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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: 1QFQ  PDB ID: 1QFQ 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1QFQ|1|A|A|101QFQ|1|A|A|10n0BP
1QFQ|1|A|A|101QFQ|1|A|A|11s35
1QFQ|1|A|A|101QFQ|1|A|A|8s53
1QFQ|1|A|A|101QFQ|1|A|G|6ntHS
1QFQ|1|A|A|111QFQ|1|A|A|10s53
1QFQ|1|A|A|111QFQ|1|A|A|110BPh
1QFQ|1|A|A|111QFQ|1|A|G|12s35
1QFQ|1|A|A|111QFQ|1|A|G|6s55
1QFQ|1|A|A|111QFQ|1|A|U|5cWW
1QFQ|1|A|A|71QFQ|1|A|A|70BPh
1QFQ|1|A|A|71QFQ|1|A|A|8s35
1QFQ|1|A|A|81QFQ|1|A|A|10s35
1QFQ|1|A|A|81QFQ|1|A|A|7s53
1QFQ|1|A|A|81QFQ|1|A|A|80BPh
1QFQ|1|A|A|81QFQ|1|A|G|6ns33
1QFQ|1|A|C|151QFQ|1|A|C|150BPh
1QFQ|1|A|C|151QFQ|1|A|G|1cWW
1QFQ|1|A|C|151QFQ|1|A|G|14s53
1QFQ|1|A|C|21QFQ|1|A|C|20BPh
1QFQ|1|A|C|21QFQ|1|A|C|3s35
1QFQ|1|A|C|21QFQ|1|A|G|1s53
1QFQ|1|A|C|21QFQ|1|A|G|14cWW
1QFQ|1|A|C|31QFQ|1|A|C|2s53
1QFQ|1|A|C|31QFQ|1|A|C|30BPh
1QFQ|1|A|C|31QFQ|1|A|C|4s35
1QFQ|1|A|C|31QFQ|1|A|G|13cWW
1QFQ|1|A|C|31QFQ|1|A|G|14s55
1QFQ|1|A|C|41QFQ|1|A|C|3s53
1QFQ|1|A|C|41QFQ|1|A|C|4n0BP
1QFQ|1|A|C|41QFQ|1|A|G|12cWW
1QFQ|1|A|C|41QFQ|1|A|G|13s55
1QFQ|1|A|C|41QFQ|1|A|U|5s35
1QFQ|1|A|G|11QFQ|1|A|C|15cWW
1QFQ|1|A|G|11QFQ|1|A|C|2s35
1QFQ|1|A|G|121QFQ|1|A|A|11s53
1QFQ|1|A|G|121QFQ|1|A|C|4cWW
1QFQ|1|A|G|121QFQ|1|A|G|13s35
1QFQ|1|A|G|121QFQ|1|A|U|5s55
1QFQ|1|A|G|131QFQ|1|A|C|3cWW
1QFQ|1|A|G|131QFQ|1|A|C|4s55
1QFQ|1|A|G|131QFQ|1|A|G|12s53
1QFQ|1|A|G|131QFQ|1|A|G|130BPh
1QFQ|1|A|G|131QFQ|1|A|G|14s35
1QFQ|1|A|G|141QFQ|1|A|C|15s35
1QFQ|1|A|G|141QFQ|1|A|C|2cWW
1QFQ|1|A|G|141QFQ|1|A|C|3s55
1QFQ|1|A|G|141QFQ|1|A|G|13s53
1QFQ|1|A|G|141QFQ|1|A|G|140BPh
1QFQ|1|A|G|61QFQ|1|A|A|10ntSH3BPh
1QFQ|1|A|G|61QFQ|1|A|A|11s55
1QFQ|1|A|G|61QFQ|1|A|A|8ns33
1QFQ|1|A|G|61QFQ|1|A|G|6n0BP
1QFQ|1|A|G|61QFQ|1|A|U|5s53
1QFQ|1|A|U|51QFQ|1|A|A|11cWW
1QFQ|1|A|U|51QFQ|1|A|C|4s53
1QFQ|1|A|U|51QFQ|1|A|G|12s55
1QFQ|1|A|U|51QFQ|1|A|G|6s35
1QFQ|1|A|U|51QFQ|1|A|U|50BPh


Base-PairsCount (5)Relative Frequency
cWW51.000
Base-PhosphateCount (10)Relative Frequency
3BPh10.100
0BPh90.900
Base-StackingCount (8)Relative Frequency
s5340.500
s5540.500

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)