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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: UR0034  PDB ID: 1Q96 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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1Q96|1|C|U|41Q96|1|C|G|3s53
1Q96|1|C|U|41Q96|1|C|G|5s35
1Q96|1|C|U|41Q96|1|C|U|40BPh
1Q96|1|C|U|71Q96|1|C|C|23ntSH
1Q96|1|C|U|71Q96|1|C|C|6s53
1Q96|1|C|U|71Q96|1|C|C|8s35
1Q96|1|C|U|71Q96|1|C|G|24s55
1Q96|1|C|U|71Q96|1|C|U|70BPh


Base-PairsCount (37)Relative Frequency
cWW180.486
tWH30.081
tHH30.081
cHS30.081
tHS80.216
cSS20.054
Base-PhosphateCount (88)Relative Frequency
3BPh20.023
4BPh50.057
5BPh20.023
6BPh30.034
9BPh20.023
0BPh740.841
Base-StackingCount (55)Relative Frequency
s33100.182
s53240.436
s55210.382

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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