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NDB ID: 1PJY  PDB ID: 1PJY 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1PJY|1|A|A|101PJY|1|A|A|100BPh
1PJY|1|A|A|101PJY|1|A|A|13tSH
1PJY|1|A|A|101PJY|1|A|C|9s53
1PJY|1|A|A|121PJY|1|A|A|12n0BP
1PJY|1|A|A|121PJY|1|A|A|13s35
1PJY|1|A|A|121PJY|1|A|C|11
1PJY|1|A|A|131PJY|1|A|A|10tHS
1PJY|1|A|A|131PJY|1|A|A|12s53
1PJY|1|A|A|131PJY|1|A|A|13n0BP
1PJY|1|A|A|131PJY|1|A|G|14s35
1PJY|1|A|A|171PJY|1|A|A|170BPh
1PJY|1|A|A|171PJY|1|A|A|18s35
1PJY|1|A|A|171PJY|1|A|C|7ns55
1PJY|1|A|A|171PJY|1|A|G|16s53
1PJY|1|A|A|171PJY|1|A|U|6cWW
1PJY|1|A|A|181PJY|1|A|A|17s53
1PJY|1|A|A|181PJY|1|A|A|180BPh
1PJY|1|A|A|181PJY|1|A|G|19s35
1PJY|1|A|A|181PJY|1|A|U|5cWW
1PJY|1|A|C|111PJY|1|A|C|110BPh
1PJY|1|A|C|211PJY|1|A|C|210BPh
1PJY|1|A|C|211PJY|1|A|C|22s35
1PJY|1|A|C|211PJY|1|A|G|2cWW
1PJY|1|A|C|211PJY|1|A|G|20s53
1PJY|1|A|C|221PJY|1|A|C|21s53
1PJY|1|A|C|221PJY|1|A|C|220BPh
1PJY|1|A|C|221PJY|1|A|G|1cWW
1PJY|1|A|C|221PJY|1|A|G|2s55
1PJY|1|A|C|31PJY|1|A|C|30BPh
1PJY|1|A|C|31PJY|1|A|C|4s35
1PJY|1|A|C|31PJY|1|A|G|2s53
1PJY|1|A|C|31PJY|1|A|G|20cWW
1PJY|1|A|C|41PJY|1|A|C|3s53
1PJY|1|A|C|41PJY|1|A|C|40BPh
1PJY|1|A|C|41PJY|1|A|G|19cWW
1PJY|1|A|C|41PJY|1|A|G|20s55
1PJY|1|A|C|41PJY|1|A|U|5s35
1PJY|1|A|C|71PJY|1|A|A|17ns55
1PJY|1|A|C|71PJY|1|A|C|70BPh
1PJY|1|A|C|71PJY|1|A|C|8s35
1PJY|1|A|C|71PJY|1|A|G|16cWW
1PJY|1|A|C|71PJY|1|A|U|6s53
1PJY|1|A|C|81PJY|1|A|C|7s53
1PJY|1|A|C|81PJY|1|A|C|80BPh
1PJY|1|A|C|81PJY|1|A|C|9ns35
1PJY|1|A|C|81PJY|1|A|G|15cWW
1PJY|1|A|C|91PJY|1|A|A|10s35
1PJY|1|A|C|91PJY|1|A|C|8ns53
1PJY|1|A|C|91PJY|1|A|C|90BPh
1PJY|1|A|C|91PJY|1|A|G|14cWW
1PJY|1|A|G|11PJY|1|A|C|22cWW
1PJY|1|A|G|11PJY|1|A|G|10BPh
1PJY|1|A|G|11PJY|1|A|G|2s35
1PJY|1|A|G|141PJY|1|A|A|13s53
1PJY|1|A|G|141PJY|1|A|C|9cWW
1PJY|1|A|G|141PJY|1|A|G|140BPh
1PJY|1|A|G|141PJY|1|A|G|15ns35
1PJY|1|A|G|151PJY|1|A|C|8cWW
1PJY|1|A|G|151PJY|1|A|G|14ns53
1PJY|1|A|G|151PJY|1|A|G|150BPh
1PJY|1|A|G|151PJY|1|A|G|16s35
1PJY|1|A|G|161PJY|1|A|A|17s35
1PJY|1|A|G|161PJY|1|A|C|7cWW
1PJY|1|A|G|161PJY|1|A|G|15s53
1PJY|1|A|G|161PJY|1|A|G|160BPh
1PJY|1|A|G|191PJY|1|A|A|18s53
1PJY|1|A|G|191PJY|1|A|C|4cWW
1PJY|1|A|G|191PJY|1|A|G|190BPh
1PJY|1|A|G|191PJY|1|A|G|20ns35
1PJY|1|A|G|191PJY|1|A|U|5s55
1PJY|1|A|G|21PJY|1|A|C|21cWW
1PJY|1|A|G|21PJY|1|A|C|22s55
1PJY|1|A|G|21PJY|1|A|C|3s35
1PJY|1|A|G|21PJY|1|A|G|1s53
1PJY|1|A|G|21PJY|1|A|G|20BPh
1PJY|1|A|G|201PJY|1|A|C|21s35
1PJY|1|A|G|201PJY|1|A|C|3cWW
1PJY|1|A|G|201PJY|1|A|C|4s55
1PJY|1|A|G|201PJY|1|A|G|19ns53
1PJY|1|A|G|201PJY|1|A|G|200BPh
1PJY|1|A|U|51PJY|1|A|A|18cWW
1PJY|1|A|U|51PJY|1|A|C|4s53
1PJY|1|A|U|51PJY|1|A|G|19s55
1PJY|1|A|U|51PJY|1|A|U|50BPh
1PJY|1|A|U|51PJY|1|A|U|6s35
1PJY|1|A|U|61PJY|1|A|A|17cWW
1PJY|1|A|U|61PJY|1|A|C|7s35
1PJY|1|A|U|61PJY|1|A|U|5s53
1PJY|1|A|U|61PJY|1|A|U|60BPh


Base-PairsCount (10)Relative Frequency
cWW90.900
tHS10.100
Base-PhosphateCount (20)Relative Frequency
0BPh201.000
Base-StackingCount (8)Relative Frequency
s5350.625
s5530.375

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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