NDB ID: 1PBM PDB ID: 1PBM 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV FormatNucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
---|
1PBM|1|A|C|1 | 1PBM|1|A|C|1 | | | 0BPh |
1PBM|1|A|C|1 | 1PBM|1|A|G|2 | | s35 | |
1PBM|1|A|C|1 | 1PBM|1|B|G|12 | cWW | | |
1PBM|1|A|C|3 | 1PBM|1|A|C|3 | | | 0BPh |
1PBM|1|A|C|3 | 1PBM|1|A|G|2 | | s53 | |
1PBM|1|A|C|3 | 1PBM|1|A|G|4 | | s35 | |
1PBM|1|A|C|3 | 1PBM|1|B|G|10 | cWW | | |
1PBM|1|A|C|5 | 1PBM|1|A|C|5 | | | 0BPh |
1PBM|1|A|C|5 | 1PBM|1|A|G|4 | | s53 | |
1PBM|1|A|C|5 | 1PBM|1|A|G|6 | | s35 | |
1PBM|1|A|C|5 | 1PBM|1|B|G|8 | cWW | | |
1PBM|1|A|G|2 | 1PBM|1|A|C|1 | | s53 | |
1PBM|1|A|G|2 | 1PBM|1|A|C|3 | | s35 | |
1PBM|1|A|G|2 | 1PBM|1|A|G|2 | | | 0BPh |
1PBM|1|A|G|2 | 1PBM|1|B|C|11 | cWW | | |
1PBM|1|A|G|2 | 1PBM|1|B|G|12 | | s55 | |
1PBM|1|A|G|4 | 1PBM|1|A|C|3 | | s53 | |
1PBM|1|A|G|4 | 1PBM|1|A|C|5 | | s35 | |
1PBM|1|A|G|4 | 1PBM|1|A|G|4 | | | 0BPh |
1PBM|1|A|G|4 | 1PBM|1|B|C|9 | cWW | | |
1PBM|1|A|G|4 | 1PBM|1|B|G|10 | | s55 | |
1PBM|1|A|G|6 | 1PBM|1|A|C|5 | | s53 | |
1PBM|1|A|G|6 | 1PBM|1|A|G|6 | | | 0BPh |
1PBM|1|A|G|6 | 1PBM|1|B|C|7 | cWW | | |
1PBM|1|A|G|6 | 1PBM|1|B|G|8 | | s55 | |
1PBM|1|B|C|11 | 1PBM|1|A|G|2 | cWW | | |
1PBM|1|B|C|11 | 1PBM|1|B|C|11 | | | 0BPh |
1PBM|1|B|C|11 | 1PBM|1|B|G|10 | | s53 | |
1PBM|1|B|C|11 | 1PBM|1|B|G|12 | | s35 | |
1PBM|1|B|C|7 | 1PBM|1|A|G|6 | cWW | | |
1PBM|1|B|C|7 | 1PBM|1|B|C|7 | | | 0BPh |
1PBM|1|B|C|7 | 1PBM|1|B|G|8 | | s35 | |
1PBM|1|B|C|9 | 1PBM|1|A|G|4 | cWW | | |
1PBM|1|B|C|9 | 1PBM|1|B|C|9 | | | 0BPh |
1PBM|1|B|C|9 | 1PBM|1|B|G|10 | | s35 | |
1PBM|1|B|C|9 | 1PBM|1|B|G|8 | | s53 | |
1PBM|1|B|G|10 | 1PBM|1|A|C|3 | cWW | | |
1PBM|1|B|G|10 | 1PBM|1|A|G|4 | | s55 | |
1PBM|1|B|G|10 | 1PBM|1|B|C|11 | | s35 | |
1PBM|1|B|G|10 | 1PBM|1|B|C|9 | | s53 | |
1PBM|1|B|G|10 | 1PBM|1|B|G|10 | | | 0BPh |
1PBM|1|B|G|12 | 1PBM|1|A|C|1 | cWW | | |
1PBM|1|B|G|12 | 1PBM|1|A|G|2 | | s55 | |
1PBM|1|B|G|12 | 1PBM|1|B|C|11 | | s53 | |
1PBM|1|B|G|12 | 1PBM|1|B|G|12 | | | 0BPh |
1PBM|1|B|G|8 | 1PBM|1|A|C|5 | cWW | | |
1PBM|1|B|G|8 | 1PBM|1|A|G|6 | | s55 | |
1PBM|1|B|G|8 | 1PBM|1|B|C|7 | | s53 | |
1PBM|1|B|G|8 | 1PBM|1|B|C|9 | | s35 | |
1PBM|1|B|G|8 | 1PBM|1|B|G|8 | | | 0BPh |
Base-Pairs | Count (6) | Relative Frequency |
---|
cWW | 6 | 1.000 |
Base-Phosphate | Count (12) | Relative Frequency |
---|
0BPh | 12 | 1.000 |
Base-Stacking | Count (7) | Relative Frequency |
---|
s53 | 4 | 0.571 |
s55 | 3 | 0.429 |