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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: PTR009  PDB ID: 1QRS 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1QRS|1|B|A|131QRS|1|B|A|130BPh
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1QRS|1|B|U|471QRS|1|B|C|48
1QRS|1|B|U|471QRS|1|B|U|460BPh
1QRS|1|B|U|541QRS|1|B|A|58tWH
1QRS|1|B|U|541QRS|1|B|G|53s53
1QRS|1|B|U|541QRS|1|B|U|540BPh
1QRS|1|B|U|541QRS|1|B|U|55s35
1QRS|1|B|U|551QRS|1|B|A|585BPh
1QRS|1|B|U|551QRS|1|B|G|18tSW
1QRS|1|B|U|551QRS|1|B|U|54s53
1QRS|1|B|U|551QRS|1|B|U|550BPh
1QRS|1|B|U|61QRS|1|B|A|67cWW
1QRS|1|B|U|61QRS|1|B|A|7s35
1QRS|1|B|U|61QRS|1|B|G|5s53
1QRS|1|B|U|61QRS|1|B|U|60BPh
1QRS|1|B|U|601QRS|1|B|A|58
1QRS|1|B|U|601QRS|1|B|A|59s539BPh
1QRS|1|B|U|601QRS|1|B|C|61
1QRS|1|B|U|601QRS|1|B|U|600BPh
1QRS|1|B|U|631QRS|1|B|A|51cWW
1QRS|1|B|U|631QRS|1|B|C|62s53
1QRS|1|B|U|631QRS|1|B|C|64s35
1QRS|1|B|U|631QRS|1|B|G|52s55
1QRS|1|B|U|631QRS|1|B|U|630BPh
1QRS|1|B|U|661QRS|1|B|A|67s35
1QRS|1|B|U|661QRS|1|B|A|7cWW
1QRS|1|B|U|661QRS|1|B|G|65s53
1QRS|1|B|U|661QRS|1|B|U|660BPh
1QRS|1|B|U|81QRS|1|B|A|13s33
1QRS|1|B|U|81QRS|1|B|A|14tWH
1QRS|1|B|U|81QRS|1|B|A|21tSS
1QRS|1|B|U|81QRS|1|B|G|15ns55
1QRS|1|B|U|81QRS|1|B|U|80BPh


Base-PairsCount (31)Relative Frequency
cWW210.677
tWW20.065
tWH20.065
cWS10.032
tWS10.032
tHH10.032
cHS10.032
tHS10.032
tSS10.032
Base-PhosphateCount (61)Relative Frequency
1BPh10.016
2BPh10.016
5BPh10.016
8BPh20.033
9BPh10.016
0BPh550.902
Base-StackingCount (37)Relative Frequency
s3330.081
s53140.378
s55200.541

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)