NDB ID: TR0002 PDB ID: 1EVV 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV FormatNucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
---|
1EVV|1|A|A|14 | 1EVV|1|A|A|21 | ncWS | | |
1EVV|1|A|A|14 | 1EVV|1|A|G|15 | | s35 | |
1EVV|1|A|A|14 | 1EVV|1|A|G|22 | | s55 | |
1EVV|1|A|A|14 | 1EVV|1|A|U|8 | tHW | | |
1EVV|1|A|A|21 | 1EVV|1|A|A|14 | ncSW | | |
1EVV|1|A|A|21 | 1EVV|1|A|C|48 | | s55 | |
1EVV|1|A|A|21 | 1EVV|1|A|U|8 | tSS | | |
1EVV|1|A|A|23 | 1EVV|1|A|A|23 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|23 | 1EVV|1|A|A|9 | tHH | | |
1EVV|1|A|A|23 | 1EVV|1|A|C|13 | | ns55 | |
1EVV|1|A|A|23 | 1EVV|1|A|G|22 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|23 | 1EVV|1|A|G|24 | | s35 | |
1EVV|1|A|A|23 | 1EVV|1|A|U|12 | cWW | | |
1EVV|1|A|A|29 | 1EVV|1|A|A|29 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|29 | 1EVV|1|A|C|28 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|29 | 1EVV|1|A|G|30 | | s35 | |
1EVV|1|A|A|29 | 1EVV|1|A|G|42 | | s55 | |
1EVV|1|A|A|29 | 1EVV|1|A|U|41 | cWW | | |
1EVV|1|A|A|31 | 1EVV|1|A|A|31 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|31 | 1EVV|1|A|G|30 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|35 | 1EVV|1|A|A|35 | | | n0BP |
1EVV|1|A|A|35 | 1EVV|1|A|A|36 | | s35 | |
1EVV|1|A|A|36 | 1EVV|1|A|A|35 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|36 | 1EVV|1|A|A|36 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|36 | 1EVV|1|A|U|33 | ntHS | | |
1EVV|1|A|A|38 | 1EVV|1|A|A|38 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|44 | 1EVV|1|A|A|44 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|44 | 1EVV|1|A|G|43 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|44 | 1EVV|1|A|G|45 | | s35 | |
1EVV|1|A|A|5 | 1EVV|1|A|A|5 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|5 | 1EVV|1|A|G|4 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|5 | 1EVV|1|A|U|6 | | s35 | |
1EVV|1|A|A|5 | 1EVV|1|A|U|68 | cWW | | |
1EVV|1|A|A|5 | 1EVV|1|A|U|69 | | ns55 | |
1EVV|1|A|A|62 | 1EVV|1|A|A|62 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|62 | 1EVV|1|A|C|61 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|62 | 1EVV|1|A|C|63 | | s35 | |
1EVV|1|A|A|62 | 1EVV|1|A|G|53 | | s55 | |
1EVV|1|A|A|62 | 1EVV|1|A|U|52 | cWW | | |
1EVV|1|A|A|64 | 1EVV|1|A|A|64 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|64 | 1EVV|1|A|C|63 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|64 | 1EVV|1|A|G|51 | | s55 | |
1EVV|1|A|A|64 | 1EVV|1|A|G|65 | | s35 | |
1EVV|1|A|A|64 | 1EVV|1|A|U|50 | cWW | | |
1EVV|1|A|A|66 | 1EVV|1|A|A|66 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|66 | 1EVV|1|A|A|67 | | s35 | |
1EVV|1|A|A|66 | 1EVV|1|A|G|65 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|66 | 1EVV|1|A|U|7 | cWW | | |
1EVV|1|A|A|67 | 1EVV|1|A|A|66 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|67 | 1EVV|1|A|A|67 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|67 | 1EVV|1|A|U|6 | cWW | | |
1EVV|1|A|A|67 | 1EVV|1|A|U|68 | | s35 | |
1EVV|1|A|A|67 | 1EVV|1|A|U|7 | | s55 | |
1EVV|1|A|A|73 | 1EVV|1|A|A|73 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|A|73 | 1EVV|1|A|C|72 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|73 | 1EVV|1|A|C|74 | | s35 | |
1EVV|1|A|A|73 | 1EVV|1|A|G|1 | | s55 | |
1EVV|1|A|A|76 | 1EVV|1|A|A|76 | | | n0BP |
1EVV|1|A|A|9 | 1EVV|1|A|A|23 | tHH | | 6BPh |
1EVV|1|A|A|9 | 1EVV|1|A|G|22 | | s53 | |
1EVV|1|A|A|9 | 1EVV|1|A|G|45 | | s33 | |
1EVV|1|A|C|11 | 1EVV|1|A|A|9 | | | |
1EVV|1|A|C|11 | 1EVV|1|A|C|11 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|11 | 1EVV|1|A|G|24 | cWW | | |
1EVV|1|A|C|11 | 1EVV|1|A|U|12 | | s35 | |
1EVV|1|A|C|13 | 1EVV|1|A|A|23 | | ns55 | |
1EVV|1|A|C|13 | 1EVV|1|A|A|9 | | | 7BPh |
1EVV|1|A|C|13 | 1EVV|1|A|G|22 | cWW | | |
1EVV|1|A|C|13 | 1EVV|1|A|U|12 | | s53 | |
1EVV|1|A|C|13 | 1EVV|1|A|U|8 | | s33 | |
1EVV|1|A|C|2 | 1EVV|1|A|C|2 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|2 | 1EVV|1|A|G|1 | | s53 | |
1EVV|1|A|C|2 | 1EVV|1|A|G|3 | | s35 | |
1EVV|1|A|C|2 | 1EVV|1|A|G|71 | cWW | | |
1EVV|1|A|C|25 | 1EVV|1|A|C|25 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|25 | 1EVV|1|A|G|24 | | s53 | |
1EVV|1|A|C|27 | 1EVV|1|A|C|27 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|27 | 1EVV|1|A|C|28 | | s35 | |
1EVV|1|A|C|27 | 1EVV|1|A|G|43 | cWW | | |
1EVV|1|A|C|28 | 1EVV|1|A|A|29 | | s35 | |
1EVV|1|A|C|28 | 1EVV|1|A|C|27 | | s53 | |
1EVV|1|A|C|28 | 1EVV|1|A|C|28 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|28 | 1EVV|1|A|G|42 | cWW | | |
1EVV|1|A|C|28 | 1EVV|1|A|G|43 | | s55 | |
1EVV|1|A|C|48 | 1EVV|1|A|A|21 | | s55 | |
1EVV|1|A|C|48 | 1EVV|1|A|C|48 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|48 | 1EVV|1|A|G|15 | tWW | | |
1EVV|1|A|C|48 | 1EVV|1|A|U|59 | | ns35 | |
1EVV|1|A|C|56 | 1EVV|1|A|C|56 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|56 | 1EVV|1|A|G|19 | cWW | | |
1EVV|1|A|C|56 | 1EVV|1|A|G|57 | | s35 | |
1EVV|1|A|C|60 | 1EVV|1|A|C|60 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|60 | 1EVV|1|A|G|19 | | | 6BPh |
1EVV|1|A|C|60 | 1EVV|1|A|U|59 | | s53 | n9BP |
1EVV|1|A|C|61 | 1EVV|1|A|A|62 | | s35 | |
1EVV|1|A|C|61 | 1EVV|1|A|C|60 | | | 8BPh |
1EVV|1|A|C|61 | 1EVV|1|A|C|61 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|61 | 1EVV|1|A|G|53 | cWW | | |
1EVV|1|A|C|63 | 1EVV|1|A|A|62 | | s53 | |
1EVV|1|A|C|63 | 1EVV|1|A|A|64 | | s35 | |
1EVV|1|A|C|63 | 1EVV|1|A|C|63 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|63 | 1EVV|1|A|G|51 | cWW | | |
1EVV|1|A|C|70 | 1EVV|1|A|C|70 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|70 | 1EVV|1|A|G|3 | cWW | | |
1EVV|1|A|C|70 | 1EVV|1|A|G|4 | | s55 | |
1EVV|1|A|C|70 | 1EVV|1|A|G|71 | | s35 | |
1EVV|1|A|C|70 | 1EVV|1|A|U|69 | | s53 | |
1EVV|1|A|C|72 | 1EVV|1|A|A|73 | | s35 | |
1EVV|1|A|C|72 | 1EVV|1|A|C|72 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|72 | 1EVV|1|A|G|1 | cWW | | |
1EVV|1|A|C|72 | 1EVV|1|A|G|71 | | s53 | |
1EVV|1|A|C|74 | 1EVV|1|A|A|73 | | s53 | |
1EVV|1|A|C|74 | 1EVV|1|A|C|74 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|C|74 | 1EVV|1|A|C|75 | | s35 | |
1EVV|1|A|C|75 | 1EVV|1|A|C|74 | | s53 | n9BP |
1EVV|1|A|C|75 | 1EVV|1|A|C|75 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|1 | 1EVV|1|A|A|73 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|1 | 1EVV|1|A|C|2 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|1 | 1EVV|1|A|C|72 | cWW | | |
1EVV|1|A|G|1 | 1EVV|1|A|G|1 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|15 | 1EVV|1|A|A|14 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|15 | 1EVV|1|A|C|48 | tWW | | |
1EVV|1|A|G|15 | 1EVV|1|A|G|15 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|15 | 1EVV|1|A|U|59 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|15 | 1EVV|1|A|U|8 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|18 | 1EVV|1|A|G|18 | | | n0BP |
1EVV|1|A|G|18 | 1EVV|1|A|G|57 | | s33 | |
1EVV|1|A|G|19 | 1EVV|1|A|C|56 | cWW | | |
1EVV|1|A|G|19 | 1EVV|1|A|G|19 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|19 | 1EVV|1|A|G|57 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|20 | 1EVV|1|A|G|20 | | | n0BP |
1EVV|1|A|G|20 | 1EVV|1|A|G|22 | | | |
1EVV|1|A|G|22 | 1EVV|1|A|A|14 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|22 | 1EVV|1|A|A|21 | | | |
1EVV|1|A|G|22 | 1EVV|1|A|A|23 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|22 | 1EVV|1|A|A|9 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|22 | 1EVV|1|A|C|13 | cWW | | |
1EVV|1|A|G|22 | 1EVV|1|A|G|22 | | | n0BP |
1EVV|1|A|G|24 | 1EVV|1|A|A|23 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|24 | 1EVV|1|A|C|11 | cWW | | |
1EVV|1|A|G|24 | 1EVV|1|A|C|25 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|24 | 1EVV|1|A|G|24 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|24 | 1EVV|1|A|U|12 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|3 | 1EVV|1|A|C|2 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|3 | 1EVV|1|A|C|70 | cWW | | |
1EVV|1|A|G|3 | 1EVV|1|A|G|3 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|3 | 1EVV|1|A|G|4 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|3 | 1EVV|1|A|G|71 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|30 | 1EVV|1|A|A|29 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|30 | 1EVV|1|A|A|31 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|30 | 1EVV|1|A|G|30 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|30 | 1EVV|1|A|U|41 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|4 | 1EVV|1|A|A|5 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|4 | 1EVV|1|A|C|70 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|4 | 1EVV|1|A|G|3 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|4 | 1EVV|1|A|G|4 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|4 | 1EVV|1|A|U|69 | cWW | | |
1EVV|1|A|G|42 | 1EVV|1|A|A|29 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|42 | 1EVV|1|A|C|28 | cWW | | |
1EVV|1|A|G|42 | 1EVV|1|A|G|42 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|42 | 1EVV|1|A|G|43 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|42 | 1EVV|1|A|U|41 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|43 | 1EVV|1|A|A|44 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|43 | 1EVV|1|A|C|27 | cWW | | |
1EVV|1|A|G|43 | 1EVV|1|A|C|28 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|43 | 1EVV|1|A|G|42 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|43 | 1EVV|1|A|G|43 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|45 | 1EVV|1|A|A|44 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|45 | 1EVV|1|A|A|9 | | s33 | |
1EVV|1|A|G|45 | 1EVV|1|A|G|45 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|51 | 1EVV|1|A|A|64 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|51 | 1EVV|1|A|C|63 | cWW | | |
1EVV|1|A|G|51 | 1EVV|1|A|G|51 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|51 | 1EVV|1|A|U|50 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|51 | 1EVV|1|A|U|52 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|53 | 1EVV|1|A|A|62 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|53 | 1EVV|1|A|C|61 | cWW | | |
1EVV|1|A|G|53 | 1EVV|1|A|G|53 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|53 | 1EVV|1|A|U|52 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|57 | 1EVV|1|A|C|56 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|57 | 1EVV|1|A|G|18 | | s33 | |
1EVV|1|A|G|57 | 1EVV|1|A|G|19 | | s55 | n3BP |
1EVV|1|A|G|57 | 1EVV|1|A|G|57 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|65 | 1EVV|1|A|A|64 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|65 | 1EVV|1|A|A|66 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|65 | 1EVV|1|A|G|65 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|G|65 | 1EVV|1|A|U|50 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|71 | 1EVV|1|A|C|2 | cWW | | |
1EVV|1|A|G|71 | 1EVV|1|A|C|70 | | s53 | |
1EVV|1|A|G|71 | 1EVV|1|A|C|72 | | s35 | |
1EVV|1|A|G|71 | 1EVV|1|A|G|3 | | s55 | |
1EVV|1|A|G|71 | 1EVV|1|A|G|71 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|12 | 1EVV|1|A|A|23 | cWW | | |
1EVV|1|A|U|12 | 1EVV|1|A|C|11 | | s53 | |
1EVV|1|A|U|12 | 1EVV|1|A|C|13 | | s35 | |
1EVV|1|A|U|12 | 1EVV|1|A|G|24 | | s55 | |
1EVV|1|A|U|12 | 1EVV|1|A|U|12 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|33 | 1EVV|1|A|A|36 | ntSH | | n5BP |
1EVV|1|A|U|33 | 1EVV|1|A|U|33 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|41 | 1EVV|1|A|A|29 | cWW | | |
1EVV|1|A|U|41 | 1EVV|1|A|G|30 | | s55 | |
1EVV|1|A|U|41 | 1EVV|1|A|G|42 | | s35 | |
1EVV|1|A|U|41 | 1EVV|1|A|U|41 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|47 | 1EVV|1|A|U|47 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|50 | 1EVV|1|A|A|64 | cWW | | |
1EVV|1|A|U|50 | 1EVV|1|A|G|51 | | s35 | |
1EVV|1|A|U|50 | 1EVV|1|A|G|65 | | s55 | |
1EVV|1|A|U|50 | 1EVV|1|A|U|50 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|52 | 1EVV|1|A|A|62 | cWW | | |
1EVV|1|A|U|52 | 1EVV|1|A|G|51 | | s53 | |
1EVV|1|A|U|52 | 1EVV|1|A|G|53 | | s35 | |
1EVV|1|A|U|52 | 1EVV|1|A|U|52 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|59 | 1EVV|1|A|C|48 | | ns53 | |
1EVV|1|A|U|59 | 1EVV|1|A|C|60 | | s35 | |
1EVV|1|A|U|59 | 1EVV|1|A|G|15 | | s53 | |
1EVV|1|A|U|59 | 1EVV|1|A|U|59 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|6 | 1EVV|1|A|A|5 | | s53 | |
1EVV|1|A|U|6 | 1EVV|1|A|A|67 | cWW | | |
1EVV|1|A|U|6 | 1EVV|1|A|U|6 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|6 | 1EVV|1|A|U|7 | | s35 | |
1EVV|1|A|U|68 | 1EVV|1|A|A|5 | cWW | | |
1EVV|1|A|U|68 | 1EVV|1|A|A|67 | | s53 | |
1EVV|1|A|U|68 | 1EVV|1|A|U|68 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|68 | 1EVV|1|A|U|69 | | s35 | |
1EVV|1|A|U|69 | 1EVV|1|A|A|5 | | ns55 | |
1EVV|1|A|U|69 | 1EVV|1|A|C|70 | | s35 | |
1EVV|1|A|U|69 | 1EVV|1|A|G|4 | cWW | | |
1EVV|1|A|U|69 | 1EVV|1|A|U|68 | | s53 | |
1EVV|1|A|U|69 | 1EVV|1|A|U|69 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|7 | 1EVV|1|A|A|66 | cWW | | |
1EVV|1|A|U|7 | 1EVV|1|A|A|67 | | s55 | |
1EVV|1|A|U|7 | 1EVV|1|A|U|6 | | s53 | |
1EVV|1|A|U|7 | 1EVV|1|A|U|7 | | | 0BPh |
1EVV|1|A|U|8 | 1EVV|1|A|A|14 | tWH | | |
1EVV|1|A|U|8 | 1EVV|1|A|A|21 | tSS | | |
1EVV|1|A|U|8 | 1EVV|1|A|C|13 | | s33 | |
1EVV|1|A|U|8 | 1EVV|1|A|G|15 | | s55 | |
1EVV|1|A|U|8 | 1EVV|1|A|U|8 | | | 0BPh |
Base-Pairs | Count (22) | Relative Frequency |
---|
cWW | 18 | 0.818 |
tWW | 1 | 0.045 |
tWH | 1 | 0.045 |
tHH | 1 | 0.045 |
tSS | 1 | 0.045 |
Base-Phosphate | Count (57) | Relative Frequency |
---|
6BPh | 2 | 0.035 |
7BPh | 1 | 0.018 |
8BPh | 1 | 0.018 |
0BPh | 53 | 0.930 |
Base-Stacking | Count (37) | Relative Frequency |
---|
s33 | 3 | 0.081 |
s53 | 19 | 0.514 |
s55 | 15 | 0.405 |