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NDB ID: 1FMN  PDB ID: 1FMN 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1FMN|1|A|A|111FMN|1|A|G|206BPh
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1FMN|1|A|A|131FMN|1|A|U|14s35
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1FMN|1|A|A|231FMN|1|A|C|22s53
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1FMN|1|A|A|231FMN|1|A|G|24s35
1FMN|1|A|A|231FMN|1|A|U|14cWW
1FMN|1|A|A|251FMN|1|A|A|13s55
1FMN|1|A|A|251FMN|1|A|A|26s35
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1FMN|1|A|A|81FMN|1|A|U|7s53
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1FMN|1|A|C|161FMN|1|A|G|21cWW
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1FMN|1|A|C|191FMN|1|A|C|190BPh
1FMN|1|A|C|191FMN|1|A|G|20s53
1FMN|1|A|C|191FMN|1|A|U|17s53
1FMN|1|A|C|191FMN|1|A|U|188BPh
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1FMN|1|A|C|221FMN|1|A|C|22n0BP
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1FMN|1|A|G|11FMN|1|A|A|29ns53n1BP
1FMN|1|A|G|11FMN|1|A|A|31ntHH
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1FMN|1|A|G|11FMN|1|A|G|10BPh
1FMN|1|A|G|101FMN|1|A|A|254BPh
1FMN|1|A|G|101FMN|1|A|G|24s33
1FMN|1|A|G|101FMN|1|A|U|12cSH
1FMN|1|A|G|151FMN|1|A|A|23s55
1FMN|1|A|G|151FMN|1|A|C|16s35
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1FMN|1|A|G|151FMN|1|A|G|150BPh
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1FMN|1|A|G|201FMN|1|A|G|21s55
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1FMN|1|A|G|211FMN|1|A|G|21n0BP
1FMN|1|A|G|241FMN|1|A|A|13tSH
1FMN|1|A|G|241FMN|1|A|A|23s53
1FMN|1|A|G|241FMN|1|A|G|10s33
1FMN|1|A|G|241FMN|1|A|G|24n0BP
1FMN|1|A|G|241FMN|1|A|U|12s33
1FMN|1|A|G|271FMN|1|A|A|26s53
1FMN|1|A|G|271FMN|1|A|G|270BPh
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1FMN|1|A|G|271FMN|1|A|G|9
1FMN|1|A|G|281FMN|1|A|A|29s35
1FMN|1|A|G|281FMN|1|A|A|8cWW
1FMN|1|A|G|281FMN|1|A|G|27s53
1FMN|1|A|G|281FMN|1|A|G|28n0BP
1FMN|1|A|G|281FMN|1|A|G|9s55
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1FMN|1|A|G|331FMN|1|A|C|32
1FMN|1|A|G|331FMN|1|A|C|34s35
1FMN|1|A|G|41FMN|1|A|C|3ns53
1FMN|1|A|G|41FMN|1|A|C|32cWW
1FMN|1|A|G|41FMN|1|A|U|5s35
1FMN|1|A|G|61FMN|1|A|A|31s55
1FMN|1|A|G|61FMN|1|A|C|30cWW
1FMN|1|A|G|61FMN|1|A|G|60BPh
1FMN|1|A|G|61FMN|1|A|U|5s53
1FMN|1|A|G|61FMN|1|A|U|7s35
1FMN|1|A|G|91FMN|1|A|A|8s53
1FMN|1|A|G|91FMN|1|A|G|27
1FMN|1|A|G|91FMN|1|A|G|28s55
1FMN|1|A|U|121FMN|1|A|A|13ns35
1FMN|1|A|U|121FMN|1|A|A|25tWH
1FMN|1|A|U|121FMN|1|A|G|10cHS
1FMN|1|A|U|121FMN|1|A|G|24s33
1FMN|1|A|U|121FMN|1|A|U|12n0BP
1FMN|1|A|U|141FMN|1|A|A|13s539BPh
1FMN|1|A|U|141FMN|1|A|A|23cWW
1FMN|1|A|U|141FMN|1|A|U|14n0BP
1FMN|1|A|U|171FMN|1|A|C|16s53n9BP
1FMN|1|A|U|171FMN|1|A|C|19s35
1FMN|1|A|U|171FMN|1|A|G|20tSW
1FMN|1|A|U|171FMN|1|A|U|170BPh
1FMN|1|A|U|181FMN|1|A|G|20ns33
1FMN|1|A|U|181FMN|1|A|U|17
1FMN|1|A|U|181FMN|1|A|U|18n0BP
1FMN|1|A|U|51FMN|1|A|A|31cWW
1FMN|1|A|U|51FMN|1|A|G|4s53
1FMN|1|A|U|51FMN|1|A|G|6s35
1FMN|1|A|U|51FMN|1|A|U|50BPh
1FMN|1|A|U|71FMN|1|A|A|29cWW
1FMN|1|A|U|71FMN|1|A|A|8s35
1FMN|1|A|U|71FMN|1|A|G|6s53
1FMN|1|A|U|71FMN|1|A|U|70BPh


Base-PairsCount (15)Relative Frequency
cWW110.733
tWH10.067
tWS10.067
cHS10.067
tHS10.067
Base-PhosphateCount (16)Relative Frequency
4BPh10.062
6BPh10.062
8BPh10.062
9BPh10.062
0BPh120.750
Base-StackingCount (19)Relative Frequency
s3320.105
s53110.579
s5560.316

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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