NDB ID: 1QFQ PDB ID: 1QFQ 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV Format| Nucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
|---|
| 1QFQ|1|A|A|10 | 1QFQ|1|A|A|10 | | | n0BP |
| 1QFQ|1|A|A|10 | 1QFQ|1|A|A|11 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|A|10 | 1QFQ|1|A|A|8 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|A|10 | 1QFQ|1|A|G|6 | ntHS | | |
| 1QFQ|1|A|A|11 | 1QFQ|1|A|A|10 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|A|11 | 1QFQ|1|A|A|11 | | | 0BPh |
| 1QFQ|1|A|A|11 | 1QFQ|1|A|G|12 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|A|11 | 1QFQ|1|A|G|6 | | s55 | |
| 1QFQ|1|A|A|11 | 1QFQ|1|A|U|5 | cWW | | |
| 1QFQ|1|A|A|7 | 1QFQ|1|A|A|7 | | | 0BPh |
| 1QFQ|1|A|A|7 | 1QFQ|1|A|A|8 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|A|8 | 1QFQ|1|A|A|10 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|A|8 | 1QFQ|1|A|A|7 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|A|8 | 1QFQ|1|A|A|8 | | | 0BPh |
| 1QFQ|1|A|A|8 | 1QFQ|1|A|G|6 | | ns33 | |
| 1QFQ|1|A|C|15 | 1QFQ|1|A|C|15 | | | 0BPh |
| 1QFQ|1|A|C|15 | 1QFQ|1|A|G|1 | cWW | | |
| 1QFQ|1|A|C|15 | 1QFQ|1|A|G|14 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|C|2 | 1QFQ|1|A|C|2 | | | 0BPh |
| 1QFQ|1|A|C|2 | 1QFQ|1|A|C|3 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|C|2 | 1QFQ|1|A|G|1 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|C|2 | 1QFQ|1|A|G|14 | cWW | | |
| 1QFQ|1|A|C|3 | 1QFQ|1|A|C|2 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|C|3 | 1QFQ|1|A|C|3 | | | 0BPh |
| 1QFQ|1|A|C|3 | 1QFQ|1|A|C|4 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|C|3 | 1QFQ|1|A|G|13 | cWW | | |
| 1QFQ|1|A|C|3 | 1QFQ|1|A|G|14 | | s55 | |
| 1QFQ|1|A|C|4 | 1QFQ|1|A|C|3 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|C|4 | 1QFQ|1|A|C|4 | | | n0BP |
| 1QFQ|1|A|C|4 | 1QFQ|1|A|G|12 | cWW | | |
| 1QFQ|1|A|C|4 | 1QFQ|1|A|G|13 | | s55 | |
| 1QFQ|1|A|C|4 | 1QFQ|1|A|U|5 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|G|1 | 1QFQ|1|A|C|15 | cWW | | |
| 1QFQ|1|A|G|1 | 1QFQ|1|A|C|2 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|G|12 | 1QFQ|1|A|A|11 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|G|12 | 1QFQ|1|A|C|4 | cWW | | |
| 1QFQ|1|A|G|12 | 1QFQ|1|A|G|13 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|G|12 | 1QFQ|1|A|U|5 | | s55 | |
| 1QFQ|1|A|G|13 | 1QFQ|1|A|C|3 | cWW | | |
| 1QFQ|1|A|G|13 | 1QFQ|1|A|C|4 | | s55 | |
| 1QFQ|1|A|G|13 | 1QFQ|1|A|G|12 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|G|13 | 1QFQ|1|A|G|13 | | | 0BPh |
| 1QFQ|1|A|G|13 | 1QFQ|1|A|G|14 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|G|14 | 1QFQ|1|A|C|15 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|G|14 | 1QFQ|1|A|C|2 | cWW | | |
| 1QFQ|1|A|G|14 | 1QFQ|1|A|C|3 | | s55 | |
| 1QFQ|1|A|G|14 | 1QFQ|1|A|G|13 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|G|14 | 1QFQ|1|A|G|14 | | | 0BPh |
| 1QFQ|1|A|G|6 | 1QFQ|1|A|A|10 | ntSH | | 3BPh |
| 1QFQ|1|A|G|6 | 1QFQ|1|A|A|11 | | s55 | |
| 1QFQ|1|A|G|6 | 1QFQ|1|A|A|8 | | ns33 | |
| 1QFQ|1|A|G|6 | 1QFQ|1|A|G|6 | | | n0BP |
| 1QFQ|1|A|G|6 | 1QFQ|1|A|U|5 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|U|5 | 1QFQ|1|A|A|11 | cWW | | |
| 1QFQ|1|A|U|5 | 1QFQ|1|A|C|4 | | s53 | |
| 1QFQ|1|A|U|5 | 1QFQ|1|A|G|12 | | s55 | |
| 1QFQ|1|A|U|5 | 1QFQ|1|A|G|6 | | s35 | |
| 1QFQ|1|A|U|5 | 1QFQ|1|A|U|5 | | | 0BPh |
| Base-Pairs | Count (5) | Relative Frequency |
|---|
| cWW | 5 | 1.000 |
| Base-Phosphate | Count (10) | Relative Frequency |
|---|
| 3BPh | 1 | 0.100 |
| 0BPh | 9 | 0.900 |
| Base-Stacking | Count (8) | Relative Frequency |
|---|
| s53 | 4 | 0.500 |
| s55 | 4 | 0.500 |
