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NDB ID: DR0005  PDB ID: 1F27 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1F27|1|A|A|111F27|1|A|A|110BPh
1F27|1|A|A|111F27|1|A|G|10s53
1F27|1|A|A|111F27|1|A|G|12s35
1F27|1|A|A|111F27|1|B|U|31cWW
1F27|1|A|A|141F27|1|A|A|140BPh
1F27|1|A|A|141F27|1|A|C|15s35
1F27|1|A|A|141F27|1|A|G|13s53
1F27|1|A|A|141F27|1|B|C|29ns55
1F27|1|A|A|141F27|1|B|U|28cWW
1F27|1|A|A|161F27|1|A|A|160BPh
1F27|1|A|A|161F27|1|A|C|15s53
1F27|1|A|A|161F27|1|A|C|17s35
1F27|1|A|A|161F27|1|A|U|7cWW
1F27|1|A|A|161F27|1|B|G|27s55
1F27|1|A|A|31F27|1|A|C|4s35
1F27|1|A|A|31F27|1|A|U|20cWW
1F27|1|A|A|31F27|1|A|U|21ns55
1F27|1|A|A|91F27|1|A|C|8s55
1F27|1|A|C|151F27|1|A|A|14s53
1F27|1|A|C|151F27|1|A|A|16s35
1F27|1|A|C|151F27|1|A|C|150BPh
1F27|1|A|C|151F27|1|B|G|27cWW
1F27|1|A|C|171F27|1|A|A|16s53
1F27|1|A|C|171F27|1|A|C|170BPh
1F27|1|A|C|171F27|1|A|G|18s35
1F27|1|A|C|171F27|1|A|G|6cWW
1F27|1|A|C|171F27|1|B|A|26ncSW
1F27|1|A|C|41F27|1|A|A|3s53
1F27|1|A|C|41F27|1|A|C|40BPh
1F27|1|A|C|41F27|1|A|C|5s35
1F27|1|A|C|41F27|1|A|G|19cWW
1F27|1|A|C|41F27|1|B|A|23tSS
1F27|1|A|C|51F27|1|A|C|4s53
1F27|1|A|C|51F27|1|A|C|50BPh
1F27|1|A|C|51F27|1|A|G|18cWW
1F27|1|A|C|51F27|1|A|G|19s55
1F27|1|A|C|51F27|1|A|G|6s35
1F27|1|A|C|51F27|1|B|A|23ns53
1F27|1|A|C|81F27|1|A|A|9s55
1F27|1|A|C|81F27|1|A|C|80BPh
1F27|1|A|C|81F27|1|B|C|29ntWH6BPh
1F27|1|A|C|81F27|1|B|C|30ntSH
1F27|1|A|C|81F27|1|B|U|28ns33
1F27|1|A|G|101F27|1|A|A|11s35
1F27|1|A|G|101F27|1|A|A|9
1F27|1|A|G|101F27|1|A|G|100BPh
1F27|1|A|G|101F27|1|B|C|32cWW
1F27|1|A|G|121F27|1|A|A|11s53
1F27|1|A|G|121F27|1|A|G|120BPh
1F27|1|A|G|121F27|1|A|G|13s35
1F27|1|A|G|121F27|1|B|C|30cWW
1F27|1|A|G|121F27|1|B|U|31s55
1F27|1|A|G|131F27|1|A|A|14s35
1F27|1|A|G|131F27|1|A|G|12s53
1F27|1|A|G|131F27|1|A|G|13n0BP
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1F27|1|A|G|131F27|1|B|C|30s55
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1F27|1|A|G|181F27|1|A|C|5cWW
1F27|1|A|G|181F27|1|A|G|180BPh
1F27|1|A|G|181F27|1|A|G|19s35
1F27|1|A|G|181F27|1|A|G|6s55
1F27|1|A|G|181F27|1|B|A|241BPh
1F27|1|A|G|191F27|1|A|C|4cWW
1F27|1|A|G|191F27|1|A|C|5s55
1F27|1|A|G|191F27|1|A|G|18s53
1F27|1|A|G|191F27|1|A|G|190BPh
1F27|1|A|G|191F27|1|A|U|20s35
1F27|1|A|G|191F27|1|B|A|23cSS
1F27|1|A|G|61F27|1|A|C|17cWW
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1F27|1|A|U|201F27|1|A|G|19s53
1F27|1|A|U|201F27|1|A|U|200BPh
1F27|1|A|U|201F27|1|A|U|21s35
1F27|1|A|U|201F27|1|B|A|23ncSS
1F27|1|A|U|211F27|1|A|A|3ns55
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1F27|1|A|U|71F27|1|A|G|6s53
1F27|1|A|U|71F27|1|A|U|70BPh
1F27|1|B|A|221F27|1|A|U|200BPh
1F27|1|B|A|221F27|1|B|A|24s35
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1F27|1|B|A|231F27|1|A|C|5ns35
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1F27|1|B|A|231F27|1|A|U|20ncSS
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1F27|1|B|A|241F27|1|A|G|197BPh
1F27|1|B|A|241F27|1|B|A|22s53
1F27|1|B|A|241F27|1|B|A|240BPh
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1F27|1|B|A|251F27|1|B|A|24s53
1F27|1|B|A|251F27|1|B|A|250BPh
1F27|1|B|A|251F27|1|B|A|26s35
1F27|1|B|A|261F27|1|A|C|17ncWS
1F27|1|B|A|261F27|1|A|G|18
1F27|1|B|A|261F27|1|B|A|25s53
1F27|1|B|A|261F27|1|B|A|260BPh
1F27|1|B|C|291F27|1|A|A|14ns55
1F27|1|B|C|291F27|1|A|C|8ntHW
1F27|1|B|C|291F27|1|A|G|13cWW
1F27|1|B|C|291F27|1|B|C|290BPh
1F27|1|B|C|291F27|1|B|C|30s35
1F27|1|B|C|291F27|1|B|U|28s53
1F27|1|B|C|301F27|1|A|C|8ntHS
1F27|1|B|C|301F27|1|A|G|12cWW
1F27|1|B|C|301F27|1|A|G|13s55
1F27|1|B|C|301F27|1|B|C|29s53
1F27|1|B|C|301F27|1|B|C|300BPh
1F27|1|B|C|301F27|1|B|U|31s35
1F27|1|B|C|321F27|1|A|G|10cWW
1F27|1|B|C|321F27|1|B|C|320BPh
1F27|1|B|C|321F27|1|B|U|31s53
1F27|1|B|G|271F27|1|A|A|16s55
1F27|1|B|G|271F27|1|A|C|15cWW
1F27|1|B|G|271F27|1|A|C|80BPh
1F27|1|B|G|271F27|1|B|U|28s35
1F27|1|B|U|281F27|1|A|A|14cWW
1F27|1|B|U|281F27|1|A|C|8ns33
1F27|1|B|U|281F27|1|B|C|29s35
1F27|1|B|U|281F27|1|B|G|27s53
1F27|1|B|U|281F27|1|B|U|28n0BP
1F27|1|B|U|311F27|1|A|A|11cWW
1F27|1|B|U|311F27|1|A|G|12s55
1F27|1|B|U|311F27|1|B|C|30s53
1F27|1|B|U|311F27|1|B|C|32s35
1F27|1|B|U|311F27|1|B|U|310BPh


Base-PairsCount (13)Relative Frequency
cWW110.846
cSS10.077
tSS10.077
Base-PhosphateCount (28)Relative Frequency
1BPh10.036
6BPh10.036
7BPh10.036
0BPh250.893
Base-StackingCount (11)Relative Frequency
s5350.455
s5560.545

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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