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NDB ID: 1KOC  PDB ID: 1KOC 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1KOC|1|A|A|111KOC|1|A|A|11n0BP
1KOC|1|A|A|111KOC|1|A|G|10s53
1KOC|1|A|A|111KOC|1|A|G|12s35
1KOC|1|A|A|111KOC|1|A|G|9s35
1KOC|1|A|A|111KOC|1|B|C|37s55
1KOC|1|A|A|111KOC|1|B|U|36cWW
1KOC|1|A|A|51KOC|1|A|A|5n0BP
1KOC|1|A|A|51KOC|1|A|G|6s35
1KOC|1|A|A|71KOC|1|A|A|7n0BP
1KOC|1|A|A|71KOC|1|A|G|6s53
1KOC|1|A|A|71KOC|1|B|C|39ncWW
1KOC|1|A|A|71KOC|1|B|G|38ncWW
1KOC|1|A|A|81KOC|1|B|G|30ns552BPh
1KOC|1|A|C|131KOC|1|A|C|13n0BP
1KOC|1|A|C|131KOC|1|A|G|12s53
1KOC|1|A|C|131KOC|1|A|G|14ns35
1KOC|1|A|C|131KOC|1|B|A|29
1KOC|1|A|G|101KOC|1|A|A|11s35
1KOC|1|A|G|101KOC|1|A|G|100BPh
1KOC|1|A|G|101KOC|1|A|G|9ns35
1KOC|1|A|G|101KOC|1|B|C|37cWW
1KOC|1|A|G|101KOC|1|B|G|38s55
1KOC|1|A|G|121KOC|1|A|A|11s53
1KOC|1|A|G|121KOC|1|A|C|13s35
1KOC|1|A|G|121KOC|1|A|G|120BPh
1KOC|1|A|G|121KOC|1|B|G|35ncWH
1KOC|1|A|G|121KOC|1|B|U|36s55
1KOC|1|A|G|141KOC|1|A|C|13ns53
1KOC|1|A|G|141KOC|1|A|G|140BPh
1KOC|1|A|G|141KOC|1|A|U|15s35
1KOC|1|A|G|141KOC|1|B|C|28cWW
1KOC|1|A|G|61KOC|1|A|A|5s53
1KOC|1|A|G|61KOC|1|A|A|7s35
1KOC|1|A|G|61KOC|1|A|G|60BPh
1KOC|1|A|G|61KOC|1|B|C|39cWW
1KOC|1|A|G|61KOC|1|B|U|40s55
1KOC|1|A|G|91KOC|1|A|A|11s53n1BP
1KOC|1|A|G|91KOC|1|A|G|10ns53
1KOC|1|A|G|91KOC|1|B|A|29s33
1KOC|1|A|U|151KOC|1|A|G|14s53
1KOC|1|A|U|151KOC|1|A|U|150BPh
1KOC|1|A|U|151KOC|1|B|A|27ns33
1KOC|1|A|U|151KOC|1|B|G|31ns55
1KOC|1|B|A|271KOC|1|A|U|15ns33
1KOC|1|B|A|291KOC|1|A|C|13
1KOC|1|B|A|291KOC|1|A|G|9s33
1KOC|1|B|A|291KOC|1|B|C|28s53
1KOC|1|B|A|291KOC|1|B|G|30
1KOC|1|B|A|331KOC|1|B|A|33n0BP
1KOC|1|B|A|331KOC|1|B|G|31ns53
1KOC|1|B|A|331KOC|1|B|G|35
1KOC|1|B|A|331KOC|1|B|U|32n7BP
1KOC|1|B|C|281KOC|1|A|G|14cWW
1KOC|1|B|C|281KOC|1|B|A|29s35
1KOC|1|B|C|281KOC|1|B|C|28n0BP
1KOC|1|B|C|371KOC|1|A|A|11s55
1KOC|1|B|C|371KOC|1|A|G|10cWW
1KOC|1|B|C|371KOC|1|B|C|37n0BP
1KOC|1|B|C|371KOC|1|B|G|34ns35
1KOC|1|B|C|371KOC|1|B|G|38s35
1KOC|1|B|C|371KOC|1|B|U|36s53
1KOC|1|B|C|391KOC|1|A|A|7ncWW
1KOC|1|B|C|391KOC|1|A|G|6cWW
1KOC|1|B|C|391KOC|1|B|C|39n0BP
1KOC|1|B|C|391KOC|1|B|G|38s53
1KOC|1|B|C|391KOC|1|B|U|40s35
1KOC|1|B|G|301KOC|1|A|A|8ns55
1KOC|1|B|G|301KOC|1|B|A|29
1KOC|1|B|G|301KOC|1|B|G|30n1BP
1KOC|1|B|G|301KOC|1|B|G|31s55
1KOC|1|B|G|311KOC|1|A|U|15ns55
1KOC|1|B|G|311KOC|1|B|A|33ns35
1KOC|1|B|G|311KOC|1|B|G|30s55
1KOC|1|B|G|311KOC|1|B|U|32
1KOC|1|B|G|341KOC|1|B|C|37ns53n1BP
1KOC|1|B|G|341KOC|1|B|G|35
1KOC|1|B|G|341KOC|1|B|G|38ncWH
1KOC|1|B|G|341KOC|1|B|U|36s53
1KOC|1|B|G|351KOC|1|A|G|12ncHW
1KOC|1|B|G|351KOC|1|B|A|33
1KOC|1|B|G|351KOC|1|B|G|34n1BP
1KOC|1|B|G|351KOC|1|B|U|36s55
1KOC|1|B|G|381KOC|1|A|A|7ncWW
1KOC|1|B|G|381KOC|1|A|G|10s55
1KOC|1|B|G|381KOC|1|B|C|37s53
1KOC|1|B|G|381KOC|1|B|C|39s35
1KOC|1|B|G|381KOC|1|B|G|34ncHW
1KOC|1|B|G|381KOC|1|B|G|38n0BP
1KOC|1|B|U|321KOC|1|B|A|33
1KOC|1|B|U|321KOC|1|B|G|31
1KOC|1|B|U|321KOC|1|B|U|320BPh
1KOC|1|B|U|361KOC|1|A|A|11cWW
1KOC|1|B|U|361KOC|1|A|G|12s55
1KOC|1|B|U|361KOC|1|B|C|37s35
1KOC|1|B|U|361KOC|1|B|G|34s35
1KOC|1|B|U|361KOC|1|B|G|35s55
1KOC|1|B|U|401KOC|1|A|G|6s55
1KOC|1|B|U|401KOC|1|B|C|39s53
1KOC|1|B|U|401KOC|1|B|U|400BPh


Base-PairsCount (4)Relative Frequency
cWW41.000
Base-PhosphateCount (8)Relative Frequency
2BPh10.125
0BPh70.875
Base-StackingCount (14)Relative Frequency
s3310.071
s5370.500
s5560.429

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)