NDB ID: PR0015 PDB ID: 1QA6 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV FormatNucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
---|
1QA6|1|C|A|104 | 1QA6|1|C|A|104 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|104 | 1QA6|1|C|C|103 | | s53 | |
1QA6|1|C|A|104 | 1QA6|1|C|G|105 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|104 | 1QA6|1|C|G|156 | | s55 | |
1QA6|1|C|A|104 | 1QA6|1|C|U|155 | cWW | | |
1QA6|1|C|A|107 | 1QA6|1|C|A|107 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|107 | 1QA6|1|C|A|136 | | s55 | |
1QA6|1|C|A|107 | 1QA6|1|C|G|106 | | | |
1QA6|1|C|A|107 | 1QA6|1|C|G|137 | | | 7BPh |
1QA6|1|C|A|107 | 1QA6|1|C|U|108 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|107 | 1QA6|1|C|U|131 | cWW | | |
1QA6|1|C|A|107 | 1QA6|1|C|U|132 | | ns55 | |
1QA6|1|C|A|111 | 1QA6|1|C|A|111 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|111 | 1QA6|1|C|A|119 | | | 2BPh |
1QA6|1|C|A|111 | 1QA6|1|C|A|120 | | s55 | |
1QA6|1|C|A|117 | 1QA6|1|C|A|117 | | | n0BP |
1QA6|1|C|A|117 | 1QA6|1|C|G|118 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|119 | 1QA6|1|C|A|123 | | s35 | n2BP |
1QA6|1|C|A|119 | 1QA6|1|C|A|146 | | | n2BP |
1QA6|1|C|A|119 | 1QA6|1|C|G|118 | | s53 | |
1QA6|1|C|A|119 | 1QA6|1|C|U|116 | ntHS | | |
1QA6|1|C|A|120 | 1QA6|1|C|A|111 | | s55 | |
1QA6|1|C|A|120 | 1QA6|1|C|A|120 | | | n0BP |
1QA6|1|C|A|120 | 1QA6|1|C|A|146 | | | |
1QA6|1|C|A|120 | 1QA6|1|C|U|147 | | | n0BP |
1QA6|1|C|A|123 | 1QA6|1|C|A|119 | | s53 | |
1QA6|1|C|A|123 | 1QA6|1|C|A|123 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|123 | 1QA6|1|C|G|124 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|123 | 1QA6|1|C|U|115 | ntHS | | |
1QA6|1|C|A|127 | 1QA6|1|C|A|138 | | | |
1QA6|1|C|A|127 | 1QA6|1|C|A|139 | | | 6BPh |
1QA6|1|C|A|127 | 1QA6|1|C|C|126 | | s53 | |
1QA6|1|C|A|127 | 1QA6|1|C|G|112 | | s55 | |
1QA6|1|C|A|127 | 1QA6|1|C|U|128 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|130 | 1QA6|1|C|A|130 | | | n0BP |
1QA6|1|C|A|130 | 1QA6|1|C|C|129 | | s53 | |
1QA6|1|C|A|130 | 1QA6|1|C|G|109 | | s55 | |
1QA6|1|C|A|130 | 1QA6|1|C|U|108 | cWW | | |
1QA6|1|C|A|130 | 1QA6|1|C|U|131 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|134 | 1QA6|1|C|A|134 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|134 | 1QA6|1|C|A|135 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|134 | 1QA6|1|C|G|105 | | | |
1QA6|1|C|A|134 | 1QA6|1|C|U|155 | cSS | | |
1QA6|1|C|A|135 | 1QA6|1|C|A|134 | | s53 | |
1QA6|1|C|A|135 | 1QA6|1|C|A|135 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|135 | 1QA6|1|C|A|136 | | s33 | |
1QA6|1|C|A|135 | 1QA6|1|C|C|154 | cSS | | |
1QA6|1|C|A|135 | 1QA6|1|C|G|105 | tSS | | |
1QA6|1|C|A|135 | 1QA6|1|C|G|106 | | | |
1QA6|1|C|A|135 | 1QA6|1|C|U|133 | ntHS | | |
1QA6|1|C|A|136 | 1QA6|1|C|A|107 | | s55 | |
1QA6|1|C|A|136 | 1QA6|1|C|A|135 | | s33 | |
1QA6|1|C|A|136 | 1QA6|1|C|G|106 | | | |
1QA6|1|C|A|136 | 1QA6|1|C|U|132 | tWW | | |
1QA6|1|C|A|138 | 1QA6|1|C|C|129 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|138 | 1QA6|1|C|G|112 | | s55 | |
1QA6|1|C|A|138 | 1QA6|1|C|U|110 | cHW | | |
1QA6|1|C|A|138 | 1QA6|1|C|U|128 | | | |
1QA6|1|C|A|139 | 1QA6|1|C|A|139 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|139 | 1QA6|1|C|A|140 | cSH | | |
1QA6|1|C|A|139 | 1QA6|1|C|G|121 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|139 | 1QA6|1|C|G|137 | | s53 | |
1QA6|1|C|A|139 | 1QA6|1|C|U|151 | tSH | | |
1QA6|1|C|A|140 | 1QA6|1|C|A|139 | cHS | | |
1QA6|1|C|A|140 | 1QA6|1|C|A|140 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|140 | 1QA6|1|C|C|152 | | s55 | |
1QA6|1|C|A|140 | 1QA6|1|C|G|121 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|140 | 1QA6|1|C|G|137 | | s53 | |
1QA6|1|C|A|140 | 1QA6|1|C|G|141 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|140 | 1QA6|1|C|U|151 | cWW | | |
1QA6|1|C|A|145 | 1QA6|1|C|A|145 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|145 | 1QA6|1|C|A|146 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|146 | 1QA6|1|C|A|145 | | s53 | |
1QA6|1|C|A|146 | 1QA6|1|C|A|146 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|146 | 1QA6|1|C|U|144 | | | |
1QA6|1|C|A|146 | 1QA6|1|C|U|147 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|148 | 1QA6|1|C|A|148 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|148 | 1QA6|1|C|G|143 | tHS | | |
1QA6|1|C|A|148 | 1QA6|1|C|G|149 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|148 | 1QA6|1|C|U|147 | | s53 | |
1QA6|1|C|A|153 | 1QA6|1|C|A|136 | | | |
1QA6|1|C|A|153 | 1QA6|1|C|A|153 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|A|153 | 1QA6|1|C|C|152 | | s53 | |
1QA6|1|C|A|153 | 1QA6|1|C|C|154 | | s35 | |
1QA6|1|C|A|153 | 1QA6|1|C|G|106 | tHS | | |
1QA6|1|C|A|153 | 1QA6|1|C|G|137 | | s55 | n2BP |
1QA6|1|C|C|102 | 1QA6|1|C|C|102 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|C|102 | 1QA6|1|C|C|103 | | s35 | |
1QA6|1|C|C|102 | 1QA6|1|C|G|101 | | s53 | |
1QA6|1|C|C|102 | 1QA6|1|C|G|157 | cWW | | |
1QA6|1|C|C|103 | 1QA6|1|C|A|104 | | s35 | |
1QA6|1|C|C|103 | 1QA6|1|C|C|102 | | s53 | |
1QA6|1|C|C|103 | 1QA6|1|C|C|103 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|C|103 | 1QA6|1|C|G|156 | cWW | | |
1QA6|1|C|C|103 | 1QA6|1|C|G|157 | | s55 | |
1QA6|1|C|C|114 | 1QA6|1|C|A|120 | | | n7BP |
1QA6|1|C|C|114 | 1QA6|1|C|C|114 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|C|114 | 1QA6|1|C|G|113 | | s53 | |
1QA6|1|C|C|114 | 1QA6|1|C|G|124 | cWW | | |
1QA6|1|C|C|114 | 1QA6|1|C|U|115 | | s35 | |
1QA6|1|C|C|122 | 1QA6|1|C|C|122 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|C|122 | 1QA6|1|C|C|142 | cWH | | |
1QA6|1|C|C|122 | 1QA6|1|C|G|121 | | s53 | |
1QA6|1|C|C|122 | 1QA6|1|C|G|143 | | s35 | |
1QA6|1|C|C|122 | 1QA6|1|C|G|149 | ntWH | | |
1QA6|1|C|C|125 | 1QA6|1|C|C|125 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|C|125 | 1QA6|1|C|C|126 | | s35 | |
1QA6|1|C|C|125 | 1QA6|1|C|G|113 | cWW | | |
1QA6|1|C|C|125 | 1QA6|1|C|G|124 | | s53 | |
1QA6|1|C|C|126 | 1QA6|1|C|A|127 | | s35 | |
1QA6|1|C|C|126 | 1QA6|1|C|C|125 | | s53 | |
1QA6|1|C|C|126 | 1QA6|1|C|C|126 | | | n0BP |
1QA6|1|C|C|126 | 1QA6|1|C|G|112 | cWW | | |
1QA6|1|C|C|126 | 1QA6|1|C|G|113 | | s55 | |
1QA6|1|C|C|129 | 1QA6|1|C|A|130 | | s35 | |
1QA6|1|C|C|129 | 1QA6|1|C|A|138 | | s53 | 9BPh |
1QA6|1|C|C|129 | 1QA6|1|C|C|129 | | | n0BP |
1QA6|1|C|C|129 | 1QA6|1|C|G|109 | cWW | | |
1QA6|1|C|C|129 | 1QA6|1|C|U|128 | | | |
1QA6|1|C|C|142 | 1QA6|1|C|C|122 | cHW | | |
1QA6|1|C|C|142 | 1QA6|1|C|C|142 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|C|142 | 1QA6|1|C|G|141 | | s53 | |
1QA6|1|C|C|142 | 1QA6|1|C|G|143 | | s35 | |
1QA6|1|C|C|142 | 1QA6|1|C|G|149 | cWW | | |
1QA6|1|C|C|150 | 1QA6|1|C|C|150 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|C|150 | 1QA6|1|C|G|141 | cWW | | |
1QA6|1|C|C|150 | 1QA6|1|C|G|149 | | s53 | |
1QA6|1|C|C|150 | 1QA6|1|C|U|151 | | s35 | |
1QA6|1|C|C|152 | 1QA6|1|C|A|140 | | s55 | |
1QA6|1|C|C|152 | 1QA6|1|C|A|153 | | s35 | |
1QA6|1|C|C|152 | 1QA6|1|C|C|152 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|C|152 | 1QA6|1|C|G|106 | | s33 | |
1QA6|1|C|C|152 | 1QA6|1|C|G|137 | cWW | | |
1QA6|1|C|C|152 | 1QA6|1|C|U|151 | | s53 | |
1QA6|1|C|C|154 | 1QA6|1|C|A|135 | cSS | | |
1QA6|1|C|C|154 | 1QA6|1|C|A|153 | | s53 | 8BPh |
1QA6|1|C|C|154 | 1QA6|1|C|C|154 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|C|154 | 1QA6|1|C|G|105 | cWW | | |
1QA6|1|C|C|154 | 1QA6|1|C|G|106 | | ns55 | |
1QA6|1|C|C|154 | 1QA6|1|C|U|155 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|101 | 1QA6|1|C|C|102 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|101 | 1QA6|1|C|G|101 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|101 | 1QA6|1|C|U|158 | cWW | | |
1QA6|1|C|G|105 | 1QA6|1|C|A|104 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|105 | 1QA6|1|C|A|135 | tSS | | |
1QA6|1|C|G|105 | 1QA6|1|C|C|154 | cWW | | |
1QA6|1|C|G|105 | 1QA6|1|C|G|105 | | | n0BP |
1QA6|1|C|G|105 | 1QA6|1|C|G|106 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|105 | 1QA6|1|C|U|155 | | s55 | |
1QA6|1|C|G|106 | 1QA6|1|C|A|153 | tSH | | |
1QA6|1|C|G|106 | 1QA6|1|C|C|152 | | s33 | 5BPh |
1QA6|1|C|G|106 | 1QA6|1|C|C|154 | | ns55 | |
1QA6|1|C|G|106 | 1QA6|1|C|G|105 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|106 | 1QA6|1|C|G|106 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|109 | 1QA6|1|C|A|130 | | s55 | |
1QA6|1|C|G|109 | 1QA6|1|C|C|129 | cWW | | |
1QA6|1|C|G|109 | 1QA6|1|C|G|109 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|109 | 1QA6|1|C|U|108 | | ns53 | |
1QA6|1|C|G|109 | 1QA6|1|C|U|110 | | s33 | |
1QA6|1|C|G|112 | 1QA6|1|C|A|127 | | s55 | |
1QA6|1|C|G|112 | 1QA6|1|C|A|138 | | s55 | |
1QA6|1|C|G|112 | 1QA6|1|C|C|126 | cWW | | |
1QA6|1|C|G|112 | 1QA6|1|C|G|112 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|112 | 1QA6|1|C|G|113 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|113 | 1QA6|1|C|C|114 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|113 | 1QA6|1|C|C|125 | cWW | | |
1QA6|1|C|G|113 | 1QA6|1|C|C|126 | | s55 | |
1QA6|1|C|G|113 | 1QA6|1|C|G|112 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|113 | 1QA6|1|C|G|113 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|118 | 1QA6|1|C|A|117 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|118 | 1QA6|1|C|A|119 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|118 | 1QA6|1|C|A|145 | | | |
1QA6|1|C|G|118 | 1QA6|1|C|A|146 | | | n1BP |
1QA6|1|C|G|118 | 1QA6|1|C|G|118 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|121 | 1QA6|1|C|A|139 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|121 | 1QA6|1|C|A|140 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|121 | 1QA6|1|C|C|122 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|121 | 1QA6|1|C|G|121 | | | n0BP |
1QA6|1|C|G|121 | 1QA6|1|C|G|141 | cWH | | |
1QA6|1|C|G|124 | 1QA6|1|C|A|123 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|124 | 1QA6|1|C|C|114 | cWW | | |
1QA6|1|C|G|124 | 1QA6|1|C|C|125 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|124 | 1QA6|1|C|G|124 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|137 | 1QA6|1|C|A|139 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|137 | 1QA6|1|C|A|140 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|137 | 1QA6|1|C|A|153 | | s55 | |
1QA6|1|C|G|137 | 1QA6|1|C|C|152 | cWW | | |
1QA6|1|C|G|137 | 1QA6|1|C|G|137 | | | n0BP |
1QA6|1|C|G|141 | 1QA6|1|C|A|140 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|141 | 1QA6|1|C|C|142 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|141 | 1QA6|1|C|C|150 | cWW | | |
1QA6|1|C|G|141 | 1QA6|1|C|G|121 | cHW | | |
1QA6|1|C|G|141 | 1QA6|1|C|G|141 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|141 | 1QA6|1|C|U|151 | | s55 | |
1QA6|1|C|G|143 | 1QA6|1|C|A|148 | tSH | | |
1QA6|1|C|G|143 | 1QA6|1|C|C|122 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|143 | 1QA6|1|C|C|142 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|143 | 1QA6|1|C|G|143 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|143 | 1QA6|1|C|G|149 | | ns55 | |
1QA6|1|C|G|143 | 1QA6|1|C|U|144 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|149 | 1QA6|1|C|A|148 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|149 | 1QA6|1|C|C|122 | ntHW | | |
1QA6|1|C|G|149 | 1QA6|1|C|C|142 | cWW | | |
1QA6|1|C|G|149 | 1QA6|1|C|C|150 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|149 | 1QA6|1|C|G|143 | | ns55 | |
1QA6|1|C|G|149 | 1QA6|1|C|G|149 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|156 | 1QA6|1|C|A|104 | | s55 | |
1QA6|1|C|G|156 | 1QA6|1|C|C|103 | cWW | | |
1QA6|1|C|G|156 | 1QA6|1|C|G|156 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|156 | 1QA6|1|C|G|157 | | s35 | |
1QA6|1|C|G|156 | 1QA6|1|C|U|155 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|157 | 1QA6|1|C|C|102 | cWW | | |
1QA6|1|C|G|157 | 1QA6|1|C|C|103 | | s55 | |
1QA6|1|C|G|157 | 1QA6|1|C|G|156 | | s53 | |
1QA6|1|C|G|157 | 1QA6|1|C|G|157 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|G|157 | 1QA6|1|C|U|158 | | s35 | |
1QA6|1|C|U|108 | 1QA6|1|C|A|107 | | s53 | |
1QA6|1|C|U|108 | 1QA6|1|C|A|130 | cWW | | |
1QA6|1|C|U|108 | 1QA6|1|C|G|109 | | ns35 | |
1QA6|1|C|U|108 | 1QA6|1|C|U|108 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|U|110 | 1QA6|1|C|A|138 | cWH | | |
1QA6|1|C|U|110 | 1QA6|1|C|G|109 | | s33 | |
1QA6|1|C|U|110 | 1QA6|1|C|U|110 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|U|115 | 1QA6|1|C|A|119 | | | |
1QA6|1|C|U|115 | 1QA6|1|C|A|123 | ntSH | | |
1QA6|1|C|U|115 | 1QA6|1|C|C|114 | | s53 | |
1QA6|1|C|U|115 | 1QA6|1|C|U|115 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|U|115 | 1QA6|1|C|U|116 | | s35 | |
1QA6|1|C|U|116 | 1QA6|1|C|A|119 | ntSH | | 5BPh |
1QA6|1|C|U|116 | 1QA6|1|C|U|115 | | s53 | |
1QA6|1|C|U|116 | 1QA6|1|C|U|116 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|U|128 | 1QA6|1|C|A|127 | | s53 | |
1QA6|1|C|U|128 | 1QA6|1|C|U|128 | | | 0BPh |
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1QA6|1|C|U|131 | 1QA6|1|C|A|130 | | s53 | |
1QA6|1|C|U|131 | 1QA6|1|C|U|131 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|U|131 | 1QA6|1|C|U|132 | | s35 | |
1QA6|1|C|U|132 | 1QA6|1|C|A|107 | | ns55 | |
1QA6|1|C|U|132 | 1QA6|1|C|A|136 | tWW | | |
1QA6|1|C|U|132 | 1QA6|1|C|U|131 | | s53 | |
1QA6|1|C|U|132 | 1QA6|1|C|U|132 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|U|132 | 1QA6|1|C|U|133 | | s35 | |
1QA6|1|C|U|133 | 1QA6|1|C|A|135 | ntSH | | |
1QA6|1|C|U|133 | 1QA6|1|C|A|136 | | | 5BPh |
1QA6|1|C|U|133 | 1QA6|1|C|U|132 | | s53 | |
1QA6|1|C|U|133 | 1QA6|1|C|U|133 | | | n0BP |
1QA6|1|C|U|144 | 1QA6|1|C|G|143 | | s53 | |
1QA6|1|C|U|144 | 1QA6|1|C|U|144 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|U|144 | 1QA6|1|C|U|147 | | | 5BPh |
1QA6|1|C|U|147 | 1QA6|1|C|A|146 | | s53 | |
1QA6|1|C|U|147 | 1QA6|1|C|A|148 | | s35 | |
1QA6|1|C|U|147 | 1QA6|1|C|U|144 | | | |
1QA6|1|C|U|151 | 1QA6|1|C|A|139 | tHS | | |
1QA6|1|C|U|151 | 1QA6|1|C|A|140 | cWW | | |
1QA6|1|C|U|151 | 1QA6|1|C|C|150 | | s53 | |
1QA6|1|C|U|151 | 1QA6|1|C|C|152 | | s35 | |
1QA6|1|C|U|151 | 1QA6|1|C|G|141 | | s55 | |
1QA6|1|C|U|151 | 1QA6|1|C|U|151 | | | n0BP |
1QA6|1|C|U|155 | 1QA6|1|C|A|104 | cWW | | |
1QA6|1|C|U|155 | 1QA6|1|C|A|134 | cSS | | |
1QA6|1|C|U|155 | 1QA6|1|C|C|154 | | s53 | |
1QA6|1|C|U|155 | 1QA6|1|C|G|105 | | s55 | |
1QA6|1|C|U|155 | 1QA6|1|C|G|156 | | s35 | |
1QA6|1|C|U|155 | 1QA6|1|C|U|155 | | | 0BPh |
1QA6|1|C|U|158 | 1QA6|1|C|G|101 | cWW | | |
1QA6|1|C|U|158 | 1QA6|1|C|G|157 | | s53 | |
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1QA6|1|D|A|104 | 1QA6|1|D|A|104 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|A|104 | 1QA6|1|D|C|103 | | s53 | |
1QA6|1|D|A|104 | 1QA6|1|D|G|105 | | s35 | |
1QA6|1|D|A|104 | 1QA6|1|D|G|156 | | s55 | |
1QA6|1|D|A|104 | 1QA6|1|D|U|155 | cWW | | |
1QA6|1|D|A|107 | 1QA6|1|D|A|107 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|A|107 | 1QA6|1|D|A|136 | | s55 | |
1QA6|1|D|A|107 | 1QA6|1|D|G|106 | | | |
1QA6|1|D|A|107 | 1QA6|1|D|G|137 | | | 7BPh |
1QA6|1|D|A|107 | 1QA6|1|D|U|108 | | s35 | |
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1QA6|1|D|A|107 | 1QA6|1|D|U|132 | | ns55 | |
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1QA6|1|D|A|119 | 1QA6|1|D|A|146 | | | n2BP |
1QA6|1|D|A|119 | 1QA6|1|D|G|118 | | s53 | |
1QA6|1|D|A|119 | 1QA6|1|D|U|116 | ntHS | | |
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1QA6|1|D|A|120 | 1QA6|1|D|A|120 | | | n0BP |
1QA6|1|D|A|120 | 1QA6|1|D|A|146 | | | |
1QA6|1|D|A|120 | 1QA6|1|D|U|147 | | | n0BP |
1QA6|1|D|A|123 | 1QA6|1|D|A|119 | | s53 | |
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1QA6|1|D|A|127 | 1QA6|1|D|U|128 | | s35 | |
1QA6|1|D|A|130 | 1QA6|1|D|A|130 | | | n0BP |
1QA6|1|D|A|130 | 1QA6|1|D|C|129 | | s53 | |
1QA6|1|D|A|130 | 1QA6|1|D|G|109 | | s55 | |
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1QA6|1|D|A|130 | 1QA6|1|D|U|131 | | s35 | |
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1QA6|1|D|A|134 | 1QA6|1|D|A|135 | | s35 | |
1QA6|1|D|A|134 | 1QA6|1|D|G|105 | | | |
1QA6|1|D|A|134 | 1QA6|1|D|U|155 | cSS | | |
1QA6|1|D|A|135 | 1QA6|1|D|A|134 | | s53 | |
1QA6|1|D|A|135 | 1QA6|1|D|A|135 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|A|135 | 1QA6|1|D|A|136 | | s33 | |
1QA6|1|D|A|135 | 1QA6|1|D|C|154 | cSS | | |
1QA6|1|D|A|135 | 1QA6|1|D|G|105 | tSS | | |
1QA6|1|D|A|135 | 1QA6|1|D|G|106 | | | |
1QA6|1|D|A|135 | 1QA6|1|D|U|133 | ntHS | | |
1QA6|1|D|A|136 | 1QA6|1|D|A|107 | | s55 | |
1QA6|1|D|A|136 | 1QA6|1|D|A|135 | | s33 | |
1QA6|1|D|A|136 | 1QA6|1|D|G|106 | | | |
1QA6|1|D|A|136 | 1QA6|1|D|U|132 | tWW | | |
1QA6|1|D|A|138 | 1QA6|1|D|C|129 | | s35 | |
1QA6|1|D|A|138 | 1QA6|1|D|G|112 | | s55 | |
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1QA6|1|D|A|138 | 1QA6|1|D|U|128 | | | |
1QA6|1|D|A|139 | 1QA6|1|D|A|139 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|A|139 | 1QA6|1|D|A|140 | cSH | | |
1QA6|1|D|A|139 | 1QA6|1|D|G|121 | | s35 | |
1QA6|1|D|A|139 | 1QA6|1|D|G|137 | | s53 | |
1QA6|1|D|A|139 | 1QA6|1|D|U|151 | tSH | | |
1QA6|1|D|A|140 | 1QA6|1|D|A|139 | cHS | | |
1QA6|1|D|A|140 | 1QA6|1|D|A|140 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|A|140 | 1QA6|1|D|C|152 | | s55 | |
1QA6|1|D|A|140 | 1QA6|1|D|G|121 | | s35 | |
1QA6|1|D|A|140 | 1QA6|1|D|G|137 | | s53 | |
1QA6|1|D|A|140 | 1QA6|1|D|G|141 | | s35 | |
1QA6|1|D|A|140 | 1QA6|1|D|U|151 | cWW | | |
1QA6|1|D|A|145 | 1QA6|1|D|A|145 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|A|145 | 1QA6|1|D|A|146 | | s35 | |
1QA6|1|D|A|146 | 1QA6|1|D|A|145 | | s53 | |
1QA6|1|D|A|146 | 1QA6|1|D|A|146 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|A|146 | 1QA6|1|D|U|144 | | | |
1QA6|1|D|A|146 | 1QA6|1|D|U|147 | | s35 | |
1QA6|1|D|A|148 | 1QA6|1|D|A|148 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|A|148 | 1QA6|1|D|G|143 | tHS | | |
1QA6|1|D|A|148 | 1QA6|1|D|G|149 | | s35 | |
1QA6|1|D|A|148 | 1QA6|1|D|U|147 | | s53 | |
1QA6|1|D|A|153 | 1QA6|1|D|A|136 | | | |
1QA6|1|D|A|153 | 1QA6|1|D|A|153 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|A|153 | 1QA6|1|D|C|152 | | s53 | |
1QA6|1|D|A|153 | 1QA6|1|D|C|154 | | s35 | |
1QA6|1|D|A|153 | 1QA6|1|D|G|106 | tHS | | |
1QA6|1|D|A|153 | 1QA6|1|D|G|137 | | s55 | n2BP |
1QA6|1|D|C|102 | 1QA6|1|D|C|102 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|C|102 | 1QA6|1|D|C|103 | | s35 | |
1QA6|1|D|C|102 | 1QA6|1|D|G|101 | | s53 | |
1QA6|1|D|C|102 | 1QA6|1|D|G|157 | cWW | | |
1QA6|1|D|C|103 | 1QA6|1|D|A|104 | | s35 | |
1QA6|1|D|C|103 | 1QA6|1|D|C|102 | | s53 | |
1QA6|1|D|C|103 | 1QA6|1|D|C|103 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|C|103 | 1QA6|1|D|G|156 | cWW | | |
1QA6|1|D|C|103 | 1QA6|1|D|G|157 | | s55 | |
1QA6|1|D|C|114 | 1QA6|1|D|A|120 | | | n7BP |
1QA6|1|D|C|114 | 1QA6|1|D|C|114 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|C|114 | 1QA6|1|D|G|113 | | s53 | |
1QA6|1|D|C|114 | 1QA6|1|D|G|124 | cWW | | |
1QA6|1|D|C|114 | 1QA6|1|D|U|115 | | s35 | |
1QA6|1|D|C|122 | 1QA6|1|D|C|122 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|C|122 | 1QA6|1|D|C|142 | cWH | | |
1QA6|1|D|C|122 | 1QA6|1|D|G|121 | | s53 | |
1QA6|1|D|C|122 | 1QA6|1|D|G|143 | | s35 | |
1QA6|1|D|C|122 | 1QA6|1|D|G|149 | ntWH | | |
1QA6|1|D|C|125 | 1QA6|1|D|C|125 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|C|125 | 1QA6|1|D|C|126 | | s35 | |
1QA6|1|D|C|125 | 1QA6|1|D|G|113 | cWW | | |
1QA6|1|D|C|125 | 1QA6|1|D|G|124 | | s53 | |
1QA6|1|D|C|126 | 1QA6|1|D|A|127 | | s35 | |
1QA6|1|D|C|126 | 1QA6|1|D|C|125 | | s53 | |
1QA6|1|D|C|126 | 1QA6|1|D|C|126 | | | n0BP |
1QA6|1|D|C|126 | 1QA6|1|D|G|112 | cWW | | |
1QA6|1|D|C|126 | 1QA6|1|D|G|113 | | s55 | |
1QA6|1|D|C|129 | 1QA6|1|D|A|130 | | s35 | |
1QA6|1|D|C|129 | 1QA6|1|D|A|138 | | s53 | 9BPh |
1QA6|1|D|C|129 | 1QA6|1|D|C|129 | | | n0BP |
1QA6|1|D|C|129 | 1QA6|1|D|G|109 | cWW | | |
1QA6|1|D|C|129 | 1QA6|1|D|U|128 | | | |
1QA6|1|D|C|142 | 1QA6|1|D|C|122 | cHW | | |
1QA6|1|D|C|142 | 1QA6|1|D|C|142 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|C|142 | 1QA6|1|D|G|141 | | s53 | |
1QA6|1|D|C|142 | 1QA6|1|D|G|143 | | s35 | |
1QA6|1|D|C|142 | 1QA6|1|D|G|149 | cWW | | |
1QA6|1|D|C|150 | 1QA6|1|D|C|150 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|C|150 | 1QA6|1|D|G|141 | cWW | | |
1QA6|1|D|C|150 | 1QA6|1|D|G|149 | | s53 | |
1QA6|1|D|C|150 | 1QA6|1|D|U|151 | | s35 | |
1QA6|1|D|C|152 | 1QA6|1|D|A|140 | | s55 | |
1QA6|1|D|C|152 | 1QA6|1|D|A|153 | | s35 | |
1QA6|1|D|C|152 | 1QA6|1|D|C|152 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|C|152 | 1QA6|1|D|G|106 | | s33 | |
1QA6|1|D|C|152 | 1QA6|1|D|G|137 | cWW | | |
1QA6|1|D|C|152 | 1QA6|1|D|U|151 | | s53 | |
1QA6|1|D|C|154 | 1QA6|1|D|A|135 | cSS | | |
1QA6|1|D|C|154 | 1QA6|1|D|A|153 | | s53 | 8BPh |
1QA6|1|D|C|154 | 1QA6|1|D|C|154 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|C|154 | 1QA6|1|D|G|105 | cWW | | |
1QA6|1|D|C|154 | 1QA6|1|D|G|106 | | ns55 | |
1QA6|1|D|C|154 | 1QA6|1|D|U|155 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|101 | 1QA6|1|D|C|102 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|101 | 1QA6|1|D|G|101 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|101 | 1QA6|1|D|U|158 | cWW | | |
1QA6|1|D|G|105 | 1QA6|1|D|A|104 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|105 | 1QA6|1|D|A|135 | tSS | | |
1QA6|1|D|G|105 | 1QA6|1|D|C|154 | cWW | | |
1QA6|1|D|G|105 | 1QA6|1|D|G|105 | | | n0BP |
1QA6|1|D|G|105 | 1QA6|1|D|G|106 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|105 | 1QA6|1|D|U|155 | | s55 | |
1QA6|1|D|G|106 | 1QA6|1|D|A|153 | tSH | | |
1QA6|1|D|G|106 | 1QA6|1|D|C|152 | | s33 | 5BPh |
1QA6|1|D|G|106 | 1QA6|1|D|C|154 | | ns55 | |
1QA6|1|D|G|106 | 1QA6|1|D|G|105 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|106 | 1QA6|1|D|G|106 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|109 | 1QA6|1|D|A|130 | | s55 | |
1QA6|1|D|G|109 | 1QA6|1|D|C|129 | cWW | | |
1QA6|1|D|G|109 | 1QA6|1|D|G|109 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|109 | 1QA6|1|D|U|108 | | ns53 | |
1QA6|1|D|G|109 | 1QA6|1|D|U|110 | | s33 | |
1QA6|1|D|G|112 | 1QA6|1|D|A|127 | | s55 | |
1QA6|1|D|G|112 | 1QA6|1|D|A|138 | | s55 | |
1QA6|1|D|G|112 | 1QA6|1|D|C|126 | cWW | | |
1QA6|1|D|G|112 | 1QA6|1|D|G|112 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|112 | 1QA6|1|D|G|113 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|113 | 1QA6|1|D|C|114 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|113 | 1QA6|1|D|C|125 | cWW | | |
1QA6|1|D|G|113 | 1QA6|1|D|C|126 | | s55 | |
1QA6|1|D|G|113 | 1QA6|1|D|G|112 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|113 | 1QA6|1|D|G|113 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|118 | 1QA6|1|D|A|117 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|118 | 1QA6|1|D|A|119 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|118 | 1QA6|1|D|A|145 | | | |
1QA6|1|D|G|118 | 1QA6|1|D|A|146 | | | n1BP |
1QA6|1|D|G|118 | 1QA6|1|D|G|118 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|121 | 1QA6|1|D|A|139 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|121 | 1QA6|1|D|A|140 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|121 | 1QA6|1|D|C|122 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|121 | 1QA6|1|D|G|121 | | | n0BP |
1QA6|1|D|G|121 | 1QA6|1|D|G|141 | cWH | | |
1QA6|1|D|G|124 | 1QA6|1|D|A|123 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|124 | 1QA6|1|D|C|114 | cWW | | |
1QA6|1|D|G|124 | 1QA6|1|D|C|125 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|124 | 1QA6|1|D|G|124 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|137 | 1QA6|1|D|A|139 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|137 | 1QA6|1|D|A|140 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|137 | 1QA6|1|D|A|153 | | s55 | |
1QA6|1|D|G|137 | 1QA6|1|D|C|152 | cWW | | |
1QA6|1|D|G|137 | 1QA6|1|D|G|137 | | | n0BP |
1QA6|1|D|G|141 | 1QA6|1|D|A|140 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|141 | 1QA6|1|D|C|142 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|141 | 1QA6|1|D|C|150 | cWW | | |
1QA6|1|D|G|141 | 1QA6|1|D|G|121 | cHW | | |
1QA6|1|D|G|141 | 1QA6|1|D|G|141 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|141 | 1QA6|1|D|U|151 | | s55 | |
1QA6|1|D|G|143 | 1QA6|1|D|A|148 | tSH | | |
1QA6|1|D|G|143 | 1QA6|1|D|C|122 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|143 | 1QA6|1|D|C|142 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|143 | 1QA6|1|D|G|143 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|143 | 1QA6|1|D|G|149 | | ns55 | |
1QA6|1|D|G|143 | 1QA6|1|D|U|144 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|149 | 1QA6|1|D|A|148 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|149 | 1QA6|1|D|C|122 | ntHW | | |
1QA6|1|D|G|149 | 1QA6|1|D|C|142 | cWW | | |
1QA6|1|D|G|149 | 1QA6|1|D|C|150 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|149 | 1QA6|1|D|G|143 | | ns55 | |
1QA6|1|D|G|149 | 1QA6|1|D|G|149 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|156 | 1QA6|1|D|A|104 | | s55 | |
1QA6|1|D|G|156 | 1QA6|1|D|C|103 | cWW | | |
1QA6|1|D|G|156 | 1QA6|1|D|G|156 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|156 | 1QA6|1|D|G|157 | | s35 | |
1QA6|1|D|G|156 | 1QA6|1|D|U|155 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|157 | 1QA6|1|D|C|102 | cWW | | |
1QA6|1|D|G|157 | 1QA6|1|D|C|103 | | s55 | |
1QA6|1|D|G|157 | 1QA6|1|D|G|156 | | s53 | |
1QA6|1|D|G|157 | 1QA6|1|D|G|157 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|G|157 | 1QA6|1|D|U|158 | | s35 | |
1QA6|1|D|U|108 | 1QA6|1|D|A|107 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|108 | 1QA6|1|D|A|130 | cWW | | |
1QA6|1|D|U|108 | 1QA6|1|D|G|109 | | ns35 | |
1QA6|1|D|U|108 | 1QA6|1|D|U|108 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|U|110 | 1QA6|1|D|A|138 | cWH | | |
1QA6|1|D|U|110 | 1QA6|1|D|G|109 | | s33 | |
1QA6|1|D|U|110 | 1QA6|1|D|U|110 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|U|115 | 1QA6|1|D|A|119 | | | |
1QA6|1|D|U|115 | 1QA6|1|D|A|123 | ntSH | | |
1QA6|1|D|U|115 | 1QA6|1|D|C|114 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|115 | 1QA6|1|D|U|115 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|U|115 | 1QA6|1|D|U|116 | | s35 | |
1QA6|1|D|U|116 | 1QA6|1|D|A|119 | ntSH | | 5BPh |
1QA6|1|D|U|116 | 1QA6|1|D|U|115 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|116 | 1QA6|1|D|U|116 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|U|128 | 1QA6|1|D|A|127 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|128 | 1QA6|1|D|U|128 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|U|131 | 1QA6|1|D|A|107 | cWW | | |
1QA6|1|D|U|131 | 1QA6|1|D|A|130 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|131 | 1QA6|1|D|U|131 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|U|131 | 1QA6|1|D|U|132 | | s35 | |
1QA6|1|D|U|132 | 1QA6|1|D|A|107 | | ns55 | |
1QA6|1|D|U|132 | 1QA6|1|D|A|136 | tWW | | |
1QA6|1|D|U|132 | 1QA6|1|D|U|131 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|132 | 1QA6|1|D|U|132 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|U|132 | 1QA6|1|D|U|133 | | s35 | |
1QA6|1|D|U|133 | 1QA6|1|D|A|135 | ntSH | | |
1QA6|1|D|U|133 | 1QA6|1|D|A|136 | | | 5BPh |
1QA6|1|D|U|133 | 1QA6|1|D|U|132 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|133 | 1QA6|1|D|U|133 | | | n0BP |
1QA6|1|D|U|144 | 1QA6|1|D|G|143 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|144 | 1QA6|1|D|U|144 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|U|144 | 1QA6|1|D|U|147 | | | 5BPh |
1QA6|1|D|U|147 | 1QA6|1|D|A|146 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|147 | 1QA6|1|D|A|148 | | s35 | |
1QA6|1|D|U|147 | 1QA6|1|D|U|144 | | | |
1QA6|1|D|U|151 | 1QA6|1|D|A|139 | tHS | | |
1QA6|1|D|U|151 | 1QA6|1|D|A|140 | cWW | | |
1QA6|1|D|U|151 | 1QA6|1|D|C|150 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|151 | 1QA6|1|D|C|152 | | s35 | |
1QA6|1|D|U|151 | 1QA6|1|D|G|141 | | s55 | |
1QA6|1|D|U|151 | 1QA6|1|D|U|151 | | | n0BP |
1QA6|1|D|U|155 | 1QA6|1|D|A|104 | cWW | | |
1QA6|1|D|U|155 | 1QA6|1|D|A|134 | cSS | | |
1QA6|1|D|U|155 | 1QA6|1|D|C|154 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|155 | 1QA6|1|D|G|105 | | s55 | |
1QA6|1|D|U|155 | 1QA6|1|D|G|156 | | s35 | |
1QA6|1|D|U|155 | 1QA6|1|D|U|155 | | | 0BPh |
1QA6|1|D|U|158 | 1QA6|1|D|G|101 | cWW | | |
1QA6|1|D|U|158 | 1QA6|1|D|G|157 | | s53 | |
1QA6|1|D|U|158 | 1QA6|1|D|U|158 | | | 0BPh |
Base-Pairs | Count (52) | Relative Frequency |
---|
cWW | 30 | 0.577 |
tWW | 2 | 0.038 |
cWH | 6 | 0.115 |
cHS | 2 | 0.038 |
tHS | 6 | 0.115 |
cSS | 4 | 0.077 |
tSS | 2 | 0.038 |
Base-Phosphate | Count (104) | Relative Frequency |
---|
2BPh | 2 | 0.019 |
5BPh | 8 | 0.077 |
6BPh | 2 | 0.019 |
7BPh | 2 | 0.019 |
8BPh | 2 | 0.019 |
9BPh | 2 | 0.019 |
0BPh | 86 | 0.827 |
Base-Stacking | Count (62) | Relative Frequency |
---|
s33 | 6 | 0.097 |
s53 | 32 | 0.516 |
s55 | 24 | 0.387 |