A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 11-May-2022 number of released structures: 12077
Search for released structures

NDB ID: PTR003  PDB ID: 1GTR 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1GTR|1|B|A|131GTR|1|B|A|130BPh
1GTR|1|B|A|131GTR|1|B|A|14s35
1GTR|1|B|A|131GTR|1|B|A|22tSH
1GTR|1|B|A|131GTR|1|B|A|45tWW
1GTR|1|B|A|131GTR|1|B|C|12s53
1GTR|1|B|A|131GTR|1|B|C|97BPh
1GTR|1|B|A|131GTR|1|B|G|23ns55
1GTR|1|B|A|131GTR|1|B|U|8s33
1GTR|1|B|A|141GTR|1|B|A|13s53
1GTR|1|B|A|141GTR|1|B|A|14n0BP
1GTR|1|B|A|141GTR|1|B|A|21cWS
1GTR|1|B|A|141GTR|1|B|A|22s55
1GTR|1|B|A|141GTR|1|B|A|45ns53
1GTR|1|B|A|141GTR|1|B|G|15s35
1GTR|1|B|A|141GTR|1|B|U|8tHW
1GTR|1|B|A|211GTR|1|B|A|14cSW
1GTR|1|B|A|211GTR|1|B|A|45s33
1GTR|1|B|A|211GTR|1|B|C|48s55
1GTR|1|B|A|211GTR|1|B|U|47
1GTR|1|B|A|211GTR|1|B|U|8tSS
1GTR|1|B|A|221GTR|1|B|A|13tHS
1GTR|1|B|A|221GTR|1|B|A|14s55
1GTR|1|B|A|221GTR|1|B|A|22n0BP
1GTR|1|B|A|221GTR|1|B|G|23s35
1GTR|1|B|A|261GTR|1|B|A|260BPh
1GTR|1|B|A|261GTR|1|B|C|25s53
1GTR|1|B|A|261GTR|1|B|C|27s35
1GTR|1|B|A|261GTR|1|B|C|44
1GTR|1|B|A|261GTR|1|B|G|10s55
1GTR|1|B|A|311GTR|1|B|A|310BPh
1GTR|1|B|A|311GTR|1|B|C|40s55
1GTR|1|B|A|311GTR|1|B|G|30s53
1GTR|1|B|A|311GTR|1|B|U|32s35
1GTR|1|B|A|311GTR|1|B|U|39cWW
1GTR|1|B|A|371GTR|1|B|A|370BPh
1GTR|1|B|A|371GTR|1|B|U|33ntHS
1GTR|1|B|A|371GTR|1|B|U|35s53
1GTR|1|B|A|371GTR|1|B|U|38s35
1GTR|1|B|A|451GTR|1|B|A|13tWW
1GTR|1|B|A|451GTR|1|B|A|14ns35
1GTR|1|B|A|451GTR|1|B|A|21s33
1GTR|1|B|A|451GTR|1|B|C|9s552BPh
1GTR|1|B|A|511GTR|1|B|A|510BPh
1GTR|1|B|A|511GTR|1|B|G|50s53
1GTR|1|B|A|511GTR|1|B|G|52s35
1GTR|1|B|A|511GTR|1|B|U|63cWW
1GTR|1|B|A|581GTR|1|B|A|58n0BP
1GTR|1|B|A|581GTR|1|B|C|61s35
1GTR|1|B|A|581GTR|1|B|G|18s55
1GTR|1|B|A|581GTR|1|B|U|54tHW
1GTR|1|B|A|581GTR|1|B|U|60
1GTR|1|B|A|591GTR|1|B|A|590BPh
1GTR|1|B|A|591GTR|1|B|C|16n6BP
1GTR|1|B|A|591GTR|1|B|C|48ns53
1GTR|1|B|A|591GTR|1|B|G|15s53
1GTR|1|B|A|591GTR|1|B|U|60s35
1GTR|1|B|A|671GTR|1|B|A|670BPh
1GTR|1|B|A|671GTR|1|B|A|7s55
1GTR|1|B|A|671GTR|1|B|C|68s35
1GTR|1|B|A|671GTR|1|B|U|6cWW
1GTR|1|B|A|671GTR|1|B|U|66s53
1GTR|1|B|A|71GTR|1|B|A|67s55
1GTR|1|B|A|71GTR|1|B|A|7n0BP
1GTR|1|B|A|71GTR|1|B|C|49s35
1GTR|1|B|A|71GTR|1|B|U|6s53
1GTR|1|B|A|71GTR|1|B|U|66cWW
1GTR|1|B|A|721GTR|1|B|A|720BPh
1GTR|1|B|A|761GTR|1|B|A|760BPh
1GTR|1|B|A|761GTR|1|B|C|75s53
1GTR|1|B|C|111GTR|1|B|C|110BPh
1GTR|1|B|C|111GTR|1|B|C|12s35
1GTR|1|B|C|111GTR|1|B|C|9
1GTR|1|B|C|111GTR|1|B|G|10s53
1GTR|1|B|C|111GTR|1|B|G|24cWW
1GTR|1|B|C|121GTR|1|B|A|13s35
1GTR|1|B|C|121GTR|1|B|C|11s53
1GTR|1|B|C|121GTR|1|B|C|120BPh
1GTR|1|B|C|121GTR|1|B|G|23cWW
1GTR|1|B|C|121GTR|1|B|G|24s55
1GTR|1|B|C|251GTR|1|B|A|26s35
1GTR|1|B|C|251GTR|1|B|C|250BPh
1GTR|1|B|C|251GTR|1|B|G|10cWW
1GTR|1|B|C|251GTR|1|B|G|24s53
1GTR|1|B|C|271GTR|1|B|A|26s53
1GTR|1|B|C|271GTR|1|B|C|270BPh
1GTR|1|B|C|271GTR|1|B|C|28s35
1GTR|1|B|C|271GTR|1|B|G|43cWW
1GTR|1|B|C|281GTR|1|B|C|27s53
1GTR|1|B|C|281GTR|1|B|C|280BPh
1GTR|1|B|C|281GTR|1|B|G|29s35
1GTR|1|B|C|281GTR|1|B|G|42cWW
1GTR|1|B|C|281GTR|1|B|G|43s55
1GTR|1|B|C|341GTR|1|B|C|34n0BP
1GTR|1|B|C|401GTR|1|B|A|31s55
1GTR|1|B|C|401GTR|1|B|C|400BPh
1GTR|1|B|C|401GTR|1|B|C|41s35
1GTR|1|B|C|401GTR|1|B|G|30cWW
1GTR|1|B|C|401GTR|1|B|U|39s53
1GTR|1|B|C|411GTR|1|B|C|40s53
1GTR|1|B|C|411GTR|1|B|C|41n0BP
1GTR|1|B|C|411GTR|1|B|G|29cWW
1GTR|1|B|C|411GTR|1|B|G|30s55
1GTR|1|B|C|411GTR|1|B|G|42ns35
1GTR|1|B|C|441GTR|1|B|A|26
1GTR|1|B|C|441GTR|1|B|G|43s53
1GTR|1|B|C|481GTR|1|B|A|21s55
1GTR|1|B|C|481GTR|1|B|A|59ns35
1GTR|1|B|C|481GTR|1|B|C|480BPh
1GTR|1|B|C|481GTR|1|B|G|15tWW
1GTR|1|B|C|481GTR|1|B|U|47
1GTR|1|B|C|491GTR|1|B|A|7s53
1GTR|1|B|C|491GTR|1|B|C|490BPh
1GTR|1|B|C|491GTR|1|B|G|50s35
1GTR|1|B|C|491GTR|1|B|G|65cWW
1GTR|1|B|C|561GTR|1|B|C|560BPh
1GTR|1|B|C|561GTR|1|B|G|19cWW
1GTR|1|B|C|561GTR|1|B|G|57s35
1GTR|1|B|C|611GTR|1|B|A|58s53
1GTR|1|B|C|611GTR|1|B|C|610BPh
1GTR|1|B|C|611GTR|1|B|C|62s35
1GTR|1|B|C|611GTR|1|B|G|53cWW
1GTR|1|B|C|611GTR|1|B|U|608BPh
1GTR|1|B|C|621GTR|1|B|C|61s53
1GTR|1|B|C|621GTR|1|B|C|620BPh
1GTR|1|B|C|621GTR|1|B|G|52cWW
1GTR|1|B|C|621GTR|1|B|G|53s55
1GTR|1|B|C|621GTR|1|B|U|63s35
1GTR|1|B|C|641GTR|1|B|C|640BPh
1GTR|1|B|C|641GTR|1|B|G|50cWW
1GTR|1|B|C|641GTR|1|B|G|65ns35
1GTR|1|B|C|641GTR|1|B|U|63s53
1GTR|1|B|C|681GTR|1|B|A|67s53
1GTR|1|B|C|681GTR|1|B|C|680BPh
1GTR|1|B|C|681GTR|1|B|C|69s35
1GTR|1|B|C|681GTR|1|B|G|5cWW
1GTR|1|B|C|691GTR|1|B|C|68s53
1GTR|1|B|C|691GTR|1|B|C|690BPh
1GTR|1|B|C|691GTR|1|B|C|70s35
1GTR|1|B|C|691GTR|1|B|G|4cWW
1GTR|1|B|C|691GTR|1|B|G|5s55
1GTR|1|B|C|701GTR|1|B|C|69s53
1GTR|1|B|C|701GTR|1|B|C|700BPh
1GTR|1|B|C|701GTR|1|B|C|71s35
1GTR|1|B|C|701GTR|1|B|G|3cWW
1GTR|1|B|C|701GTR|1|B|G|4s55
1GTR|1|B|C|711GTR|1|B|C|70s53
1GTR|1|B|C|711GTR|1|B|C|710BPh
1GTR|1|B|C|711GTR|1|B|G|2cWW
1GTR|1|B|C|711GTR|1|B|G|3s55
1GTR|1|B|C|741GTR|1|B|C|740BPh
1GTR|1|B|C|751GTR|1|B|A|76s35
1GTR|1|B|C|751GTR|1|B|G|73s55
1GTR|1|B|C|91GTR|1|B|A|45s55
1GTR|1|B|C|91GTR|1|B|C|9n0BP
1GTR|1|B|C|91GTR|1|B|G|23tHH
1GTR|1|B|G|101GTR|1|B|A|26s55
1GTR|1|B|G|101GTR|1|B|C|11s35
1GTR|1|B|G|101GTR|1|B|C|25cWW
1GTR|1|B|G|101GTR|1|B|G|10n0BP
1GTR|1|B|G|151GTR|1|B|A|14s53
1GTR|1|B|G|151GTR|1|B|A|59s35
1GTR|1|B|G|151GTR|1|B|C|48tWW
1GTR|1|B|G|151GTR|1|B|G|15n0BP
1GTR|1|B|G|151GTR|1|B|U|8ns55
1GTR|1|B|G|181GTR|1|B|A|58s55n3BP
1GTR|1|B|G|181GTR|1|B|G|57s33
1GTR|1|B|G|181GTR|1|B|U|55tWS
1GTR|1|B|G|191GTR|1|B|C|56cWW
1GTR|1|B|G|191GTR|1|B|G|19n0BP
1GTR|1|B|G|191GTR|1|B|G|57s55
1GTR|1|B|G|191GTR|1|B|U|20ncSH
1GTR|1|B|G|21GTR|1|B|C|71cWW
1GTR|1|B|G|21GTR|1|B|G|20BPh
1GTR|1|B|G|21GTR|1|B|G|3s35
1GTR|1|B|G|231GTR|1|B|A|13ns55
1GTR|1|B|G|231GTR|1|B|A|22s53
1GTR|1|B|G|231GTR|1|B|C|12cWW
1GTR|1|B|G|231GTR|1|B|C|9tHH
1GTR|1|B|G|231GTR|1|B|G|230BPh
1GTR|1|B|G|231GTR|1|B|G|24s35
1GTR|1|B|G|241GTR|1|B|C|11cWW
1GTR|1|B|G|241GTR|1|B|C|12s55
1GTR|1|B|G|241GTR|1|B|C|25s35
1GTR|1|B|G|241GTR|1|B|G|23s53
1GTR|1|B|G|241GTR|1|B|G|240BPh
1GTR|1|B|G|291GTR|1|B|C|28s53
1GTR|1|B|G|291GTR|1|B|C|41cWW
1GTR|1|B|G|291GTR|1|B|G|290BPh
1GTR|1|B|G|291GTR|1|B|G|30s35
1GTR|1|B|G|291GTR|1|B|G|42s55
1GTR|1|B|G|31GTR|1|B|C|70cWW
1GTR|1|B|G|31GTR|1|B|C|71s55
1GTR|1|B|G|31GTR|1|B|G|2s53
1GTR|1|B|G|31GTR|1|B|G|30BPh
1GTR|1|B|G|31GTR|1|B|G|4s35
1GTR|1|B|G|301GTR|1|B|A|31s35
1GTR|1|B|G|301GTR|1|B|C|40cWW
1GTR|1|B|G|301GTR|1|B|C|41s55
1GTR|1|B|G|301GTR|1|B|G|29s53
1GTR|1|B|G|301GTR|1|B|G|300BPh
1GTR|1|B|G|361GTR|1|B|G|36n0BP
1GTR|1|B|G|41GTR|1|B|C|69cWW
1GTR|1|B|G|41GTR|1|B|C|70s55
1GTR|1|B|G|41GTR|1|B|G|3s53
1GTR|1|B|G|41GTR|1|B|G|40BPh
1GTR|1|B|G|41GTR|1|B|G|5s35
1GTR|1|B|G|421GTR|1|B|C|28cWW
1GTR|1|B|G|421GTR|1|B|C|41ns53
1GTR|1|B|G|421GTR|1|B|G|29s55
1GTR|1|B|G|421GTR|1|B|G|42n0BP
1GTR|1|B|G|421GTR|1|B|G|43s35
1GTR|1|B|G|431GTR|1|B|C|27cWW
1GTR|1|B|G|431GTR|1|B|C|28s55
1GTR|1|B|G|431GTR|1|B|C|44s35
1GTR|1|B|G|431GTR|1|B|G|42s53
1GTR|1|B|G|431GTR|1|B|G|43n0BP
1GTR|1|B|G|51GTR|1|B|C|68cWW
1GTR|1|B|G|51GTR|1|B|C|69s55
1GTR|1|B|G|51GTR|1|B|G|4s53
1GTR|1|B|G|51GTR|1|B|U|6s35
1GTR|1|B|G|501GTR|1|B|A|51s35
1GTR|1|B|G|501GTR|1|B|C|49s53
1GTR|1|B|G|501GTR|1|B|C|64cWW
1GTR|1|B|G|501GTR|1|B|G|500BPh
1GTR|1|B|G|501GTR|1|B|G|65s55
1GTR|1|B|G|521GTR|1|B|A|51s53
1GTR|1|B|G|521GTR|1|B|C|62cWW
1GTR|1|B|G|521GTR|1|B|G|520BPh
1GTR|1|B|G|521GTR|1|B|G|53s35
1GTR|1|B|G|521GTR|1|B|U|63s55
1GTR|1|B|G|531GTR|1|B|C|61cWW
1GTR|1|B|G|531GTR|1|B|C|62s55
1GTR|1|B|G|531GTR|1|B|G|52s53
1GTR|1|B|G|531GTR|1|B|G|53n0BP
1GTR|1|B|G|531GTR|1|B|U|54s35
1GTR|1|B|G|571GTR|1|B|C|56s53
1GTR|1|B|G|571GTR|1|B|G|18s33
1GTR|1|B|G|571GTR|1|B|G|19s55n3BP
1GTR|1|B|G|571GTR|1|B|G|570BPh
1GTR|1|B|G|651GTR|1|B|C|49cWW
1GTR|1|B|G|651GTR|1|B|C|64ns53
1GTR|1|B|G|651GTR|1|B|G|50s55
1GTR|1|B|G|651GTR|1|B|G|650BPh
1GTR|1|B|G|651GTR|1|B|U|66s35
1GTR|1|B|G|731GTR|1|B|A|721BPh
1GTR|1|B|G|731GTR|1|B|C|75s55n0BP
1GTR|1|B|U|201GTR|1|B|G|19ncHS
1GTR|1|B|U|201GTR|1|B|G|57
1GTR|1|B|U|201GTR|1|B|U|200BPh
1GTR|1|B|U|321GTR|1|B|A|31s53
1GTR|1|B|U|321GTR|1|B|U|320BPh
1GTR|1|B|U|321GTR|1|B|U|33s35
1GTR|1|B|U|321GTR|1|B|U|38ntWH
1GTR|1|B|U|331GTR|1|B|A|37ntSH
1GTR|1|B|U|331GTR|1|B|U|32s53
1GTR|1|B|U|331GTR|1|B|U|330BPh
1GTR|1|B|U|351GTR|1|B|A|37s35
1GTR|1|B|U|351GTR|1|B|U|350BPh
1GTR|1|B|U|381GTR|1|B|A|37s53
1GTR|1|B|U|381GTR|1|B|U|32ntHW
1GTR|1|B|U|381GTR|1|B|U|380BPh
1GTR|1|B|U|381GTR|1|B|U|39s35
1GTR|1|B|U|391GTR|1|B|A|31cWW
1GTR|1|B|U|391GTR|1|B|C|40s35
1GTR|1|B|U|391GTR|1|B|U|38s53
1GTR|1|B|U|391GTR|1|B|U|390BPh
1GTR|1|B|U|461GTR|1|B|U|46
1GTR|1|B|U|471GTR|1|B|A|215BPh
1GTR|1|B|U|471GTR|1|B|A|45
1GTR|1|B|U|471GTR|1|B|C|48
1GTR|1|B|U|471GTR|1|B|U|460BPh
1GTR|1|B|U|541GTR|1|B|A|58tWH
1GTR|1|B|U|541GTR|1|B|G|53s53
1GTR|1|B|U|541GTR|1|B|U|540BPh
1GTR|1|B|U|541GTR|1|B|U|55s35
1GTR|1|B|U|551GTR|1|B|A|585BPh
1GTR|1|B|U|551GTR|1|B|G|18tSW
1GTR|1|B|U|551GTR|1|B|U|54s53
1GTR|1|B|U|551GTR|1|B|U|550BPh
1GTR|1|B|U|61GTR|1|B|A|67cWW
1GTR|1|B|U|61GTR|1|B|A|7s35
1GTR|1|B|U|61GTR|1|B|G|5s53
1GTR|1|B|U|61GTR|1|B|U|60BPh
1GTR|1|B|U|601GTR|1|B|A|58
1GTR|1|B|U|601GTR|1|B|A|59s539BPh
1GTR|1|B|U|601GTR|1|B|U|600BPh
1GTR|1|B|U|631GTR|1|B|A|51cWW
1GTR|1|B|U|631GTR|1|B|C|62s53
1GTR|1|B|U|631GTR|1|B|C|64s35
1GTR|1|B|U|631GTR|1|B|G|52s55
1GTR|1|B|U|631GTR|1|B|U|630BPh
1GTR|1|B|U|661GTR|1|B|A|67s35
1GTR|1|B|U|661GTR|1|B|A|7cWW
1GTR|1|B|U|661GTR|1|B|G|65s53
1GTR|1|B|U|661GTR|1|B|U|660BPh
1GTR|1|B|U|81GTR|1|B|A|13s33
1GTR|1|B|U|81GTR|1|B|A|14tWH
1GTR|1|B|U|81GTR|1|B|A|21tSS
1GTR|1|B|U|81GTR|1|B|G|15ns55
1GTR|1|B|U|81GTR|1|B|U|80BPh


Base-PairsCount (29)Relative Frequency
cWW200.690
tWW20.069
tWH20.069
cWS10.034
tWS10.034
tHH10.034
tHS10.034
tSS10.034
Base-PhosphateCount (58)Relative Frequency
1BPh10.017
2BPh10.017
5BPh20.034
7BPh10.017
8BPh10.017
9BPh10.017
0BPh510.879
Base-StackingCount (36)Relative Frequency
s3330.083
s53140.389
s55190.528

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)