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NDB ID: 1EXY  PDB ID: 1EXY 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1EXY|1|A|A|111EXY|1|A|A|110BPh
1EXY|1|A|A|111EXY|1|A|A|19s55
1EXY|1|A|A|111EXY|1|A|C|12s35
1EXY|1|A|A|111EXY|1|A|G|17ns33
1EXY|1|A|A|111EXY|1|A|U|10s53
1EXY|1|A|A|111EXY|1|A|U|18cWW
1EXY|1|A|A|151EXY|1|A|A|150BPh
1EXY|1|A|A|151EXY|1|A|A|16s35
1EXY|1|A|A|151EXY|1|A|C|14
1EXY|1|A|A|161EXY|1|A|A|15s53
1EXY|1|A|A|161EXY|1|A|G|13tHS
1EXY|1|A|A|161EXY|1|A|G|17s35
1EXY|1|A|A|191EXY|1|A|A|11s55
1EXY|1|A|A|191EXY|1|A|C|20s35
1EXY|1|A|A|191EXY|1|A|G|9ns33
1EXY|1|A|A|191EXY|1|A|U|10cWW
1EXY|1|A|A|191EXY|1|A|U|18s53
1EXY|1|A|A|221EXY|1|A|C|23s35
1EXY|1|A|A|221EXY|1|A|G|8s33
1EXY|1|A|A|221EXY|1|A|G|9tHS
1EXY|1|A|A|221EXY|1|A|U|10ns55
1EXY|1|A|A|271EXY|1|A|A|27n0BP
1EXY|1|A|A|271EXY|1|A|C|28s35
1EXY|1|A|A|271EXY|1|A|C|6ntHS
1EXY|1|A|A|271EXY|1|A|G|25ncHS
1EXY|1|A|A|271EXY|1|A|G|5ns33
1EXY|1|A|A|271EXY|1|A|U|26ncHS
1EXY|1|A|C|121EXY|1|A|A|11s53
1EXY|1|A|C|121EXY|1|A|C|120BPh
1EXY|1|A|C|121EXY|1|A|G|13s35
1EXY|1|A|C|121EXY|1|A|G|17cWW
1EXY|1|A|C|141EXY|1|A|A|15
1EXY|1|A|C|141EXY|1|A|C|140BPh
1EXY|1|A|C|141EXY|1|A|G|13
1EXY|1|A|C|201EXY|1|A|A|19s53
1EXY|1|A|C|201EXY|1|A|C|23ncSH
1EXY|1|A|C|201EXY|1|A|G|9cWW
1EXY|1|A|C|231EXY|1|A|A|22s53n9BP
1EXY|1|A|C|231EXY|1|A|C|20ncHS
1EXY|1|A|C|231EXY|1|A|G|8cWW
1EXY|1|A|C|281EXY|1|A|A|27s539BPh
1EXY|1|A|C|281EXY|1|A|C|280BPh
1EXY|1|A|C|281EXY|1|A|G|29ncWH
1EXY|1|A|C|281EXY|1|A|G|5cWW
1EXY|1|A|C|301EXY|1|A|C|300BPh
1EXY|1|A|C|301EXY|1|A|G|29s53
1EXY|1|A|C|301EXY|1|A|G|3cWW
1EXY|1|A|C|301EXY|1|A|U|31s35
1EXY|1|A|C|321EXY|1|A|C|320BPh
1EXY|1|A|C|321EXY|1|A|G|1cWW
1EXY|1|A|C|321EXY|1|A|G|2s55
1EXY|1|A|C|321EXY|1|A|U|31s53
1EXY|1|A|C|331EXY|1|A|C|33n0BP
1EXY|1|A|C|41EXY|1|A|C|40BPh
1EXY|1|A|C|41EXY|1|A|G|29cWW
1EXY|1|A|C|41EXY|1|A|G|3s53
1EXY|1|A|C|41EXY|1|A|G|5ns35
1EXY|1|A|C|61EXY|1|A|A|27ntSH
1EXY|1|A|C|61EXY|1|A|C|7s35
1EXY|1|A|C|61EXY|1|A|G|25cWW
1EXY|1|A|C|61EXY|1|A|G|5ns53
1EXY|1|A|C|71EXY|1|A|C|6s53
1EXY|1|A|C|71EXY|1|A|G|24cWW
1EXY|1|A|C|71EXY|1|A|G|25ns55
1EXY|1|A|C|71EXY|1|A|G|8ns35
1EXY|1|A|G|11EXY|1|A|C|32cWW
1EXY|1|A|G|11EXY|1|A|G|2s35
1EXY|1|A|G|131EXY|1|A|A|16tSH
1EXY|1|A|G|131EXY|1|A|C|12s53
1EXY|1|A|G|131EXY|1|A|G|130BPh
1EXY|1|A|G|131EXY|1|A|G|17ns55
1EXY|1|A|G|171EXY|1|A|A|11ns33
1EXY|1|A|G|171EXY|1|A|A|16s53
1EXY|1|A|G|171EXY|1|A|C|12cWW
1EXY|1|A|G|171EXY|1|A|G|13ns55
1EXY|1|A|G|171EXY|1|A|G|170BPh
1EXY|1|A|G|171EXY|1|A|U|18s35
1EXY|1|A|G|21EXY|1|A|C|32s55
1EXY|1|A|G|21EXY|1|A|G|1s53
1EXY|1|A|G|21EXY|1|A|G|20BPh
1EXY|1|A|G|21EXY|1|A|G|3s35
1EXY|1|A|G|21EXY|1|A|U|31cWW
1EXY|1|A|G|241EXY|1|A|C|23
1EXY|1|A|G|241EXY|1|A|C|7cWW
1EXY|1|A|G|241EXY|1|A|G|24n0BP
1EXY|1|A|G|241EXY|1|A|G|25s35
1EXY|1|A|G|241EXY|1|A|G|8s55
1EXY|1|A|G|251EXY|1|A|A|27ncSH
1EXY|1|A|G|251EXY|1|A|C|6cWW
1EXY|1|A|G|251EXY|1|A|C|7ns55
1EXY|1|A|G|251EXY|1|A|G|24s53
1EXY|1|A|G|251EXY|1|A|G|25n0BP
1EXY|1|A|G|251EXY|1|A|U|26s35
1EXY|1|A|G|291EXY|1|A|C|28ncHW
1EXY|1|A|G|291EXY|1|A|C|30s35
1EXY|1|A|G|291EXY|1|A|C|4cWW
1EXY|1|A|G|291EXY|1|A|G|290BPh
1EXY|1|A|G|291EXY|1|A|G|5s55
1EXY|1|A|G|31EXY|1|A|C|30cWW
1EXY|1|A|G|31EXY|1|A|C|4s35
1EXY|1|A|G|31EXY|1|A|G|2s53
1EXY|1|A|G|31EXY|1|A|G|30BPh
1EXY|1|A|G|31EXY|1|A|U|31s55
1EXY|1|A|G|51EXY|1|A|A|27ns33
1EXY|1|A|G|51EXY|1|A|C|28cWW
1EXY|1|A|G|51EXY|1|A|C|4ns53
1EXY|1|A|G|51EXY|1|A|C|6ns35
1EXY|1|A|G|51EXY|1|A|G|29s55
1EXY|1|A|G|81EXY|1|A|A|22s33
1EXY|1|A|G|81EXY|1|A|C|23cWW
1EXY|1|A|G|81EXY|1|A|C|7ns53
1EXY|1|A|G|81EXY|1|A|G|24s55
1EXY|1|A|G|81EXY|1|A|G|8n0BP
1EXY|1|A|G|81EXY|1|A|G|9s35
1EXY|1|A|G|91EXY|1|A|A|19ns33
1EXY|1|A|G|91EXY|1|A|A|22tSH
1EXY|1|A|G|91EXY|1|A|C|20cWW
1EXY|1|A|G|91EXY|1|A|G|8s53
1EXY|1|A|G|91EXY|1|A|G|90BPh
1EXY|1|A|G|91EXY|1|A|U|10s35
1EXY|1|A|U|101EXY|1|A|A|11s35
1EXY|1|A|U|101EXY|1|A|A|19cWW
1EXY|1|A|U|101EXY|1|A|A|22ns55
1EXY|1|A|U|101EXY|1|A|G|9s53
1EXY|1|A|U|101EXY|1|A|U|100BPh
1EXY|1|A|U|181EXY|1|A|A|11cWW
1EXY|1|A|U|181EXY|1|A|A|19s35
1EXY|1|A|U|181EXY|1|A|G|17s53
1EXY|1|A|U|181EXY|1|A|U|180BPh
1EXY|1|A|U|261EXY|1|A|A|27ncSH
1EXY|1|A|U|261EXY|1|A|G|2n0BP
1EXY|1|A|U|261EXY|1|A|G|25s53
1EXY|1|A|U|311EXY|1|A|C|30s53
1EXY|1|A|U|311EXY|1|A|C|32s35
1EXY|1|A|U|311EXY|1|A|G|2cWW
1EXY|1|A|U|311EXY|1|A|G|3s55
1EXY|1|A|U|311EXY|1|A|U|310BPh


Base-PairsCount (14)Relative Frequency
cWW120.857
tHS20.143
Base-PhosphateCount (18)Relative Frequency
9BPh10.056
0BPh170.944
Base-StackingCount (11)Relative Frequency
s3310.091
s5350.455
s5550.455

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)