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NDB ID: 1NC0  PDB ID: 1NC0 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1NC0|1|A|A|121NC0|1|A|A|14s35
1NC0|1|A|A|121NC0|1|A|C|11ns53
1NC0|1|A|A|121NC0|1|A|G|10ntHS
1NC0|1|A|A|121NC0|1|A|U|13ns35
1NC0|1|A|A|141NC0|1|A|A|12s53
1NC0|1|A|A|141NC0|1|A|A|140BPh
1NC0|1|A|A|141NC0|1|A|A|15s35
1NC0|1|A|A|141NC0|1|A|G|10tHS
1NC0|1|A|A|141NC0|1|A|U|13
1NC0|1|A|A|151NC0|1|A|A|14s53
1NC0|1|A|A|151NC0|1|A|A|150BPh
1NC0|1|A|A|151NC0|1|A|G|16s35
1NC0|1|A|A|151NC0|1|A|U|9ncWW
1NC0|1|A|A|181NC0|1|A|A|180BPh
1NC0|1|A|A|181NC0|1|A|C|6
1NC0|1|A|A|181NC0|1|A|C|7ncWW
1NC0|1|A|A|181NC0|1|A|G|17s53
1NC0|1|A|A|181NC0|1|A|G|19s35
1NC0|1|A|A|211NC0|1|A|A|210BPh
1NC0|1|A|A|211NC0|1|A|A|22s35
1NC0|1|A|A|211NC0|1|A|G|20s53
1NC0|1|A|A|211NC0|1|A|U|4cWW
1NC0|1|A|A|221NC0|1|A|A|21s53
1NC0|1|A|A|221NC0|1|A|A|220BPh
1NC0|1|A|A|221NC0|1|A|C|23s35
1NC0|1|A|A|221NC0|1|A|U|3cWW
1NC0|1|A|C|111NC0|1|A|A|12ns35
1NC0|1|A|C|111NC0|1|A|C|110BPh
1NC0|1|A|C|111NC0|1|A|G|10
1NC0|1|A|C|231NC0|1|A|A|22s53
1NC0|1|A|C|231NC0|1|A|C|230BPh
1NC0|1|A|C|231NC0|1|A|C|24s35
1NC0|1|A|C|231NC0|1|A|G|2cWW
1NC0|1|A|C|241NC0|1|A|C|23s53
1NC0|1|A|C|241NC0|1|A|C|240BPh
1NC0|1|A|C|241NC0|1|A|G|1cWW
1NC0|1|A|C|241NC0|1|A|G|2s55
1NC0|1|A|C|51NC0|1|A|C|50BPh
1NC0|1|A|C|51NC0|1|A|C|6s35
1NC0|1|A|C|51NC0|1|A|G|20cWW
1NC0|1|A|C|51NC0|1|A|U|4s53
1NC0|1|A|C|61NC0|1|A|A|18
1NC0|1|A|C|61NC0|1|A|C|5s53
1NC0|1|A|C|61NC0|1|A|C|60BPh
1NC0|1|A|C|61NC0|1|A|C|7ns35
1NC0|1|A|C|61NC0|1|A|G|19cWW
1NC0|1|A|C|61NC0|1|A|G|20ns55
1NC0|1|A|C|71NC0|1|A|A|18ncWW
1NC0|1|A|C|71NC0|1|A|C|6ns53
1NC0|1|A|C|71NC0|1|A|C|70BPh
1NC0|1|A|C|71NC0|1|A|C|8s35
1NC0|1|A|C|71NC0|1|A|G|17cWW
1NC0|1|A|C|71NC0|1|A|G|19ns55
1NC0|1|A|C|81NC0|1|A|C|7s53
1NC0|1|A|C|81NC0|1|A|C|80BPh
1NC0|1|A|C|81NC0|1|A|G|16cWW
1NC0|1|A|C|81NC0|1|A|G|17ns55
1NC0|1|A|C|81NC0|1|A|U|9ns35
1NC0|1|A|G|11NC0|1|A|C|24cWW
1NC0|1|A|G|11NC0|1|A|G|1n0BP
1NC0|1|A|G|11NC0|1|A|G|2s35
1NC0|1|A|G|101NC0|1|A|A|12ntSH
1NC0|1|A|G|101NC0|1|A|A|14tSH
1NC0|1|A|G|101NC0|1|A|G|100BPh
1NC0|1|A|G|101NC0|1|A|U|9ns53
1NC0|1|A|G|161NC0|1|A|A|15s53
1NC0|1|A|G|161NC0|1|A|C|8cWW
1NC0|1|A|G|161NC0|1|A|G|16n0BP
1NC0|1|A|G|161NC0|1|A|G|17s35
1NC0|1|A|G|161NC0|1|A|U|9ns55
1NC0|1|A|G|171NC0|1|A|A|18s35
1NC0|1|A|G|171NC0|1|A|C|7cWW
1NC0|1|A|G|171NC0|1|A|C|8ns55
1NC0|1|A|G|171NC0|1|A|G|16s53
1NC0|1|A|G|171NC0|1|A|G|170BPh
1NC0|1|A|G|191NC0|1|A|A|18s53
1NC0|1|A|G|191NC0|1|A|C|6cWW
1NC0|1|A|G|191NC0|1|A|C|7ns55
1NC0|1|A|G|191NC0|1|A|G|19n0BP
1NC0|1|A|G|191NC0|1|A|G|20s35
1NC0|1|A|G|21NC0|1|A|C|23cWW
1NC0|1|A|G|21NC0|1|A|C|24s55
1NC0|1|A|G|21NC0|1|A|G|1s53
1NC0|1|A|G|21NC0|1|A|G|20BPh
1NC0|1|A|G|21NC0|1|A|U|3s35
1NC0|1|A|G|201NC0|1|A|A|21s35
1NC0|1|A|G|201NC0|1|A|C|5cWW
1NC0|1|A|G|201NC0|1|A|C|6ns55
1NC0|1|A|G|201NC0|1|A|G|19s53
1NC0|1|A|G|201NC0|1|A|G|200BPh
1NC0|1|A|U|131NC0|1|A|A|12ns53n9BP
1NC0|1|A|U|131NC0|1|A|A|14
1NC0|1|A|U|131NC0|1|A|U|130BPh
1NC0|1|A|U|31NC0|1|A|A|22cWW
1NC0|1|A|U|31NC0|1|A|G|2s53
1NC0|1|A|U|31NC0|1|A|U|30BPh
1NC0|1|A|U|31NC0|1|A|U|4s35
1NC0|1|A|U|41NC0|1|A|A|21cWW
1NC0|1|A|U|41NC0|1|A|C|5s35
1NC0|1|A|U|41NC0|1|A|U|3s53
1NC0|1|A|U|41NC0|1|A|U|49BPh
1NC0|1|A|U|91NC0|1|A|A|15ncWW
1NC0|1|A|U|91NC0|1|A|C|8ns53
1NC0|1|A|U|91NC0|1|A|G|10ns35
1NC0|1|A|U|91NC0|1|A|G|16ns55
1NC0|1|A|U|91NC0|1|A|U|99BPh


Base-PairsCount (9)Relative Frequency
cWW80.889
tHS10.111
Base-PhosphateCount (20)Relative Frequency
9BPh20.100
0BPh180.900
Base-StackingCount (4)Relative Frequency
s5330.750
s5510.250

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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