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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: PR0159  PDB ID: 1HC8 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1HC8|1|C|A|1041HC8|1|C|A|1040BPh
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1HC8|1|C|U|1151HC8|1|C|U|116s35
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1HC8|1|C|U|1321HC8|1|C|A|107ns55
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1HC8|1|D|U|3511HC8|1|D|C|350s53
1HC8|1|D|U|3511HC8|1|D|C|352s35
1HC8|1|D|U|3511HC8|1|D|G|341s55
1HC8|1|D|U|3511HC8|1|D|U|351n0BP
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|A|304cWW
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|A|334cSS
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|C|354s53
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|G|305s55
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|G|356s35
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|U|3550BPh
1HC8|1|D|U|3581HC8|1|D|G|357s53
1HC8|1|D|U|3581HC8|1|D|U|358n0BP


Base-PairsCount (52)Relative Frequency
cWW280.538
tWW20.038
cWH60.115
cHS20.038
tHS70.135
cSS40.077
tSS30.058
Base-PhosphateCount (104)Relative Frequency
2BPh30.029
5BPh80.077
6BPh10.010
7BPh40.038
8BPh20.019
9BPh20.019
0BPh840.808
Base-StackingCount (62)Relative Frequency
s3360.097
s53290.468
s55270.435

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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