A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
Search for released structures

NDB ID: PR0159  PDB ID: 1HC8 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1HC8|1|C|A|1041HC8|1|C|A|1040BPh
1HC8|1|C|A|1041HC8|1|C|C|103s53
1HC8|1|C|A|1041HC8|1|C|G|105s35
1HC8|1|C|A|1041HC8|1|C|G|156s55
1HC8|1|C|A|1041HC8|1|C|U|155cWW
1HC8|1|C|A|1071HC8|1|C|A|1070BPh
1HC8|1|C|A|1071HC8|1|C|A|136s55
1HC8|1|C|A|1071HC8|1|C|G|1377BPh
1HC8|1|C|A|1071HC8|1|C|U|108s35
1HC8|1|C|A|1071HC8|1|C|U|131cWW
1HC8|1|C|A|1071HC8|1|C|U|132ns55
1HC8|1|C|A|1111HC8|1|C|A|1110BPh
1HC8|1|C|A|1111HC8|1|C|A|1192BPh
1HC8|1|C|A|1111HC8|1|C|A|120s55
1HC8|1|C|A|1171HC8|1|C|A|1170BPh
1HC8|1|C|A|1171HC8|1|C|G|118s35
1HC8|1|C|A|1191HC8|1|C|A|123s35
1HC8|1|C|A|1191HC8|1|C|A|146n2BP
1HC8|1|C|A|1191HC8|1|C|G|118s53
1HC8|1|C|A|1191HC8|1|C|U|116ntHS
1HC8|1|C|A|1201HC8|1|C|A|111s55
1HC8|1|C|A|1201HC8|1|C|A|146
1HC8|1|C|A|1201HC8|1|C|U|1470BPh
1HC8|1|C|A|1231HC8|1|C|A|119s53
1HC8|1|C|A|1231HC8|1|C|A|123n0BP
1HC8|1|C|A|1231HC8|1|C|G|124s35
1HC8|1|C|A|1231HC8|1|C|U|115ntHS
1HC8|1|C|A|1271HC8|1|C|A|138tSS
1HC8|1|C|A|1271HC8|1|C|A|1396BPh
1HC8|1|C|A|1271HC8|1|C|C|126s53
1HC8|1|C|A|1271HC8|1|C|G|112s55
1HC8|1|C|A|1271HC8|1|C|U|128s35
1HC8|1|C|A|1301HC8|1|C|A|130n0BP
1HC8|1|C|A|1301HC8|1|C|C|129s53
1HC8|1|C|A|1301HC8|1|C|G|109s55
1HC8|1|C|A|1301HC8|1|C|U|108cWW
1HC8|1|C|A|1301HC8|1|C|U|131s35
1HC8|1|C|A|1341HC8|1|C|A|1340BPh
1HC8|1|C|A|1341HC8|1|C|A|135s35
1HC8|1|C|A|1341HC8|1|C|U|155cSS
1HC8|1|C|A|1351HC8|1|C|A|134s53
1HC8|1|C|A|1351HC8|1|C|A|1350BPh
1HC8|1|C|A|1351HC8|1|C|A|136s33
1HC8|1|C|A|1351HC8|1|C|C|154cSS
1HC8|1|C|A|1351HC8|1|C|G|105tSS
1HC8|1|C|A|1351HC8|1|C|G|106
1HC8|1|C|A|1351HC8|1|C|U|133tHS
1HC8|1|C|A|1361HC8|1|C|A|107s55
1HC8|1|C|A|1361HC8|1|C|A|135s33
1HC8|1|C|A|1361HC8|1|C|G|106
1HC8|1|C|A|1361HC8|1|C|U|132tWW
1HC8|1|C|A|1381HC8|1|C|A|127tSS
1HC8|1|C|A|1381HC8|1|C|C|129s35
1HC8|1|C|A|1381HC8|1|C|G|112s55
1HC8|1|C|A|1381HC8|1|C|U|110cHW
1HC8|1|C|A|1381HC8|1|C|U|128
1HC8|1|C|A|1391HC8|1|C|A|1390BPh
1HC8|1|C|A|1391HC8|1|C|A|140cSH
1HC8|1|C|A|1391HC8|1|C|G|121s35
1HC8|1|C|A|1391HC8|1|C|G|137s53
1HC8|1|C|A|1391HC8|1|C|U|151tSH
1HC8|1|C|A|1401HC8|1|C|A|139cHS
1HC8|1|C|A|1401HC8|1|C|A|140n0BP
1HC8|1|C|A|1401HC8|1|C|C|152s55
1HC8|1|C|A|1401HC8|1|C|G|121s35
1HC8|1|C|A|1401HC8|1|C|G|137s53
1HC8|1|C|A|1401HC8|1|C|G|141s35
1HC8|1|C|A|1401HC8|1|C|U|151cWW
1HC8|1|C|A|1451HC8|1|C|A|1450BPh
1HC8|1|C|A|1451HC8|1|C|A|146s35
1HC8|1|C|A|1461HC8|1|C|A|145s53
1HC8|1|C|A|1461HC8|1|C|A|1460BPh
1HC8|1|C|A|1461HC8|1|C|U|144
1HC8|1|C|A|1461HC8|1|C|U|147s35
1HC8|1|C|A|1481HC8|1|C|A|1480BPh
1HC8|1|C|A|1481HC8|1|C|G|143tHS
1HC8|1|C|A|1481HC8|1|C|G|149s35
1HC8|1|C|A|1481HC8|1|C|U|147s53
1HC8|1|C|A|1531HC8|1|C|A|136
1HC8|1|C|A|1531HC8|1|C|A|1530BPh
1HC8|1|C|A|1531HC8|1|C|C|152s53
1HC8|1|C|A|1531HC8|1|C|C|154s35
1HC8|1|C|A|1531HC8|1|C|G|106tHS
1HC8|1|C|A|1531HC8|1|C|G|137s55n2BP
1HC8|1|C|C|1021HC8|1|C|C|1020BPh
1HC8|1|C|C|1021HC8|1|C|C|103s35
1HC8|1|C|C|1021HC8|1|C|G|157cWW
1HC8|1|C|C|1031HC8|1|C|A|104s35
1HC8|1|C|C|1031HC8|1|C|C|102s53
1HC8|1|C|C|1031HC8|1|C|C|1030BPh
1HC8|1|C|C|1031HC8|1|C|G|156cWW
1HC8|1|C|C|1031HC8|1|C|G|157s55
1HC8|1|C|C|1141HC8|1|C|A|1207BPh
1HC8|1|C|C|1141HC8|1|C|C|1140BPh
1HC8|1|C|C|1141HC8|1|C|G|113s53
1HC8|1|C|C|1141HC8|1|C|G|124cWW
1HC8|1|C|C|1141HC8|1|C|U|115s35
1HC8|1|C|C|1221HC8|1|C|C|1220BPh
1HC8|1|C|C|1221HC8|1|C|C|142cWH
1HC8|1|C|C|1221HC8|1|C|G|121s53
1HC8|1|C|C|1221HC8|1|C|G|143s35
1HC8|1|C|C|1221HC8|1|C|G|149ntWH
1HC8|1|C|C|1251HC8|1|C|C|1250BPh
1HC8|1|C|C|1251HC8|1|C|C|126s35
1HC8|1|C|C|1251HC8|1|C|G|113cWW
1HC8|1|C|C|1251HC8|1|C|G|124s53
1HC8|1|C|C|1261HC8|1|C|A|127s35
1HC8|1|C|C|1261HC8|1|C|C|125s53
1HC8|1|C|C|1261HC8|1|C|C|1260BPh
1HC8|1|C|C|1261HC8|1|C|G|112cWW
1HC8|1|C|C|1261HC8|1|C|G|113s55
1HC8|1|C|C|1291HC8|1|C|A|130s35
1HC8|1|C|C|1291HC8|1|C|A|138s539BPh
1HC8|1|C|C|1291HC8|1|C|C|129n0BP
1HC8|1|C|C|1291HC8|1|C|G|109cWW
1HC8|1|C|C|1291HC8|1|C|U|128
1HC8|1|C|C|1421HC8|1|C|C|122cHW
1HC8|1|C|C|1421HC8|1|C|C|1420BPh
1HC8|1|C|C|1421HC8|1|C|G|141s53
1HC8|1|C|C|1421HC8|1|C|G|143s35
1HC8|1|C|C|1421HC8|1|C|G|149cWW
1HC8|1|C|C|1501HC8|1|C|C|1500BPh
1HC8|1|C|C|1501HC8|1|C|G|141cWW
1HC8|1|C|C|1501HC8|1|C|G|149s53
1HC8|1|C|C|1501HC8|1|C|U|151s35
1HC8|1|C|C|1521HC8|1|C|A|140s55
1HC8|1|C|C|1521HC8|1|C|A|153s35
1HC8|1|C|C|1521HC8|1|C|C|1520BPh
1HC8|1|C|C|1521HC8|1|C|G|106s33
1HC8|1|C|C|1521HC8|1|C|G|137cWW
1HC8|1|C|C|1521HC8|1|C|U|151s53
1HC8|1|C|C|1541HC8|1|C|A|135cSS
1HC8|1|C|C|1541HC8|1|C|A|153s538BPh
1HC8|1|C|C|1541HC8|1|C|C|1540BPh
1HC8|1|C|C|1541HC8|1|C|G|105cWW
1HC8|1|C|C|1541HC8|1|C|G|106s55
1HC8|1|C|C|1541HC8|1|C|U|155s35
1HC8|1|C|G|1051HC8|1|C|A|104s53
1HC8|1|C|G|1051HC8|1|C|A|135tSS
1HC8|1|C|G|1051HC8|1|C|C|154cWW
1HC8|1|C|G|1051HC8|1|C|G|1050BPh
1HC8|1|C|G|1051HC8|1|C|G|106s35
1HC8|1|C|G|1051HC8|1|C|U|155s55
1HC8|1|C|G|1061HC8|1|C|A|153tSH
1HC8|1|C|G|1061HC8|1|C|C|152s335BPh
1HC8|1|C|G|1061HC8|1|C|C|154s55
1HC8|1|C|G|1061HC8|1|C|G|105s53
1HC8|1|C|G|1061HC8|1|C|G|1060BPh
1HC8|1|C|G|1091HC8|1|C|A|130s55
1HC8|1|C|G|1091HC8|1|C|C|129cWW
1HC8|1|C|G|1091HC8|1|C|G|1090BPh
1HC8|1|C|G|1091HC8|1|C|U|108ns53
1HC8|1|C|G|1091HC8|1|C|U|110s33
1HC8|1|C|G|1121HC8|1|C|A|127s55
1HC8|1|C|G|1121HC8|1|C|A|138s55
1HC8|1|C|G|1121HC8|1|C|C|126cWW
1HC8|1|C|G|1121HC8|1|C|G|112n0BP
1HC8|1|C|G|1121HC8|1|C|G|113s35
1HC8|1|C|G|1131HC8|1|C|C|114s35
1HC8|1|C|G|1131HC8|1|C|C|125cWW
1HC8|1|C|G|1131HC8|1|C|C|126s55
1HC8|1|C|G|1131HC8|1|C|G|112s53
1HC8|1|C|G|1131HC8|1|C|G|1130BPh
1HC8|1|C|G|1181HC8|1|C|A|117s53
1HC8|1|C|G|1181HC8|1|C|A|119s35
1HC8|1|C|G|1181HC8|1|C|A|145
1HC8|1|C|G|1181HC8|1|C|A|146n1BP
1HC8|1|C|G|1181HC8|1|C|G|1180BPh
1HC8|1|C|G|1211HC8|1|C|A|139s53
1HC8|1|C|G|1211HC8|1|C|A|140s53
1HC8|1|C|G|1211HC8|1|C|C|122s35
1HC8|1|C|G|1211HC8|1|C|G|121n0BP
1HC8|1|C|G|1211HC8|1|C|G|141cWH
1HC8|1|C|G|1241HC8|1|C|A|123s53
1HC8|1|C|G|1241HC8|1|C|C|114cWW
1HC8|1|C|G|1241HC8|1|C|C|125s35
1HC8|1|C|G|1241HC8|1|C|G|1240BPh
1HC8|1|C|G|1371HC8|1|C|A|139s35
1HC8|1|C|G|1371HC8|1|C|A|140s35
1HC8|1|C|G|1371HC8|1|C|A|153s55
1HC8|1|C|G|1371HC8|1|C|C|152cWW
1HC8|1|C|G|1411HC8|1|C|A|140s53
1HC8|1|C|G|1411HC8|1|C|C|142s35
1HC8|1|C|G|1411HC8|1|C|C|150cWW
1HC8|1|C|G|1411HC8|1|C|G|121cHW
1HC8|1|C|G|1411HC8|1|C|G|141n0BP
1HC8|1|C|G|1411HC8|1|C|U|151s55
1HC8|1|C|G|1431HC8|1|C|A|148tSH
1HC8|1|C|G|1431HC8|1|C|C|122s53
1HC8|1|C|G|1431HC8|1|C|C|142s53
1HC8|1|C|G|1431HC8|1|C|G|1430BPh
1HC8|1|C|G|1431HC8|1|C|G|149ns55
1HC8|1|C|G|1431HC8|1|C|U|144s35
1HC8|1|C|G|1491HC8|1|C|A|148s53
1HC8|1|C|G|1491HC8|1|C|C|122ntHW
1HC8|1|C|G|1491HC8|1|C|C|142cWW
1HC8|1|C|G|1491HC8|1|C|C|150s35
1HC8|1|C|G|1491HC8|1|C|G|143ns55
1HC8|1|C|G|1491HC8|1|C|G|1490BPh
1HC8|1|C|G|1561HC8|1|C|A|104s55
1HC8|1|C|G|1561HC8|1|C|C|103cWW
1HC8|1|C|G|1561HC8|1|C|G|1560BPh
1HC8|1|C|G|1561HC8|1|C|G|157s35
1HC8|1|C|G|1561HC8|1|C|U|155ns53
1HC8|1|C|G|1571HC8|1|C|C|102cWW
1HC8|1|C|G|1571HC8|1|C|C|103s55
1HC8|1|C|G|1571HC8|1|C|G|156s53
1HC8|1|C|G|1571HC8|1|C|G|1570BPh
1HC8|1|C|G|1571HC8|1|C|U|158s35
1HC8|1|C|U|1081HC8|1|C|A|107s53
1HC8|1|C|U|1081HC8|1|C|A|130cWW
1HC8|1|C|U|1081HC8|1|C|G|109ns35
1HC8|1|C|U|1081HC8|1|C|U|1080BPh
1HC8|1|C|U|1101HC8|1|C|A|138cWH
1HC8|1|C|U|1101HC8|1|C|G|109s33
1HC8|1|C|U|1101HC8|1|C|U|1100BPh
1HC8|1|C|U|1151HC8|1|C|A|119
1HC8|1|C|U|1151HC8|1|C|A|123ntSH
1HC8|1|C|U|1151HC8|1|C|C|114s53
1HC8|1|C|U|1151HC8|1|C|U|1150BPh
1HC8|1|C|U|1151HC8|1|C|U|116s35
1HC8|1|C|U|1161HC8|1|C|A|119ntSH5BPh
1HC8|1|C|U|1161HC8|1|C|U|115s53
1HC8|1|C|U|1161HC8|1|C|U|1160BPh
1HC8|1|C|U|1281HC8|1|C|A|127s53
1HC8|1|C|U|1281HC8|1|C|U|1280BPh
1HC8|1|C|U|1311HC8|1|C|A|107cWW
1HC8|1|C|U|1311HC8|1|C|A|130s53
1HC8|1|C|U|1311HC8|1|C|U|1310BPh
1HC8|1|C|U|1311HC8|1|C|U|132s35
1HC8|1|C|U|1321HC8|1|C|A|107ns55
1HC8|1|C|U|1321HC8|1|C|A|136tWW
1HC8|1|C|U|1321HC8|1|C|U|131s53
1HC8|1|C|U|1321HC8|1|C|U|1320BPh
1HC8|1|C|U|1321HC8|1|C|U|133s35
1HC8|1|C|U|1331HC8|1|C|A|135tSH
1HC8|1|C|U|1331HC8|1|C|A|1365BPh
1HC8|1|C|U|1331HC8|1|C|U|132s53
1HC8|1|C|U|1331HC8|1|C|U|133n0BP
1HC8|1|C|U|1441HC8|1|C|G|143s53
1HC8|1|C|U|1441HC8|1|C|U|1440BPh
1HC8|1|C|U|1441HC8|1|C|U|1475BPh
1HC8|1|C|U|1471HC8|1|C|A|146s53
1HC8|1|C|U|1471HC8|1|C|A|148s35
1HC8|1|C|U|1471HC8|1|C|U|144
1HC8|1|C|U|1511HC8|1|C|A|139tHS
1HC8|1|C|U|1511HC8|1|C|A|140cWW
1HC8|1|C|U|1511HC8|1|C|C|150s53
1HC8|1|C|U|1511HC8|1|C|C|152s35
1HC8|1|C|U|1511HC8|1|C|G|141s55
1HC8|1|C|U|1511HC8|1|C|U|1510BPh
1HC8|1|C|U|1551HC8|1|C|A|104cWW
1HC8|1|C|U|1551HC8|1|C|A|134cSS
1HC8|1|C|U|1551HC8|1|C|C|154s53
1HC8|1|C|U|1551HC8|1|C|G|105s55
1HC8|1|C|U|1551HC8|1|C|G|156ns35
1HC8|1|C|U|1551HC8|1|C|U|1550BPh
1HC8|1|C|U|1581HC8|1|C|G|157s53
1HC8|1|C|U|1581HC8|1|C|U|1580BPh
1HC8|1|D|A|3041HC8|1|D|A|3040BPh
1HC8|1|D|A|3041HC8|1|D|C|303s53
1HC8|1|D|A|3041HC8|1|D|G|305s35
1HC8|1|D|A|3041HC8|1|D|G|356s55
1HC8|1|D|A|3041HC8|1|D|U|355cWW
1HC8|1|D|A|3071HC8|1|D|A|3070BPh
1HC8|1|D|A|3071HC8|1|D|A|336s55
1HC8|1|D|A|3071HC8|1|D|G|3377BPh
1HC8|1|D|A|3071HC8|1|D|U|308s35
1HC8|1|D|A|3071HC8|1|D|U|331cWW
1HC8|1|D|A|3071HC8|1|D|U|332ns55
1HC8|1|D|A|3111HC8|1|D|A|3110BPh
1HC8|1|D|A|3111HC8|1|D|A|3192BPh
1HC8|1|D|A|3111HC8|1|D|A|320s55
1HC8|1|D|A|3171HC8|1|D|A|3170BPh
1HC8|1|D|A|3171HC8|1|D|G|318s35
1HC8|1|D|A|3191HC8|1|D|A|323s35
1HC8|1|D|A|3191HC8|1|D|A|346n2BP
1HC8|1|D|A|3191HC8|1|D|G|318s53
1HC8|1|D|A|3191HC8|1|D|U|316ntHS
1HC8|1|D|A|3201HC8|1|D|A|311s55
1HC8|1|D|A|3201HC8|1|D|A|346
1HC8|1|D|A|3201HC8|1|D|U|3470BPh
1HC8|1|D|A|3231HC8|1|D|A|319s53
1HC8|1|D|A|3231HC8|1|D|A|3230BPh
1HC8|1|D|A|3231HC8|1|D|G|324s35
1HC8|1|D|A|3231HC8|1|D|U|315ntHS
1HC8|1|D|A|3271HC8|1|D|A|338ns35
1HC8|1|D|A|3271HC8|1|D|A|339n6BP
1HC8|1|D|A|3271HC8|1|D|C|326s53
1HC8|1|D|A|3271HC8|1|D|G|312s55
1HC8|1|D|A|3271HC8|1|D|U|328s35
1HC8|1|D|A|3301HC8|1|D|A|330n0BP
1HC8|1|D|A|3301HC8|1|D|C|329s53
1HC8|1|D|A|3301HC8|1|D|G|309s55
1HC8|1|D|A|3301HC8|1|D|U|308cWW
1HC8|1|D|A|3301HC8|1|D|U|331s35
1HC8|1|D|A|3341HC8|1|D|A|3340BPh
1HC8|1|D|A|3341HC8|1|D|A|335s35
1HC8|1|D|A|3341HC8|1|D|U|355cSS
1HC8|1|D|A|3351HC8|1|D|A|334s53
1HC8|1|D|A|3351HC8|1|D|A|3350BPh
1HC8|1|D|A|3351HC8|1|D|A|336s33
1HC8|1|D|A|3351HC8|1|D|C|354cSS
1HC8|1|D|A|3351HC8|1|D|G|305tSS
1HC8|1|D|A|3351HC8|1|D|G|306
1HC8|1|D|A|3351HC8|1|D|U|333
1HC8|1|D|A|3361HC8|1|D|A|307s55
1HC8|1|D|A|3361HC8|1|D|A|335s33
1HC8|1|D|A|3361HC8|1|D|G|306
1HC8|1|D|A|3361HC8|1|D|U|332tWW
1HC8|1|D|A|3361HC8|1|D|U|333ns35
1HC8|1|D|A|3381HC8|1|D|A|327ns53
1HC8|1|D|A|3381HC8|1|D|C|329s35
1HC8|1|D|A|3381HC8|1|D|G|312s55
1HC8|1|D|A|3381HC8|1|D|U|310cHW
1HC8|1|D|A|3381HC8|1|D|U|328
1HC8|1|D|A|3391HC8|1|D|A|339n0BP
1HC8|1|D|A|3391HC8|1|D|A|340cSH
1HC8|1|D|A|3391HC8|1|D|G|321s35
1HC8|1|D|A|3391HC8|1|D|G|337s53
1HC8|1|D|A|3391HC8|1|D|U|351tSH
1HC8|1|D|A|3401HC8|1|D|A|339cHS
1HC8|1|D|A|3401HC8|1|D|A|3400BPh
1HC8|1|D|A|3401HC8|1|D|C|352s55
1HC8|1|D|A|3401HC8|1|D|G|321s35
1HC8|1|D|A|3401HC8|1|D|G|337s53
1HC8|1|D|A|3401HC8|1|D|G|341s35
1HC8|1|D|A|3401HC8|1|D|U|351cWW
1HC8|1|D|A|3451HC8|1|D|A|3450BPh
1HC8|1|D|A|3451HC8|1|D|A|346s35
1HC8|1|D|A|3461HC8|1|D|A|345s53
1HC8|1|D|A|3461HC8|1|D|A|3460BPh
1HC8|1|D|A|3461HC8|1|D|U|344
1HC8|1|D|A|3461HC8|1|D|U|347s35
1HC8|1|D|A|3481HC8|1|D|A|3480BPh
1HC8|1|D|A|3481HC8|1|D|G|343tHS
1HC8|1|D|A|3481HC8|1|D|G|349s35
1HC8|1|D|A|3481HC8|1|D|U|347s53
1HC8|1|D|A|3531HC8|1|D|A|336
1HC8|1|D|A|3531HC8|1|D|A|3530BPh
1HC8|1|D|A|3531HC8|1|D|C|352s53
1HC8|1|D|A|3531HC8|1|D|C|354s35
1HC8|1|D|A|3531HC8|1|D|G|306tHS
1HC8|1|D|A|3531HC8|1|D|G|337s552BPh
1HC8|1|D|C|3021HC8|1|D|C|3020BPh
1HC8|1|D|C|3021HC8|1|D|C|303s35
1HC8|1|D|C|3021HC8|1|D|G|357cWW
1HC8|1|D|C|3031HC8|1|D|A|304s35
1HC8|1|D|C|3031HC8|1|D|C|302s53
1HC8|1|D|C|3031HC8|1|D|C|3030BPh
1HC8|1|D|C|3031HC8|1|D|G|356cWW
1HC8|1|D|C|3031HC8|1|D|G|357s55
1HC8|1|D|C|3141HC8|1|D|A|3207BPh
1HC8|1|D|C|3141HC8|1|D|C|3140BPh
1HC8|1|D|C|3141HC8|1|D|G|313s53
1HC8|1|D|C|3141HC8|1|D|G|324cWW
1HC8|1|D|C|3141HC8|1|D|U|315s35
1HC8|1|D|C|3221HC8|1|D|C|3220BPh
1HC8|1|D|C|3221HC8|1|D|C|342cWH
1HC8|1|D|C|3221HC8|1|D|G|321s53
1HC8|1|D|C|3221HC8|1|D|G|343s35
1HC8|1|D|C|3221HC8|1|D|G|349ntWH
1HC8|1|D|C|3251HC8|1|D|C|3250BPh
1HC8|1|D|C|3251HC8|1|D|C|326s35
1HC8|1|D|C|3251HC8|1|D|G|313cWW
1HC8|1|D|C|3251HC8|1|D|G|324s53
1HC8|1|D|C|3261HC8|1|D|A|327s35
1HC8|1|D|C|3261HC8|1|D|C|325s53
1HC8|1|D|C|3261HC8|1|D|C|3260BPh
1HC8|1|D|C|3261HC8|1|D|G|312cWW
1HC8|1|D|C|3261HC8|1|D|G|313s55
1HC8|1|D|C|3291HC8|1|D|A|330s35
1HC8|1|D|C|3291HC8|1|D|A|338s539BPh
1HC8|1|D|C|3291HC8|1|D|G|309cWW
1HC8|1|D|C|3291HC8|1|D|U|328
1HC8|1|D|C|3421HC8|1|D|C|322cHW
1HC8|1|D|C|3421HC8|1|D|C|3420BPh
1HC8|1|D|C|3421HC8|1|D|G|341s53
1HC8|1|D|C|3421HC8|1|D|G|343s35
1HC8|1|D|C|3421HC8|1|D|G|349cWW
1HC8|1|D|C|3501HC8|1|D|C|3500BPh
1HC8|1|D|C|3501HC8|1|D|G|341cWW
1HC8|1|D|C|3501HC8|1|D|G|349s53
1HC8|1|D|C|3501HC8|1|D|U|351s35
1HC8|1|D|C|3521HC8|1|D|A|340s55
1HC8|1|D|C|3521HC8|1|D|A|353s35
1HC8|1|D|C|3521HC8|1|D|C|3520BPh
1HC8|1|D|C|3521HC8|1|D|G|306s33
1HC8|1|D|C|3521HC8|1|D|G|337cWW
1HC8|1|D|C|3521HC8|1|D|U|351s53
1HC8|1|D|C|3541HC8|1|D|A|335cSS
1HC8|1|D|C|3541HC8|1|D|A|353s538BPh
1HC8|1|D|C|3541HC8|1|D|C|3540BPh
1HC8|1|D|C|3541HC8|1|D|G|305cWW
1HC8|1|D|C|3541HC8|1|D|G|306s55
1HC8|1|D|C|3541HC8|1|D|U|355s35
1HC8|1|D|G|3051HC8|1|D|A|304s53
1HC8|1|D|G|3051HC8|1|D|A|335tSS
1HC8|1|D|G|3051HC8|1|D|C|354cWW
1HC8|1|D|G|3051HC8|1|D|G|305n0BP
1HC8|1|D|G|3051HC8|1|D|G|306s35
1HC8|1|D|G|3051HC8|1|D|U|355s55
1HC8|1|D|G|3061HC8|1|D|A|353tSH
1HC8|1|D|G|3061HC8|1|D|C|352s335BPh
1HC8|1|D|G|3061HC8|1|D|C|354s55
1HC8|1|D|G|3061HC8|1|D|G|305s53
1HC8|1|D|G|3061HC8|1|D|G|3060BPh
1HC8|1|D|G|3091HC8|1|D|A|330s55
1HC8|1|D|G|3091HC8|1|D|C|329cWW
1HC8|1|D|G|3091HC8|1|D|G|3090BPh
1HC8|1|D|G|3091HC8|1|D|U|308ns53
1HC8|1|D|G|3091HC8|1|D|U|310s33
1HC8|1|D|G|3121HC8|1|D|A|327s55
1HC8|1|D|G|3121HC8|1|D|A|338s55
1HC8|1|D|G|3121HC8|1|D|C|326cWW
1HC8|1|D|G|3121HC8|1|D|G|312n0BP
1HC8|1|D|G|3121HC8|1|D|G|313s35
1HC8|1|D|G|3131HC8|1|D|C|314s35
1HC8|1|D|G|3131HC8|1|D|C|325cWW
1HC8|1|D|G|3131HC8|1|D|C|326s55
1HC8|1|D|G|3131HC8|1|D|G|312s53
1HC8|1|D|G|3131HC8|1|D|G|3130BPh
1HC8|1|D|G|3181HC8|1|D|A|317s53
1HC8|1|D|G|3181HC8|1|D|A|319s35
1HC8|1|D|G|3181HC8|1|D|A|345
1HC8|1|D|G|3181HC8|1|D|A|346n1BP
1HC8|1|D|G|3181HC8|1|D|G|3180BPh
1HC8|1|D|G|3211HC8|1|D|A|339s53
1HC8|1|D|G|3211HC8|1|D|A|340s53
1HC8|1|D|G|3211HC8|1|D|C|322s35
1HC8|1|D|G|3211HC8|1|D|G|321n0BP
1HC8|1|D|G|3211HC8|1|D|G|341cWH
1HC8|1|D|G|3241HC8|1|D|A|323s53
1HC8|1|D|G|3241HC8|1|D|C|314cWW
1HC8|1|D|G|3241HC8|1|D|C|325s35
1HC8|1|D|G|3241HC8|1|D|G|3240BPh
1HC8|1|D|G|3241HC8|1|D|U|315ns55
1HC8|1|D|G|3371HC8|1|D|A|339s35
1HC8|1|D|G|3371HC8|1|D|A|340s35
1HC8|1|D|G|3371HC8|1|D|A|353s55
1HC8|1|D|G|3371HC8|1|D|C|352cWW
1HC8|1|D|G|3411HC8|1|D|A|340s53
1HC8|1|D|G|3411HC8|1|D|C|342s35
1HC8|1|D|G|3411HC8|1|D|C|350cWW
1HC8|1|D|G|3411HC8|1|D|G|321cHW
1HC8|1|D|G|3411HC8|1|D|G|341n0BP
1HC8|1|D|G|3411HC8|1|D|U|351s55
1HC8|1|D|G|3431HC8|1|D|A|348tSH
1HC8|1|D|G|3431HC8|1|D|C|322s53
1HC8|1|D|G|3431HC8|1|D|C|342s53
1HC8|1|D|G|3431HC8|1|D|G|3430BPh
1HC8|1|D|G|3431HC8|1|D|G|349ns55
1HC8|1|D|G|3431HC8|1|D|U|344s35
1HC8|1|D|G|3491HC8|1|D|A|348s53
1HC8|1|D|G|3491HC8|1|D|C|322ntHW
1HC8|1|D|G|3491HC8|1|D|C|342cWW
1HC8|1|D|G|3491HC8|1|D|C|350s35
1HC8|1|D|G|3491HC8|1|D|G|343ns55
1HC8|1|D|G|3491HC8|1|D|G|349n0BP
1HC8|1|D|G|3561HC8|1|D|A|304s55
1HC8|1|D|G|3561HC8|1|D|C|303cWW
1HC8|1|D|G|3561HC8|1|D|G|3560BPh
1HC8|1|D|G|3561HC8|1|D|G|357s35
1HC8|1|D|G|3561HC8|1|D|U|355s53
1HC8|1|D|G|3571HC8|1|D|C|302cWW
1HC8|1|D|G|3571HC8|1|D|C|303s55
1HC8|1|D|G|3571HC8|1|D|G|356s53
1HC8|1|D|G|3571HC8|1|D|G|3570BPh
1HC8|1|D|G|3571HC8|1|D|U|358s35
1HC8|1|D|U|3081HC8|1|D|A|307s53
1HC8|1|D|U|3081HC8|1|D|A|330cWW
1HC8|1|D|U|3081HC8|1|D|G|309ns35
1HC8|1|D|U|3081HC8|1|D|U|3080BPh
1HC8|1|D|U|3081HC8|1|D|U|331s55
1HC8|1|D|U|3101HC8|1|D|A|338cWH
1HC8|1|D|U|3101HC8|1|D|G|309s33
1HC8|1|D|U|3101HC8|1|D|U|3100BPh
1HC8|1|D|U|3151HC8|1|D|A|319
1HC8|1|D|U|3151HC8|1|D|A|323ntSH
1HC8|1|D|U|3151HC8|1|D|C|314s53
1HC8|1|D|U|3151HC8|1|D|G|324ns55
1HC8|1|D|U|3151HC8|1|D|U|3150BPh
1HC8|1|D|U|3151HC8|1|D|U|316s35
1HC8|1|D|U|3161HC8|1|D|A|319ntSH5BPh
1HC8|1|D|U|3161HC8|1|D|U|315s53
1HC8|1|D|U|3161HC8|1|D|U|3160BPh
1HC8|1|D|U|3281HC8|1|D|A|327s53
1HC8|1|D|U|3281HC8|1|D|U|3280BPh
1HC8|1|D|U|3311HC8|1|D|A|307cWW
1HC8|1|D|U|3311HC8|1|D|A|330s53
1HC8|1|D|U|3311HC8|1|D|U|308s55
1HC8|1|D|U|3311HC8|1|D|U|3310BPh
1HC8|1|D|U|3311HC8|1|D|U|332s35
1HC8|1|D|U|3321HC8|1|D|A|307ns55
1HC8|1|D|U|3321HC8|1|D|A|336tWW
1HC8|1|D|U|3321HC8|1|D|U|331s53
1HC8|1|D|U|3321HC8|1|D|U|3320BPh
1HC8|1|D|U|3321HC8|1|D|U|333s35
1HC8|1|D|U|3331HC8|1|D|A|336ns535BPh
1HC8|1|D|U|3331HC8|1|D|U|332s53
1HC8|1|D|U|3331HC8|1|D|U|3330BPh
1HC8|1|D|U|3441HC8|1|D|G|343s53
1HC8|1|D|U|3441HC8|1|D|U|3440BPh
1HC8|1|D|U|3441HC8|1|D|U|3475BPh
1HC8|1|D|U|3471HC8|1|D|A|346s53
1HC8|1|D|U|3471HC8|1|D|A|348s35
1HC8|1|D|U|3471HC8|1|D|U|344
1HC8|1|D|U|3511HC8|1|D|A|339tHS
1HC8|1|D|U|3511HC8|1|D|A|340cWW
1HC8|1|D|U|3511HC8|1|D|C|350s53
1HC8|1|D|U|3511HC8|1|D|C|352s35
1HC8|1|D|U|3511HC8|1|D|G|341s55
1HC8|1|D|U|3511HC8|1|D|U|351n0BP
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|A|304cWW
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|A|334cSS
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|C|354s53
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|G|305s55
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|G|356s35
1HC8|1|D|U|3551HC8|1|D|U|3550BPh
1HC8|1|D|U|3581HC8|1|D|G|357s53
1HC8|1|D|U|3581HC8|1|D|U|358n0BP


Base-PairsCount (52)Relative Frequency
cWW280.538
tWW20.038
cWH60.115
cHS20.038
tHS70.135
cSS40.077
tSS30.058
Base-PhosphateCount (104)Relative Frequency
2BPh30.029
5BPh80.077
6BPh10.010
7BPh40.038
8BPh20.019
9BPh20.019
0BPh840.808
Base-StackingCount (62)Relative Frequency
s3360.097
s53290.468
s55270.435

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)