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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: PR0047  PDB ID: 1I6U 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1I6U|1|C|A|101I6U|1|C|A|100BPh
1I6U|1|C|A|101I6U|1|C|A|11cSH
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1I6U|1|D|G|121I6U|1|D|C|27cWW
1I6U|1|D|G|121I6U|1|D|G|120BPh
1I6U|1|D|G|121I6U|1|D|U|13s35
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1I6U|1|D|G|121I6U|1|D|U|28s55
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1I6U|1|D|G|21I6U|1|D|C|37s55
1I6U|1|D|G|21I6U|1|D|G|1s53
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1I6U|1|D|G|201I6U|1|D|C|19s35
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1I6U|1|D|G|211I6U|1|D|A|22s35
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1I6U|1|D|G|211I6U|1|D|U|17s55
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1I6U|1|D|G|231I6U|1|D|U|15s55
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1I6U|1|D|G|341I6U|1|D|G|340BPh
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1I6U|1|D|G|71I6U|1|D|C|6s53
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1I6U|1|D|G|71I6U|1|D|G|8s35
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1I6U|1|D|U|131I6U|1|D|C|14s35
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1I6U|1|D|U|131I6U|1|D|U|130BPh
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1I6U|1|D|U|151I6U|1|D|C|14s53
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1I6U|1|D|U|151I6U|1|D|G|23s55
1I6U|1|D|U|151I6U|1|D|U|150BPh
1I6U|1|D|U|171I6U|1|D|C|16s53
1I6U|1|D|U|171I6U|1|D|C|19s35
1I6U|1|D|U|171I6U|1|D|G|20tSW
1I6U|1|D|U|171I6U|1|D|G|21s55
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1I6U|1|D|U|181I6U|1|D|U|180BPh
1I6U|1|D|U|251I6U|1|D|A|10s33
1I6U|1|D|U|251I6U|1|D|A|24s53
1I6U|1|D|U|251I6U|1|D|A|26cSH
1I6U|1|D|U|251I6U|1|D|C|27ncSH
1I6U|1|D|U|251I6U|1|D|G|12ncWW
1I6U|1|D|U|251I6U|1|D|U|250BPh
1I6U|1|D|U|281I6U|1|D|A|10ntHS
1I6U|1|D|U|281I6U|1|D|A|11cWW
1I6U|1|D|U|281I6U|1|D|C|27s53
1I6U|1|D|U|281I6U|1|D|G|12s55
1I6U|1|D|U|281I6U|1|D|G|29s35
1I6U|1|D|U|281I6U|1|D|U|280BPh
1I6U|1|D|U|91I6U|1|D|A|10s35
1I6U|1|D|U|91I6U|1|D|G|29cWW
1I6U|1|D|U|91I6U|1|D|G|8s53
1I6U|1|D|U|91I6U|1|D|U|90BPh


Base-PairsCount (37)Relative Frequency
cWW300.811
tWS20.054
cHS40.108
tHS10.027
Base-PhosphateCount (72)Relative Frequency
8BPh20.028
9BPh20.028
0BPh680.944
Base-StackingCount (46)Relative Frequency
s3320.043
s53220.478
s55220.478

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)