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NDB ID: 1QD3  PDB ID: 1QD3 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1QD3|1|A|A|201QD3|1|A|C|19s53
1QD3|1|A|A|201QD3|1|A|G|21s35
1QD3|1|A|A|201QD3|1|A|G|43s55
1QD3|1|A|A|201QD3|1|A|U|42cWW
1QD3|1|A|A|221QD3|1|A|A|220BPh
1QD3|1|A|A|221QD3|1|A|G|21s53
1QD3|1|A|A|221QD3|1|A|G|26s35
1QD3|1|A|A|221QD3|1|A|U|40cWW
1QD3|1|A|A|271QD3|1|A|A|27n0BP
1QD3|1|A|A|271QD3|1|A|C|39s55
1QD3|1|A|A|271QD3|1|A|G|26s53
1QD3|1|A|A|271QD3|1|A|G|28s35
1QD3|1|A|A|271QD3|1|A|U|38cWW
1QD3|1|A|A|351QD3|1|A|A|350BPh
1QD3|1|A|C|181QD3|1|A|C|180BPh
1QD3|1|A|C|181QD3|1|A|C|19s35
1QD3|1|A|C|181QD3|1|A|G|17s53
1QD3|1|A|C|181QD3|1|A|G|44cWW
1QD3|1|A|C|191QD3|1|A|A|20s35
1QD3|1|A|C|191QD3|1|A|C|18s53
1QD3|1|A|C|191QD3|1|A|G|43cWW
1QD3|1|A|C|191QD3|1|A|G|44s55
1QD3|1|A|C|291QD3|1|A|C|290BPh
1QD3|1|A|C|291QD3|1|A|C|30s35
1QD3|1|A|C|291QD3|1|A|G|28s53
1QD3|1|A|C|291QD3|1|A|G|36cWW
1QD3|1|A|C|301QD3|1|A|C|29s538BPh
1QD3|1|A|C|301QD3|1|A|C|300BPh
1QD3|1|A|C|301QD3|1|A|G|34ncSW
1QD3|1|A|C|371QD3|1|A|G|28cWW
1QD3|1|A|C|371QD3|1|A|G|36s53
1QD3|1|A|C|371QD3|1|A|U|38s35
1QD3|1|A|C|391QD3|1|A|A|27s55
1QD3|1|A|C|391QD3|1|A|C|390BPh
1QD3|1|A|C|391QD3|1|A|G|26cWW
1QD3|1|A|C|391QD3|1|A|U|38s53
1QD3|1|A|C|391QD3|1|A|U|40s35
1QD3|1|A|C|411QD3|1|A|C|410BPh
1QD3|1|A|C|411QD3|1|A|G|21cWW
1QD3|1|A|C|411QD3|1|A|U|40s53
1QD3|1|A|C|411QD3|1|A|U|42s35
1QD3|1|A|C|451QD3|1|A|G|17cWW
1QD3|1|A|C|451QD3|1|A|G|44s53
1QD3|1|A|G|171QD3|1|A|C|18s35
1QD3|1|A|G|171QD3|1|A|C|45cWW
1QD3|1|A|G|211QD3|1|A|A|20s53
1QD3|1|A|G|211QD3|1|A|A|22s35
1QD3|1|A|G|211QD3|1|A|C|41cWW
1QD3|1|A|G|211QD3|1|A|U|42s55
1QD3|1|A|G|261QD3|1|A|A|22s53
1QD3|1|A|G|261QD3|1|A|A|27s35
1QD3|1|A|G|261QD3|1|A|C|39cWW
1QD3|1|A|G|261QD3|1|A|U|23
1QD3|1|A|G|261QD3|1|A|U|24
1QD3|1|A|G|261QD3|1|A|U|40s55
1QD3|1|A|G|281QD3|1|A|A|27s53
1QD3|1|A|G|281QD3|1|A|C|29s35
1QD3|1|A|G|281QD3|1|A|C|37cWW
1QD3|1|A|G|281QD3|1|A|U|38s55
1QD3|1|A|G|321QD3|1|A|G|320BPh
1QD3|1|A|G|321QD3|1|A|U|31s33
1QD3|1|A|G|341QD3|1|A|A|35n0BP
1QD3|1|A|G|341QD3|1|A|C|30ncWS
1QD3|1|A|G|341QD3|1|A|G|36s35
1QD3|1|A|G|361QD3|1|A|C|29cWW
1QD3|1|A|G|361QD3|1|A|C|37s35
1QD3|1|A|G|361QD3|1|A|G|34s53
1QD3|1|A|G|361QD3|1|A|G|360BPh
1QD3|1|A|G|431QD3|1|A|A|20s55
1QD3|1|A|G|431QD3|1|A|C|19cWW
1QD3|1|A|G|431QD3|1|A|G|430BPh
1QD3|1|A|G|431QD3|1|A|G|44s35
1QD3|1|A|G|431QD3|1|A|U|42
1QD3|1|A|G|441QD3|1|A|C|18cWW
1QD3|1|A|G|441QD3|1|A|C|19s55
1QD3|1|A|G|441QD3|1|A|C|45s35
1QD3|1|A|G|441QD3|1|A|G|43s53
1QD3|1|A|G|441QD3|1|A|G|440BPh
1QD3|1|A|U|231QD3|1|A|U|230BPh
1QD3|1|A|U|231QD3|1|A|U|24
1QD3|1|A|U|241QD3|1|A|G|26
1QD3|1|A|U|241QD3|1|A|U|23
1QD3|1|A|U|251QD3|1|A|U|25n0BP
1QD3|1|A|U|311QD3|1|A|C|30
1QD3|1|A|U|311QD3|1|A|G|32s33
1QD3|1|A|U|311QD3|1|A|U|31n0BP
1QD3|1|A|U|381QD3|1|A|A|27cWW
1QD3|1|A|U|381QD3|1|A|C|37s53
1QD3|1|A|U|381QD3|1|A|C|39s35
1QD3|1|A|U|381QD3|1|A|G|28s55
1QD3|1|A|U|381QD3|1|A|U|38n0BP
1QD3|1|A|U|401QD3|1|A|A|22cWW
1QD3|1|A|U|401QD3|1|A|C|39s53
1QD3|1|A|U|401QD3|1|A|C|41s35n0BP
1QD3|1|A|U|401QD3|1|A|G|26s55
1QD3|1|A|U|401QD3|1|A|U|400BPh
1QD3|1|A|U|421QD3|1|A|A|20cWW
1QD3|1|A|U|421QD3|1|A|C|41s53
1QD3|1|A|U|421QD3|1|A|G|21s55
1QD3|1|A|U|421QD3|1|A|U|420BPh


Base-PairsCount (10)Relative Frequency
cWW101.000
Base-PhosphateCount (15)Relative Frequency
8BPh10.067
0BPh140.933
Base-StackingCount (16)Relative Frequency
s3310.062
s5390.562
s5560.375

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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