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NDB ID: 1K4A  PDB ID: 1K4A 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1K4A|1|A|A|111K4A|1|A|A|11n0BP
1K4A|1|A|A|111K4A|1|A|A|12s35
1K4A|1|A|A|111K4A|1|A|C|5s55
1K4A|1|A|A|111K4A|1|A|G|10s53
1K4A|1|A|A|111K4A|1|A|U|4cWW
1K4A|1|A|A|121K4A|1|A|A|11s53
1K4A|1|A|A|121K4A|1|A|A|120BPh
1K4A|1|A|A|121K4A|1|A|C|13s35
1K4A|1|A|A|121K4A|1|A|U|3cWW
1K4A|1|A|A|121K4A|1|A|U|4ns55
1K4A|1|A|A|61K4A|1|A|A|9tSH
1K4A|1|A|A|61K4A|1|A|C|5s53
1K4A|1|A|A|61K4A|1|A|G|10ns55
1K4A|1|A|A|61K4A|1|A|G|7s33
1K4A|1|A|A|81K4A|1|A|A|80BPh
1K4A|1|A|A|81K4A|1|A|A|9ns35
1K4A|1|A|A|91K4A|1|A|A|6tHS
1K4A|1|A|A|91K4A|1|A|A|8ns53
1K4A|1|A|A|91K4A|1|A|A|90BPh
1K4A|1|A|A|91K4A|1|A|G|10s35
1K4A|1|A|C|131K4A|1|A|A|12s53
1K4A|1|A|C|131K4A|1|A|C|130BPh
1K4A|1|A|C|131K4A|1|A|C|14ns35
1K4A|1|A|C|131K4A|1|A|G|2cWW
1K4A|1|A|C|141K4A|1|A|C|13ns53
1K4A|1|A|C|141K4A|1|A|C|140BPh
1K4A|1|A|C|141K4A|1|A|G|1cWW
1K4A|1|A|C|141K4A|1|A|G|2ns55
1K4A|1|A|C|51K4A|1|A|A|11s55
1K4A|1|A|C|51K4A|1|A|A|6s35
1K4A|1|A|C|51K4A|1|A|C|5n0BP
1K4A|1|A|C|51K4A|1|A|G|10cWW
1K4A|1|A|C|51K4A|1|A|U|4s53
1K4A|1|A|G|11K4A|1|A|C|14cWW
1K4A|1|A|G|11K4A|1|A|G|1n0BP
1K4A|1|A|G|11K4A|1|A|G|2s35
1K4A|1|A|G|101K4A|1|A|A|11s35
1K4A|1|A|G|101K4A|1|A|A|6ns55
1K4A|1|A|G|101K4A|1|A|A|9s53
1K4A|1|A|G|101K4A|1|A|C|5cWW
1K4A|1|A|G|101K4A|1|A|G|100BPh
1K4A|1|A|G|21K4A|1|A|C|13cWW
1K4A|1|A|G|21K4A|1|A|C|14ns55
1K4A|1|A|G|21K4A|1|A|G|1s53
1K4A|1|A|G|21K4A|1|A|G|20BPh
1K4A|1|A|G|21K4A|1|A|U|3s35
1K4A|1|A|G|71K4A|1|A|A|6s33
1K4A|1|A|G|71K4A|1|A|G|71BPh
1K4A|1|A|U|31K4A|1|A|A|12cWW
1K4A|1|A|U|31K4A|1|A|G|2s53
1K4A|1|A|U|31K4A|1|A|U|30BPh
1K4A|1|A|U|31K4A|1|A|U|4s35
1K4A|1|A|U|41K4A|1|A|A|11cWW
1K4A|1|A|U|41K4A|1|A|A|12ns55
1K4A|1|A|U|41K4A|1|A|C|5s35
1K4A|1|A|U|41K4A|1|A|U|3s53
1K4A|1|A|U|41K4A|1|A|U|40BPh


Base-PairsCount (6)Relative Frequency
cWW50.833
tHS10.167
Base-PhosphateCount (10)Relative Frequency
1BPh10.100
0BPh90.900
Base-StackingCount (5)Relative Frequency
s3310.200
s5330.600
s5510.200

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)