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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: PTR010  PDB ID: 1QRT 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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1QRT|1|B|U|541QRT|1|B|A|58tWH
1QRT|1|B|U|541QRT|1|B|G|53s53
1QRT|1|B|U|541QRT|1|B|U|540BPh
1QRT|1|B|U|541QRT|1|B|U|55s35
1QRT|1|B|U|551QRT|1|B|A|585BPh
1QRT|1|B|U|551QRT|1|B|G|18tSW
1QRT|1|B|U|551QRT|1|B|U|54s53
1QRT|1|B|U|551QRT|1|B|U|550BPh
1QRT|1|B|U|61QRT|1|B|A|67cWW
1QRT|1|B|U|61QRT|1|B|A|7s35
1QRT|1|B|U|61QRT|1|B|G|5s53
1QRT|1|B|U|61QRT|1|B|U|60BPh
1QRT|1|B|U|601QRT|1|B|A|58
1QRT|1|B|U|601QRT|1|B|A|59s539BPh
1QRT|1|B|U|601QRT|1|B|C|61
1QRT|1|B|U|601QRT|1|B|U|600BPh
1QRT|1|B|U|631QRT|1|B|A|51cWW
1QRT|1|B|U|631QRT|1|B|C|62s53
1QRT|1|B|U|631QRT|1|B|C|64s35
1QRT|1|B|U|631QRT|1|B|G|52s55
1QRT|1|B|U|631QRT|1|B|U|630BPh
1QRT|1|B|U|661QRT|1|B|A|67s35
1QRT|1|B|U|661QRT|1|B|A|7cWW
1QRT|1|B|U|661QRT|1|B|G|65s53
1QRT|1|B|U|661QRT|1|B|U|660BPh
1QRT|1|B|U|81QRT|1|B|A|13s33
1QRT|1|B|U|81QRT|1|B|A|14tWH
1QRT|1|B|U|81QRT|1|B|A|21tSS
1QRT|1|B|U|81QRT|1|B|G|15ns55
1QRT|1|B|U|81QRT|1|B|U|80BPh


Base-PairsCount (30)Relative Frequency
cWW210.700
tWW20.067
tWH20.067
cWS10.033
tWS10.033
tHH10.033
tHS10.033
tSS10.033
Base-PhosphateCount (60)Relative Frequency
1BPh10.017
2BPh10.017
5BPh10.017
8BPh20.033
9BPh10.017
0BPh540.900
Base-StackingCount (38)Relative Frequency
s3330.079
s53150.395
s55200.526

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)