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NDB ID: 1I3Y  PDB ID: 1I3Y 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1I3Y|1|A|A|161I3Y|1|A|A|160BPh
1I3Y|1|A|A|161I3Y|1|A|C|15s53
1I3Y|1|A|A|161I3Y|1|A|G|17s35
1I3Y|1|A|A|161I3Y|1|A|G|5s55
1I3Y|1|A|A|161I3Y|1|A|U|4cWW
1I3Y|1|A|C|121I3Y|1|A|C|120BPh
1I3Y|1|A|C|121I3Y|1|A|G|13s35
1I3Y|1|A|C|121I3Y|1|A|U|10
1I3Y|1|A|C|121I3Y|1|A|U|11s55
1I3Y|1|A|C|141I3Y|1|A|C|15s35
1I3Y|1|A|C|141I3Y|1|A|G|13s53
1I3Y|1|A|C|141I3Y|1|A|G|6cWW
1I3Y|1|A|C|151I3Y|1|A|A|16s35
1I3Y|1|A|C|151I3Y|1|A|C|14s53
1I3Y|1|A|C|151I3Y|1|A|C|150BPh
1I3Y|1|A|C|151I3Y|1|A|G|5cWW
1I3Y|1|A|C|151I3Y|1|A|G|6s55
1I3Y|1|A|C|181I3Y|1|A|C|180BPh
1I3Y|1|A|C|181I3Y|1|A|C|19s35
1I3Y|1|A|C|181I3Y|1|A|G|17s53
1I3Y|1|A|C|181I3Y|1|A|G|2cWW
1I3Y|1|A|C|191I3Y|1|A|C|18s53
1I3Y|1|A|C|191I3Y|1|A|C|190BPh
1I3Y|1|A|C|191I3Y|1|A|G|1cWW
1I3Y|1|A|C|191I3Y|1|A|G|2s55
1I3Y|1|A|C|31I3Y|1|A|C|30BPh
1I3Y|1|A|C|31I3Y|1|A|G|17cWW
1I3Y|1|A|C|31I3Y|1|A|G|2s53
1I3Y|1|A|C|31I3Y|1|A|U|4s35
1I3Y|1|A|C|71I3Y|1|A|C|70BPh
1I3Y|1|A|C|71I3Y|1|A|G|13cWW
1I3Y|1|A|C|71I3Y|1|A|G|6s53
1I3Y|1|A|G|11I3Y|1|A|C|19cWW
1I3Y|1|A|G|11I3Y|1|A|G|2s35
1I3Y|1|A|G|131I3Y|1|A|C|12s53
1I3Y|1|A|G|131I3Y|1|A|C|14s35
1I3Y|1|A|G|131I3Y|1|A|C|7cWW
1I3Y|1|A|G|131I3Y|1|A|G|13n0BP
1I3Y|1|A|G|131I3Y|1|A|U|10
1I3Y|1|A|G|171I3Y|1|A|A|16s53
1I3Y|1|A|G|171I3Y|1|A|C|18s35
1I3Y|1|A|G|171I3Y|1|A|C|3cWW
1I3Y|1|A|G|171I3Y|1|A|G|170BPh
1I3Y|1|A|G|171I3Y|1|A|U|4s55
1I3Y|1|A|G|21I3Y|1|A|C|18cWW
1I3Y|1|A|G|21I3Y|1|A|C|19s55
1I3Y|1|A|G|21I3Y|1|A|C|3s35
1I3Y|1|A|G|21I3Y|1|A|G|1s53
1I3Y|1|A|G|21I3Y|1|A|G|20BPh
1I3Y|1|A|G|51I3Y|1|A|A|16s55
1I3Y|1|A|G|51I3Y|1|A|C|15cWW
1I3Y|1|A|G|51I3Y|1|A|G|50BPh
1I3Y|1|A|G|51I3Y|1|A|G|6s35
1I3Y|1|A|G|51I3Y|1|A|U|4s53
1I3Y|1|A|G|61I3Y|1|A|C|14cWW
1I3Y|1|A|G|61I3Y|1|A|C|15s55
1I3Y|1|A|G|61I3Y|1|A|C|7s35
1I3Y|1|A|G|61I3Y|1|A|G|5s53
1I3Y|1|A|G|61I3Y|1|A|G|60BPh
1I3Y|1|A|G|91I3Y|1|A|G|90BPh
1I3Y|1|A|U|101I3Y|1|A|C|12
1I3Y|1|A|U|101I3Y|1|A|G|13
1I3Y|1|A|U|101I3Y|1|A|U|100BPh
1I3Y|1|A|U|101I3Y|1|A|U|11
1I3Y|1|A|U|111I3Y|1|A|C|12s55
1I3Y|1|A|U|111I3Y|1|A|G|9
1I3Y|1|A|U|111I3Y|1|A|U|109BPh
1I3Y|1|A|U|111I3Y|1|A|U|110BPh
1I3Y|1|A|U|41I3Y|1|A|A|16cWW
1I3Y|1|A|U|41I3Y|1|A|C|3s53
1I3Y|1|A|U|41I3Y|1|A|G|17s55
1I3Y|1|A|U|41I3Y|1|A|G|5s35
1I3Y|1|A|U|41I3Y|1|A|U|40BPh


Base-PairsCount (7)Relative Frequency
cWW71.000
Base-PhosphateCount (16)Relative Frequency
9BPh10.062
0BPh150.938
Base-StackingCount (11)Relative Frequency
s5360.545
s5550.455

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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