A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
Search for released structures

NDB ID: DR0008  PDB ID: 1MWL 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1MWL|1|A|A|16||A1MWL|1|A|A|16||An0BP
1MWL|1|A|A|16||A1MWL|1|A|A|17||Ans35
1MWL|1|A|A|17||A1MWL|1|A|A|16||Ans53
1MWL|1|A|A|71MWL|1|A|A|70BPh
1MWL|1|A|A|71MWL|1|A|C|6s53
1MWL|1|A|A|71MWL|1|A|C|8s35
1MWL|1|A|A|71MWL|1|B|G|40s55
1MWL|1|A|A|91MWL|1|A|A|90BPh
1MWL|1|A|A|91MWL|1|A|C|10s35
1MWL|1|A|A|91MWL|1|A|C|8s53
1MWL|1|A|A|91MWL|1|B|G|37s55
1MWL|1|A|A|91MWL|1|B|U|36cWW
1MWL|1|A|C|101MWL|1|A|A|9s53
1MWL|1|A|C|101MWL|1|A|C|100BPh
1MWL|1|A|C|101MWL|1|A|C|11s35
1MWL|1|A|C|101MWL|1|B|G|35cWW
1MWL|1|A|C|111MWL|1|A|C|10s53
1MWL|1|A|C|111MWL|1|A|C|110BPh
1MWL|1|A|C|111MWL|1|A|G|12s35
1MWL|1|A|C|111MWL|1|B|G|34cWW
1MWL|1|A|C|111MWL|1|B|G|35s55
1MWL|1|A|C|201MWL|1|A|C|200BPh
1MWL|1|A|C|201MWL|1|A|G|21s35
1MWL|1|A|C|201MWL|1|A|U|19s53
1MWL|1|A|C|201MWL|1|B|G|26cWW
1MWL|1|A|C|201MWL|1|B|U|27ns55
1MWL|1|A|C|221MWL|1|A|C|220BPh
1MWL|1|A|C|221MWL|1|A|G|21s53
1MWL|1|A|C|221MWL|1|B|G|24cWW
1MWL|1|A|C|31MWL|1|A|C|30BPh
1MWL|1|A|C|31MWL|1|A|G|2s53
1MWL|1|A|C|31MWL|1|A|G|4s35
1MWL|1|A|C|31MWL|1|B|G|43cWW
1MWL|1|A|C|61MWL|1|A|A|7s35
1MWL|1|A|C|61MWL|1|A|C|60BPh
1MWL|1|A|C|61MWL|1|A|U|5s53
1MWL|1|A|C|61MWL|1|B|G|40cWW
1MWL|1|A|C|61MWL|1|B|U|41ns55
1MWL|1|A|C|81MWL|1|A|A|7s53
1MWL|1|A|C|81MWL|1|A|A|9s35
1MWL|1|A|C|81MWL|1|A|C|80BPh
1MWL|1|A|C|81MWL|1|B|G|37cWW
1MWL|1|A|G|121MWL|1|A|C|11s53
1MWL|1|A|G|121MWL|1|A|G|120BPh
1MWL|1|A|G|121MWL|1|A|G|13s35
1MWL|1|A|G|121MWL|1|B|C|33cWW
1MWL|1|A|G|121MWL|1|B|G|34s55
1MWL|1|A|G|131MWL|1|A|G|12s53
1MWL|1|A|G|131MWL|1|A|G|130BPh
1MWL|1|A|G|131MWL|1|A|U|14s35
1MWL|1|A|G|131MWL|1|B|C|32cWW
1MWL|1|A|G|131MWL|1|B|C|33s55
1MWL|1|A|G|151MWL|1|A|G|150BPh
1MWL|1|A|G|151MWL|1|A|U|14s53
1MWL|1|A|G|151MWL|1|B|A|31s55
1MWL|1|A|G|151MWL|1|B|C|30cWW
1MWL|1|A|G|18||A1MWL|1|A|G|18||A0BPh
1MWL|1|A|G|18||A1MWL|1|A|U|19s35
1MWL|1|A|G|18||A1MWL|1|B|A|29s55
1MWL|1|A|G|18||A1MWL|1|B|C|28cWW
1MWL|1|A|G|21MWL|1|A|C|3s35
1MWL|1|A|G|21MWL|1|A|G|20BPh
1MWL|1|A|G|21MWL|1|B|C|44cWW
1MWL|1|A|G|211MWL|1|A|C|20s53
1MWL|1|A|G|211MWL|1|A|C|22s35
1MWL|1|A|G|211MWL|1|A|G|210BPh
1MWL|1|A|G|211MWL|1|B|C|25cWW
1MWL|1|A|G|211MWL|1|B|G|26s55
1MWL|1|A|G|41MWL|1|A|C|3s53
1MWL|1|A|G|41MWL|1|A|G|40BPh
1MWL|1|A|G|41MWL|1|A|U|5s35
1MWL|1|A|G|41MWL|1|B|C|42cWW
1MWL|1|A|G|41MWL|1|B|G|43s55
1MWL|1|A|U|141MWL|1|A|G|13s53
1MWL|1|A|U|141MWL|1|A|G|15s35
1MWL|1|A|U|141MWL|1|A|U|140BPh
1MWL|1|A|U|141MWL|1|B|A|31cWW
1MWL|1|A|U|191MWL|1|A|C|20s35
1MWL|1|A|U|191MWL|1|A|G|18||As53
1MWL|1|A|U|191MWL|1|A|U|190BPh
1MWL|1|A|U|191MWL|1|B|U|27cWW
1MWL|1|A|U|51MWL|1|A|C|6s35
1MWL|1|A|U|51MWL|1|A|G|4s53
1MWL|1|A|U|51MWL|1|A|U|50BPh
1MWL|1|A|U|51MWL|1|B|U|41cWW
1MWL|1|B|A|291MWL|1|A|G|18||As55
1MWL|1|B|A|291MWL|1|B|A|290BPh
1MWL|1|B|A|291MWL|1|B|C|28s53
1MWL|1|B|A|291MWL|1|B|C|30s35
1MWL|1|B|A|311MWL|1|A|G|15s55
1MWL|1|B|A|311MWL|1|A|U|14cWW
1MWL|1|B|A|311MWL|1|B|A|310BPh
1MWL|1|B|A|311MWL|1|B|C|30s53
1MWL|1|B|A|311MWL|1|B|C|32s35
1MWL|1|B|A|381MWL|1|B|A|39s35
1MWL|1|B|A|391MWL|1|B|A|38s53
1MWL|1|B|A|391MWL|1|B|A|39n0BP
1MWL|1|B|C|251MWL|1|A|G|21cWW
1MWL|1|B|C|251MWL|1|B|C|250BPh
1MWL|1|B|C|251MWL|1|B|G|24s53
1MWL|1|B|C|251MWL|1|B|G|26s35
1MWL|1|B|C|281MWL|1|A|G|18||AcWW
1MWL|1|B|C|281MWL|1|B|A|29s35
1MWL|1|B|C|281MWL|1|B|C|280BPh
1MWL|1|B|C|281MWL|1|B|U|27s53
1MWL|1|B|C|301MWL|1|A|G|15cWW
1MWL|1|B|C|301MWL|1|B|A|29s53
1MWL|1|B|C|301MWL|1|B|A|31s35
1MWL|1|B|C|301MWL|1|B|C|300BPh
1MWL|1|B|C|321MWL|1|A|G|13cWW
1MWL|1|B|C|321MWL|1|B|A|31s53
1MWL|1|B|C|321MWL|1|B|C|320BPh
1MWL|1|B|C|321MWL|1|B|C|33s35
1MWL|1|B|C|331MWL|1|A|G|12cWW
1MWL|1|B|C|331MWL|1|A|G|13s55
1MWL|1|B|C|331MWL|1|B|C|32s53
1MWL|1|B|C|331MWL|1|B|C|330BPh
1MWL|1|B|C|331MWL|1|B|G|34s35
1MWL|1|B|C|421MWL|1|A|G|4cWW
1MWL|1|B|C|421MWL|1|B|C|420BPh
1MWL|1|B|C|421MWL|1|B|G|43s35
1MWL|1|B|C|421MWL|1|B|U|41s53
1MWL|1|B|C|441MWL|1|A|G|2cWW
1MWL|1|B|C|441MWL|1|B|C|440BPh
1MWL|1|B|C|441MWL|1|B|G|43s53
1MWL|1|B|G|241MWL|1|A|C|22cWW
1MWL|1|B|G|241MWL|1|B|C|25s35
1MWL|1|B|G|241MWL|1|B|G|240BPh
1MWL|1|B|G|261MWL|1|A|C|20cWW
1MWL|1|B|G|261MWL|1|A|G|21s55
1MWL|1|B|G|261MWL|1|B|C|25s53
1MWL|1|B|G|261MWL|1|B|G|260BPh
1MWL|1|B|G|261MWL|1|B|U|27s35
1MWL|1|B|G|341MWL|1|A|C|11cWW
1MWL|1|B|G|341MWL|1|A|G|12s55
1MWL|1|B|G|341MWL|1|B|C|33s53
1MWL|1|B|G|341MWL|1|B|G|340BPh
1MWL|1|B|G|341MWL|1|B|G|35s35
1MWL|1|B|G|351MWL|1|A|C|10cWW
1MWL|1|B|G|351MWL|1|A|C|11s55
1MWL|1|B|G|351MWL|1|B|G|34s53
1MWL|1|B|G|351MWL|1|B|G|350BPh
1MWL|1|B|G|351MWL|1|B|U|36s35
1MWL|1|B|G|371MWL|1|A|A|9s55
1MWL|1|B|G|371MWL|1|A|C|8cWW
1MWL|1|B|G|371MWL|1|B|G|370BPh
1MWL|1|B|G|371MWL|1|B|U|36s53
1MWL|1|B|G|401MWL|1|A|A|7s55
1MWL|1|B|G|401MWL|1|A|C|6cWW
1MWL|1|B|G|401MWL|1|B|G|40n0BP
1MWL|1|B|G|401MWL|1|B|U|41s35
1MWL|1|B|G|431MWL|1|A|C|3cWW
1MWL|1|B|G|431MWL|1|A|G|4s55
1MWL|1|B|G|431MWL|1|B|C|42s53
1MWL|1|B|G|431MWL|1|B|C|44s35
1MWL|1|B|G|431MWL|1|B|G|430BPh
1MWL|1|B|U|271MWL|1|A|C|20ns55
1MWL|1|B|U|271MWL|1|A|U|19cWW
1MWL|1|B|U|271MWL|1|B|C|28s35
1MWL|1|B|U|271MWL|1|B|G|26s53
1MWL|1|B|U|271MWL|1|B|U|27n0BP
1MWL|1|B|U|361MWL|1|A|A|9cWW
1MWL|1|B|U|361MWL|1|B|G|35s53
1MWL|1|B|U|361MWL|1|B|G|37s35
1MWL|1|B|U|361MWL|1|B|U|360BPh
1MWL|1|B|U|411MWL|1|A|C|6ns55
1MWL|1|B|U|411MWL|1|A|U|5cWW
1MWL|1|B|U|411MWL|1|B|C|42s35
1MWL|1|B|U|411MWL|1|B|G|40s53
1MWL|1|B|U|411MWL|1|B|U|410BPh


Base-PairsCount (18)Relative Frequency
cWW181.000
Base-PhosphateCount (36)Relative Frequency
0BPh361.000
Base-StackingCount (23)Relative Frequency
s53140.609
s5590.391

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

ndbadmin@ndbserver.rutgers.edui ©1995-2022 The Nucleic Acid Database Project | Rutgers, The State University of New Jersey