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NDB ID: PR0076  PDB ID: 1M5P 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1M5P|1|A|A|101M5P|1|A|A|100BPh
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1M5P|1|P|U|191M5P|1|P|U|190BPh


Base-PairsCount (88)Relative Frequency
cWW760.864
tWH40.045
tHS50.057
cSS30.034
Base-PhosphateCount (197)Relative Frequency
3BPh10.005
8BPh10.005
9BPh10.005
0BPh1940.985
Base-StackingCount (115)Relative Frequency
s3350.043
s53570.496
s55530.461

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)