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NDB ID: UHX026  PDB ID: 1HMH 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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1HMH|1|E|G|801HMH|1|E|G|120s33
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1HMH|1|E|G|801HMH|1|E|U|70ns53
1HMH|1|E|U|1551HMH|1|E|G|154s53
1HMH|1|E|U|1551HMH|1|E|U|1550BPh
1HMH|1|E|U|401HMH|1|E|A|60ntSH
1HMH|1|E|U|401HMH|1|E|C|30s53
1HMH|1|E|U|401HMH|1|E|U|400BPh
1HMH|1|E|U|401HMH|1|E|U|705BPh
1HMH|1|E|U|701HMH|1|E|A|140cSW
1HMH|1|E|U|701HMH|1|E|A|60
1HMH|1|E|U|701HMH|1|E|G|80ns35
1HMH|1|E|U|701HMH|1|E|U|700BPh


Base-PairsCount (27)Relative Frequency
cWW120.444
cWS30.111
tHS90.333
cSS20.074
tSS10.037
Base-PhosphateCount (109)Relative Frequency
1BPh10.009
2BPh10.009
3BPh60.055
5BPh30.028
0BPh980.899
Base-StackingCount (48)Relative Frequency
s3330.062
s53280.583
s55170.354

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)