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As of 28-Sep-2022 number of released structures: 12311
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NDB ID: PR0015  PDB ID: 1QA6 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1QA6|1|C|A|1041QA6|1|C|A|1040BPh
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1QA6|1|D|U|1331QA6|1|D|U|132s53
1QA6|1|D|U|1331QA6|1|D|U|133n0BP
1QA6|1|D|U|1441QA6|1|D|G|143s53
1QA6|1|D|U|1441QA6|1|D|U|1440BPh
1QA6|1|D|U|1441QA6|1|D|U|1475BPh
1QA6|1|D|U|1471QA6|1|D|A|146s53
1QA6|1|D|U|1471QA6|1|D|A|148s35
1QA6|1|D|U|1471QA6|1|D|U|144
1QA6|1|D|U|1511QA6|1|D|A|139tHS
1QA6|1|D|U|1511QA6|1|D|A|140cWW
1QA6|1|D|U|1511QA6|1|D|C|150s53
1QA6|1|D|U|1511QA6|1|D|C|152s35
1QA6|1|D|U|1511QA6|1|D|G|141s55
1QA6|1|D|U|1511QA6|1|D|U|151n0BP
1QA6|1|D|U|1551QA6|1|D|A|104cWW
1QA6|1|D|U|1551QA6|1|D|A|134cSS
1QA6|1|D|U|1551QA6|1|D|C|154s53
1QA6|1|D|U|1551QA6|1|D|G|105s55
1QA6|1|D|U|1551QA6|1|D|G|156s35
1QA6|1|D|U|1551QA6|1|D|U|1550BPh
1QA6|1|D|U|1581QA6|1|D|G|101cWW
1QA6|1|D|U|1581QA6|1|D|G|157s53
1QA6|1|D|U|1581QA6|1|D|U|1580BPh


Base-PairsCount (52)Relative Frequency
cWW300.577
tWW20.038
cWH60.115
cHS20.038
tHS60.115
cSS40.077
tSS20.038
Base-PhosphateCount (104)Relative Frequency
2BPh20.019
5BPh80.077
6BPh20.019
7BPh20.019
8BPh20.019
9BPh20.019
0BPh860.827
Base-StackingCount (62)Relative Frequency
s3360.097
s53320.516
s55240.387

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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