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NDB ID: TR0002  PDB ID: 1EVV 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1EVV|1|A|A|141EVV|1|A|A|21ncWS
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1EVV|1|A|A|211EVV|1|A|A|14ncSW
1EVV|1|A|A|211EVV|1|A|C|48s55
1EVV|1|A|A|211EVV|1|A|U|8tSS
1EVV|1|A|A|231EVV|1|A|A|230BPh
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1EVV|1|A|A|231EVV|1|A|G|24s35
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1EVV|1|A|U|501EVV|1|A|G|51s35
1EVV|1|A|U|501EVV|1|A|G|65s55
1EVV|1|A|U|501EVV|1|A|U|500BPh
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1EVV|1|A|U|521EVV|1|A|G|51s53
1EVV|1|A|U|521EVV|1|A|G|53s35
1EVV|1|A|U|521EVV|1|A|U|520BPh
1EVV|1|A|U|591EVV|1|A|C|48ns53
1EVV|1|A|U|591EVV|1|A|C|60s35
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1EVV|1|A|U|591EVV|1|A|U|590BPh
1EVV|1|A|U|61EVV|1|A|A|5s53
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1EVV|1|A|U|61EVV|1|A|U|60BPh
1EVV|1|A|U|61EVV|1|A|U|7s35
1EVV|1|A|U|681EVV|1|A|A|5cWW
1EVV|1|A|U|681EVV|1|A|A|67s53
1EVV|1|A|U|681EVV|1|A|U|680BPh
1EVV|1|A|U|681EVV|1|A|U|69s35
1EVV|1|A|U|691EVV|1|A|A|5ns55
1EVV|1|A|U|691EVV|1|A|C|70s35
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1EVV|1|A|U|691EVV|1|A|U|68s53
1EVV|1|A|U|691EVV|1|A|U|690BPh
1EVV|1|A|U|71EVV|1|A|A|66cWW
1EVV|1|A|U|71EVV|1|A|A|67s55
1EVV|1|A|U|71EVV|1|A|U|6s53
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1EVV|1|A|U|81EVV|1|A|A|21tSS
1EVV|1|A|U|81EVV|1|A|C|13s33
1EVV|1|A|U|81EVV|1|A|G|15s55
1EVV|1|A|U|81EVV|1|A|U|80BPh


Base-PairsCount (22)Relative Frequency
cWW180.818
tWW10.045
tWH10.045
tHH10.045
tSS10.045
Base-PhosphateCount (57)Relative Frequency
6BPh20.035
7BPh10.018
8BPh10.018
0BPh530.930
Base-StackingCount (37)Relative Frequency
s3330.081
s53190.514
s55150.405

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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