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NDB ID: AR0021  PDB ID: 1QC0 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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1QC0|1|D|G|1371QC0|1|D|U|136s53
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1QC0|1|D|U|1271QC0|1|D|C|126s53
1QC0|1|D|U|1271QC0|1|D|U|1270BPh
1QC0|1|D|U|1361QC0|1|C|A|103cWW
1QC0|1|D|U|1361QC0|1|D|G|135s53
1QC0|1|D|U|1361QC0|1|D|G|137s35
1QC0|1|D|U|1361QC0|1|D|U|1360BPh


Base-PairsCount (37)Relative Frequency
cWW371.000
Base-PhosphateCount (76)Relative Frequency
0BPh761.000
Base-StackingCount (54)Relative Frequency
s53320.593
s55220.407

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)