|B|G|2 | | s53 | |
1EKZ|1|B|A|3 | 1EKZ|1|B|U|28 | cWW | | |
1EKZ|1|B|A|5 | 1EKZ|1|B|C|4 | | ns53 | |
1EKZ|1|B|A|5 | 1EKZ|1|B|G|27 | | s55 | |
1EKZ|1|B|A|5 | 1EKZ|1|B|G|6 | | s35 | |
1EKZ|1|B|A|5 | 1EKZ|1|B|U|26 | cWW | | |
1EKZ|1|B|C|11 | 1EKZ|1|B|A|21 | | s55 | |
1EKZ|1|B|C|11 | 1EKZ|1|B|G|20 | cWW | | |
1EKZ|1|B|C|11 | 1EKZ|1|B|U|10 | | s53 | |
1EKZ|1|B|C|12 | 1EKZ|1|B|C|13 | | s35 | |
1EKZ|1|B|C|12 | 1EKZ|1|B|G|19 | cWW | | |
1EKZ|1|B|C|12 | 1EKZ|1|B|G|20 | | s55 | |
1EKZ|1|B|C|13 | 1EKZ|1|B|C|12 | | s53 | |
1EKZ|1|B|C|13 | 1EKZ|1|B|C|13 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|C|13 | 1EKZ|1|B|G|18 | cWW | | |
1EKZ|1|B|C|13 | 1EKZ|1|B|G|19 | | s55 | |
1EKZ|1|B|C|13 | 1EKZ|1|B|U|14 | | s35 | |
1EKZ|1|B|C|16 | 1EKZ|1|B|C|16 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|C|16 | 1EKZ|1|B|G|17 | | s35 | |
1EKZ|1|B|C|16 | 1EKZ|1|B|U|14 | | ns33 | |
1EKZ|1|B|C|16 | 1EKZ|1|B|U|15 | | ns53 | n9BP |
1EKZ|1|B|C|22 | 1EKZ|1|B|A|21 | | ns53 | |
1EKZ|1|B|C|22 | 1EKZ|1|B|A|23 | | s35 | |
1EKZ|1|B|C|22 | 1EKZ|1|B|C|22 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|C|22 | 1EKZ|1|B|G|9 | cWW | | |
1EKZ|1|B|C|25 | 1EKZ|1|B|C|25 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|C|25 | 1EKZ|1|B|G|24 | | s53 | |
1EKZ|1|B|C|25 | 1EKZ|1|B|G|6 | cWW | | |
1EKZ|1|B|C|25 | 1EKZ|1|B|U|26 | | s35 | |
1EKZ|1|B|C|29 | 1EKZ|1|B|C|29 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|C|29 | 1EKZ|1|B|C|30 | | s35 | |
1EKZ|1|B|C|29 | 1EKZ|1|B|G|2 | cWW | | |
1EKZ|1|B|C|29 | 1EKZ|1|B|U|28 | | s53 | |
1EKZ|1|B|C|30 | 1EKZ|1|B|C|29 | | s53 | |
1EKZ|1|B|C|30 | 1EKZ|1|B|C|30 | | | n0BP |
1EKZ|1|B|C|30 | 1EKZ|1|B|G|1 | cWW | | |
1EKZ|1|B|C|30 | 1EKZ|1|B|G|2 | | s55 | |
1EKZ|1|B|C|4 | 1EKZ|1|B|A|3 | | s53 | |
1EKZ|1|B|C|4 | 1EKZ|1|B|A|5 | | ns35 | |
1EKZ|1|B|C|4 | 1EKZ|1|B|C|4 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|C|4 | 1EKZ|1|B|G|27 | cWW | | |
1EKZ|1|B|C|7 | 1EKZ|1|B|G|24 | cWW | | |
1EKZ|1|B|C|7 | 1EKZ|1|B|G|6 | | s53 | |
1EKZ|1|B|C|7 | 1EKZ|1|B|U|8 | | s35 | |
1EKZ|1|B|G|1 | 1EKZ|1|B|C|30 | cWW | | |
1EKZ|1|B|G|1 | 1EKZ|1|B|G|1 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|G|1 | 1EKZ|1|B|G|2 | | s35 | |
1EKZ|1|B|G|17 | 1EKZ|1|B|C|16 | | s53 | |
1EKZ|1|B|G|17 | 1EKZ|1|B|G|17 | | | n0BP |
1EKZ|1|B|G|17 | 1EKZ|1|B|G|18 | | s35 | |
1EKZ|1|B|G|17 | 1EKZ|1|B|U|14 | ncWW | | |
1EKZ|1|B|G|18 | 1EKZ|1|B|C|13 | cWW | | |
1EKZ|1|B|G|18 | 1EKZ|1|B|G|17 | | s53 | |
1EKZ|1|B|G|18 | 1EKZ|1|B|G|19 | | s35 | |
1EKZ|1|B|G|18 | 1EKZ|1|B|U|14 | | ns55 | |
1EKZ|1|B|G|19 | 1EKZ|1|B|C|12 | cWW | | |
1EKZ|1|B|G|19 | 1EKZ|1|B|C|13 | | s55 | |
1EKZ|1|B|G|19 | 1EKZ|1|B|G|18 | | s53 | |
1EKZ|1|B|G|19 | 1EKZ|1|B|G|19 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|G|19 | 1EKZ|1|B|G|20 | | s35 | |
1EKZ|1|B|G|2 | 1EKZ|1|B|A|3 | | s35 | |
1EKZ|1|B|G|2 | 1EKZ|1|B|C|29 | cWW | | |
1EKZ|1|B|G|2 | 1EKZ|1|B|C|30 | | s55 | |
1EKZ|1|B|G|2 | 1EKZ|1|B|G|1 | | s53 | |
1EKZ|1|B|G|20 | 1EKZ|1|B|A|21 | | s35 | |
1EKZ|1|B|G|20 | 1EKZ|1|B|C|11 | cWW | | |
1EKZ|1|B|G|20 | 1EKZ|1|B|C|12 | | s55 | |
1EKZ|1|B|G|20 | 1EKZ|1|B|G|19 | | s53 | |
1EKZ|1|B|G|20 | 1EKZ|1|B|G|20 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|G|24 | 1EKZ|1|B|A|23 | | s53 | |
1EKZ|1|B|G|24 | 1EKZ|1|B|C|25 | | s35 | |
1EKZ|1|B|G|24 | 1EKZ|1|B|C|7 | cWW | | |
1EKZ|1|B|G|24 | 1EKZ|1|B|G|24 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|G|24 | 1EKZ|1|B|U|8 | | s55 | |
1EKZ|1|B|G|27 | 1EKZ|1|B|A|5 | | s55 | |
1EKZ|1|B|G|27 | 1EKZ|1|B|C|4 | cWW | | |
1EKZ|1|B|G|27 | 1EKZ|1|B|U|26 | | ns53 | |
1EKZ|1|B|G|27 | 1EKZ|1|B|U|28 | | s35 | |
1EKZ|1|B|G|6 | 1EKZ|1|B|A|5 | | s53 | |
1EKZ|1|B|G|6 | 1EKZ|1|B|C|25 | cWW | | |
1EKZ|1|B|G|6 | 1EKZ|1|B|C|7 | | s35 | |
1EKZ|1|B|G|6 | 1EKZ|1|B|G|6 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|G|6 | 1EKZ|1|B|U|26 | | ns55 | |
1EKZ|1|B|G|9 | 1EKZ|1|B|A|23 | | s55 | |
1EKZ|1|B|G|9 | 1EKZ|1|B|C|22 | cWW | | |
1EKZ|1|B|G|9 | 1EKZ|1|B|G|9 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|G|9 | 1EKZ|1|B|U|10 | | s35 | |
1EKZ|1|B|G|9 | 1EKZ|1|B|U|8 | | s53 | |
1EKZ|1|B|U|10 | 1EKZ|1|B|A|21 | cWW | | |
1EKZ|1|B|U|10 | 1EKZ|1|B|C|11 | | s35 | |
1EKZ|1|B|U|10 | 1EKZ|1|B|G|9 | | s53 | |
1EKZ|1|B|U|10 | 1EKZ|1|B|U|10 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|U|14 | 1EKZ|1|B|C|13 | | s53 | |
1EKZ|1|B|U|14 | 1EKZ|1|B|C|16 | | ns33 | |
1EKZ|1|B|U|14 | 1EKZ|1|B|G|17 | ncWW | | |
1EKZ|1|B|U|14 | 1EKZ|1|B|G|18 | | ns55 | |
1EKZ|1|B|U|14 | 1EKZ|1|B|U|14 | | | n0BP |
1EKZ|1|B|U|15 | 1EKZ|1|B|C|16 | | ns35 | |
1EKZ|1|B|U|15 | 1EKZ|1|B|U|15 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|U|26 | 1EKZ|1|B|A|5 | cWW | | |
1EKZ|1|B|U|26 | 1EKZ|1|B|C|25 | | s53 | |
1EKZ|1|B|U|26 | 1EKZ|1|B|G|27 | | ns35 | |
1EKZ|1|B|U|26 | 1EKZ|1|B|G|6 | | ns55 | |
1EKZ|1|B|U|26 | 1EKZ|1|B|U|26 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|U|28 | 1EKZ|1|B|A|3 | cWW | | |
1EKZ|1|B|U|28 | 1EKZ|1|B|C|29 | | s35 | |
1EKZ|1|B|U|28 | 1EKZ|1|B|G|27 | | s53 | |
1EKZ|1|B|U|28 | 1EKZ|1|B|U|28 | | | 0BPh |
1EKZ|1|B|U|8 | 1EKZ|1|B|A|23 | cWW | | |
1EKZ|1|B|U|8 | 1EKZ|1|B|C|7 | | s53 | |
1EKZ|1|B|U|8 | 1EKZ|1|B|G|24 | | s55 | |
1EKZ|1|B|U|8 | 1EKZ|1|B|G|9 | | s35 | |
1EKZ|1|B|U|8 | 1EKZ|1|B|U|8 | | | 0BPh |
Base-Pairs | Count (13) | Relative Frequency |
---|
cWW | 13 | 1.000 |
Base-Phosphate | Count (19) | Relative Frequency |
---|
0BPh | 19 | 1.000 |
Base-Stacking | Count (15) | Relative Frequency |
---|
s53 | 8 | 0.533 |
s55 | 7 | 0.467 |